<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  CT573340.5	2000	AAGCTTCACCAGATCGACTCACTGCACAGGCACCATGCAGTGATAAGATG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	1	AAGCTTCACCAGATCGACTCACTGCACAGGCACCATGCAGTGATAAGATG	50

C  CT573340.5	1950	CTCAGGCTTGGTTTCGCAACTGCTTTCTCAGATACAGAGGGGCTTTTGGA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	51	CTCAGGCTTGGTTTCGCAACTGCTTTCTCAGATACAGAGGGGCTTTTGGA	100

C  CT573340.5	1900	GGGGACATCACTGACAGCAAGCATCTAACACCTGTTATAAAAGAATTTAG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	101	GGGGACATCACTGACAGCAAGCATCTAACACCTGTTATAAAAGAATTTAG	150

C  CT573340.5	1850	AAATGTTTTATATATACAGTTAAAGTCAGAATTAAAGGCCCCGCTTTGAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	151	AAATGTTTTATATATACAGTTAAAGTCAGAATTAAAGGCCCCGCTTTGAA	200

C  CT573340.5	1800	TTTTCTTTTCTTTTTAAATATTTCTCAAATAATGTTTAACAGAGCAAGGG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	201	TTTTCTTTTCTTTTTAAATATTTCTCAAATAATGTTTAACAGAGCAAGGG	250

C  CT573340.5	1750	AATTTTCACAGTATGTCTGACTTTTTTCTTCTGGAGAAAAACTTATTTGT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	251	AATTTTCACAGTATGTCTGACTTTTTTCTTCTGGAGAAAAACTTATTTGT	300

C  CT573340.5	1700	TTTATTTCGGCTGGAATAAAAGCAATTTAAAAATTTTTTGAAAACATTTT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	301	TTTATTTCGGCTGGAATAAAAGCAATTTAAAAATTTTTTGAAAACATTTT	350

C  CT573340.5	1650	AAGGTCAAAATTATTAGTCCATTAAAGCTGTTTTTTTCCGATAATCTACA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	351	AAGGTCAAAATTATTAGTCCATTAAAGCTGTTTTTTTCCGATAATCTACA	400

C  CT573340.5	1600	GAACAAACCATCATTATGCAATAACTTTCCTAATTACCCTAACCTGCCTA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	401	GAACAAACCATCATTATGCAATAACTTTCCTAATTACCCTAACCTGCCTA	450

C  CT573340.5	1550	GGTAAACTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTATATGTCACTTTTAACTGTAT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	451	GGTAAACTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTATATGTCACTTTTAACTGTAT	500

C  CT573340.5	1500	AGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTTATCATGG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	501	AGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTTATCATGG	550

C  CT573340.5	1450	CAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATGAAATAATTATAT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	551	CAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATGAAATAATTATAT	600

C  CT573340.5	1400	TTATAAATGTGTTGAAAAAATCTCTCCTTTAAACAGAAATTGGGGTAAAT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	601	TTATAAATGTGTTGAAAAAATCTCTCCTTTAAACAGAAATTGGGGTAAAT	650

C  CT573340.5	1350	ATAAACAAGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATATGCTAGACA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	651	ATAAACAAGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATATGCTAGACA	700

C  CT573340.5	1300	CTGTCAGAAAGAAAAGGAATGAGTGTGTGTGTATTCAGTGTATTGAGTAT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	701	CTGTCAGAAAGAAAAGGAATGAGTGTGTGTGTATTCAGTGTATTGAGTAT	750

C  CT573340.5	1250	ACACTATTTTGAAACTGAATATTCATTTCTCAATGAACAAAGGTAATATA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	751	ACACTATTTTGAAACTGAATATTCATTTCTCAATGAACAAAGGTAATATA	800

C  CT573340.5	1200	GGTAATAGGTATGTATAACAAAACAGATTTATTAAAGTAAAATATTTATT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	801	GGTAATAGGTATGTATAACAAAACAGATTTATTAAAGTAAAATATTTATT	850

C  CT573340.5	1150	AAAACAATATTTTAACCGCTGAACGTCATTTGAAATAGAAAGATTATGCA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	851	AAAACAATATTTTAACCGCTGAACGTCATTTGAAATAGAAAGATTATGCA	900

C  CT573340.5	1100	TTTAAATTTATGCGAAATATTGGAAAAAATTTGTAAAAATATATTTACAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	901	TTTAAATTTATGCGAAATATTGGAAAAAATTTGTAAAAATATATTTACAA	950

C  CT573340.5	1050	ATTACAAAATGAAAAATTACGAATATACAATATTTTTTAGCAAAATTTTC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	951	ATTACAAAATGAAAAATTACGAATATACAATATTTTTTAGCAAAATTTTC	1000

C  CT573340.5	1000	TAAATGTTTGGTTTCTCTTAAATTTTGCACTTTTAAAATTGATTTCATAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	1001	TAAATGTTTGGTTTCTCTTAAATTTTGCACTTTTAAAATTGATTTCATAT	1050

C  CT573340.5	950	TTTCCTCCAACATATGAATTTGGGTGTACTAATTCTGGACAGTTATCATA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	1051	TTTCCTCCAACATATGAATTTGGGTGTACTAATTCTGGACAGTTATCATA	1100

