<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX664627.16	1	AAGCTTTTGCAAAGATCCTCTTTAATGCATTCATCTAACTAAATGTGAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	169499	AAGCTTTTGCAAAGATCCTCTTTAATGCATTCATCTAACTAAATGTGAAG	169548

BX664627.16	51	TAAAGTGTCCTTTTGACTAAATGAGCAGCTTAGACATCCAGAGCTCTGTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	169549	TAAAGTGTCCTTTTGACTAAATGAGCAGCTTAGACATCCAGAGCTCTGTA	169598

BX664627.16	101	TGCTTTGTCTGGAATGACAGGACAAAACAGCAGGGTCTCTCTAAATAATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	169599	TGCTTTGTCTGGAATGACAGGACAAAACAGCAGGGTCTCTCTAAATAATA	169648

BX664627.16	151	GCTGAATCTCAACAACTTTGACAGAGATATATCAATATGTGGACTCATTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	169649	GCTGAATCTCAACAACTTTGACAGAGATATATCAATATGTGGACTCATTA	169698

BX664627.16	201	GATGCTCAGCCATCTGACATATGGAAGTGCTGAGGCTGAATATGATTCTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	169699	GATGCTCAGCCATCTGACATATGGAAGTGCTGAGGCTGAATATGATTCTG	169748

BX664627.16	251	AAGAACATGGAATGGAATGATGTGTAGCTTTACAGATCAATACCATGCTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	169749	AAGAACATGGAATGGAATGATGTGTAGCTTTACAGATCAATACCATGCTA	169798

BX664627.16	301	AAACCACTCTCTTCCTCGCAGAAATGAATACTGTTTGAGTCACAGTGGAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	169799	AAACCACTCTCTTCCTCGCAGAAATGAATACTGTTTGAGTCACAGTGGAT	169848

BX664627.16	351	TCTCAGAAGAGAAAACCCCTCATAACTGTTATGAAGGCTGTCATCAATCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	169849	TCTCAGAAGAGAAAACCCCTCATAACTGTTATGAAGGCTGTCATCAATCA	169898

BX664627.16	401	GAGTGTATTGACTGTTCGTGTAATAACTCCAGTTCCACTTGTTTTTACAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	169899	GAGTGTATTGACTGTTCGTGTAATAACTCCAGTTCCACTTGTTTTTACAG	169948

BX664627.16	451	TGGTGGTCCCAGTCACTGTGATTCTGCTCTTCTCTAATGGTTTAGGCCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	169949	TGGTGGTCCCAGTCACTGTGATTCTGCTCTTCTCTAATGGTTTAGGCCTC	169998

BX664627.16	501	GAGCCACAGCTGATTCACCACTTACAGGTGTCAGACTCAATCTTCAAGGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	169999	GAGCCACAGCTGATTCACCACTTACAGGTGTCAGACTCAATCTTCAAGGC	170048

BX664627.16	551	TGCCTTGATGCATGAAAGTGATATACAGTATAAACTGACAAAAGGTAAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170049	TGCCTTGATGCATGAAAGTGATATACAGTATAAACTGACAAAAGGTAAAA	170098

BX664627.16	601	TAATAGAAATAGCTTTCTGGACTCTTCTGTCAAAAAAGACAGTCTAAGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170099	TAATAGAAATAGCTTTCTGGACTCTTCTGTCAAAAAAGACAGTCTAAGAA	170148

BX664627.16	651	TGTGGTCTGTAAAAGTGAAATATTTTGTGTTAAAACTGAATGATTGATCG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170149	TGTGGTCTGTAAAAGTGAAATATTTTGTGTTAAAACTGAATGATTGATCG	170198

BX664627.16	701	AACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAGATGGTCATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170199	AACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAGATGGTCATA	170248

BX664627.16	751	TTTATTTCAAATACAAAGACAAAAGAACAAATACATGAAAAAAACTTTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170249	TTTATTTCAAATACAAAGACAAAAGAACAAATACATGAAAAAAACTTTTT	170298

BX664627.16	801	AAATGAGGGTTAATTTTTATGAAGAAAACAAAACTTCCACCAACAATCAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170299	AAATGAGGGTTAATTTTTATGAAGAAAACAAAACTTCCACCAACAATCAG	170348

BX664627.16	851	ATTTTTTAGTTTTGTTCATTCCTTATAGTTAGATGTTATTTTCACCAGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170349	ATTTTTTAGTTTTGTTCATTCCTTATAGTTAGATGTTATTTTCACCAGAG	170398

BX664627.16	901	GTTAATTTACCTGAATTTTAAACAAATAACAACAATACCAGATGACATTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170399	GTTAATTTACCTGAATTTTAAACAAATAACAACAATACCAGATGACATTC	170448

BX664627.16	951	CTTTGATGACATCTTACATGACTGCCTGCTTTTGAATGTTGTCATTTTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170449	CTTTGATGACATCTTACATGACTGCCTGCTTTTGAATGTTGTCATTTTGT	170498

BX664627.16	1001	CCTGTTTCTTTGTCAAAATCTGCATCCTATTTGGAGGATCTATCAAGAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170499	CCTGTTTCTTTGTCAAAATCTGCATCCTATTTGGAGGATCTATCAAGAGC	170548

BX664627.16	1051	AGGATACGAATATAACAACAATTTCTTTCGATCATGTTAGGTCATTATGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170549	AGGATACGAATATAACAACAATTTCTTTCGATCATGTTAGGTCATTATGC	170598

