<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AP003795.2	187259	AAGCTTTTGTGCTAGCCATGAGTCTGTCTTCCTGTGAGCACCCCTATCCC	187210
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109107	AAGCTTTTGTGCTAGCCATGAGTCTGTCTTCCTGTGAGCACCCCTATCCC	109156

C  AP003795.2	187209	TGGCTTTCATCCAGCACTGCTCTCAGGACCTTCAGTGGCCGCAGCCCCTG	187160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109157	TGGCTTTCATCCAGCACTGCTCTCAGGACCTTCAGTGGCCGCAGCCCCTG	109206

C  AP003795.2	187159	TCCTGTTCCTGTGAGGCAGAAGCATCACCAACCTGCTGGGAGACAGCATT	187110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109207	TCCTGTTCCTGTGAGGCAGAAGCATCACCAACCTGCTGGGAGACAGCATT	109256

C  AP003795.2	187109	GAAAGATGATTTGGTCTCTTCCACTTGCCTTGTAATCCTTCTTTCAGAGA	187060
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109257	GAAAGATGATTTGGTCTCTTCCACTTGCCTTGTAATCCTTCTTTCAGAGA	109306

C  AP003795.2	187059	AGGGTTTCCTTCTGAACGAGACCAGCTACCACTGTTTGGGTAAGAAGGCT	187010
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109307	AGGGTTTCCTTCTGAACGAGACCAGCTACCACTGTTTGGGTAAGAAGGCT	109356

C  AP003795.2	187009	GGGAGCAGTTCATGGGGCAGCTGCTCTTGAAGTCCAGGCCTGTCTCAGCT	186960
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109357	GGGAGCAGTTCATGGGGCAGCTGCTCTTGAAGTCCAGGCCTGTCTCAGCT	109406

C  AP003795.2	186959	TGGCAAAGTGTCCATAAAACCATCTGGTTAGTCTGGTAACATCCAGAAGT	186910
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109407	TGGCAAAGTGTCCATAAAACCATCTGGTTAGTCTGGTAACATCCAGAAGT	109456

C  AP003795.2	186909	GTCTAAGATGTTGCAGGACTTCCAGGTTGTGTATAACTTATTCCCTTCCA	186860
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109457	GTCTAAGATGTTGCAGGACTTCCAGGTTGTGTATAACTTATTCCCTTCCA	109506

C  AP003795.2	186859	TTTCCCACTGGTAATAGGAGACAGATACTGCTTGCTCTCAGCAAAGGAGT	186810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109507	TTTCCCACTGGTAATAGGAGACAGATACTGCTTGCTCTCAGCAAAGGAGT	109556

C  AP003795.2	186809	GGATGAGACTCACCACCATGGTTAGATGTCCCACTGTGGTGTCCCTGGTG	186760
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109557	GGATGAGACTCACCACCATGGTTAGATGTCCCACTGTGGTGTCCCTGGTG	109606

C  AP003795.2	186759	CCACGTCCAAAAGTAAATGGCACCAAAGCAGACTTTCTTGCTCTTCTCTT	186710
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109607	CCACGTCCAAAAGTAAATGGCACCAAAGCAGACTTTCTTGCTCTTCTCTT	109656

C  AP003795.2	186709	CTTTTTTTTTTTTTTTTTGCACAGGCTATAAGTAGTAGGTTTCTTCTGGC	186660
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109657	CTTTTTTTTTTTTTTTTTGCACAGGCTATAAGTAGTAGGTTTCTTCTGGC	109706

C  AP003795.2	186659	CTGTCCCTGTGTTGCAGATGAGCCAGTGCTGCAAAGCAACTTCAAATATC	186610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109707	CTGTCCCTGTGTTGCAGATGAGCCAGTGCTGCAAAGCAACTTCAAATATC	109756

C  AP003795.2	186609	TGGTAAACTCATCACCCTCAAAGCATCTGAGGCTCGGTGTGGGACTCTGC	186560
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109757	TGGTAAACTCATCACCCTCAAAGCATCTGAGGCTCGGTGTGGGACTCTGC	109806

