<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2003 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

CR318635.8	1	GAATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16151	GAATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTC	16200

CR318635.8	51	ATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTTTTTTCCAGCTTAGTCTTTTTAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16201	ATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTTTTTTCCAGCTTAGTCTTTTTAT	16250

CR318635.8	101	TAATCTGGGGTTTCCACAGTGGAATGAACGGCCAACTTAACTACACGTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16251	TAATCTGGGGTTTCCACAGTGGAATGAACGGCCAACTTAACTACACGTTT	16300

CR318635.8	151	TTATGCAGTGGATGCCCTTCCAACCGCAACCCATCTCTGGGAAATCACTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16301	TTATGCAGTGGATGCCCTTCCAACCGCAACCCATCTCTGGGAAATCACTG	16350

CR318635.8	201	AGAATTTAAATGTAATAATTTAATGATGCATGTGTGAATGCAACTGTCAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16351	AGAATTTAAATGTAATAATTTAATGATGCATGTGTGAATGCAACTGTCAC	16400

CR318635.8	251	ATGATCTGACGTTTGCGTCCAATAGAGATGGAGGAATTATAAATAGTAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16401	ATGATCTGACGTTTGCGTCCAATAGAGATGGAGGAATTATAAATAGTAAA	16450

CR318635.8	301	ACATATAAAAAAGGTCTTTGAGAAATGTAAATACCAACTTATAACTGAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16451	ACATATAAAAAAGGTCTTTGAGAAATGTAAATACCAACTTATAACTGAAG	16500

CR318635.8	351	TTATTTTATGTGAAATGAAGAGTTCACAGGAAACATAAATTCGGTACTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16501	TTATTTTATGTGAAATGAAGAGTTCACAGGAAACATAAATTCGGTACTTT	16550

CR318635.8	401	GTAGTCAGTTATTAATGTTTCATTGGCTCTCATTTGTATTTGATTAATAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16551	GTAGTCAGTTATTAATGTTTCATTGGCTCTCATTTGTATTTGATTAATAG	16600

CR318635.8	451	CAGGCATTTATTCTTAAAACTCTAAGTTTTGCATTATTATTATTTTTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16601	CAGGCATTTATTCTTAAAACTCTAAGTTTTGCATTATTATTATTTTTTTT	16650

CR318635.8	501	ACTATTCTACGCTATGTACTTATAAAATCTATGCATCAACCTAGCATCAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16651	ACTATTCTACGCTATGTACTTATAAAATCTATGCATCAACCTAGCATCAG	16700

CR318635.8	551	CAAGTTTAAATAAAGGCCGAAGATATTGATTTTTCTAGAGCGAAGATCAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16701	CAAGTTTAAATAAAGGCCGAAGATATTGATTTTTCTAGAGCGAAGATCAC	16750

CR318635.8	601	TTTTAGCCACCACTGTATATTTGAGGTTTCGCTGATTTACTGCAAGTGTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16751	TTTTAGCCACCACTGTATATTTGAGGTTTCGCTGATTTACTGCAAGTGTC	16800

CR318635.8	651	AAGGAACCGGTGCAACCTAAGACCTGTTTTCTTTGTCTCTCTGACCTTGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16801	AAGGAACCGGTGCAACCTAAGACCTGTTTTCTTTGTCTCTCTGACCTTGG	16850

CR318635.8	701	CTTTGAACCCGTAACCCTTGTACATTCATGATTCTGCGCTATGCTTGACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16851	CTTTGAACCCGTAACCCTTGTACATTCATGATTCTGCGCTATGCTTGACA	16900

CR318635.8	751	GCTCTCGAGATGTAATGCAATTGCTTTTTTACACCACCACTTTGTAAATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16901	GCTCTCGAGATGTAATGCAATTGCTTTTTTACACCACCACTTTGTAAATT	16950

CR318635.8	801	GCTCGCCGCAATGATTCGGTATCTGTATTCACACTATTGTGATCCTTGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	16951	GCTCGCCGCAATGATTCGGTATCTGTATTCACACTATTGTGATCCTTGTA	17000

CR318635.8	851	AAATCTTCCGTTCTCAATACGCAGGCGTGCACAAGGCCGCATGTTTGTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17001	AAATCTTCCGTTCTCAATACGCAGGCGTGCACAAGGCCGCATGTTTGTTT	17050

CR318635.8	901	AAAAGTCATTATTATTTTTGTTTTAGTGCATTGGAAATGTCCTCTTTGCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17051	AAAAGTCATTATTATTTTTGTTTTAGTGCATTGGAAATGTCCTCTTTGCA	17100

CR318635.8	951	TGCTTGATCAACCAGTGGGGAAATCTAATATAATTGAGGTTCAAGGTGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17101	TGCTTGATCAACCAGTGGGGAAATCTAATATAATTGAGGTTCAAGGTGAA	17150

CR318635.8	1001	TTGCATCCCGAGCGTTTCCCCTTGACAGAATGAGCATGCATATACTTGTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17151	TTGCATCCCGAGCGTTTCCCCTTGACAGAATGAGCATGCATATACTTGTG	17200

CR318635.8	1051	CAAAAATAAACAAATCACACTGACAACAGTAATATAGGCTTGATTTTGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17201	CAAAAATAAACAAATCACACTGACAACAGTAATATAGGCTTGATTTTGAA	17250

CR318635.8	1101	GGCATGGAATAAGTATCGATTTAAGCCTTCACTTCATAGATGAAAATGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17251	GGCATGGAATAAGTATCGATTTAAGCCTTCACTTCATAGATGAAAATGGC	17300

