<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR381607.8	1	ACTGAACAAATTATAATAGGCCTATATGCATTAAAAAAGGTTTGTTATAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	148509	ACTGAACAAATTATAATAGGCCTATATGCATTAAAAAAGGTTTGTTATAA	148558

CR381607.8	51	GAGATCACATGATGATGAAAATGTGTGTGAATGGACAAACCAGCAGGCTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	148559	GAGATCACATGATGATGAAAATGTGTGTGAATGGACAAACCAGCAGGCTG	148608

CR381607.8	101	AGCACACTATAACACATCTTAAATGTTGTTTTGGTCATTCTAAAATGCCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	148609	AGCACACTATAACACATCTTAAATGTTGTTTTGGTCATTCTAAAATGCCT	148658

CR381607.8	151	TAAATGTTTCAGTATTAATGTTATTATATTATTAATGACCTCCAGAGCGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	148659	TAAATGTTTCAGTATTAATGTTATTATATTATTAATGACCTCCAGAGCGT	148708

CR381607.8	201	CTGGAGCGAGCGTCTGTTCTATGCATCTCATGGCTTCAAACGCCCCCACG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	148709	CTGGAGCGAGCGTCTGTTCTATGCATCTCATGGCTTCAAACGCCCCCACG	148758

CR381607.8	251	TGTTCATTGTGTGTCAACATTGTCTTCTGAGGTGCAAGTACATTTATTAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	148759	TGTTCATTGTGTGTCAACATTGTCTTCTGAGGTGCAAGTACATTTATTAA	148808

CR381607.8	301	GTAAAGAAAAGATTGACACAGCTTCTTCTATCGCAGTAAATTCTGTTTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	148809	GTAAAGAAAAGATTGACACAGCTTCTTCTATCGCAGTAAATTCTGTTTTT	148858

CR381607.8	351	AATGCTGATTATTGGTGCCAGTTAATCAGGAAGTGACTATATTGGTCTCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	148859	AATGCTGATTATTGGTGCCAGTTAATCAGGAAGTGACTATATTGGTCTCT	148908

CR381607.8	401	TTGATTCGTTGGATGAAAACACTGCTTTGTTCGCACATCTTTTATGCGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	148909	TTGATTCGTTGGATGAAAACACTGCTTTGTTCGCACATCTTTTATGCGTT	148958

CR381607.8	451	ATTCCAGTTTTGCACATAAATTTAATTAATATATTTGAATGGAAACATAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	148959	ATTCCAGTTTTGCACATAAATTTAATTAATATATTTGAATGGAAACATAG	149008

CR381607.8	501	CTATTGCCTACATTTCAGTCACACAAAGAACAAAGTCACATGTGAGAATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149009	CTATTGCCTACATTTCAGTCACACAAAGAACAAAGTCACATGTGAGAATG	149058

CR381607.8	551	GCTTGACCTTTTTAATAAATTATTAGCTTAAATTCACTGACCTTCAACAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149059	GCTTGACCTTTTTAATAAATTATTAGCTTAAATTCACTGACCTTCAACAT	149108

CR381607.8	601	GGACATTTTCCGTTACTAGATTAATGGTATTATCATTCTTTCAGTGGTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149109	GGACATTTTCCGTTACTAGATTAATGGTATTATCATTCTTTCAGTGGTGT	149158

CR381607.8	651	TGCTTTTTAAAATATATGGTCATATTTGCTATAACTTTGCTTGAGCACAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149159	TGCTTTTTAAAATATATGGTCATATTTGCTATAACTTTGCTTGAGCACAT	149208

CR381607.8	701	CAAGTTCAGCTGGAGAAAGAAATGGTGATCTCTTTTTAAGACGTTGTCAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149209	CAAGTTCAGCTGGAGAAAGAAATGGTGATCTCTTTTTAAGACGTTGTCAT	149258

CR381607.8	751	GGTGACTTGTAATATCTGCGCTCCATTGATAATGCCTTTTTATAGTCGCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149259	GGTGACTTGTAATATCTGCGCTCCATTGATAATGCCTTTTTATAGTCGCA	149308

CR381607.8	801	GTGTGTGCACTTAACTCTGAGTTGATCTACTCAAAGTTGATTGAACTAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149309	GTGTGTGCACTTAACTCTGAGTTGATCTACTCAAAGTTGATTGAACTAAA	149358

CR381607.8	851	TCAAATCCGCTATTATGAAACTGAAAACTCAGAGTTTTTAATCTCTCGAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149359	TCAAATCCGCTATTATGAAACTGAAAACTCAGAGTTTTTAATCTCTCGAT	149408

CR381607.8	901	AAATCAACTCAGTGTTCAAGTTTAAACTCCAAGTTGGTTGAAACTCCTTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149409	AAATCAACTCAGTGTTCAAGTTTAAACTCCAAGTTGGTTGAAACTCCTTA	149458

CR381607.8	951	CTGAAACAGGCCCCTGTTGTTGTTGCTTTAACCCTAAGTGAAGTTTCACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149459	CTGAAACAGGCCCCTGTTGTTGTTGCTTTAACCCTAAGTGAAGTTTCACA	149508

CR381607.8	1001	AACTAATTTCGAGAGGAGCACGTGATATGATTGACTGCAGCTGGTCTCTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149509	AACTAATTTCGAGAGGAGCACGTGATATGATTGACTGCAGCTGGTCTCTC	149558

CR381607.8	1051	ATCTACAATCATTAGTTGGCTAATCAGATTAATCCAAACTCACTATAAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149559	ATCTACAATCATTAGTTGGCTAATCAGATTAATCCAAACTCACTATAAGT	149608

