<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX530098.6	1	GAATTCTTCATTACTCCAGTCTTCAGTGTCGCATAGTCATTCAGAAATCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	5853	GAATTCTTCATTACTCCAGTCTTCAGTGTCGCATAGTCATTCAGAAATCA	5902

BX530098.6	51	TTCTAATATGATGCACTGCTGACCAAGAAACACTTTATTGTCATTAGTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	5903	TTCTAATATGATGCACTGCTGACCAAGAAACACTTTATTGTCATTAGTGT	5952

BX530098.6	101	TGATAACTTTTGGACTGCTTCCTATTTTTGTCAAAAATGTATCAATTAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	5953	TGATAACTTTTGGACTGCTTCCTATTTTTGTCAAAAATGTATCAATTAAA	6002

BX530098.6	151	ATGCATTATTTACCTTTAATCACCATGAATGCATTCCATTGTTAAAGAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6003	ATGCATTATTTACCTTTAATCACCATGAATGCATTCCATTGTTAAAGAGT	6052

BX530098.6	201	CCTTTGACGAGACAATGTATAAATTTTTTAAAAGATTTTAAAAATGCTAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6053	CCTTTGACGAGACAATGTATAAATTTTTTAAAAGATTTTAAAAATGCTAC	6102

BX530098.6	251	TATTTTAAACTTTATTTCATCAAGAACCTTAGAAATTACATGAGTTGCAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6103	TATTTTAAACTTTATTTCATCAAGAACCTTAGAAATTACATGAGTTGCAA	6152

BX530098.6	301	TTTTCAAAAGCTAGGTTCAATTGTGAAATATTATTACAACATAAAAGAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6153	TTTTCAAAAGCTAGGTTCAATTGTGAAATATTATTACAACATAAAAGAAC	6202

BX530098.6	351	TGTTTTCCTATTGAATGTAGTTTAAATGTACATTTATTCCATTGATTTAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6203	TGTTTTCCTATTGAATGTAGTTTAAATGTACATTTATTCCATTGATTTAA	6252

BX530098.6	401	AGCTTTTTTTTTAGCATCATCAATACTTCAGTCTTCAGTGTCAGAAATCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6253	AGCTTTTTTTTTAGCATCATCAATACTTCAGTCTTCAGTGTCAGAAATCT	6302

BX530098.6	451	TACTAACGTGATGTTCTGCTGACCAATAAACACTTATTATTATCATTACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6303	TACTAACGTGATGTTCTGCTGACCAATAAACACTTATTATTATCATTACT	6352

BX530098.6	501	GTTCTAAACTGTTGTGCTGCTTCCTATTTTCACTGAAAATGTGTCAATAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6353	GTTCTAAACTGTTGTGCTGCTTCCTATTTTCACTGAAAATGTGTCAATAA	6402

BX530098.6	551	AAATCTCTTATTTACTTTTAATCATCATGGATGCATTCAATTGTCCAAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6403	AAATCTCTTATTTACTTTTAATCATCATGGATGCATTCAATTGTCCAAGA	6452

BX530098.6	601	GTAAAAGTAAAGACAAGAAACAAGATATAATATATATTTTTAAATGCTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6453	GTAAAAGTAAAGACAAGAAACAAGATATAATATATATTTTTAAATGCTGT	6502

BX530098.6	651	TAATTTAAATTTTCATTTAATCAAATAATCGTTAAAAAATAAATAGCAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6503	TAATTTAAATTTTCATTTAATCAAATAATCGTTAAAAAATAAATAGCAGT	6552

BX530098.6	701	TTTCATAAAACTAGTATAACAGGAAAAAAAAAATTAAATAAACATTAATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6553	TTTCATAAAACTAGTATAACAGGAAAAAAAAAATTAAATAAACATTAATA	6602

BX530098.6	751	ATTATAGGACTCAATAGCATCAATTGAGTACCAATATTAACTGTTCATAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6603	ATTATAGGACTCAATAGCATCAATTGAGTACCAATATTAACTGTTCATAA	6652

BX530098.6	801	CAGAACAGCAAATCATCATAATATACAGTAATGATTTCTAAAGAATCACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6653	CAGAACAGCAAATCATCATAATATACAGTAATGATTTCTAAAGAATCACA	6702

BX530098.6	851	TGACAATAAATATTGGAGTAACGACCATAAAATTATGATTCTTTAATCAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6703	TGACAATAAATATTGGAGTAACGACCATAAAATTATGATTCTTTAATCAA	6752

BX530098.6	901	AGAAATAAATACAATGTTAAACTACATACAATAAAAAAACTGTTTTAAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6753	AGAAATAAATACAATGTTAAACTACATACAATAAAAAAACTGTTTTAAAG	6802

BX530098.6	951	TCTCGATTTTCAAAATAATTTTCTACCAAAATACATTATGTATACATTAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6803	TCTCGATTTTCAAAATAATTTTCTACCAAAATACATTATGTATACATTAT	6852

BX530098.6	1001	AATATTTAACAATTAAAACGTTTTTGCTGTTATTTCTGAACAAATAAATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6853	AATATTTAACAATTAAAACGTTTTTGCTGTTATTTCTGAACAAATAAATG	6902

