<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR752642.5	1	ACCAAAAACATTGGCAAAACATTCCTTGTGACTTCAGTGGGACGACTGTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	140909	ACCAAAAACATTGGCAAAACATTCCTTGTGACTTCAGTGGGACGACTGTA	140958

CR752642.5	51	TTATGATGCTCCATGAAGAAAAAACTGTAAAAAGGACTTTTTGAAAATGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	140959	TTATGATGCTCCATGAAGAAAAAACTGTAAAAAGGACTTTTTGAAAATGT	141008

CR752642.5	101	TTGAAATACTATATGTTTCACATCAGACCATGGTGCACATTTACTATAGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141009	TTGAAATACTATATGTTTCACATCAGACCATGGTGCACATTTACTATAGG	141058

CR752642.5	151	AAACAAGCCGCTTGCTGATTCTGATAGCAATATGTTGTACATGTAATATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141059	AAACAAGCCGCTTGCTGATTCTGATAGCAATATGTTGTACATGTAATATG	141108

CR752642.5	201	TTAACATAGTTAACATTAATTTCAATAATGCGAGGGCTGATTCATTTGCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141109	TTAACATAGTTAACATTAATTTCAATAATGCGAGGGCTGATTCATTTGCT	141158

CR752642.5	251	GTATCTATATTTGTAAGGCTGCCATGTTGTTCAGGTCAAAAACCCCGCGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141159	GTATCTATATTTGTAAGGCTGCCATGTTGTTCAGGTCAAAAACCCCGCGA	141208

CR752642.5	301	TCTGTGCTGCTTGACTAGTTGATGTTAATTAAAAGAATCATGGCAAAGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141209	TCTGTGCTGCTTGACTAGTTGATGTTAATTAAAAGAATCATGGCAAAGCA	141258

CR752642.5	351	TTAAAGGCTCGTCAACTAGTTTGTGCAGTTTCAAGTTTTGTTTGATTACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141259	TTAAAGGCTCGTCAACTAGTTTGTGCAGTTTCAAGTTTTGTTTGATTACA	141308

CR752642.5	401	GTTAAACCACTGAAGTCACTTGGAAAGTTTTGTCAATGTTTTTGGTTCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141309	GTTAAACCACTGAAGTCACTTGGAAAGTTTTGTCAATGTTTTTGGTTCCT	141358

CR752642.5	451	TTTCTACTAATTAATAATAATAATTCCTTACATTGTTCGAAGCAGTGGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141359	TTTCTACTAATTAATAATAATAATTCCTTACATTGTTCGAAGCAGTGGTG	141408

CR752642.5	501	CAGTAGGTAGTGCTGTCACCTCACAGCAAGAAAGTCACTGGTTAGAATCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141409	CAGTAGGTAGTGCTGTCACCTCACAGCAAGAAAGTCACTGGTTAGAATCT	141458

CR752642.5	551	TGGCTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCGTTCG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141459	TGGCTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCGTTCG	141508

CR752642.5	601	CGTGGGTTTCTTCCGGGTGCTCCGGTTTCCACCACAGTCCAAAGACATGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141509	CGTGGGTTTCTTCCGGGTGCTCCGGTTTCCACCACAGTCCAAAGACATGC	141558

CR752642.5	651	GGTACAGGTGAAATGGGTAGGCTAAATTTTCCGTAGTATCATAGTGTATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141559	GGTACAGGTGAAATGGGTAGGCTAAATTTTCCGTAGTATCATAGTGTATG	141608

CR752642.5	701	AGTGTGTGTGTATGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCAGCTGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141609	AGTGTGTGTGTATGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCAGCTGGA	141658

CR752642.5	751	AGGGCATCTGCTGTGTAAAAACGTGCTGGATAAGTTGGTGATTCATACCG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141659	AGGGCATCTGCTGTGTAAAAACGTGCTGGATAAGTTGGTGATTCATACCG	141708

CR752642.5	801	CTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGAGACTAAGCCGACAAGAAATTGAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141709	CTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGAGACTAAGCCGACAAGAAATTGAAT	141758

CR752642.5	851	GAATGAATGAATTCCTTACATTAATATAGTGCTTTTCTGGACACTCAGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141759	GAATGAATGAATTCCTTACATTAATATAGTGCTTTTCTGGACACTCAGAG	141808

CR752642.5	901	TGCTTTAAACATTTTTGGAGGGAATCTCCTCATCCACCACCAGTGTGCAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141809	TGCTTTAAACATTTTTGGAGGGAATCTCCTCATCCACCACCAGTGTGCAG	141858

CR752642.5	951	CATCCACCTGGATGATGCGACAGCAGCCATATTGCGCCAGACTGCACACC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141859	CATCCACCTGGATGATGCGACAGCAGCCATATTGCGCCAGACTGCACACC	141908

CR752642.5	1001	ACACCCCAGCTGATTGGTGGAGAGGAGACAGAGTGATGATATGATATGGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141909	ACACCCCAGCTGATTGGTGGAGAGGAGACAGAGTGATGATATGATATGGT	141958

