<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX649642.7	1	GAATTCTTTCGCAGGTGAAGAAAACGCCCTTCACAACAGTTGGCCAGGTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	8591	GAATTCTTTCGCAGGTGAAGAAAACGCCCTTCACAACAGTTGGCCAGGTC	8640

BX649642.7	51	AAGAACACTCTCCAGGAAGTAGGTGTATGTGTGTCAAAGTCAACAGTCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	8641	AAGAACACTCTCCAGGAAGTAGGTGTATGTGTGTCAAAGTCAACAGTCAA	8690

BX649642.7	101	GAGAAGACTACACCAGAGTGAATACAGAGGATTCACCACAAGATGTAAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	8691	GAGAAGACTACACCAGAGTGAATACAGAGGATTCACCACAAGATGTAAAC	8740

BX649642.7	151	CGTTGATGAGCCTCAAAAAACAGGAAGGCCAGATTAGAGTTCTAAGAAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	8741	CGTTGATGAGCCTCAAAAAACAGGAAGGCCAGATTAGAGTTCTAAGAAAT	8790

BX649642.7	201	CCTTCACTGGAACAACATCCAATGGACATATGTGATCAAGATCAACTTGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	8791	CCTTCACTGGAACAACATCCAATGGACATATGTGATCAAGATCAACTTGT	8840

BX649642.7	251	ACCAGAGTGATGAGAAGAGAAGAGTATGGAGAAGGAAAGGAACTGCTCAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	8841	ACCAGAGTGATGAGAAGAGAAGAGTATGGAGAAGGAAAGGAACTGCTCAT	8890

BX649642.7	301	GATTCTAAGCACTGAAGCATGGTGGTAGTAGTGATGTGGCGTGGGCATGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	8891	GATTCTAAGCACTGAAGCATGGTGGTAGTAGTGATGTGGCGTGGGCATGT	8940

BX649642.7	351	TTGGCTGTCAATGGAACTGAATCTCTTCTTTTTATTGATGTTGTGACCGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	8941	TTGGCTGTCAATGGAACTGAATCTCTTCTTTTTATTGATGTTGTGACCGC	8990

BX649642.7	401	TGACTAAAGCAGCAGGATGAATTCTAAAGTGTCAGGCAATATTTTCTGCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	8991	TGACTAAAGCAGCAGGATGAATTCTAAAGTGTCAGGCAATATTTTCTGCT	9040

BX649642.7	451	CATATTAAGCCAAATGCTTCAGAACTCATTGGATGGTGCTTCACAGAGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9041	CATATTAAGCCAAATGCTTCAGAACTCATTGGATGGTGCTTCACAGAGGA	9090

BX649642.7	501	GATGGAGAATGACCCACAGCATACTGCAAAAGCAACCAAAGAGTTTTTGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9091	GATGGAGAATGACCCACAGCATACTGCAAAAGCAACCAAAGAGTTTTTGA	9140

BX649642.7	551	AGTGAAAGAAGTGGAATTTTATGCAATGGCCAAGTCAGCCACCTGATCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9141	AGTGAAAGAAGTGGAATTTTATGCAATGGCCAAGTCAGCCACCTGATCTG	9190

BX649642.7	601	AATCCAATCGAGCTTGTATTTCACTTGCTGAAGACAAAACTGAAGGGAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9191	AATCCAATCGAGCTTGTATTTCACTTGCTGAAGACAAAACTGAAGGGAAA	9240

BX649642.7	651	ATGCCCCTAGAACAATCAGGAACTGAAGACAGTTGCTGTAGAGGCCTGAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9241	ATGCCCCTAGAACAATCAGGAACTGAAGACAGTTGCTGTAGAGGCCTGAC	9290

BX649642.7	701	AGAGCACTAGCATAAAACCCAGTGTCTGGTGATGTCTATTCGTCTCAGAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9291	AGAGCACTAGCATAAAACCCAGTGTCTGGTGATGTCTATTCGTCTCAGAC	9340