C  AP003795.2	186559	TAAGCATTCAGTGAAACAGAAGGCAGGGCTGAGTCTGCAGCAGTGCATTT	186510
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109807	TAAGCATTCAGTGAAACAGAAGGCAGGGCTGAGTCTGCAGCAGTGCATTT	109856

C  AP003795.2	186509	CATTACTTACTCACTGAAGTCATGATTCAGTGTTGTGCTGACTTAACCTA	186460
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109857	CATTACTTACTCACTGAAGTCATGATTCAGTGTTGTGCTGACTTAACCTA	109906

C  AP003795.2	186459	GACTGGTATAGGGAGAGCATCACTTCCTTGGTCCTACTATCTTTTGTTTT	186410
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109907	GACTGGTATAGGGAGAGCATCACTTCCTTGGTCCTACTATCTTTTGTTTT	109956

C  AP003795.2	186409	TGTACAAGAAACAAAGCTTGCTGTTTTCCCCATGCCAAAGCATGCAGATG	186360
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	109957	TGTACAAGAAACAAAGCTTGCTGTTTTCCCCATGCCAAAGCATGCAGATG	110006

C  AP003795.2	186359	CACAATGCACTTCTGCGGGCTGCCCTGGAAGGACTTGCTGCAATCTGTTT	186310
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110007	CACAATGCACTTCTGCGGGCTGCCCTGGAAGGACTTGCTGCAATCTGTTT	110056

C  AP003795.2	186309	TAAACACTCGGCAGCTCCCTCATTATTTATCAGAAAGCCTGCCTGGTAAT	186260
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110057	TAAACACTCGGCAGCTCCCTCATTATTTATCAGAAAGCCTGCCTGGTAAT	110106

C  AP003795.2	186259	GCAGCATAGTCTGGAGCCTGCAGAATGTTACTGTGAGTGATACGTATCTG	186210
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110107	GCAGCATAGTCTGGAGCCTGCAGAATGTTACTGTGAGTGATACGTATCTG	110156

C  AP003795.2	186209	TATGTCCTATAGAACTGGAAAGTTTGTTGAATCCTGTGAAGTTTTTGGCT	186160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110157	TATGTCCTATAGAACTGGAAAGTTTGTTGAATCCTGTGAAGTTTTTGGCT	110206

C  AP003795.2	186159	TCAGAAAGTCACTTCTCATGCACATTTTTCATTGTAACTGAATTCCAAGT	186110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110207	TCAGAAAGTCACTTCTCATGCACATTTTTCATTGTAACTGAATTCCAAGT	110256

C  AP003795.2	186109	TACTTAACAACCCCCCTTCCTCCTTCCCTCTTTCTCTTCAAAAGGGACAA	186060
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110257	TACTTAACAACCCCCCTTCCTCCTTCCCTCTTTCTCTTCAAAAGGGACAA	110306

C  AP003795.2	186059	TCATTTTGAAAAACACAACTGTCTGCATGTCACATTCTCCTCTGTAAGGA	186010
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110307	TCATTTTGAAAAACACAACTGTCTGCATGTCACATTCTCCTCTGTAAGGA	110356

C  AP003795.2	186009	GAAAGATGTCATGCTGCGCACTGAAGAACAAATGCACATGGAGGCAGGGT	185960
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110357	GAAAGATGTCATGCTGCGCACTGAAGAACAAATGCACATGGAGGCAGGGT	110406

C  AP003795.2	185959	AGAGTTGCCTCCTTGTGTCCTGTTTGAGGAGGAGGGTAGGGCTAGTACCT	185910
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110407	AGAGTTGCCTCCTTGTGTCCTGTTTGAGGAGGAGGGTAGGGCTAGTACCT	110456

