<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2001 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR450755.6	2001	AAGCTTTAAAATTAGGGCTGCACAATATGCTGAAAGAATATAATGAATCG	1952
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1	AAGCTTTAAAATTAGGGCTGCACAATATGCTGAAAGAATATAATGAATCG	50

C  CR450755.6	1951	TGATATTAGTATATGTATATCGCAGTACACATAACCATCAAAAGTGGTTT	1902
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	51	TGATATTAGTATATGTATATCGCAGTACACATAACCATCAAAAGTGGTTT	100

C  CR450755.6	1901	CCACTATACTGATAGATATTAAAGAAAAAAAAAGATTTAAGATTATAGCT	1852
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	101	CCACTATACTGATAGATATTAAAGAAAAAAAAAGATTTAAGATTATAGCT	150

C  CR450755.6	1851	GCAGAATATAGTGAAAAAATATTGTTAATCACGATATTAGTATATCCAAT	1802
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	151	GCAGAATATAGTGAAAAAATATTGTTAATCACGATATTAGTATATCCAAT	200

C  CR450755.6	1801	ATTCAACCAATATCCAATATTCGCAGCTCACGCCACCATTAAAAGTAGTT	1752
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	201	ATTCAACCAATATCCAATATTCGCAGCTCACGCCACCATTAAAAGTAGTT	250

C  CR450755.6	1751	TCAAGTATACTGACAGAGAAAACAAAGATTTAAAATAGGGCTGCACAATA	1702
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	251	TCAAGTATACTGACAGAGAAAACAAAGATTTAAAATAGGGCTGCACAATA	300

C  CR450755.6	1701	TATCGAAAAAGATATCGCTAATCGCAATATTAGTATAAGCAAGAAAACAA	1652
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	301	TATCGAAAAAGATATCGCTAATCGCAATATTAGTATAAGCAAGAAAACAA	350

C  CR450755.6	1651	AAATTTTAAATTAGTGCTGCATGATATAGTAAACAAATATTGTTAATCGC	1602
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	351	AAATTTTAAATTAGTGCTGCATGATATAGTAAACAAATATTGTTAATCGC	400

C  CR450755.6	1601	AATATTAGTATAAGCAATATTCATTTTGCAGCTTACATTACCATCAAAAG	1552
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	401	AATATTAGTATAAGCAATATTCATTTTGCAGCTTACATTACCATCAAAAG	450

C  CR450755.6	1551	TGGTTTCCAGTGTACTGACAGAAAAAAAAATTTGAGCTGCACACTATATT	1502
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	451	TGGTTTCCAGTGTACTGACAGAAAAAAAAATTTGAGCTGCACACTATATT	500

C  CR450755.6	1501	AAAAAAATAGCATTAATCGTAATAATAGTATATGCAAGAAACTAAAAGTT	1452
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	501	AAAAAAATAGCATTAATCGTAATAATAGTATATGCAAGAAACTAAAAGTT	550

C  CR450755.6	1451	AAATTTAGGGCGGCACAATAGAGTAAAATAGATATCGTTAAATCGCAATA	1402
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	551	AAATTTAGGGCGGCACAATAGAGTAAAATAGATATCGTTAAATCGCAATA	600

C  CR450755.6	1401	TTAGTATATGCAATATTCATATACCAGCTCAAGCCACCATTAAAAGTGGT	1352
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	601	TTAGTATATGCAATATTCATATACCAGCTCAAGCCACCATTAAAAGTGGT	650

C  CR450755.6	1351	TTGTAGTGTACTGACAGAGAGAGAAATTTTTTTTTAATTAGGGCTGCACA	1302
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	651	TTGTAGTGTACTGACAGAGAGAGAAATTTTTTTTTAATTAGGGCTGCACA	700

C  CR450755.6	1301	TATATGCAATGCATATATGCAATATTTATATAGGCGAAGAAGTGCAAAAC	1252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	701	TATATGCAATGCATATATGCAATATTTATATAGGCGAAGAAGTGCAAAAC	750