CR381607.8	1101	AGCCTAGCAAAAAATTACTCCATTAACATCGTTTTCCAAAGAAATCCCCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149609	AGCCTAGCAAAAAATTACTCCATTAACATCGTTTTCCAAAGAAATCCCCC	149658

CR381607.8	1151	ATCCAACCCTTCTCCCCTTTTCTTCCTTTACCACTGGGAGCTCTCGAGAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149659	ATCCAACCCTTCTCCCCTTTTCTTCCTTTACCACTGGGAGCTCTCGAGAA	149708

CR381607.8	1201	CTACCTGATCTTATACTCCCTTTACATGCTCAATTGACCAGGCGGGAGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149709	CTACCTGATCTTATACTCCCTTTACATGCTCAATTGACCAGGCGGGAGTT	149758

CR381607.8	1251	CTGGGTTCAATTATCTCAGAGCTCAGGGTTCTCTCCCGGGACAGCATGCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149759	CTGGGTTCAATTATCTCAGAGCTCAGGGTTCTCTCCCGGGACAGCATGCC	149808

CR381607.8	1301	AAACCTGCAAATAGTGTCAAGCAATATCTAAGTGTGAACTCTTGAATCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149809	AAACCTGCAAATAGTGTCAAGCAATATCTAAGTGTGAACTCTTGAATCAT	149858

CR381607.8	1351	GTTTAAAACATGTCATTTTCAGTTTGCTCCAGCTGCTGTGCATGGGCAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149859	GTTTAAAACATGTCATTTTCAGTTTGCTCCAGCTGCTGTGCATGGGCAAA	149908

CR381607.8	1401	TAAATAAATAAGGTTATTATGACTAGGCATGGGCTGGCATAAGATTCTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149909	TAAATAAATAAGGTTATTATGACTAGGCATGGGCTGGCATAAGATTCTGA	149958

CR381607.8	1451	CTATCTGATAACCTTGGATAAAAATATCATGGTTTTGTGATTACTGCTCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	149959	CTATCTGATAACCTTGGATAAAAATATCATGGTTTTGTGATTACTGCTCT	150008

CR381607.8	1501	AAAATATATTCTATTTAAATCTCTGGGTAAAAAAAAAAAGAACTTTTTCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	150009	AAAATATATTCTATTTAAATCTCTGGGTAAAAAAAAAAAGAACTTTTTCC	150058

CR381607.8	1551	CCGCTTTGAACACAATGGCAGTGTCCGAAATTGCATACTTCCATCCTATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	150059	CCGCTTTGAACACAATGGCAGTGTCCGAAATTGCATACTTCCATCCTATA	150108

CR381607.8	1601	TATTATGCTTAAAACGGTGAGTTGAGTAGTATGTAAAAAAATTCATAGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	150109	TATTATGCTTAAAACGGTGAGTTGAGTAGTATGTAAAAAAATTCATAGAA	150158

CR381607.8	1651	CTCAAAAAAACAGTATGCGAGAAGTACCTGGATGACCTACTTCTTCTGGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	150159	CTCAAAAAAACAGTATGCGAGAAGTACCTGGATGACCTACTTCTTCTGGC	150208

CR381607.8	1701	GAGATTCTGAAGTGTGCACCCAATGGACACTACATTATCCCAAGATGCAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	150209	GAGATTCTGAAGTGTGCACCCAATGGACACTACATTATCCCAAGATGCAC	150258

CR381607.8	1751	TGCGAGAGCATTCATGAATGGGAGTGAAGCAGGCGTGTCATGTGATCATG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	150259	TGCGAGAGCATTCATGAATGGGAGTGAAGCAGGCGTGTCATGTGATCATG	150308

CR381607.8	1801	ATAAAATGGCGGATGTAATGCGTCCGAGCTTCATTCATACTGTATAGAGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	150309	ATAAAATGGCGGATGTAATGCGTCCGAGCTTCATTCATACTGTATAGAGC	150358

CR381607.8	1851	GTAATTTTTGAGTAGTAAATTCAAATGCAGTACCTATTAAGTAGTAGGCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	150359	GTAATTTTTGAGTAGTAAATTCAAATGCAGTACCTATTAAGTAGTAGGCA	150408

CR381607.8	1901	ATTTCGGACACAGCCAATATATTTTGTTTTGTGAAACATTTCAAATATTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	150409	ATTTCGGACACAGCCAATATATTTTGTTTTGTGAAACATTTCAAATATTT	150458

CR381607.8	1951	TAGAGCAGTAAACATGTCAGGCCAATTAATTTAAATTAATCATTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664604.6	150459	TAGAGCAGTAAACATGTCAGGCCAATTAATTTAAATTAATCATTGAATTC	150508

Overview

Query
CR381607.8 - 94930 bps
Hit
BX664604.6 - 150508 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194520001200011485091505081
283.821172443295133194-1546657061
379.46602318572785957114639148621
479.61551605450854667133941340971
597.9445977617876274137270373661
698.9145927617876269-137272373631
787.72711151779417908142247423601
8100491017618076280-145731458311
999.05541057619976303145731458351
1083.76541166875168866151390515061
1195.8581437617876320175797759391
1296.48601427618576326-175798759391
1383.91771739021290384179642798151
1497.467167896165062438-185736865201
1598.145565926099061581-186728873191
1676.43605088551686023-197515980231
1785.5596173591315930311094731096451
1887.1509778067902-11095931096851
1996.749917621576305-11148581149481
2090.62466477337796-11246231246861
2110045927617876269-11256661257571
2298.955095762107630411256661257601
2385.23111211544655467511274741276831
2484.1254108593545946111275771276831
2583.43791807663784211293521295261
2681.044817568327006-11341141342871
2782.8343993504235140-11372211373191
2810048927621276303-11374641375551
291004491761817627111374651375551
Short-link