BX664627.16	1101	AGTAAGTTGGCAAAGTGATATTGCCATCTTGACAGATAGGAACTTTAAAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170599	AGTAAGTTGGCAAAGTGATATTGCCATCTTGACAGATAGGAACTTTAAAC	170648

BX664627.16	1151	CAGTTCACCAGTTCCTCCAGGTTATTTTTTCTATCTATTCCATAAGACAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170649	CAGTTCACCAGTTCCTCCAGGTTATTTTTTCTATCTATTCCATAAGACAC	170698

BX664627.16	1201	AGTAATATTTAATAATGTAACGTCACCAAATCAGTTCCAGCCAGCACCAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170699	AGTAATATTTAATAATGTAACGTCACCAAATCAGTTCCAGCCAGCACCAA	170748

BX664627.16	1251	GAACAAAAAAAGTCAAAAACAAATGCATTGACACATGTTGGCTTTAAATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170749	GAACAAAAAAAGTCAAAAACAAATGCATTGACACATGTTGGCTTTAAATA	170798

BX664627.16	1301	ACTAAATGGACAAAACTATATAAGAAAAAAATTCTATACTCAACCAAGAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170799	ACTAAATGGACAAAACTATATAAGAAAAAAATTCTATACTCAACCAAGAA	170848

BX664627.16	1351	ACTGTGCACCTACATTAAAATCATCATTTAGAATAATAACAAACGTGACC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170849	ACTGTGCACCTACATTAAAATCATCATTTAGAATAATAACAAACGTGACC	170898

BX664627.16	1401	TACAAATGCAGAAAAACAGCAGAATGTTACCTCAACCAACTTCCTTTATA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170899	TACAAATGCAGAAAAACAGCAGAATGTTACCTCAACCAACTTCCTTTATA	170948

BX664627.16	1451	ATTGGGCTCTATGAGTTCAGGACATCATCTTTGGAAAGGATGTTGAAAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170949	ATTGGGCTCTATGAGTTCAGGACATCATCTTTGGAAAGGATGTTGAAAAG	170998

BX664627.16	1501	AGATTTTCTAAGATCTTAAAACACTGTTTTGATTTACTATGTATTTTGGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	170999	AGATTTTCTAAGATCTTAAAACACTGTTTTGATTTACTATGTATTTTGGG	171048

BX664627.16	1551	ATAAGACAAGCTCCACAAAATGGAATGGTGGGAGGTAATGGGCATACATC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	171049	ATAAGACAAGCTCCACAAAATGGAATGGTGGGAGGTAATGGGCATACATC	171098

BX664627.16	1601	TAAATAAGCAACAACCCAATTATATTACTTCATTTTGAGAGGCAGGGACG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	171099	TAAATAAGCAACAACCCAATTATATTACTTCATTTTGAGAGGCAGGGACG	171148

BX664627.16	1651	ATCAATCCCTCCTCCAACAGGAAGAAATAAAAACATTAAAAGAGTTATAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	171149	ATCAATCCCTCCTCCAACAGGAAGAAATAAAAACATTAAAAGAGTTATAG	171198

BX664627.16	1701	TTTCTACCTGATAAAGAAAGAGACAACAGCACAGCCTAAATTTACTTTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	171199	TTTCTACCTGATAAAGAAAGAGACAACAGCACAGCCTAAATTTACTTTTG	171248

BX664627.16	1751	CAAGTAAATCCGCCCCACAAAATTATTTGATCACACATTACTTTTGCCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	171249	CAAGTAAATCCGCCCCACAAAATTATTTGATCACACATTACTTTTGCCTT	171298

BX664627.16	1801	GGATTTATGCTATGTACAGCAGTGCCTGACTTTCAAGGCTTCTTCAAGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	171299	GGATTTATGCTATGTACAGCAGTGCCTGACTTTCAAGGCTTCTTCAAGTG	171348

BX664627.16	1851	CACTCTCCAGTCAATGAGAATCGATCATCATTTTCAGGGCACTGAATGGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	171349	CACTCTCCAGTCAATGAGAATCGATCATCATTTTCAGGGCACTGAATGGC	171398

BX664627.16	1901	TGAAGGACAATTGACATTTATTCCACTGCAAGCCATGTGATACCCCAATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	171399	TGAAGGACAATTGACATTTATTCCACTGCAAGCCATGTGATACCCCAATA	171448

BX664627.16	1951	GTCCAGATTTGTCACATAATAAACTCCAAAATTAGTATAATTTATTTCAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX664602.11	171449	GTCCAGATTTGTCACATAATAAACTCCAAAATTAGTATAATTTATTTCAT	171498

Overview

Query
BX664627.16 - 206408 bps
Hit
BX664602.11 - 171498 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192920001200011694991714981
279.1763021031456651477671117832561
380.342507571473171480731332840901
482.173739451510661520101507860411
588.663295225932659847-1832488611
688.25220353167749168101-116804171521
788.52227371120978121348-116809171651
892.05270367120978121344147931482951
987.023516164690047515-184503851181
1092.437359978158182577-193658946741
1192.3378611308044881577-194841960001
1293.153555187968080197-196034965301
1387.92073585931059667-11223911227621
1479.722246454344444088-11333491339941
1581.322175073706421211333781338751
1686.163155634271443276-11340051345531
1787.1983414204286444283-11466631480751
1881.352476013611421111467811473751
1989.18114817444096542708-11480801498351
2089.482353573923939595-11510061513661
Short-link