<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX323802.24	1	AAGCTTCAGGAACAACAAATAATATCTTGACTTCTAGTTGATCATTTGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	108502	AAGCTTCAGGAACAACAAATAATATCTTGACTTCTAGTTGATCATTTGGT	108551

BX323802.24	51	ATCAGAAGTGGCTTATATGAAAAGCAAAGGCTTCTAGATTACACCTATTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	108552	ATCAGAAGTGGCTTATATGAAAAGCAAAGGCTTCTAGATTACACCTATTT	108601

BX323802.24	101	GACCAAAATAAAATAAGATCATGCCTTGATTTTTAATTATTTAATTAGGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	108602	GACCAAAATAAAATAAGATCATGCCTTGATTTTTAATTATTTAATTAGGA	108651

BX323802.24	151	CAGTAAGTTCTGTTTTCTGTTTTCTTAGATAAAAGTCTTGTCACTTTACA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	108652	CAGTAAGTTCTGTTTTCTGTTTTCTTAGATAAAAGTCTTGTCACTTTACA	108701

BX323802.24	201	GAAATAATGTACAGTATAGAATATAAAGTCATGCGGCAGTGGAAAAATAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	108702	GAAATAATGTACAGTATAGAATATAAAGTCATGCGGCAGTGGAAAAATAA	108751

BX323802.24	251	TTAATATTGTGTATGACTCCCATGAGCTTGGAGGACTGCATCCATACATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	108752	TTAATATTGTGTATGACTCCCATGAGCTTGGAGGACTGCATCCATACATC	108801

BX323802.24	301	TTTACAATGACTCAAATAACTTATTAATAAAGTCATCTGGAACGGCAAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	108802	TTTACAATGACTCAAATAACTTATTAATAAAGTCATCTGGAACGGCAAAG	108851

BX323802.24	351	AAAGCGTTCTTGCAGGACTCCCAGAGCTCATCATGCTCAATAATGTTCAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	108852	AAAGCGTTCTTGCAGGACTCCCAGAGCTCATCATGCTCAATAATGTTCAT	108901

BX323802.24	401	GTCAGGTGACTGGGCTGGCCAATCCTGGAGCACCTTGACCTTCTTTGCTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	108902	GTCAGGTGACTGGGCTGGCCAATCCTGGAGCACCTTGACCTTCTTTGCTT	108951

BX323802.24	451	TCAGGAACGCTGATGTGGAGGCTGAAGTATGAGATGGATACTGAAGAATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	108952	TCAGGAACGCTGATGTGGAGGCTGAAGTATGAGATGGATACTGAAGAATT	109001

BX323802.24	501	TGCCCTCTCCTGTGGTTTGTGATGTAATGGGCAGCACAAATGTCTTGACA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109002	TGCCCTCTCCTGTGGTTTGTGATGTAATGGGCAGCACAAATGTCTTGACA	109051

BX323802.24	551	CCTCAGGTTGTTGATGTTCCCATCCACTCAGCAGATCTCTTGCACAACCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109052	CCTCAGGTTGTTGATGTTCCCATCCACTCAGCAGATCTCTTGCACAACCC	109101

BX323802.24	601	CATACTAAATGTAACCTCAAACTTCGATTTTTCCTTCAGCAAACTTGACT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109102	CATACTAAATGTAACCTCAAACTTCGATTTTTCCTTCAGCAAACTTGACT	109151

BX323802.24	651	GTTTTCTGTGAGAATCTTGGGTGCACGTGGGTTCCAATAGGTCTTCTGCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109152	GTTTTCTGTGAGAATCTTGGGTGCACGTGGGTTCCAATAGGTCTTCTGCA	109201

BX323802.24	701	GTAATTGTGATGCAGTTCAGCAGATGATTCATCAGACAAAACTACCTTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109202	GTAATTGTGATGCAGTTCAGCAGATGATTCATCAGACAAAACTACCTTCT	109251

BX323802.24	751	GCTACTTTTCCAAATGATCAACTAGAAGTCAAGTTCTTACAGTTTATTAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109252	GCTACTTTTCCAAATGATCAACTAGAAGTCAAGTTCTTACAGTTTATTAT	109301

BX323802.24	801	TATTCGTTGCTCTTACAACTAAGATCGACGACAATACTGTTGTCAGGTAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109302	TATTCGTTGCTCTTACAACTAAGATCGACGACAATACTGTTGTCAGGTAG	109351

BX323802.24	851	TGTAATTAATCATTATCATAATTATAATCATATCATTATTCATCATTCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109352	TGTAATTAATCATTATCATAATTATAATCATATCATTATTCATCATTCTG	109401

BX323802.24	901	ATGCATGTTATTTGTAAATGATGTAATATTTAAATTTGTTTTATGTTTAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109402	ATGCATGTTATTTGTAAATGATGTAATATTTAAATTTGTTTTATGTTTAT	109451

BX323802.24	951	CTACCAGAAGTGAACTGAATATGTTGTTTCTTGTTGACTTGTAGTCACTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109452	CTACCAGAAGTGAACTGAATATGTTGTTTCTTGTTGACTTGTAGTCACTG	109501

BX323802.24	1001	TAGTTTATTAATCTACTAGCATAATTTACCATTCAAGGGAAAGCAATTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109502	TAGTTTATTAATCTACTAGCATAATTTACCATTCAAGGGAAAGCAATTGA	109551

BX323802.24	1051	CCAAAATGATGGAAAATACTTTTAATCATTTAGATTTCCGCTAATGCAAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109552	CCAAAATGATGGAAAATACTTTTAATCATTTAGATTTCCGCTAATGCAAC	109601