CR752642.5	1051	GATAGTTAGGAGGTGATGCTGGACAGAGGCCAATGAGCACATTATGGCCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	141959	GATAGTTAGGAGGTGATGCTGGACAGAGGCCAATGAGCACATTATGGCCA	142008

CR752642.5	1101	GGATGCCAGGCTTAAACCCCTACTCATTTTTTGAAGGACATGCTGGGATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142009	GGATGCCAGGCTTAAACCCCTACTCATTTTTTGAAGGACATGCTGGGATT	142058

CR752642.5	1151	TTTAACGACCAGGACCTCGGTTTAATGTCTCATTCTAAAGATAATGCTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142059	TTTAACGACCAGGACCTCGGTTTAATGTCTCATTCTAAAGATAATGCTCA	142108

CR752642.5	1201	CTGAGCAGAACAGAGTGCCCATCACTGTACTGGGGCGTTGAACGCCCCTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142109	CTGAGCAGAACAGAGTGCCCATCACTGTACTGGGGCGTTGAACGCCCCTG	142158

CR752642.5	1251	CTGGTCTCACTAACACCACTTCAGGCTGCAACTTGGCTTTTCCATGTGGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142159	CTGGTCTCACTAACACCACTTCAGGCTGCAACTTGGCTTTTCCATGTGGT	142208

CR752642.5	1301	TTCCTGTCCATTTACTGACCAGGTGCAGCGCTGCTTAGCTTCAGTGGGCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142209	TTCCTGTCCATTTACTGACCAGGTGCAGCGCTGCTTAGCTTCAGTGGGCA	142258

CR752642.5	1351	ACCATGTGAGAGTTGCAGAGAGTTAGCTGCCAATTTCTGGACTTTAAACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142259	ACCATGTGAGAGTTGCAGAGAGTTAGCTGCCAATTTCTGGACTTTAAACA	142308

CR752642.5	1401	TCTTGGGACCGTTGCTGTCTATGGAGGATGAGAAAGAGAGCTCTCAGATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142309	TCTTGGGACCGTTGCTGTCTATGGAGGATGAGAAAGAGAGCTCTCAGATT	142358

CR752642.5	1451	TCATCTTAAATATATTAATTTGTTTTCTGCAGATGAACTAAGGTCTTGGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142359	TCATCTTAAATATATTAATTTGTTTTCTGCAGATGAACTAAGGTCTTGGG	142408

CR752642.5	1501	GAATTAGAACAACATGTGGGTAATCAATAACTGTTTTGAAAACCAATCCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142409	GAATTAGAACAACATGTGGGTAATCAATAACTGTTTTGAAAACCAATCCT	142458

CR752642.5	1551	TAAAATTTAAATAGAAAACCTATTAAGAGTGTTTTACCTTGGACAACACC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142459	TAAAATTTAAATAGAAAACCTATTAAGAGTGTTTTACCTTGGACAACACC	142508

CR752642.5	1601	TTTTATTTGCCGACCATTACATGCTATTTTGCAATCTCCACTGGCATGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142509	TTTTATTTGCCGACCATTACATGCTATTTTGCAATCTCCACTGGCATGCA	142558

CR752642.5	1651	AGTATTTATCTGTAATAATTAACTATGGTTTGGTTTGCAATAGTATCTGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142559	AGTATTTATCTGTAATAATTAACTATGGTTTGGTTTGCAATAGTATCTGG	142608

CR752642.5	1701	AGGCAGACTTGGATTTGCAAGCTGGGACTGCAGATCTCAGACTTGCAATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142609	AGGCAGACTTGGATTTGCAAGCTGGGACTGCAGATCTCAGACTTGCAATG	142658

CR752642.5	1751	TCAGGCATAATGCACTTAATGGAGTTAGTGATGTCACTCTGAGGGTTAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142659	TCAGGCATAATGCACTTAATGGAGTTAGTGATGTCACTCTGAGGGTTAGG	142708

CR752642.5	1801	GTTAGGGGTGGGGTTAGGTGTGCGCATTAAAAGCATTCAATGCAGCTCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142709	GTTAGGGGTGGGGTTAGGTGTGCGCATTAAAAGCATTCAATGCAGCTCAT	142758

CR752642.5	1851	CTTGCAACTGCACGAAATCTGCATCTCTCTGGGTTTGCGTTCTAGTAGCG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142759	CTTGCAACTGCACGAAATCTGCATCTCTCTGGGTTTGCGTTCTAGTAGCG	142808

CR752642.5	1901	AGGCCTAGATTCTTGATAAAAAGATTCTTCCCTGCATTTTAACAGTCATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142809	AGGCCTAGATTCTTGATAAAAAGATTCTTCCCTGCATTTTAACAGTCATG	142858

CR752642.5	1951	CTACAGTAAATAAATTGTATTTTGTAGAGGCTTACCTCATATTTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936403.9	142859	CTACAGTAAATAAATTGTATTTTGTAGAGGCTTACCTCATATTTGAATTC	142908

Overview

Query
CR752642.5 - 16751 bps
Hit
BX936403.9 - 142908 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197520001200011409091429081
287.2129552916222167501684173641
385.817633393759707-173106734291
Short-link