<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX005221.7	100694	AAGCTTTAACTATTTAACACATTTAATTGTGTCATGTTATAAAAAGAATA	100645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	129837	AAGCTTTAACTATTTAACACATTTAATTGTGTCATGTTATAAAAAGAATA	129886

C  BX005221.7	100644	ACAGTAGTTTATCCACTACAAGATAAACAGAGCTTTACAATATACTGAGA	100595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	129887	ACAGTAGTTTATCCACTACAAGATAAACAGAGCTTTACAATATACTGAGA	129936

C  BX005221.7	100594	AATATGAATGCTGGTTGCCAGGTTGGGTGGTTTCTGGGATGCTACTGACT	100545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	129937	AATATGAATGCTGGTTGCCAGGTTGGGTGGTTTCTGGGATGCTACTGACT	129986

C  BX005221.7	100544	CAAACCAAAAGAAGCCACCCAAAGTCTTCATTATTTTCTGGGACATAAAC	100495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	129987	CAAACCAAAAGAAGCCACCCAAAGTCTTCATTATTTTCTGGGACATAAAC	130036

C  BX005221.7	100494	ATAGCTTGAATCATGATGATGAACTAATGCACTCAAGTTCGATGTAATGA	100445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130037	ATAGCTTGAATCATGATGATGAACTAATGCACTCAAGTTCGATGTAATGA	130086

C  BX005221.7	100444	GAATGCCTTGAAGTTCACTCTGGGCATGCAAGAGTCTGGGTAGCATTCTT	100395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130087	GAATGCCTTGAAGTTCACTCTGGGCATGCAAGAGTCTGGGTAGCATTCTT	130136

C  BX005221.7	100394	TGGGGCTTCTCCACACCGTAACTCTCCCGTAAGTTACAATGAATGAATAT	100345
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130137	TGGGGCTTCTCCACACCGTAACTCTCCCGTAAGTTACAATGAATGAATAT	130186

C  BX005221.7	100344	GTCAAAAGATCAAGGTGATTTCTCAGTTGATGACCACTTTAATCGCTATT	100295
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130187	GTCAAAAGATCAAGGTGATTTCTCAGTTGATGACCACTTTAATCGCTATT	130236

C  BX005221.7	100294	TTATGCCAATGTGTGAACACGTTGTAAAGTAACCTCAAAAATAAGACCTT	100245
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130237	TTATGCCAATGTGTGAACACGTTGTAAAGTAACCTCAAAAATAAGACCTT	130286

C  BX005221.7	100244	CCTCAACCTCCAAGCTTGTTTATGAAAGCCTACAGACTGATTTTTTAATG	100195
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130287	CCTCAACCTCCAAGCTTGTTTATGAAAGCCTACAGACTGATTTTTTAATG	130336

C  BX005221.7	100194	TGAAATTTTATGTAAGTTTTTTTCTCTGTACATATAGCCCTTTTTTTGTT	100145
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130337	TGAAATTTTATGTAAGTTTTTTTCTCTGTACATATAGCCCTTTTTTTGTT	130386

C  BX005221.7	100144	TAGTTTATTTAGTATAAATTTGTTACACTAAGTATAGGCAAAATTTATAA	100095
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130387	TAGTTTATTTAGTATAAATTTGTTACACTAAGTATAGGCAAAATTTATAA	130436

C  BX005221.7	100094	TAATAGTAGTGATGTTTGACTTGGCAACACTACTAATTATACAAAAACCG	100045
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130437	TAATAGTAGTGATGTTTGACTTGGCAACACTACTAATTATACAAAAACCG	130486

C  BX005221.7	100044	GTTCCCTGCTTCTTCAGTACCAAGGGATCCGTCGTCATATTTCATGTAGT	99995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130487	GTTCCCTGCTTCTTCAGTACCAAGGGATCCGTCGTCATATTTCATGTAGT	130536

