<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR855392.9	2000	GAATTCAGTTAAATAAATAAATAAATAAGTGTTTGAGATGACGTGAGGGG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1	GAATTCAGTTAAATAAATAAATAAATAAGTGTTTGAGATGACGTGAGGGG	50

C  CR855392.9	1950	AGTAAATAATTAAAGGTTTTGGGTGTACACTTCCAAGTTATTTTGTTTTT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	51	AGTAAATAATTAAAGGTTTTGGGTGTACACTTCCAAGTTATTTTGTTTTT	100

C  CR855392.9	1900	TAATATTATTTACTTGGCAAAATTGCCAAGACTGACAAAGTTACAAGAAT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	101	TAATATTATTTACTTGGCAAAATTGCCAAGACTGACAAAGTTACAAGAAT	150

C  CR855392.9	1850	GAGCAGGGTTTTAGTGTTTGCAGTTCACTTATTTTAGTGTATTTTCCACA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	151	GAGCAGGGTTTTAGTGTTTGCAGTTCACTTATTTTAGTGTATTTTCCACA	200

C  CR855392.9	1800	AAGAATTCTGTTGTGGCTTTTGGCTTATTTAGGCAAATACTGCATACAGT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	201	AAGAATTCTGTTGTGGCTTTTGGCTTATTTAGGCAAATACTGCATACAGT	250

C  CR855392.9	1750	ATTGAGCTTCTGTTGTGCCTTCAATACCTTTATGTTCCCCCGAGACACCT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	251	ATTGAGCTTCTGTTGTGCCTTCAATACCTTTATGTTCCCCCGAGACACCT	300

C  CR855392.9	1700	TTTCCAAAATATAAAGCCAGATATACGTATAAGATGACTTGCTGTTTCCG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	301	TTTCCAAAATATAAAGCCAGATATACGTATAAGATGACTTGCTGTTTCCG	350

C  CR855392.9	1650	AAATTAAATAATCGACTTTTATATTGTTACTCTACTGAGGCCATTGCAGA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	351	AAATTAAATAATCGACTTTTATATTGTTACTCTACTGAGGCCATTGCAGA	400

C  CR855392.9	1600	TGACTAAAATATGATCTAGAAAATATTGACTTTGCATCAAGTTCTACCCA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	401	TGACTAAAATATGATCTAGAAAATATTGACTTTGCATCAAGTTCTACCCA	450

C  CR855392.9	1550	CTATGAAATGTTAGACGCATAAAACCTAAGGAGAAACTTTCCGTTTATTT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	451	CTATGAAATGTTAGACGCATAAAACCTAAGGAGAAACTTTCCGTTTATTT	500

C  CR855392.9	1500	ATATAGTGCTTTTCTGAATGAATATCATTCCAGATCAGATTTAAAGTAAA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	501	ATATAGTGCTTTTCTGAATGAATATCATTCCAGATCAGATTTAAAGTAAA	550

C  CR855392.9	1450	CCTAAACACTCAAAAAACCTCAATAACTCATTTTCCCTCATTTTTTTGTA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	551	CCTAAACACTCAAAAAACCTCAATAACTCATTTTCCCTCATTTTTTTGTA	600

C  CR855392.9	1400	GAGCCCTAGCAGCCCAATAGGGTTGTCATGCTTATTTTAAAAGCCCCTGA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	601	GAGCCCTAGCAGCCCAATAGGGTTGTCATGCTTATTTTAAAAGCCCCTGA	650

C  CR855392.9	1350	TCATTATGCGATGTCCCTTGCTACTAATTTCACACTAACAGATATTTGAC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	651	TCATTATGCGATGTCCCTTGCTACTAATTTCACACTAACAGATATTTGAC	700

C  CR855392.9	1300	TGAATAGGATGTGGGTATTTGGTCTGCTGTCATATTTGATGGCACTGAGC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	701	TGAATAGGATGTGGGTATTTGGTCTGCTGTCATATTTGATGGCACTGAGC	750

C  CR855392.9	1250	TTCGAAAGACATCCTAATTTGTGTTATTTTCCTTTATCAGGATAGAGAGA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	751	TTCGAAAGACATCCTAATTTGTGTTATTTTCCTTTATCAGGATAGAGAGA	800

C  CR855392.9	1200	GAGAGATAGGGTCTGAGCACAGTATCTAGCCCGGCTCCAGAGCACTTCCC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	801	GAGAGATAGGGTCTGAGCACAGTATCTAGCCCGGCTCCAGAGCACTTCCC	850

C  CR855392.9	1150	CCTCAGATTTAAGTAGGAATCAGGTGTAATAGTGTGGATTTGGGGTGGTG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	851	CCTCAGATTTAAGTAGGAATCAGGTGTAATAGTGTGGATTTGGGGTGGTG	900

C  CR855392.9	1100	GAGGGATGCTGCAGTCAAGAGTAAACAGAGGTTATGACATGTTTGACTGT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	901	GAGGGATGCTGCAGTCAAGAGTAAACAGAGGTTATGACATGTTTGACTGT	950

C  CR855392.9	1050	TTATAGGGGTTTGGCCTTAGGCTGATTGAATAATAGAATGATTGTTAGTG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	951	TTATAGGGGTTTGGCCTTAGGCTGATTGAATAATAGAATGATTGTTAGTG	1000

C  CR855392.9	1000	ATGGATTAGCCTCCTCAAAACTGACCGTGCTTCTTCTGTGTGAATCTCAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1001	ATGGATTAGCCTCCTCAAAACTGACCGTGCTTCTTCTGTGTGAATCTCAT	1050

