<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX784393.3	115153	AAGCTTGACATTCTCCCAAAAGACATTAATAAAGCCAACTTCTGATTTTC	115202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1	AAGCTTGACATTCTCCCAAAAGACATTAATAAAGCCAACTTCTGATTTTC	50

BX784393.3	115203	CTATAGACAAAAACTATAATATTAAACTATTTAATCCAGCCACCAAATCT	115252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	51	CTATAGACAAAAACTATAATATTAAACTATTTAATCCAGCCACCAAATCT	100

BX784393.3	115253	CTGTTAATTTACAGCACTTGTCATTTTTAGTGACTTTTAGTCATTTAGTC	115302
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	101	CTGTTAATTTACAGCACTTGTCATTTTTAGTGACTTTTAGTCATTTAGTC	150

BX784393.3	115303	ATTTTTTAGTATCTAAAAGCAAATGTGACATCATAAAATGCTTCCCTGAA	115352
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	151	ATTTTTTAGTATCTAAAAGCAAATGTGACATCATAAAATGCTTCCCTGAA	200

BX784393.3	115353	GAGAAGTCAACCATACTTTACTGTAACCAGAAGTAGGCCACAAACACATT	115402
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	201	GAGAAGTCAACCATACTTTACTGTAACCAGAAGTAGGCCACAAACACATT	250

BX784393.3	115403	AATGCACTTGATCAGTCGTGCTTAGTGTTTCATTTCAAATACAAAGCCTT	115452
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	251	AATGCACTTGATCAGTCGTGCTTAGTGTTTCATTTCAAATACAAAGCCTT	300

BX784393.3	115453	TCAGTGAAAGTGGTGGAGCTTTATTGTGATAGCTTTAGCTCTGTATTGAT	115502
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	301	TCAGTGAAAGTGGTGGAGCTTTATTGTGATAGCTTTAGCTCTGTATTGAT	350

BX784393.3	115503	GATACGTGGTTGCAGAGAGGGTCCCCCAAGATTCAAGATGCAGAAAGCCT	115552
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	351	GATACGTGGTTGCAGAGAGGGTCCCCCAAGATTCAAGATGCAGAAAGCCT	400

BX784393.3	115553	GAAGTTGCGCCATTGACATTACATTCATTGAGTGGATTTACTGTGAACAA	115602
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	401	GAAGTTGCGCCATTGACATTACATTCATTGAGTGGATTTACTGTGAACAA	450

BX784393.3	115603	ACTCTAAAAACCTTTTCACTTCAGCATGCAGAATTAATAAAAAAAAATGC	115652
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	451	ACTCTAAAAACCTTTTCACTTCAGCATGCAGAATTAATAAAAAAAAATGC	500

BX784393.3	115653	CTTGTGCACAATATTATCTTGTCATCACACAAAAAACTTTCTGTTTCTAA	115702
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	501	CTTGTGCACAATATTATCTTGTCATCACACAAAAAACTTTCTGTTTCTAA	550

BX784393.3	115703	GTAACAAATAAGTAATGAGTGGACAAATAGAGCTGTGCGATATAAGAAGA	115752
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	551	GTAACAAATAAGTAATGAGTGGACAAATAGAGCTGTGCGATATAAGAAGA	600

BX784393.3	115753	AGAGTGAAACACTGAAGTAAAAAAAGATGCTGTGATAGGTGAAGGAAGAG	115802
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	601	AGAGTGAAACACTGAAGTAAAAAAAGATGCTGTGATAGGTGAAGGAAGAG	650

BX784393.3	115803	AGAGGGATGCAGCTGTCAGTGGGGTGATATGAAATGCTGCTCCTCAGAGC	115852
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	651	AGAGGGATGCAGCTGTCAGTGGGGTGATATGAAATGCTGCTCCTCAGAGC	700