BX649642.7	751	TTCAGGTTGTAATTGACTGCAAAGTATTTGCAACCAAGGTTTAAAAAGTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9341	TTCAGGTTGTAATTGACTGCAAAGTATTTGCAACCAAGGTTTAAAAAGTG	9390

BX649642.7	801	GAAGTTTGATTTATAACTATTATTCCATCCAATTACTTTTGGACCCTTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9391	GAAGTTTGATTTATAACTATTATTCCATCCAATTACTTTTGGACCCTTAA	9440

BX649642.7	851	CAAGTGGGAGGCACATAGGCAAACTGTTGTAATTCCTTCACTGTTCACCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9441	CAAGTGGGAGGCACATAGGCAAACTGTTGTAATTCCTTCACTGTTCACCT	9490

BX649642.7	901	GATTCGGATGTAAATATTCTCAAATTAAAGCAAATCTCATTTCATTTGAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9491	GATTCGGATGTAAATATTCTCAAATTAAAGCAAATCTCATTTCATTTGAA	9540

BX649642.7	951	ATTCATTGTGTTTGGTGTATCAAGCCAAAAATATTAGTAATTTGTTGATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9541	ATTCATTGTGTTTGGTGTATCAAGCCAAAAATATTAGTAATTTGTTGATG	9590

BX649642.7	1001	TCCAAATATTTATGAACCTTACTGTAAATAAAATATATACAAAATATAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9591	TCCAAATATTTATGAACCTTACTGTAAATAAAATATATACAAAATATAGC	9640

BX649642.7	1051	CCTAAAATATTCCCCCATGTTCATTTGTTTCATTTGCATTTGTTTAAAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9641	CCTAAAATATTCCCCCATGTTCATTTGTTTCATTTGCATTTGTTTAAAAG	9690

BX649642.7	1101	ACCCATGACCACGTCTGTCAGGGAGGACACTCTTACCATTCACATCCTCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9691	ACCCATGACCACGTCTGTCAGGGAGGACACTCTTACCATTCACATCCTCT	9740

BX649642.7	1151	TTCTAAAGCCTCTTTTTGCATGTAAATAATAATATGTATTTAAATTGTGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9741	TTCTAAAGCCTCTTTTTGCATGTAAATAATAATATGTATTTAAATTGTGT	9790

BX649642.7	1201	GCATTTACAACTGGTGATTTACTCCTCAGCTATGCATTAGACCGGAGGAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9791	GCATTTACAACTGGTGATTTACTCCTCAGCTATGCATTAGACCGGAGGAC	9840

BX649642.7	1251	AGGGGCAAAGGTGGCCATCAAGAAACTCCATCGTCCCTTCCAGTCTGACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9841	AGGGGCAAAGGTGGCCATCAAGAAACTCCATCGTCCCTTCCAGTCTGACC	9890

BX649642.7	1301	TGTTTGCCAAAAGAGCCTATCGTGAGCTCAGGCTGCTCAAACACATGAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9891	TGTTTGCCAAAAGAGCCTATCGTGAGCTCAGGCTGCTCAAACACATGAAG	9940

BX649642.7	1351	CATGACAATGTAGGACACCAAAGATTGACACTCCAACCTGAGGCTCATGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9941	CATGACAATGTAGGACACCAAAGATTGACACTCCAACCTGAGGCTCATGA	9990

BX649642.7	1401	TGTGTGGTTTGTGACAGCCTTTCTCTCTTTGAATCGGTGCAGGTTATCGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	9991	TGTGTGGTTTGTGACAGCCTTTCTCTCTTTGAATCGGTGCAGGTTATCGG	10040

BX649642.7	1451	ACTTGTGGATGTGTTCACTGCAGACCTTTCCCTAGACAGATTCCACGACT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	10041	ACTTGTGGATGTGTTCACTGCAGACCTTTCCCTAGACAGATTCCACGACT	10090