C  CR450755.6	1251	ATAAGCTAATTTTGTGTGCTGTTATGACCTGTTGGTTTTTTGGGAACATT	1202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	751	ATAAGCTAATTTTGTGTGCTGTTATGACCTGTTGGTTTTTTGGGAACATT	800

C  CR450755.6	1201	TCGATGTCTGTGGTATTTTTTGTTTTGTTTGGTTTCTTTCATTCTTGGTG	1152
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	801	TCGATGTCTGTGGTATTTTTTGTTTTGTTTGGTTTCTTTCATTCTTGGTG	850

C  CR450755.6	1151	GGTGTGGCTTGTGATTATCACATGGCAATTGGTCTGGCAGCATGACTGCT	1102
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	851	GGTGTGGCTTGTGATTATCACATGGCAATTGGTCTGGCAGCATGACTGCT	900

C  CR450755.6	1101	TCTATAAGGGTCCTCCACAACTTCCCTTCGATGCCACTTTATGTCATCGC	1052
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	901	TCTATAAGGGTCCTCCACAACTTCCCTTCGATGCCACTTTATGTCATCGC	950

C  CR450755.6	1051	TGTTACTTATTACAAATCGTTAGCTATGGTCATCATCATATCATTCTGCA	1002
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	951	TGTTACTTATTACAAATCGTTAGCTATGGTCATCATCATATCATTCTGCA	1000

C  CR450755.6	1001	TTGTTCGTTTGATTGCTAGTATTTGTTTGAGAGCGTGTATCTGATCAGAG	952
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1001	TTGTTCGTTTGATTGCTAGTATTTGTTTGAGAGCGTGTATCTGATCAGAG	1050

C  CR450755.6	951	AGAAAGTTATTGCCATTTGTTCCCCATTATTGACCACTGTCCACCTAGAG	902
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1051	AGAAAGTTATTGCCATTTGTTCCCCATTATTGACCACTGTCCACCTAGAG	1100

C  CR450755.6	901	AACTTGATTAAACTTGTGATTCTAGATAACACGTTTTGAAACTTGTATAA	852
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1101	AACTTGATTAAACTTGTGATTCTAGATAACACGTTTTGAAACTTGTATAA	1150

C  CR450755.6	851	ATAGTATGTACTTTCTTGTTTTTTTTGTCACTTTAAGGGAAGTAGGGAAC	802
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1151	ATAGTATGTACTTTCTTGTTTTTTTTGTCACTTTAAGGGAAGTAGGGAAC	1200

C  CR450755.6	801	TTAAATATGGGTACTTGTATCTAAATGTCTGTAATGTTTATTTATTTTTT	752
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1201	TTAAATATGGGTACTTGTATCTAAATGTCTGTAATGTTTATTTATTTTTT	1250

C  CR450755.6	751	TGTCAATTTAATGCACCCAAGCAGAATAAAAGTATCATCTTTTGTTTCTA	702
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1251	TGTCAATTTAATGCACCCAAGCAGAATAAAAGTATCATCTTTTGTTTCTA	1300

C  CR450755.6	701	TCTCAAGCTTTGCCCTTTTTTTGTGTTCCACAAAAATATTGAGCAGCAAA	652
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1301	TCTCAAGCTTTGCCCTTTTTTTGTGTTCCACAAAAATATTGAGCAGCAAA	1350

C  CR450755.6	651	AATATGTTTTACAATGTTTTCTGTAGTGTTAAGTGAAACATTTAAAAGAT	602
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1351	AATATGTTTTACAATGTTTTCTGTAGTGTTAAGTGAAACATTTAAAAGAT	1400

C  CR450755.6	601	AAATGCGAACAAAAATGTCCTTCTAAAAAAACAAAAATGTACCATGATAA	552
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1401	AAATGCGAACAAAAATGTCCTTCTAAAAAAACAAAAATGTACCATGATAA	1450