C  CR855392.9	950	TGTGTATAAAAGGCCATTTGTAATAAATACATTTTAAAATTCATCCAGAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1051	TGTGTATAAAAGGCCATTTGTAATAAATACATTTTAAAATTCATCCAGAA	1100

C  CR855392.9	900	AGAAGAAACTCTTTAAATAATGCAATAAATCTCTTACCTTCAAGGCTATC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1101	AGAAGAAACTCTTTAAATAATGCAATAAATCTCTTACCTTCAAGGCTATC	1150

C  CR855392.9	850	CATGTTAGCTTGCAAAGGGAAAAGAATACACTTGTCATGAATGCGAAACA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1151	CATGTTAGCTTGCAAAGGGAAAAGAATACACTTGTCATGAATGCGAAACA	1200

C  CR855392.9	800	GTGACATTGCAGCTCTGACAAATCTCCAAAAACAATTGCCACCACAGCAG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1201	GTGACATTGCAGCTCTGACAAATCTCCAAAAACAATTGCCACCACAGCAG	1250

C  CR855392.9	750	GCCTCAAGTCTGGCTGATGCTTAACATATTAACCCGGCATCCAGCAAAGG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1251	GCCTCAAGTCTGGCTGATGCTTAACATATTAACCCGGCATCCAGCAAAGG	1300

C  CR855392.9	700	TTGGAAAAGTCAAGTCGGAGCATCTTAAAGGATTACCTGCTTGTACTTCC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1301	TTGGAAAAGTCAAGTCGGAGCATCTTAAAGGATTACCTGCTTGTACTTCC	1350

C  CR855392.9	650	TGTAACAGCGCTGAATGACAGCGGTGGCTACTTCCTGTTGCTCGCGCAGT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1351	TGTAACAGCGCTGAATGACAGCGGTGGCTACTTCCTGTTGCTCGCGCAGT	1400

C  CR855392.9	600	GGCCGTCCCTGCGGGGAGAGAGGAAAGAGGGTTAGTCTGAAGAGAGGGCA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1401	GGCCGTCCCTGCGGGGAGAGAGGAAAGAGGGTTAGTCTGAAGAGAGGGCA	1450

C  CR855392.9	550	ACACTCGGGAGACGCCCATTAGGCTGTTCACTTACAGGAGAACAAAAGAG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1451	ACACTCGGGAGACGCCCATTAGGCTGTTCACTTACAGGAGAACAAAAGAG	1500

C  CR855392.9	500	ATGGAGAAAAGACACCCTTCTCTCTTAGCTACAGCTGGTGCTGAGAGAGC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1501	ATGGAGAAAAGACACCCTTCTCTCTTAGCTACAGCTGGTGCTGAGAGAGC	1550

C  CR855392.9	450	AGATGCCTCAGAGCACAAGCCGCCAGTTTGGCCAGCTGGCGAATCTTCGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1551	AGATGCCTCAGAGCACAAGCCGCCAGTTTGGCCAGCTGGCGAATCTTCGT	1600

C  CR855392.9	400	GGAAACTCATTACAGGCAGCCACAGGAGGCAGCAATCGCTACTTATAAGC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1601	GGAAACTCATTACAGGCAGCCACAGGAGGCAGCAATCGCTACTTATAAGC	1650

C  CR855392.9	350	CAGGCCATGCGCTGGTTAAGCCACCTTACCCATGCTGAAGCTGTGGGGAC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1651	CAGGCCATGCGCTGGTTAAGCCACCTTACCCATGCTGAAGCTGTGGGGAC	1700

C  CR855392.9	300	TGACTACTCTGTGTCTGTGTGTTTATGGAATCAGACAAAGCAGGAAAGAG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1701	TGACTACTCTGTGTCTGTGTGTTTATGGAATCAGACAAAGCAGGAAAGAG	1750

C  CR855392.9	250	ACCCATGTTTGTTCCTACCGATACCCGTGAATAGCCGTTTACATCCTGTC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1751	ACCCATGTTTGTTCCTACCGATACCCGTGAATAGCCGTTTACATCCTGTC	1800

C  CR855392.9	200	TCTATTCACACATCAACACTAGTGCGTGGCACCCGATCCCCTGACCTGTA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1801	TCTATTCACACATCAACACTAGTGCGTGGCACCCGATCCCCTGACCTGTA	1850

C  CR855392.9	150	CCTTGTACTTGCGGAAAGCAGTCTGCACCAGCCGTGCGGCTTCGTAGAGC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1851	CCTTGTACTTGCGGAAAGCAGTCTGCACCAGCCGTGCGGCTTCGTAGAGC	1900

C  CR855392.9	100	TCCCTCTGCTCGGGGTCGGACAGTGTGAGCTGGGCAAGCTCTCGCTCCAC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1901	TCCCTCTGCTCGGGGTCGGACAGTGTGAGCTGGGCAAGCTCTCGCTCCAC	1950

C  CR855392.9	50	TTTGCTGTTGGAGGCTCTAAGAAACTCACTCCACTCGGCCGGAGCAGGCA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX928757.9	1951	TTTGCTGTTGGAGGCTCTAAGAAACTCACTCCACTCGGCCGGAGCAGGCA	2000

Overview

Query
CR855392.9 - 32469 bps
Hit
BX928757.9 - 152155 bps
Total alignments
13
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001984200012000-1120001
285.0645872510625192-130020301061
399.07551071790018006-150328504341
410031571685116907-150380504361
510062622383323894-151193512541
681.81363592372024078-186898872651
793.653262168401690111085791086411
889.0969110237882389711137041138131
981.1863175237552392911205481207171
1087.144270240082407711207901208591
1193.5542931791518007-11248261249181
1298.3936621685316914-11310591311201
1396.72581221788418005-11310691311901
Short-link