<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR318637.4	1	GAGAATCATTTGAACCTGGGAAGTCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAAGTTGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104200	GAGAATCATTTGAACCTGGGAAGTCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAAGTTGC	104249

CR318637.4	51	GCCATTGCACTCCGTCAGGGTAACAAGAGCGAAACTCTGTCAAAAAAAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104250	GCCATTGCACTCCGTCAGGGTAACAAGAGCGAAACTCTGTCAAAAAAAAA	104299

CR318637.4	101	AAAAAAAGATATGAAGAGCTTATATACTTAAACATGAAATTGCTTTAAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104300	AAAAAAAGATATGAAGAGCTTATATACTTAAACATGAAATTGCTTTAAGT	104349

CR318637.4	151	GTTTGCCATTCACCGTTCACATGCATGCCAGCAGCTTCTTACTGCAAACA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104350	GTTTGCCATTCACCGTTCACATGCATGCCAGCAGCTTCTTACTGCAAACA	104399

CR318637.4	201	CCTGGGACTTGCTATAGAGCAGCTGGAGTACATTCTGCCCACACACAGGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104400	CCTGGGACTTGCTATAGAGCAGCTGGAGTACATTCTGCCCACACACAGGA	104449

CR318637.4	251	CAGGGAGCTGACAACCAAGGAGTGGGGGATCAATATGCCAGCTTTCTCCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104450	CAGGGAGCTGACAACCAAGGAGTGGGGGATCAATATGCCAGCTTTCTCCC	104499

CR318637.4	301	CTCCGTTTCCCTGTATCTCAGCAGTATGGAGTTTGTTACCAGTGAGAACC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104500	CTCCGTTTCCCTGTATCTCAGCAGTATGGAGTTTGTTACCAGTGAGAACC	104549

CR318637.4	351	TGCTCACTGGCTTTAAACTGGTTTTCTTACCTTCTCAGTTCCATTTCTCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104550	TGCTCACTGGCTTTAAACTGGTTTTCTTACCTTCTCAGTTCCATTTCTCC	104599

CR318637.4	401	GTACCTCAATTGATGATTTCTGGTAAGACCTAGAAAATAAACTGCTTTCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104600	GTACCTCAATTGATGATTTCTGGTAAGACCTAGAAAATAAACTGCTTTCA	104649

CR318637.4	451	CTGAAATTGCAGTCTTGGAACCTGCTTTGGGTTCCCCAAAAGACAGAAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104650	CTGAAATTGCAGTCTTGGAACCTGCTTTGGGTTCCCCAAAAGACAGAAAT	104699

CR318637.4	501	ATATTCATTTTCCCATCACTGGACTTCCAGGTTGTTTTCAATTTTTCACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104700	ATATTCATTTTCCCATCACTGGACTTCCAGGTTGTTTTCAATTTTTCACT	104749

CR318637.4	551	GTTACAAACAAGGCTGCAACATTTGCATGCAAACCTCTGGGTATACACGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104750	GTTACAAACAAGGCTGCAACATTTGCATGCAAACCTCTGGGTATACACGT	104799

CR318637.4	601	AAGGAGCTTTCGGTATTTCCCACTAGTGAAACTTCTCAGTTGGAGGGTAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104800	AAGGAGCTTTCGGTATTTCCCACTAGTGAAACTTCTCAGTTGGAGGGTAT	104849

CR318637.4	651	GTGCATCTTCATCTTTAAGAAATACTACCAACATTTGAAAAGCCCGACAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104850	GTGCATCTTCATCTTTAAGAAATACTACCAACATTTGAAAAGCCCGACAA	104899

CR318637.4	701	TGTCAAGGACTGGCAAGAGTCCCATATGCGATGGGTGTGGAATGGCAGCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104900	TGTCAAGGACTGGCAAGAGTCCCATATGCGATGGGTGTGGAATGGCAGCT	104949

CR318637.4	751	CACTGTAGCAGGTGCTGGGGACTCGGTCAGGGTCTTGGAGAGGCACTTAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	104950	CACTGTAGCAGGTGCTGGGGACTCGGTCAGGGTCTTGGAGAGGCACTTAA	104999

CR318637.4	801	TTATAGCAAGAATATTTCATAAGTGGTATCTGATATAGTCAAGATTAGTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105000	TTATAGCAAGAATATTTCATAAGTGGTATCTGATATAGTCAAGATTAGTG	105049

CR318637.4	851	GGGAGTAAAAACATGTTGCTTAGAAATAATTATCCAAAGATCTAAAGTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105050	GGGAGTAAAAACATGTTGCTTAGAAATAATTATCCAAAGATCTAAAGTCA	105099

CR318637.4	901	ACAAAAGTCTTTTTTTCTAATGTAAAAATATAAACTTTTTTTTCAGAGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105100	ACAAAAGTCTTTTTTTCTAATGTAAAAATATAAACTTTTTTTTCAGAGGG	105149

CR318637.4	951	AGGGGGAACAACTTAAAATAAACCAGAAAACACCTTCATATTAATCATTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105150	AGGGGGAACAACTTAAAATAAACCAGAAAACACCTTCATATTAATCATTC	105199

CR318637.4	1001	TTCTCATATACTTGAAATTTGTACTTAATACATCCAAGAGAACGCCTGGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105200	TTCTCATATACTTGAAATTTGTACTTAATACATCCAAGAGAACGCCTGGA	105249