C  CR450755.6	551	CTATATTTTCTTCAAACCTACTATAGGCATGATTTATATTCATTACAGTG	502
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1451	CTATATTTTCTTCAAACCTACTATAGGCATGATTTATATTCATTACAGTG	1500

C  CR450755.6	501	GTACTGTCGCTACAGCAAATCCATATTTGCCAACATCATAGTCTTTTATA	452
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1501	GTACTGTCGCTACAGCAAATCCATATTTGCCAACATCATAGTCTTTTATA	1550

C  CR450755.6	451	ATATAGTATTGTTCTGAAAACTACTATGGTATTTTTTTACCAAACAGCAT	402
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1551	ATATAGTATTGTTCTGAAAACTACTATGGTATTTTTTTACCAAACAGCAT	1600

C  CR450755.6	401	TTAATTTCAACTGTTAATACTGCTTTTATTCATAGAAATGAGTAACTGTA	352
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1601	TTAATTTCAACTGTTAATACTGCTTTTATTCATAGAAATGAGTAACTGTA	1650

C  CR450755.6	351	CCAAATATCTCAACACCTCAGGAAAGAAATATGTCCTGCTTCTCTCATTT	302
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1651	CCAAATATCTCAACACCTCAGGAAAGAAATATGTCCTGCTTCTCTCATTT	1700

C  CR450755.6	301	TACCCTAAAATGGACTTTTTACAACTACTGCAGAACACAGTCCTGGTCAA	252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1701	TACCCTAAAATGGACTTTTTACAACTACTGCAGAACACAGTCCTGGTCAA	1750

C  CR450755.6	251	TTAGACAAAAGATCAAAATGAGGAAGAAATAAGGTTTTAAGAATAAACTA	202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1751	TTAGACAAAAGATCAAAATGAGGAAGAAATAAGGTTTTAAGAATAAACTA	1800

C  CR450755.6	201	AGGTGGACAGAGCATTAAGGAGCCAATAGAGTCATTTTATAATTTATTTA	152
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1801	AGGTGGACAGAGCATTAAGGAGCCAATAGAGTCATTTTATAATTTATTTA	1850

C  CR450755.6	151	GGAAACTGACAGTAAAAAGGTTAAAGCTGAGGAAGGATTGGTGCCTGTTA	102
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1851	GGAAACTGACAGTAAAAAGGTTAAAGCTGAGGAAGGATTGGTGCCTGTTA	1900

C  CR450755.6	101	TTGTCTATATTCCTGTTATTGTCTATTGTCTTGTTATTGAATAAAACGCA	52
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1901	TTGTCTATATTCCTGTTATTGTCTATTGTCTTGTTATTGAATAAAACGCA	1950

C  CR450755.6	51	AGGAAAAAAATGTATTATTTATAGTGGCTTGTTTCTTTGCCAGTTTAAAG	2
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897661.7	1951	AGGAAAAAAATGTATTATTTATAGTGGCTTGTTTCTTTGCCAGTTTAAAG	2000

C  CR450755.6	1	G	1
			|
  BX897661.7	2001	G	2001

Overview

Query
CR450755.6 - 39880 bps
Hit
BX897661.7 - 157216 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2001 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001895200112001-1120011
275.513119621272322-13425371
399451001147611575113671137701
410043893294933037113671137591
510041781147511552114361144381
610037773294933025114362144381
710042871147711563115730158161
810042873295033036115730158161
982.765513693099444-121894220381
1083.041022322961829849122457226861
1182.051443531766418016122669230301
1284.97891772999630172122837230091
13100306156035663-126481265411
1499451001147611575128803289021
1510048913294933039128847289371
16100315256485699-149450495011
1785.1311623768097045162176624171
1899451001147611575163433635321
1910043893294933037163433635211
2098.08551031146811570192728928311
2110043893294933037192733928211
2277.9892338217192205611061681065031
2383.0992212296082981911140761142821
241004389329493303711285991286871
2599.0150101114761157611286111287111
2697.4740793296033038-11333911334691
2798.6737751147711551-11333951334691
281003777114771155311534711535471
291003777329503302611534711535471
Short-link