C  AP003795.2	185909	CTTTGTATGATATTGAAAGACCATAGGCTTAGTTGCTAATGACTTTGCCA	185860
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110457	CTTTGTATGATATTGAAAGACCATAGGCTTAGTTGCTAATGACTTTGCCA	110506

C  AP003795.2	185859	ACTGCTAACCATCCTTGCTGGTGTTTTTGGTGCCAGGCAATGTGACTCAG	185810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110507	ACTGCTAACCATCCTTGCTGGTGTTTTTGGTGCCAGGCAATGTGACTCAG	110556

C  AP003795.2	185809	GCTGAGTTCTTGAGGGGATAGCGTCAGCTGAAATGGTTCAGCCGCGTTCA	185760
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110557	GCTGAGTTCTTGAGGGGATAGCGTCAGCTGAAATGGTTCAGCCGCGTTCA	110606

C  AP003795.2	185759	AGAATGAGATAAGAGAAAACAGTCTTTTGGGAGTCTGGTTTGTCTGAGAT	185710
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110607	AGAATGAGATAAGAGAAAACAGTCTTTTGGGAGTCTGGTTTGTCTGAGAT	110656

C  AP003795.2	185709	GAACTTTCTCCATCATCTCTGGAGGAAGATGGGGGTGTTCAATCAGCCCA	185660
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110657	GAACTTTCTCCATCATCTCTGGAGGAAGATGGGGGTGTTCAATCAGCCCA	110706

C  AP003795.2	185659	TCTGAAAGTAGATGCCTAATAGGAGTGACATGAATTAAGTCCATGGCAGT	185610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110707	TCTGAAAGTAGATGCCTAATAGGAGTGACATGAATTAAGTCCATGGCAGT	110756

C  AP003795.2	185609	TCAGAAAGCTTGTTTAATGTAGACTCTTCATTCCTAGAATGGTTGTGTAC	185560
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110757	TCAGAAAGCTTGTTTAATGTAGACTCTTCATTCCTAGAATGGTTGTGTAC	110806

C  AP003795.2	185559	AACCTTCTGAGGCTGAGGAAGAGCCTGCTGCTGTTAGTGTGGGGAAAAAA	185510
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110807	AACCTTCTGAGGCTGAGGAAGAGCCTGCTGCTGTTAGTGTGGGGAAAAAA	110856

C  AP003795.2	185509	TGAAGGAATCAACCTTGTTATATGTTTTAAAGGGGGTGAAAAACAGTCTT	185460
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110857	TGAAGGAATCAACCTTGTTATATGTTTTAAAGGGGGTGAAAAACAGTCTT	110906

C  AP003795.2	185459	GGTTTGTTTGCAGCAGTGAGAGTTTGGTAAATTCTCTGATGCATCCGTTT	185410
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110907	GGTTTGTTTGCAGCAGTGAGAGTTTGGTAAATTCTCTGATGCATCCGTTT	110956

C  AP003795.2	185409	GAACTGTGCGTTGTTGCAGTGCCTATACAAAAAGCAGGAGGATGTATTTC	185360
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	110957	GAACTGTGCGTTGTTGCAGTGCCTATACAAAAAGCAGGAGGATGTATTTC	111006

C  AP003795.2	185359	ATCTATGAACTTTCCTAATGACTTTCATGGTAATGTGAAGCTAGAGAAGA	185310
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	111007	ATCTATGAACTTTCCTAATGACTTTCATGGTAATGTGAAGCTAGAGAAGA	111056

C  AP003795.2	185309	GATAAAAAGGCTGACTATCCCTCCTGTCATCATCGCGGCTTCAGTTCTGC	185260
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX663531.3	111057	GATAAAAAGGCTGACTATCCCTCCTGTCATCATCGCGGCTTCAGTTCTGC	111106

Overview

Query
AP003795.2 - 187259 bps
Hit
BX663531.3 - 111106 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019902000185260187259-11091071111061
21003030173046173075-1742174501
378.87612096451964727-110875110871
484.48561156458764701-152880529951
Short-link