C  BX005221.7	99994	CTCTAATGCACATGCATCCTCATTTGCTTCAGAGTGATGTGTTCTAGTTG	99945
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130537	CTCTAATGCACATGCATCCTCATTTGCTTCAGAGTGATGTGTTCTAGTTG	130586

C  BX005221.7	99944	TTAAATATTTGGTCTCCAAACCACAAACGGGAGTGTTTCGCTGTGTCCTT	99895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130587	TTAAATATTTGGTCTCCAAACCACAAACGGGAGTGTTTCGCTGTGTCCTT	130636

C  BX005221.7	99894	GAGCAAAACATTTCTCGGGTTACTCCAGGAGGGCTGTCCTTGTGATAGGA	99845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130637	GAGCAAAACATTTCTCGGGTTACTCCAGGAGGGCTGTCCTTGTGATAGGA	130686

C  BX005221.7	99844	ATGCTCCTTGGATTATTTTTAAAATGCTGTTAGCGTCCATTCATTTCTAT	99795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130687	ATGCTCCTTGGATTATTTTTAAAATGCTGTTAGCGTCCATTCATTTCTAT	130736

C  BX005221.7	99794	TCAGTTAGGTTACAGGATGATGAACTGATGTGTGGTTGAAGACTTTCCTA	99745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130737	TCAGTTAGGTTACAGGATGATGAACTGATGTGTGGTTGAAGACTTTCCTA	130786

C  BX005221.7	99744	CAACACACACAAACACACACACACACACAAAGATTAACAGAATTACTTCA	99695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130787	CAACACACACAAACACACACACACACACAAAGATTAACAGAATTACTTCA	130836

C  BX005221.7	99694	CCCACAATTGAAAATTCTGTCATACACTTGTTTTGGTGTGTACTGTATAT	99645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130837	CCCACAATTGAAAATTCTGTCATACACTTGTTTTGGTGTGTACTGTATAT	130886

C  BX005221.7	99644	ATTGTCACTTCTAAAGCTTCATTTATTTTTCATTTATTAATACAATGGGT	99595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130887	ATTGTCACTTCTAAAGCTTCATTTATTTTTCATTTATTAATACAATGGGT	130936

C  BX005221.7	99594	AGTGCTTAGCCCAATCTGGCTCCACCTCTTTGTACCTGATAGGAGGGTTT	99545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130937	AGTGCTTAGCCCAATCTGGCTCCACCTCTTTGTACCTGATAGGAGGGTTT	130986

C  BX005221.7	99544	ATGCTTACTGGGAGACTTTAGGGTCAGGTTTAGGGTGTGGTTGGGCTGTA	99495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	130987	ATGCTTACTGGGAGACTTTAGGGTCAGGTTTAGGGTGTGGTTGGGCTGTA	131036

C  BX005221.7	99494	TAGCTCCGCCCACAGGCTCAGCAGTGATCAGCCACTTGATTTTTTTTTTT	99445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131037	TAGCTCCGCCCACAGGCTCAGCAGTGATCAGCCACTTGATTTTTTTTTTT	131086

C  BX005221.7	99444	TAGCTAACATTAGGTACAATCTAGAAGAGATACAGCTGTGACCGGAGGTT	99395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131087	TAGCTAACATTAGGTACAATCTAGAAGAGATACAGCTGTGACCGGAGGTT	131136

C  BX005221.7	99394	AACGTGAATTATTTAAAATATTACAAATAATTAAAACAATAATTACTGTG	99345
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131137	AACGTGAATTATTTAAAATATTACAAATAATTAAAACAATAATTACTGTG	131186

C  BX005221.7	99344	TTTACTTGACTGTGAGGGGCATTTTTAGGGTTAGGGAGGGAGTATGCTGA	99295
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131187	TTTACTTGACTGTGAGGGGCATTTTTAGGGTTAGGGAGGGAGTATGCTGA	131236

