<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL627248.7	1	GAATTCATAAAAAATGAAAAATTGGAATTTACAAAGAATAACCATATCCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	19824	GAATTCATAAAAAATGAAAAATTGGAATTTACAAAGAATAACCATATCCA	19873

AL627248.7	51	TGATATAGCAAAATATACACCATAATACTGGTAGTCATGTTCATACCCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	19874	TGATATAGCAAAATATACACCATAATACTGGTAGTCATGTTCATACCCCT	19923

AL627248.7	101	ATAGCTCCTACCCTTAATTTCATGGACATTATTAAAAGAAAATAGTCACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	19924	ATAGCTCCTACCCTTAATTTCATGGACATTATTAAAAGAAAATAGTCACA	19973

AL627248.7	151	CAATACCATAAGACGCTGTTTCCACCTGGTTTTGTAGAGCGATGTGCATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	19974	CAATACCATAAGACGCTGTTTCCACCTGGTTTTGTAGAGCGATGTGCATT	20023

AL627248.7	201	TTTATTACAATATAAAATTTTGATTGTACTATGGTTGTTTTATATGAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20024	TTTATTACAATATAAAATTTTGATTGTACTATGGTTGTTTTATATGAAAA	20073

AL627248.7	251	AGTATATACTTGTTATGGTGCAATGTCTTAAAACATATCCTATAACGCTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20074	AGTATATACTTGTTATGGTGCAATGTCTTAAAACATATCCTATAACGCTC	20123

AL627248.7	301	TACTGTGGCTGACCACATAAGCATTTAAGGTATTAAAAACTCCTGTTCCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20124	TACTGTGGCTGACCACATAAGCATTTAAGGTATTAAAAACTCCTGTTCCT	20173

AL627248.7	351	GACTACCTCTGGAAAGAGTTGAAAAGTGGACAAGAGCAAAACATTTTATT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20174	GACTACCTCTGGAAAGAGTTGAAAAGTGGACAAGAGCAAAACATTTTATT	20223

AL627248.7	401	TCACCTGTATTAAGTGTCATGTACCTATGAACAGAAGTTACATTTCATCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20224	TCACCTGTATTAAGTGTCATGTACCTATGAACAGAAGTTACATTTCATCA	20273

AL627248.7	451	TGCCATGCAGGAATAATGAACAGAATAGTGGTGATATTATAAACTAAAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20274	TGCCATGCAGGAATAATGAACAGAATAGTGGTGATATTATAAACTAAAAA	20323

AL627248.7	501	AGGAACACAAAAATAAAAATGCATTAAATATGAATGTTTTCAGAACAGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20324	AGGAACACAAAAATAAAAATGCATTAAATATGAATGTTTTCAGAACAGAA	20373

AL627248.7	551	ATAGGAAAGAAATGTGTGAGTGGCATGTGCTAGAAACAACATTCATTATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20374	ATAGGAAAGAAATGTGTGAGTGGCATGTGCTAGAAACAACATTCATTATA	20423

AL627248.7	601	AATGTCAGGCTTAAACAAATTATTTAAGGTAAATTGAATCAGCGTGTGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20424	AATGTCAGGCTTAAACAAATTATTTAAGGTAAATTGAATCAGCGTGTGTG	20473

AL627248.7	651	AAATTTGCTATACAAATACTCACCCGTCCAAGTTGTGTGTGTGTGCATGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20474	AAATTTGCTATACAAATACTCACCCGTCCAAGTTGTGTGTGTGTGCATGT	20523

AL627248.7	701	TTTGTTTGCTTGCCTCTACTAACATTATATACAGGGTTCTTACACTTTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20524	TTTGTTTGCTTGCCTCTACTAACATTATATACAGGGTTCTTACACTTTTT	20573

AL627248.7	751	CAAAAATTCAAATTAAAGCACTTTCAAGCTGTATTTTCAAACTTTTATAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20574	CAAAAATTCAAATTAAAGCACTTTCAAGCTGTATTTTCAAACTTTTATAG	20623

AL627248.7	801	CACAAGTGAGGCAAATTACATATTTACATTCACGCACGCACGCACGCACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20624	CACAAGTGAGGCAAATTACATATTTACATTCACGCACGCACGCACGCACA	20673

AL627248.7	851	CGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20674	CGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	20723

AL627248.7	901	CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAATCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20724	CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAATCA	20773

AL627248.7	951	GACAGTATTTGTTAAAATACTACACTGTACAGGAAGTGTTTGATGGCATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20774	GACAGTATTTGTTAAAATACTACACTGTACAGGAAGTGTTTGATGGCATG	20823

AL627248.7	1001	TTTGCATTTACCCCATCAATGAATAACTCATTTAATCTCTGAACTGTAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20824	TTTGCATTTACCCCATCAATGAATAACTCATTTAATCTCTGAACTGTAGT	20873

AL627248.7	1051	TTCATCAGCTTTATATGTCTTAAATTTATGTTTATTTTAATTTCATGCAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20874	TTCATCAGCTTTATATGTCTTAAATTTATGTTTATTTTAATTTCATGCAC	20923