CR318637.4	1051	TATTCTGGCAGAATTTTATATTTCTCCAAATCAATTTCTGGAAAAAACGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105250	TATTCTGGCAGAATTTTATATTTCTCCAAATCAATTTCTGGAAAAAACGT	105299

CR318637.4	1101	GTCACTTTCAAAGTCCTGCATGATCCTTGTCACAAATAGTTTAAGATGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105300	GTCACTTTCAAAGTCCTGCATGATCCTTGTCACAAATAGTTTAAGATGGC	105349

CR318637.4	1151	CTGGGCGACTCATGGCTTCCTTATAAACAGAACTGCCACCAACTATCCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105350	CTGGGCGACTCATGGCTTCCTTATAAACAGAACTGCCACCAACTATCCAA	105399

CR318637.4	1201	ATCATGTCTACTCTATTTGCTAATTCTGGTTGTTAAGTAAGTTTTAAGAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105400	ATCATGTCTACTCTATTTGCTAATTCTGGTTGTTAAGTAAGTTTTAAGAT	105449

CR318637.4	1251	CTCATCCAGACTTCTGGCAAGAAAATGAGCTCGTTGTGGAGGTTCCTTGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105450	CTCATCCAGACTTCTGGCAAGAAAATGAGCTCGTTGTGGAGGTTCCTTGA	105499

CR318637.4	1301	GTTCTCTGCTGAGAACTAAATTAATTCTATCCTTTGAAGGTCGATTCTTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105500	GTTCTCTGCTGAGAACTAAATTAATTCTATCCTTTGAAGGTCGATTCTTC	105549

CR318637.4	1351	CCAGGAATGGAGAACCAGGTCTTCCTACACAAAATCACCAGATTCTGTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105550	CCAGGAATGGAGAACCAGGTCTTCCTACACAAAATCACCAGATTCTGTTT	105599

CR318637.4	1401	ACCTTCTACTGAAGAGATTGTGTCATTCTCTGGAAATACCTAAATTCATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105600	ACCTTCTACTGAAGAGATTGTGTCATTCTCTGGAAATACCTAAATTCATT	105649

CR318637.4	1451	CCTGAGCGGCGGCCAGGGCAGGTCCCCGTTCTTGCCGATGCCCATGTTCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105650	CCTGAGCGGCGGCCAGGGCAGGTCCCCGTTCTTGCCGATGCCCATGTTCT	105699

CR318637.4	1501	GAGACACAGCGACGATGCAGTTTAGCAAACGAACCATGACAGCAGCGGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105700	GAGACACAGCGACGATGCAGTTTAGCAAACGAACCATGACAGCAGCGGTG	105749

CR318637.4	1551	AGCTCCTCCAAGCCCGCTCGCTACACCAGGACGCGCGGCCAACATTGGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105750	AGCTCCTCCAAGCCCGCTCGCTACACCAGGACGCGCGGCCAACATTGGCC	105799

CR318637.4	1601	GGAAGGTTTTTACTTGGAAACTGGAGGATGAGCCATGACATCCCTCTCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105800	GGAAGGTTTTTACTTGGAAACTGGAGGATGAGCCATGACATCCCTCTCTC	105849

CR318637.4	1651	CACCTCAAAGCTCGTCCTGGGCATCCACCTCCTGGGAGCAGAAGCAGCGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105850	CACCTCAAAGCTCGTCCTGGGCATCCACCTCCTGGGAGCAGAAGCAGCGC	105899

CR318637.4	1701	AGCAGCGCCACCTGGTGGTCGATGCGCTTCCTTTGCAGATCACGCACAGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105900	AGCAGCGCCACCTGGTGGTCGATGCGCTTCCTTTGCAGATCACGCACAGC	105949

CR318637.4	1751	CCTGAGATCCACCTCTCCTTCCTACGCACCACGCATTTCTTCACTGGACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	105950	CCTGAGATCCACCTCTCCTTCCTACGCACCACGCATTTCTTCACTGGACA	105999

CR318637.4	1801	CCAGCCCGCGTCAATCTTCCTGTAAAGCAAAAGAAGCGTGAGGTTGGTGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	106000	CCAGCCCGCGTCAATCTTCCTGTAAAGCAAAAGAAGCGTGAGGTTGGTGG	106049

CR318637.4	1851	GGGAGGAATGGTGTTATCTCCACCTTTGGCGAGATCCATGTCACCGTGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	106050	GGGAGGAATGGTGTTATCTCCACCTTTGGCGAGATCCATGTCACCGTGTT	106099

CR318637.4	1901	CAGGGGAAGGGCCAGGCCTTACTCCCCATGCAGAGAGGAGGCTCTGGCCG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	106100	CAGGGGAAGGGCCAGGCCTTACTCCCCATGCAGAGAGGAGGCTCTGGCCG	106149

CR318637.4	1951	TGAAGGCGCCTGTGGAGAGGTGAGGACCCGCTCCCTCTACACTGATGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927178.8	106150	TGAAGGCGCCTGTGGAGAGGTGAGGACCCGCTCCCTCTACACTGATGGCC	106199

Overview

Query
CR318637.4 - 38216 bps
Hit
BX927178.8 - 106199 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link