C  BX005221.7	99294	CATTGCTCATTACTGCATTCGTGTTTGTGCATTTAAAGGTGAAGTATATC	99245
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131237	CATTGCTCATTACTGCATTCGTGTTTGTGCATTTAAAGGTGAAGTATATC	131286

C  BX005221.7	99244	AGTGTTTGTCAACCACGTTCCTGGAGGGCCACCAGCTCTGCACATTTTCC	99195
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131287	AGTGTTTGTCAACCACGTTCCTGGAGGGCCACCAGCTCTGCACATTTTCC	131336

C  BX005221.7	99194	ATGTCTCCTTATCCAAACTAACCTGATTCAGATTATCAGCTCATTAGCAG	99145
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131337	ATGTCTCCTTATCCAAACTAACCTGATTCAGATTATCAGCTCATTAGCAG	131386

C  BX005221.7	99144	AGACTGAAAGAACTGTAATAGGTGTAACAGACAAAGGAGTCATCCAAAAC	99095
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131387	AGACTGAAAGAACTGTAATAGGTGTAACAGACAAAGGAGTCATCCAAAAC	131436

C  BX005221.7	99094	ATGAAGTGTTGGTGGTCCTCCAGGAACGTGGTTGAGAAACACTGCAGTAT	99045
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131437	ATGAAGTGTTGGTGGTCCTCCAGGAACGTGGTTGAGAAACACTGCAGTAT	131486

C  BX005221.7	99044	ATAATATTGACAGCTAGTGGCTGTACTTATTACTGCAGTTTAAATAAAAA	98995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131487	ATAATATTGACAGCTAGTGGCTGTACTTATTACTGCAGTTTAAATAAAAA	131536

C  BX005221.7	98994	ATGCAGGTTTTCAAATTGATGACATTAATGTATCTGTTGTTTGTATTATT	98945
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131537	ATGCAGGTTTTCAAATTGATGACATTAATGTATCTGTTGTTTGTATTATT	131586

C  BX005221.7	98944	TCCGGTCATAATGCTCTTTAAATTAGTTTCTGGTTGGTTGCACATTAGAG	98895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131587	TCCGGTCATAATGCTCTTTAAATTAGTTTCTGGTTGGTTGCACATTAGAG	131636

C  BX005221.7	98894	CAAAGGTGTTTTACCTATTCCTATTCAGAATGCAAATTACATTCATGACA	98845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131637	CAAAGGTGTTTTACCTATTCCTATTCAGAATGCAAATTACATTCATGACA	131686

C  BX005221.7	98844	TACAAGTTCATATTTGGATTGCACAAACATATATCAAAATATTGCAAAAC	98795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131687	TACAAGTTCATATTTGGATTGCACAAACATATATCAAAATATTGCAAAAC	131736

C  BX005221.7	98794	AAATGGCCATTTGATATTTTTTCAACCATTGGAAGTACAAAAATGTACAT	98745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131737	AAATGGCCATTTGATATTTTTTCAACCATTGGAAGTACAAAAATGTACAT	131786

C  BX005221.7	98744	ACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTTTAATTTATTTTTTTTTTTA	98695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX855587.13	131787	ACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTTTAATTTATTTTTTTTTTTA	131836

Overview

Query
BX005221.7 - 100694 bps
Hit
BX855587.13 - 131836 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001943200098695100694-11298371318361
286.761983627925579616-1114115101
379.661003016099161291-1121415081
481.66972402689127130-1126714951
592.721612063344933654114814150191
680.12873077719177497-135763360691
781.411123083581336120-146182464931
888.151642647081671079-146249465181
988.071512432688827130-146277465191
1093.39951217081670936-148358484781
1189.042814455767558119152795532411
1279.19914189827898695156651570441
1378.971053226103261353157077574041
1492.4239652591549678-181881824081
1592.3550773884159152-182464832081
1686.413035329036390894193098936341
1788.341222162320023415195031952531
1885.831883665767458039-11074641078301
1983.39922714376944039-11163011165951
2084.961132284523945466-11283761286011
Short-link