C  CT573340.5	900	AGTTTTGTTGTTAGATTAGCTCCAGATTTAGCTTCAGTACTGACTAATTT	851
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  BX927113.12	1101	AGTTTTGTTGTTAGATTAGCTCCAGATTTAGCTTCAGTACTGACTAATTT	1150

C  CT573340.5	850	AATGTATATTCACACATATAATATATAATTATACACAATTTATGATTTTA	801
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  BX927113.12	1151	AATGTATATTCACACATATAATATATAATTATACACAATTTATGATTTTA	1200

C  CT573340.5	800	CAGCATAGCTGTAAGAATAGACAGAATAGCTGTACAGAATAGCTTTTCAT	751
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  BX927113.12	1201	CAGCATAGCTGTAAGAATAGACAGAATAGCTGTACAGAATAGCTTTTCAT	1250

C  CT573340.5	750	AGATTTTATCTAAATTAAAATTATATATATATATATATATATATATATAT	701
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  BX927113.12	1251	AGATTTTATCTAAATTAAAATTATATATATATATATATATATATATATAT	1300

C  CT573340.5	700	ATATATATAC--------ATATATATATATATATATATATATATATATAT	659
			||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	1301	ATATATATACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1350

C  CT573340.5	658	ATATATATATATATATATATATATTCTAGACATTATATAATATATATTTA	609
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  BX927113.12	1351	ATATATATATATATATATATATATTCTAGACATTATATAATATATATTTA	1400

C  CT573340.5	608	AAAGTATGCATCTAGTATAAAATATATGATATTATCTGTACAATCTTACA	559
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  BX927113.12	1401	AAAGTATGCATCTAGTATAAAATATATGATATTATCTGTACAATCTTACA	1450

C  CT573340.5	558	ATATATGATTTACACTACTTGACAAAAGTCTTGTTGTCGATCCCAGTTGT	509
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  BX927113.12	1451	ATATATGATTTACACTACTTGACAAAAGTCTTGTTGTCGATCCCAGTTGT	1500

C  CT573340.5	508	AAGAGCAACAAATAATAACTTGATTTCTAATTAATCATTTGGAAAAGTTG	459
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  BX927113.12	1501	AAGAGCAACAAATAATAACTTGATTTCTAATTAATCATTTGGAAAAGTTG	1550

C  CT573340.5	458	CAGAAGGTAGATTTTTTCTGATTAATCGTCTGTTGAACTGCATCCCAATC	409
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  BX927113.12	1551	CAGAAGGTAGATTTTTTCTGATTAATCGTCTGTTGAACTGCATCCCAATC	1600

C  CT573340.5	408	ATCACAAATACAGCAAAAGATGTACTGGAACACGCATGGACCCAAGATTC	359
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  BX927113.12	1601	ATCACAAATACAGCAAAAGATGTACTGGAACACGCATGGACCCAAGATTC	1650

C  CT573340.5	358	TCACTGAAATCAGTCAAGTTTGGTGAAGGAAAATATTGGTTTGGGGTTAC	309
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  BX927113.12	1651	TCACTGAAATCAGTCAAGTTTGGTGAAGGAAAATATTGGTTTGGGGTTAC	1700

C  CT573340.5	308	ATTCAGTATGGGGCCGTGCGTGAGATCTGCAGAGTGGATGGCAACATCAA	259
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  BX927113.12	1701	ATTCAGTATGGGGCCGTGCGTGAGATCTGCAGAGTGGATGGCAACATCAA	1750

C  CT573340.5	258	CAGCCTGAGCTATCAAGACATTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACCACG	209
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  BX927113.12	1751	CAGCCTGAGCTATCAAGACATTTGTGCTGCCCATTACATTACAAACCACG	1800

C  CT573340.5	208	AAGAGGGCAAATTCTTCAGCAGGATAGCGCTCCTCATACTTCAGCCTCCA	159
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  BX927113.12	1801	AAGAGGGCAAATTCTTCAGCAGGATAGCGCTCCTCATACTTCAGCCTCCA	1850

C  CT573340.5	158	CATCAAAGTTCCTAAAAGCAAAGAAGATCAAGTCGCTCCAGGATTGGCCA	109
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  BX927113.12	1851	CATCAAAGTTCCTAAAAGCAAAGAAGATCAAGTCGCTCCAGGATTGGCCA	1900

C  CT573340.5	108	GCCTAGTCACTATACATGAATATTATCGAGCATGGCTAGGTTAAGATAGA	59
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  BX927113.12	1901	GCCTAGTCACTATACATGAATATTATCGAGCATGGCTAGGTTAAGATAGA	1950

C  CT573340.5	58	GGAGGCATTAAAGATGAATCCAAACAATCTTGATGAACTCTGGGAGTCCT	9
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	1951	GGAGGCATTAAAGATGAATCCAAACAATCTTGATGAACTCTGGGAGTCCT	2000

C  CT573340.5	8	GCATGAAG	1
			||||||||
  BX927113.12	2001	GCATGAAG	2008

Compact alignment

skip 1300 bps 100% identity alignment

C  CT573340.5	700	ATATATATAC--------ATATATATATATATATATATATATATATATAT	659
			||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927113.12	1301	ATATATATACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1350

skip 658 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT573340.5 - 30343 bps
Hit
BX927113.12 - 159070 bps
Total alignments
14
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.61850200012000-1120081
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