BX784393.3	115853	AGAGGGGACCATGACGTGACCTGAATGAGCTCACTGCTCTTGCTGCCATA	115902
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	701	AGAGGGGACCATGACGTGACCTGAATGAGCTCACTGCTCTTGCTGCCATA	750

BX784393.3	115903	GAGGATCAATGACAGGGGTCCAGCAGGCACAGCTCAGACTCAGAGCTTAC	115952
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	751	GAGGATCAATGACAGGGGTCCAGCAGGCACAGCTCAGACTCAGAGCTTAC	800

BX784393.3	115953	TAATGAAGGCCAGATCCAAAGCTCAAATGTGTGACGCTGCTAGGGACCAG	116002
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	801	TAATGAAGGCCAGATCCAAAGCTCAAATGTGTGACGCTGCTAGGGACCAG	850

BX784393.3	116003	TGCTCTCTCAAACTGTGAGACACACACTGCAGGGACTTGCCTAGACTGAC	116052
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	851	TGCTCTCTCAAACTGTGAGACACACACTGCAGGGACTTGCCTAGACTGAC	900

BX784393.3	116053	CACACATAAAACTCCTTAAAAGTAAAAACATGATCTATTTAGATTTGTAT	116102
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	901	CACACATAAAACTCCTTAAAAGTAAAAACATGATCTATTTAGATTTGTAT	950

BX784393.3	116103	TTACAGATGTTGTGAAAGAAATACCATTGGGTGTTTTGAATTTACTACAC	116152
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	951	TTACAGATGTTGTGAAAGAAATACCATTGGGTGTTTTGAATTTACTACAC	1000

BX784393.3	116153	TAACTTATTGTACAGATGCATGATAAGGTGGCTTTTGCTTTCTAATAAAT	116202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1001	TAACTTATTGTACAGATGCATGATAAGGTGGCTTTTGCTTTCTAATAAAT	1050

BX784393.3	116203	TTGTACACATTAGTGAACTGCATTATGTATAGTTAATATGAAAGGCGTAT	116252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1051	TTGTACACATTAGTGAACTGCATTATGTATAGTTAATATGAAAGGCGTAT	1100

BX784393.3	116253	AGGTATGCATGGTTGTATAGTTCAGTGGTTCTCAAAGTGAGGGTCGGGAC	116302
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1101	AGGTATGCATGGTTGTATAGTTCAGTGGTTCTCAAAGTGAGGGTCGGGAC	1150

BX784393.3	116303	CCCCTGGGGGGGGTATTTTATTCATAACCCACAGAATATAATTAGTAGTT	116352
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1151	CCCCTGGGGGGGGTATTTTATTCATAACCCACAGAATATAATTAGTAGTT	1200

BX784393.3	116353	GCATTAAAGAAACAACAACATACACATAAAAAAAATCTGCCATCAGCCTT	116402
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1201	GCATTAAAGAAACAACAACATACACATAAAAAAAATCTGCCATCAGCCTT	1250

BX784393.3	116403	TGATTTTTATATTAAAATGTAATTAAATTAAGAAATGACTATTAAAAAAA	116452
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1251	TGATTTTTATATTAAAATGTAATTAAATTAAGAAATGACTATTAAAAAAA	1300

BX784393.3	116453	CATATGGTTAATAGACTGTCAGTTTTGTGTTGTCTATAAGCTCATGTTTA	116502
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1301	CATATGGTTAATAGACTGTCAGTTTTGTGTTGTCTATAAGCTCATGTTTA	1350

BX784393.3	116503	TGTATGCCTATATTTGTGTCTGCATCATTTATATATTTACATTATAACCA	116552
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1351	TGTATGCCTATATTTGTGTCTGCATCATTTATATATTTACATTATAACCA	1400

BX784393.3	116553	TTATAACCATCTTGAAAAATGGGGGTCGCGAGTACTGACATTATTATTTT	116602
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1401	TTATAACCATCTTGAAAAATGGGGGTCGCGAGTACTGACATTATTATTTT	1450

