<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX248397.8	2000	AAGAATTGTGTTGATTCAACTTTTAAAAGCAGCAAAAATACTTTTTTAAG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1	AAGAATTGTGTTGATTCAACTTTTAAAAGCAGCAAAAATACTTTTTTAAG	50

C  BX248397.8	1950	TGCTTTGAGATTGACCAACTTTTTTTGCTCTAAGGGAGTTGTAAAGTGGA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	51	TGCTTTGAGATTGACCAACTTTTTTTGCTCTAAGGGAGTTGTAAAGTGGA	100

C  BX248397.8	1900	ATGTTCCTTTAAAACATGTGAGTAAACCCACTGCAACTGTTAACTTCAAT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	101	ATGTTCCTTTAAAACATGTGAGTAAACCCACTGCAACTGTTAACTTCAAT	150

C  BX248397.8	1850	TAATTTGACTTAATTTTTATAATTATGCACATCATTCATTCACTAAATTT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	151	TAATTTGACTTAATTTTTATAATTATGCACATCATTCATTCACTAAATTT	200

C  BX248397.8	1800	TAAAGCTACAGGTTTACTCACTTTTTAAAGGAAAGTCAACTAATCACTTT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	201	TAAAGCTACAGGTTTACTCACTTTTTAAAGGAAAGTCAACTAATCACTTT	250

C  BX248397.8	1750	AAAAGCAACTGAGTGTACTCATATTTTTACAGTTAAATCAACCAAACACG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	251	AAAAGCAACTGAGTGTACTCATATTTTTACAGTTAAATCAACCAAACACG	300

C  BX248397.8	1700	TTTTACTGTATACAATCCAAATTTAAGTGAAGTTTATTCATAAACTAGTT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	301	TTTTACTGTATACAATCCAAATTTAAGTGAAGTTTATTCATAAACTAGTT	350

C  BX248397.8	1650	TCGAGAGGATCATGTGTTTATGATTGTACACGTTTGGTCTTGCATTAGCC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	351	TCGAGAGGATCATGTGTTTATGATTGTACACGTTTGGTCTTGCATTAGCC	400

C  BX248397.8	1600	TATGATTTATTCACCAATCAGATGATTCCTAACTCAAATACAAATAACCA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	401	TATGATTTATTCACCAATCAGATGATTCCTAACTCAAATACAAATAACCA	450

C  BX248397.8	1550	GATATTCTTATCTCAGTATATACCCCCACCCACCCCTAAACTTGCCCTCC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	451	GATATTCTTATCTCAGTATATACCCCCACCCACCCCTAAACTTGCCCTCC	500

C  BX248397.8	1500	TTTCCAGTGGTTAGCACTGTTGCCTCACACCAAGAATGTCTCTGGTTAAA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	501	TTTCCAGTGGTTAGCACTGTTGCCTCACACCAAGAATGTCTCTGGTTAAA	550

C  BX248397.8	1450	GTCCTTACTAAACCAGGTTTTTCTCTGGTTCTTAGGCTTCCTCTCACAGT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	551	GTCCTTACTAAACCAGGTTTTTCTCTGGTTCTTAGGCTTCCTCTCACAGT	600

C  BX248397.8	1400	CCAAAAAACACACCTAGGTAAATTAAACATAACAAATTGACATCATCATA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	601	CCAAAAAACACACCTAGGTAAATTAAACATAACAAATTGACATCATCATA	650

C  BX248397.8	1350	GTCAAGCTCTTAGCAAACCGTATATCTCCTTAGCCATCCCATAAAAAAGT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	651	GTCAAGCTCTTAGCAAACCGTATATCTCCTTAGCCATCCCATAAAAAAGT	700

C  BX248397.8	1300	CAGAGGAGTCCTTGAGATCTACCTGAGGTCAACCTCCCCTCTTGCCCTGC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	701	CAGAGGAGTCCTTGAGATCTACCTGAGGTCAACCTCCCCTCTTGCCCTGC	750

C  BX248397.8	1250	TAACAGGAGGGAGCCCAGGGCTCAAGGATTTTAAAAAATCAGGGATCTCT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	751	TAACAGGAGGGAGCCCAGGGCTCAAGGATTTTAAAAAATCAGGGATCTCT	800

C  BX248397.8	1200	CAGAACAGCATGGCAAACAAGCTTATTACTGTACCAATTATCAGCTAAGT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	801	CAGAACAGCATGGCAAACAAGCTTATTACTGTACCAATTATCAGCTAAGT	850

C  BX248397.8	1150	GTGAACTCTTGAAATACACTGTAAAAATGCTGGGTTCAAACACAAATGTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	851	GTGAACTCTTGAAATACACTGTAAAAATGCTGGGTTCAAACACAAATGTT	900

C  BX248397.8	1100	TAAAGTAAACTTAAATGGTTTTACAAATTTATAAAATGGATTGAACATAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	901	TAAAGTAAACTTAAATGGTTTTACAAATTTATAAAATGGATTGAACATAA	950

C  BX248397.8	1050	AACAATTAAATTGTACCCCCAAACACTGAACAATTGTGTTGATTCAGCTC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	951	AACAATTAAATTGTACCCCCAAACACTGAACAATTGTGTTGATTCAGCTC	1000

C  BX248397.8	1000	ATTTTAAATGAGGAGTTTGAACAAGCAGCAAAAAACCATTTTCTAAGATT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1001	ATTTTAAATGAGGAGTTTGAACAAGCAGCAAAAAACCATTTTCTAAGATT	1050

C  BX248397.8	950	TATATTCATATTTATAAGATTGTATGTTGGAAAACAAGGTGGCTCAATGG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1051	TATATTCATATTTATAAGATTGTATGTTGGAAAACAAGGTGGCTCAATGG	1100