CR318635.8	1151	CTTTTTGGTAATTTGTCCTGGGTCCTTTCAATGCAGGAGGAGGTGAGCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17301	CTTTTTGGTAATTTGTCCTGGGTCCTTTCAATGCAGGAGGAGGTGAGCAA	17350

CR318635.8	1201	GAGAAGTGGTTCAAGGGGTGGAGGGTGAGAGAGATGGAGAGTGAGAGAGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17351	GAGAAGTGGTTCAAGGGGTGGAGGGTGAGAGAGATGGAGAGTGAGAGAGC	17400

CR318635.8	1251	TAACAAGACAGAGAAAGGGACATACTGCCCCTTTCCGAGCTCATTATCAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17401	TAACAAGACAGAGAAAGGGACATACTGCCCCTTTCCGAGCTCATTATCAT	17450

CR318635.8	1301	TCTTAATAAGTCTTAAGGAAAGAAGCAGCAGTGAGTGTAAATGCAAGGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17451	TCTTAATAAGTCTTAAGGAAAGAAGCAGCAGTGAGTGTAAATGCAAGGTA	17500

CR318635.8	1351	ATCCTAACACTGGCCAAGGTTACTGGGGACAAAGGCACATGCGCACCCTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17501	ATCCTAACACTGGCCAAGGTTACTGGGGACAAAGGCACATGCGCACCCTT	17550

CR318635.8	1401	CCCTGCTGTTTGCACCGGGACACAGAATGAGCCGAACCCCAGCAGAACTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17551	CCCTGCTGTTTGCACCGGGACACAGAATGAGCCGAACCCCAGCAGAACTT	17600

CR318635.8	1451	GCACAGCCCTGAGAGACAAGAAACTAGTGCATGACCTGATGCTTTCTGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17601	GCACAGCCCTGAGAGACAAGAAACTAGTGCATGACCTGATGCTTTCTGAG	17650

CR318635.8	1501	TTGGGAAAATGTTTTGTCTGATAACTTTGGTTCGTTTGTGAAGATTTAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17651	TTGGGAAAATGTTTTGTCTGATAACTTTGGTTCGTTTGTGAAGATTTAAA	17700

CR318635.8	1551	AATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17701	AATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTA	17750

CR318635.8	1601	TATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTA	1650
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
BX957365.5	17751	TATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATA---	17797

CR318635.8	1651	TAATTATGTTATTATGATTATTGTTAGAGACACTTACTACTATAAACAGG	1700
			  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17798	--ATTATGTTATTATGATTATTGTTAGAGACACTTACTACTATAAACAGG	17845

CR318635.8	1701	CATTTAGTGGCAACAAATGTATTGTACTAACATAATTATATTACTAATAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17846	CATTTAGTGGCAACAAATGTATTGTACTAACATAATTATATTACTAATAT	17895

CR318635.8	1751	ATAATATATTTGTAATATTACATATATTTTACATATCATCATATAGATAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17896	ATAATATATTTGTAATATTACATATATTTTACATATCATCATATAGATAT	17945

CR318635.8	1801	TTATTTATTGATACTTTTTGTGGTTGTTAATGCATGTTAAAATAAAATAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17946	TTATTTATTGATACTTTTTGTGGTTGTTAATGCATGTTAAAATAAAATAA	17995

CR318635.8	1851	TCATCCTCAGGAGTGCAAGTAATGTGTTTTCATATACAGCATTCAGTCTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17996	TCATCCTCAGGAGTGCAAGTAATGTGTTTTCATATACAGCATTCAGTCTA	18045

CR318635.8	1901	ACATTTACAAGTTATTCATTAGTGACAGAAAAGCCCTTTAAGTCACAAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	18046	ACATTTACAAGTTATTCATTAGTGACAGAAAAGCCCTTTAAGTCACAAAA	18095

CR318635.8	1951	ATTAGATGAAATATCATCGATTAATATTTCATATTAAATTTGTCTTATTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	18096	ATTAGATGAAATATCATCGATTAATATTTCATATTAAATTTGTCTTATTT	18145

CR318635.8	2001	TGC	2003
			|||
BX957365.5	18146	TGC	18148

Compact alignment

skip 1600 bps 100% identity alignment

CR318635.8	1601	TATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTA	1650
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
BX957365.5	17751	TATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATA---	17797

CR318635.8	1651	TAATTATGTTATTATGATTATTGTTAGAGACACTTACTACTATAAACAGG	1700
			  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX957365.5	17798	--ATTATGTTATTATGATTATTGTTAGAGACACTTACTACTATAAACAGG	17845

skip 303 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR318635.8 - 154312 bps
Hit
BX957365.5 - 18148 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2003 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.751902200312003116151181481
275.084731388929892411513671
381.315821064104643131464948621
495.1646622972029781-1471447751
5100377623757238321487549501
6100377648025481001487549501
710036754802748101-1487649501
810036751466861467601487649501
990.911211751270801272541576059351
1087.2112822635747359721576559831
1183.72992168999290207-1576859821
1289.92861331123221124541584759751
1387.5501208408684205110813109321
1494.796296148959149054110813109081
1594.2552867898579070-110825109111
1692.0445877898579071-111239113261
1785.6431258408584209111239113631
1892.715196148959149054111240113351
1997.767358505977360622113110139591
2091.2789127141505141631-114305144301
2184.4448901926919358-115129152181
2297.783889109869109957-117719178081
Short-link