AL627248.7	1101	TGTTCACTCATAAGGCAGGAATCACCATGCATTTGACCTCTGCCACAGTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20924	TGTTCACTCATAAGGCAGGAATCACCATGCATTTGACCTCTGCCACAGTT	20973

AL627248.7	1151	TAAGCAAACAACAATAAGGGGACAGGAAGCACACACTACCAGTCACATGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	20974	TAAGCAAACAACAATAAGGGGACAGGAAGCACACACTACCAGTCACATGC	21023

AL627248.7	1201	TCAGACTTCATTTCATTTATGCAAAAGCAAACCCATTTTTTTTTTATTTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21024	TCAGACTTCATTTCATTTATGCAAAAGCAAACCCATTTTTTTTTTATTTA	21073

AL627248.7	1251	AAATGAATTACTATTGCCTATTTAGTGCCAAATTATGAAAGCAGCTGATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21074	AAATGAATTACTATTGCCTATTTAGTGCCAAATTATGAAAGCAGCTGATA	21123

AL627248.7	1301	CATTTTAAGCAGTTTCAACAATTTAAAATACAAGCATTTTTAGAGAATTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21124	CATTTTAAGCAGTTTCAACAATTTAAAATACAAGCATTTTTAGAGAATTT	21173

AL627248.7	1351	ACAGCACCAGTATAAATCTTAATACAAGTAACAGCACACAGAAATATATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21174	ACAGCACCAGTATAAATCTTAATACAAGTAACAGCACACAGAAATATATG	21223

AL627248.7	1401	CTACTTAAGTTCAGAAAACATAGTATTGATTTCATGCATTATAATACTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21224	CTACTTAAGTTCAGAAAACATAGTATTGATTTCATGCATTATAATACTGT	21273

AL627248.7	1451	TGGGAATGTTTGAACAGTTAAATCTAAAAGATTATAAAGAAGGCTGGTGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21274	TGGGAATGTTTGAACAGTTAAATCTAAAAGATTATAAAGAAGGCTGGTGT	21323

AL627248.7	1501	GTGATTTTCATACCATTTTCCTGAATGGTCTCTGTTTTCTTTAGATCATC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21324	GTGATTTTCATACCATTTTCCTGAATGGTCTCTGTTTTCTTTAGATCATC	21373

AL627248.7	1551	TGTCCACGGTGCGTCAGGAATTAGGTTTCCTCTCCCTACACCAATCCCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21374	TGTCCACGGTGCGTCAGGAATTAGGTTTCCTCTCCCTACACCAATCCCCT	21423

AL627248.7	1601	GCAACACAAAAAGCACACATGACTTAGTAAGATTAAAGAAAAAAATTTGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21424	GCAACACAAAAAGCACACATGACTTAGTAAGATTAAAGAAAAAAATTTGT	21473

AL627248.7	1651	ATTCAATTTTAGTTTAAAGCTTTATTAATCCCATTGGGGCTAGGGTTGCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21474	ATTCAATTTTAGTTTAAAGCTTTATTAATCCCATTGGGGCTAGGGTTGCA	21523

AL627248.7	1701	CGGTTTAACAGTATTATGGTAGTATCGTGATACTATGGCTCCAAAATACT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21524	CGGTTTAACAGTATTATGGTAGTATCGTGATACTATGGCTCCAAAATACT	21573

AL627248.7	1751	GAAGCTGCCACTGTAGTTTGTAAATGGCAGTGTCGTCATTAATGGTCTGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21574	GAAGCTGCCACTGTAGTTTGTAAATGGCAGTGTCGTCATTAATGGTCTGT	21623

AL627248.7	1801	TTACAATACATAATGTTGCATGTGGAAAATTCAATAAAATGCTCACACAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21624	TTACAATACATAATGTTGCATGTGGAAAATTCAATAAAATGCTCACACAT	21673

AL627248.7	1851	TTGTGCAGCAATCACCCATTTTATTTGAATAGTCTATGGGGCCTTTTAAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21674	TTGTGCAGCAATCACCCATTTTATTTGAATAGTCTATGGGGCCTTTTAAG	21723

AL627248.7	1901	GTTGCAAAACAGTAGAATTCGTAGCTTTTATGGTAATATTTAATATTTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21724	GTTGCAAAACAGTAGAATTCGTAGCTTTTATGGTAATATTTAATATTTTC	21773

AL627248.7	1951	TGATGCTTCAGTTTGAATCTGAATTTGTTTATTTCTGCTCCTGTCAATAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677670.5	21774	TGATGCTTCAGTTTGAATCTGAATTTGTTTATTTCTGCTCCTGTCAATAT	21823

Overview

Query
AL627248.7 - 143586 bps
Hit
BX677670.5 - 21823 bps
Total alignments
15
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001916200012000119824218231
2100417718928190041255726331
310036751534815422-1255926331
498.7543801892619005-1255926381
510037766164261717-1255926341
610036758061980693-1255926331
710037768680286877-1255926341
8100367515349154231255926331
9100367561644617181255926331
10100367580618806921255926331
11100367586804868781255926331
12100336768548686141256026261
1310033676854868614-1256726331
1484.249218632703328881916093431
1593.2555765377953854-115801158741
Short-link