C  BX248397.8	900	TTAGGACTGTCGCCTTACAGCAAGAAAGTCATTGGTTCAAGTTCTGGCTT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1101	TTAGGACTGTCGCCTTACAGCAAGAAAGTCATTGGTTCAAGTTCTGGCTT	1150

C  BX248397.8	850	GACCAGTTGCATTTCTTTGTGTAGTTTGCATGTTCTCCCCATGTTGGCGT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1151	GACCAGTTGCATTTCTTTGTGTAGTTTGCATGTTCTCCCCATGTTGGCGT	1200

C  BX248397.8	800	GGGTTTTTATACATTGCAAAGACATGCGCTATAGGTTAATTGAATAAACT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1201	GGGTTTTTATACATTGCAAAGACATGCGCTATAGGTTAATTGAATAAACT	1250

C  BX248397.8	750	AAATTGGCTGTAGTGCAGGGCCGGAGTGGGACTCATTTTCAGCCCTGGAG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1251	AAATTGGCTGTAGTGCAGGGCCGGAGTGGGACTCATTTTCAGCCCTGGAG	1300

C  BX248397.8	700	TTTCAAGCCAGACCGGCCCACCTCAGTTCCCGACTGTCTATATTAAAATA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1301	TTTCAAGCCAGACCGGCCCACCTCAGTTCCCGACTGTCTATATTAAAATA	1350

C  BX248397.8	650	AAGTATTTTCCAATTCAGTTTCTAGTGACACTATCACGTCTTTTTCAAGA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1351	AAGTATTTTCCAATTCAGTTTCTAGTGACACTATCACGTCTTTTTCAAGA	1400

C  BX248397.8	600	AAACAGCTGCTTTAGAAATTCAAATGTTCAAAAGCCCTAACTGTATTATA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1401	AAACAGCTGCTTTAGAAATTCAAATGTTCAAAAGCCCTAACTGTATTATA	1450

C  BX248397.8	550	TGTCTTAACAATAAAAATGAAAAAATTTTTTTTTATAATTTTCCAGGTGA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1451	TGTCTTAACAATAAAAATGAAAAAATTTTTTTTTATAATTTTCCAGGTGA	1500

C  BX248397.8	500	GATTCGATCACGGGTCGGACAGTGTAGTAACGCAATGTGTTTTCCACTGG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1501	GATTCGATCACGGGTCGGACAGTGTAGTAACGCAATGTGTTTTCCACTGG	1550

C  BX248397.8	450	TCTACTATAGCTCGAATGCAGCAAGAACAAAAAAAAAGTATTGGACTGTG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1551	TCTACTATAGCTCGAATGCAGCAAGAACAAAAAAAAAGTATTGGACTGTG	1600

C  BX248397.8	400	ACCTGCAAGACACGGTATTACTTTCTATTGATGGCTTAATCTCCCCTTTT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1601	ACCTGCAAGACACGGTATTACTTTCTATTGATGGCTTAATCTCCCCTTTT	1650

C  BX248397.8	350	TAGATTTCTGATCAAGTTATGTCAGATTTATTATTGTAGTGAATCATCTG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1651	TAGATTTCTGATCAAGTTATGTCAGATTTATTATTGTAGTGAATCATCTG	1700

C  BX248397.8	300	ATTTTCATTGAGCAGGTGTATTATTCATTAATATTAATTATTCGAATTCG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1701	ATTTTCATTGAGCAGGTGTATTATTCATTAATATTAATTATTCGAATTCG	1750

C  BX248397.8	250	CTGTTTGGGGTCGAATGATGATAGTTAACGTTACATCATTATTAACGTTA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1751	CTGTTTGGGGTCGAATGATGATAGTTAACGTTACATCATTATTAACGTTA	1800

C  BX248397.8	200	GTTAACCTGCAGGCTGCATTTTGCTTACGGGGCTGCGAGAAAATAAATAA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1801	GTTAACCTGCAGGCTGCATTTTGCTTACGGGGCTGCGAGAAAATAAATAA	1850

C  BX248397.8	150	GAAGAGCGGCGCTGCGGCAAAATAATGAATAAAAAGAGTGAAGCTATGGT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1851	GAAGAGCGGCGCTGCGGCAAAATAATGAATAAAAAGAGTGAAGCTATGGT	1900

C  BX248397.8	100	CAAATATATAAATAGATGAAAAAAAGTGCGACTGTTGAGTGCAAGCAGCT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1901	CAAATATATAAATAGATGAAAAAAAGTGCGACTGTTGAGTGCAAGCAGCT	1950

C  BX248397.8	50	AGGGACAACGGCCCTCACGGCCAAAAAACAGACCGGCCCACCGGGAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX936376.6	1951	AGGGACAACGGCCCTCACGGCCAAAAAACAGACCGGCCCACCGGGAATTC	2000

Overview

Query
BX248397.8 - 160938 bps
Hit
BX936376.6 - 107736 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001945200012000-1120001
286.671021821591616097114764149431
385.31603133643536747-117151174561
488.892013067688477189126592268971
581.941493561229312648-129227295751
695.13427533126371126903136401369341
795.46514595126917127511136995375891
880.31405354260743141-139392399291
9100931254302043144147450475741
10100951234259642718147453475751
1180.131103172983730153-148711490321
1284.011242769663896913158877591451
1388.691762773646236738-160482607551
1482.851052432986030102-160521607591
1582.65922281927019497-160578607961
1681.5533488575498433-170552714401
1785.393065785151352090170859714401
1891.43991411595516095172884730231
1987.05134233118646118878-182779830021
2080.711102836318863470188475887591
21861642967763277927-11018041020961
Short-link