BX530098.6	1051	CAGCCTTGGTGAGCAGAACAGGTTTCTCTAAGAAACTATTTAAAAAATGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6903	CAGCCTTGGTGAGCAGAACAGGTTTCTCTAAGAAACTATTTAAAAAATGT	6952

BX530098.6	1101	ACTTATCCCAAACTTTTGACCGGTAGCGTACAAATATAATACCTGTCATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	6953	ACTTATCCCAAACTTTTGACCGGTAGCGTACAAATATAATACCTGTCATT	7002

BX530098.6	1151	ATTTACGTTGGCTCTGAAGTGGAAAGCTGGGTCAAGTATTTGTATGTGAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7003	ATTTACGTTGGCTCTGAAGTGGAAAGCTGGGTCAAGTATTTGTATGTGAT	7052

BX530098.6	1201	GATATGTGCATGGTGAACTGACTGGTTGTATTTAGAGTCTTCCAAGAACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7053	GATATGTGCATGGTGAACTGACTGGTTGTATTTAGAGTCTTCCAAGAACA	7102

BX530098.6	1251	TTGCGCCATCATTCACCCGTAATGGCATGTGAGTGTATGTACATATCATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7103	TTGCGCCATCATTCACCCGTAATGGCATGTGAGTGTATGTACATATCATA	7152

BX530098.6	1301	ACAGCTGTGACTCATAAACTGTCAGCGAAGCATTGACATATCACGGAGAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7153	ACAGCTGTGACTCATAAACTGTCAGCGAAGCATTGACATATCACGGAGAA	7202

BX530098.6	1351	CACACATAAACACAATGCCTCAGTTTCCACTCACTTTCTGAACAGTTCTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7203	CACACATAAACACAATGCCTCAGTTTCCACTCACTTTCTGAACAGTTCTT	7252

BX530098.6	1401	GGTCCATCATTGCTGTTCCAACCGAGTCTTGCACTGCGTGGTGGATCTGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7253	GGTCCATCATTGCTGTTCCAACCGAGTCTTGCACTGCGTGGTGGATCTGC	7302

BX530098.6	1451	CGCATACAGTCTCTCAGACGGGGGTCAGACGTCTGCAAACCTGTGCTTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7303	CGCATACAGTCTCTCAGACGGGGGTCAGACGTCTGCAAACCTGTGCTTTT	7352

BX530098.6	1501	GAGTGCCTTTGAGAATAAGAACATGTACTTTTAACATCATGGATTTAATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7353	GAGTGCCTTTGAGAATAAGAACATGTACTTTTAACATCATGGATTTAATT	7402

BX530098.6	1551	TTTAAATTACACAATTATTGCACAGATAATACAATAATACAGGGCGATTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7403	TTTAAATTACACAATTATTGCACAGATAATACAATAATACAGGGCGATTC	7452

BX530098.6	1601	AAAAAGAATACCACAACTTTGAAAAATCTGTATTTAATCAAAGAAACATG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7453	AAAAAGAATACCACAACTTTGAAAAATCTGTATTTAATCAAAGAAACATG	7502

BX530098.6	1651	ATGGAACCTTGGGTAATTAATCAATGTGAAGAGTACTCAACAACCTTCAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7503	ATGGAACCTTGGGTAATTAATCAATGTGAAGAGTACTCAACAACCTTCAG	7552

BX530098.6	1701	AGCTTCCTAAAATTGACCACAGAATGAGCTTAGCTCTCCTTTTCTTCTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7553	AGCTTCCTAAAATTGACCACAGAATGAGCTTAGCTCTCCTTTTCTTCTTT	7602

BX530098.6	1751	GCAGAGTTCTCGATTTTCAAAGTTGTGGTATTCTGTTTGAATCACCCTGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7603	GCAGAGTTCTCGATTTTCAAAGTTGTGGTATTCTGTTTGAATCACCCTGT	7652

BX530098.6	1801	ATTATTTAATATAATAAGATAATATAAGGAATAAACTACTTGTTTAGGAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7653	ATTATTTAATATAATAAGATAATATAAGGAATAAACTACTTGTTTAGGAT	7702

BX530098.6	1851	GTTATAACATTAAAAAAAGGGAGACAGCGGAAATGTTTGGAGCATGTTAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7703	GTTATAACATTAAAAAAAGGGAGACAGCGGAAATGTTTGGAGCATGTTAG	7752

BX530098.6	1901	AATCCATTGAATAAATGAATAAATAATTAAATGAAAAATTTGATTGAATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7753	AATCCATTGAATAAATGAATAAATAATTAAATGAAAAATTTGATTGAATA	7802

BX530098.6	1951	GAACCAAATATTATGTTATGGTAAATAAAACAGTTAAGTAGAAATAATAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX936316.7	7803	GAACCAAATATTATGTTATGGTAAATAAAACAGTTAAGTAGAAATAATAA	7852

Overview

Query
BX530098.6 - 156637 bps
Hit
BX936316.7 - 7852 bps
Total alignments
7
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018772000120001585378521
284.451833781237212749-1500553771
380.781403804350243881-1500853871
483.591583591095411098991501053871
589.442113257913379457-1506153821
696.181151311421791423091524653761
791.0541668164581710-1743975051
Short-link