BX784393.3	116603	GGTGGTCGCGGGCTGAAAGGTTTAGGAACTCCTGGTACAGTTACATGAAT	116652
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1451	GGTGGTCGCGGGCTGAAAGGTTTAGGAACTCCTGGTACAGTTACATGAAT	1500

BX784393.3	116653	CATAAACATCGTCTTGGTTGATTTTAATTTCAAAACTTCCTAATACAATT	116702
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1501	CATAAACATCGTCTTGGTTGATTTTAATTTCAAAACTTCCTAATACAATT	1550

BX784393.3	116703	TTTAGATCTATTTTTTATCTGCTAACTAAGTAATGCACTGCAATCTAAAC	116752
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1551	TTTAGATCTATTTTTTATCTGCTAACTAAGTAATGCACTGCAATCTAAAC	1600

BX784393.3	116753	TAAGATTAACAAAAGCTAATAAATGCTAATGACATATACTGTATCGTTCA	116802
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1601	TAAGATTAACAAAAGCTAATAAATGCTAATGACATATACTGTATCGTTCA	1650

BX784393.3	116803	TTGTTAATTCACATCAGTTAAAATGTGCTAAGAAATGTGTTCTTGTGTTA	116852
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1651	TTGTTAATTCACATCAGTTAAAATGTGCTAAGAAATGTGTTCTTGTGTTA	1700

BX784393.3	116853	AAAAGTATTGTTAATGCAACCACACCTGATGCTTCAATTATTTTTAAACT	116902
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1701	AAAAGTATTGTTAATGCAACCACACCTGATGCTTCAATTATTTTTAAACT	1750

BX784393.3	116903	GAACTATTTTACTATTAACACATTTAGAGCTCAGATCCCACATGTTTTCC	116952
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1751	GAACTATTTTACTATTAACACATTTAGAGCTCAGATCCCACATGTTTTCC	1800

BX784393.3	116953	CATTCCCACCATGGACATCTTTTTTTCATCTGATCTTCTAATACTTTTTT	117002
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1801	CATTCCCACCATGGACATCTTTTTTTCATCTGATCTTCTAATACTTTTTT	1850

BX784393.3	117003	TTGCTTCCTGTTTCCAGTAGTCTCCTTGGACTTATGCAAACTATCATGGA	117052
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1851	TTGCTTCCTGTTTCCAGTAGTCTCCTTGGACTTATGCAAACTATCATGGA	1900

BX784393.3	117053	TAAGGTGGAATGGACCTGTGTGCATATCCAATATAAGAAGCATTACTTCC	117102
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1901	TAAGGTGGAATGGACCTGTGTGCATATCCAATATAAGAAGCATTACTTCC	1950

BX784393.3	117103	AAATTCCCTTGGACATTGTAACCTGCATGTAACCCTACATCTTCAAAAAC	117152
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649492.6	1951	AAATTCCCTTGGACATTGTAACCTGCATGTAACCCTACATCTTCAAAAAC	2000

Overview

Query
BX784393.3 - 117152 bps
Hit
BX649492.6 - 189844 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193820001151531171521120001
289.939213711196113321976299001
389.939413995431955691976299001
494.971301601228912448140637407951
594.362062561568415939140653409181
697.351031131553115643140858409701
784.865127960079613311005551006791
888.5279122952779539811005581006791
981.23124341110391137911046241049801
1087.29165289952779556511046271049251
1186.53201362465504691111046291049991
1279.78121357960139636911065131068631
1384.2882160722157237411136851138431
1481.5194234725747280711140281142651
1584.7140289667946708211159651162581
1682.58145314761017641411167681170771
1786.15169342880358837611216411219651
1883.4177215106902107116-11271491273531
1986.34199360465404689911310061313711
2091.6678131791697929911676761678071
2190.58781378895889094-11676781678151
2291.04781338933189463-11676781678111
2395.8367968960989704-11676951677901
2493.5821238918189303-11677031678251
Short-link