BX649642.7	1501	TGTGAGTACTTTATAAGCATGCTGTGTAGTCTGCTGGCAGTTTGAAGAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	10091	TGTGAGTACTTTATAAGCATGCTGTGTAGTCTGCTGGCAGTTTGAAGAGA	10140

BX649642.7	1551	TGCATAATCGTCATCTGACTGACCTCATCTTTTGCATAGTTACTTGGTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	10141	TGCATAATCGTCATCTGACTGACCTCATCTTTTGCATAGTTACTTGGTCA	10190

BX649642.7	1601	TGCCTTTCATGGGTACTGATCTGGGAAAGTTAATGAAAATGGAGAGACTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	10191	TGCCTTTCATGGGTACTGATCTGGGAAAGTTAATGAAAATGGAGAGACTT	10240

BX649642.7	1651	TCAGAAGAGAGAGTGCAGTATCTGGTCTATCAGATGTTAAAAGGCCTCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	10241	TCAGAAGAGAGAGTGCAGTATCTGGTCTATCAGATGTTAAAAGGCCTCAA	10290

BX649642.7	1701	AGTGAGTATTAATAATAGTCTTCAGTAATGCACTCATGCAAATAAATCAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	10291	AGTGAGTATTAATAATAGTCTTCAGTAATGCACTCATGCAAATAAATCAT	10340

BX649642.7	1751	CATAAATCTCTTTGTGTTTGCAGTATATCCATGCCGCTGGAATCATTCAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	10341	CATAAATCTCTTTGTGTTTGCAGTATATCCATGCCGCTGGAATCATTCAC	10390

BX649642.7	1801	AGGGTGAGTATGCTTTAAACGTTTACAGTGGAGATCAAAGTAAAAAAAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	10391	AGGGTGAGTATGCTTTAAACGTTTACAGTGGAGATCAAAGTAAAAAAAAA	10440

BX649642.7	1851	AAACTATTTCTAAATACCTTTTTTAAAAGAAATTATGATATTTATGACAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	10441	AAACTATTTCTAAATACCTTTTTTAAAAGAAATTATGATATTTATGACAA	10490

BX649642.7	1901	GATATTTGAAATATAAAAGACCATATAGCTATTTAGAAGAGTGGCTAGTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	10491	GATATTTGAAATATAAAAGACCATATAGCTATTTAGAAGAGTGGCTAGTG	10540

BX649642.7	1951	AAACAATAGTTTGCGAAATAATCAGGGGAATTCAGCAAAAGTACTTTCTA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR318642.8	10541	AAACAATAGTTTGCGAAATAATCAGGGGAATTCAGCAAAAGTACTTTCTA	10590

Overview

Query
BX649642.7 - 160427 bps
Hit
CR318642.8 - 10590 bps
Total alignments
35
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196320001200018591105901
210042791146451147231378838661
3100387823882465-1378938661
410039807857378652-1378938681
596.814793114637114729-1378938821
698.84183241224941378938711
7100398178601786811378938691
895.06398156229563091400140811
9953780114671114750-1400240811
1096.15377824172494-1400440811
1110035651491891492531400540691
1293.9837837857378655-1400640881
1393.264089241725051400640941
1494.05388478598786811400640891
1590.6236961146711147661400641011
1683.3316738290829463-1408444431
1785.19711382277522912-1408842221
1884.0635717778077850-1415542231
1981.69581411366213802-1422643671
2080.98521507761577764-1422643881
2187.13581082257322680-1432644261
2294.4441541354721355251433543881
2389.923185384954950086-1447550101
2484.29922521313621316131454648061
2585.92195424132180132603-1459150091
2686.33751651389471391111481749771
271004083114665114747-1694670281
281003265149190149254-1694670101
29100408223892470-1694770281
3010040827857678657-1694770281
311004082238924701694770281
32100408278576786571694770281
3310040831146651147471694770291
3410032651491901492541696570291
3590.245782830911-1821082911
Short-link