BX323802.24	1101	GTCTGAGTTAGATGCTGGTTTGAAGTCAGCATTAGTGTGGGAGGATTGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109602	GTCTGAGTTAGATGCTGGTTTGAAGTCAGCATTAGTGTGGGAGGATTGCA	109651

BX323802.24	1151	ATGAAAGCTTTTATTTTGCAGAAAATGTGCTGCAAACCTAACTACCTAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109652	ATGAAAGCTTTTATTTTGCAGAAAATGTGCTGCAAACCTAACTACCTAAT	109701

BX323802.24	1201	AAGTCTACATCAGTGGGTGAACATTTAAAGACCATTTTGAGGGATGTAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109702	AAGTCTACATCAGTGGGTGAACATTTAAAGACCATTTTGAGGGATGTAAA	109751

BX323802.24	1251	CACTAACAATGGTCCTAACCTATTTCTTGTTTTACGTTTTTAATTTCCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109752	CACTAACAATGGTCCTAACCTATTTCTTGTTTTACGTTTTTAATTTCCAA	109801

BX323802.24	1301	AGCTTACAAATATCTAAAAAAGTCCAAACACTGATAAATAATGTTACGAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109802	AGCTTACAAATATCTAAAAAAGTCCAAACACTGATAAATAATGTTACGAC	109851

BX323802.24	1351	AGCTGTTTTAATGTTAAGATATGATTGCTTCTTGTTACAGTTAAGACATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109852	AGCTGTTTTAATGTTAAGATATGATTGCTTCTTGTTACAGTTAAGACATA	109901

BX323802.24	1401	GTTTGACAACAAGAGGGAAATGTTCATGGGCCAGTGACATTGCCACATTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109902	GTTTGACAACAAGAGGGAAATGTTCATGGGCCAGTGACATTGCCACATTG	109951

BX323802.24	1451	AAATGGTCTTTAAATCACAGTATTTGGTACATGTATAATATATGAAGATG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	109952	AAATGGTCTTTAAATCACAGTATTTGGTACATGTATAATATATGAAGATG	110001

BX323802.24	1501	CAAAAACCTCTCAATGCCATCTGAAATTTTCTTCTAAAATGAACATTTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	110002	CAAAAACCTCTCAATGCCATCTGAAATTTTCTTCTAAAATGAACATTTTT	110051

BX323802.24	1551	TCAGCCTCCTGTGTTGTGATCCGGTAAATTCACTTTTACAGCAGGTTATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	110052	TCAGCCTCCTGTGTTGTGATCCGGTAAATTCACTTTTACAGCAGGTTATT	110101

BX323802.24	1601	TTCAGAGATTTTAACATTAAATAACTGAACATAAACATAGGAGGCATAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	110102	TTCAGAGATTTTAACATTAAATAACTGAACATAAACATAGGAGGCATAAA	110151

BX323802.24	1651	CATATGCTCATTGCAGAAGAAAATTCTAGATGGCATTTAGAGATTTTTGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	110152	CATATGCTCATTGCAGAAGAAAATTCTAGATGGCATTTAGAGATTTTTGC	110201

BX323802.24	1701	ATCTGAACTCTTCATGCATTGATATATGTGTATAGATATATATGTATTGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	110202	ATCTGAACTCTTCATGCATTGATATATGTGTATAGATATATATGTATTGC	110251

BX323802.24	1751	TATATATGTAGTGTATAATATATTAACTAATATGGACAGACTTGTGATTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	110252	TATATATGTAGTGTATAATATATTAACTAATATGGACAGACTTGTGATTA	110301

BX323802.24	1801	AAAGAAAGATTCTTGAGTGCGTAAAACACTACTCATAAAAATGAAAAGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	110302	AAAGAAAGATTCTTGAGTGCGTAAAACACTACTCATAAAAATGAAAAGTG	110351

BX323802.24	1851	TAGCACTTAAAAAAAAGTAAAATAACAGTAATCCATCATAGCATTAAGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	110352	TAGCACTTAAAAAAAAGTAAAATAACAGTAATCCATCATAGCATTAAGTA	110401

BX323802.24	1901	TACATACGGGGGTTGGGGTATTCAACATGTCATTTTTTTTTTCCTGGGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	110402	TACATACGGGGGTTGGGGTATTCAACATGTCATTTTTTTTTTCCTGGGAA	110451

BX323802.24	1951	TAATATTTCTAAAGGGGCTGTTGACATGGAATTGAACCAGATTTTGGTAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR293499.22	110452	TAATATTTCTAAAGGGGCTGTTGACATGGAATTGAACCAGATTTTGGTAA	110501

Overview

Query
BX323802.24 - 109743 bps
Hit
CR293499.22 - 110501 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192220001200011085021105011
284.9317138313831484752111
384.6817135183048654110328106601
487.52073537706977421-110335106861
588.892313619703897398-110340106901
689.862033065046850773110391106861
787.72123831383-113917142901
891.381442089703697243125850260581
993.141522035057250774-125855260581
1090.7511217184808650-125886260581
1185.211893659703497398126304266681
1283.871653577706577421126308266731
1382.121022322060820839126319265531
1483.57992124210642317126397266091
1584.962405528558086131-132617331811
1680.61013009032990628132617329151
1783.242005485283453381-132628331761
1877.641003931818318575-165251656481
1984.21593537706977421-192140924871
2087.741963379704197377-192171924881
2186.31673115046450774192197924881
Short-link