<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX294666.6	1	GAATTCTGTATGTCGTGACTTTGTGCTTTAGGCATTGGGCAACTCTTAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42070	GAATTCTGTATGTCGTGACTTTGTGCTTTAGGCATTGGGCAACTCTTAGA	42119

BX294666.6	51	GGAACTGGAGTGCAGACAGAATAACCTCAGTTACACTGTCTCCTCGAAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42120	GGAACTGGAGTGCAGACAGAATAACCTCAGTTACACTGTCTCCTCGAAGT	42169

BX294666.6	101	CCAGTGCTAGAGAATCTTACTTTTGGGTGCAAGACGTCATATTATATTAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42170	CCAGTGCTAGAGAATCTTACTTTTGGGTGCAAGACGTCATATTATATTAT	42219

BX294666.6	151	AGTAAAAGTGAAATGTTTGTCTTACTAGGGATTACTGATTCAAATAAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42220	AGTAAAAGTGAAATGTTTGTCTTACTAGGGATTACTGATTCAAATAAAAA	42269

BX294666.6	201	AAAAAAAAAATGTTACACTTAATTTTAATATGTTCTTGTTACAGTGTAAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42270	AAAAAAAAAATGTTACACTTAATTTTAATATGTTCTTGTTACAGTGTAAC	42319

BX294666.6	251	TATTCATATCGACCATTTCAACGTGGTCATTTCATTGGCCAATGAACATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42320	TATTCATATCGACCATTTCAACGTGGTCATTTCATTGGCCAATGAACATT	42369

BX294666.6	301	TCCTGCTTGTTATCAAACTAATCTCTAACTGCTAAAGAAATTAAAAATGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42370	TCCTGCTTGTTATCAAACTAATCTCTAACTGCTAAAGAAATTAAAAATGT	42419

BX294666.6	351	CAAATAAGAAATACATTGGGGCCATTGTTTTTCTTTTCATCTCTCAAAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42420	CAAATAAGAAATACATTGGGGCCATTGTTTTTCTTTTCATCTCTCAAAAT	42469

BX294666.6	401	GGTGTATCATTTAGTAATATTATTTAATTGCACAAACGTATGGCTAGGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42470	GGTGTATCATTTAGTAATATTATTTAATTGCACAAACGTATGGCTAGGGT	42519

BX294666.6	451	CAGCATAGTTTAAGGTTATATTATTGCATAGTTGCATGTAATTTAGCAGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42520	CAGCATAGTTTAAGGTTATATTATTGCATAGTTGCATGTAATTTAGCAGT	42569

BX294666.6	501	TAGGTTTTCAATCGTTTTGTATTTGTAATTTTGATATTATTAATTTGATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42570	TAGGTTTTCAATCGTTTTGTATTTGTAATTTTGATATTATTAATTTGATT	42619

BX294666.6	551	ACTTTTTTATTGATTTGATATACTAATGCATTTTAAAATGTTAAAGGGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42620	ACTTTTTTATTGATTTGATATACTAATGCATTTTAAAATGTTAAAGGGGA	42669

BX294666.6	601	CCTGTTATGCAAAAAATCACTATTATAAGGAGTTTAAACGGATGTTTGGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42670	CCTGTTATGCAAAAAATCACTATTATAAGGAGTTTAAACGGATGTTTGGC	42719

BX294666.6	651	ATCAGTCTGTATATAACCAGCTTCTGATGGTAAAATGTATACATTTTATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42720	ATCAGTCTGTATATAACCAGCTTCTGATGGTAAAATGTATACATTTTATT	42769

BX294666.6	701	TTTTAAAATCACACTTCATGAAAACTGTCAGGGCGAAGCAGTGGCGCAGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42770	TTTTAAAATCACACTTCATGAAAACTGTCAGGGCGAAGCAGTGGCGCAGT	42819

BX294666.6	751	AGGTAGTGCTGTCACCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGGTGTTCTCCCTGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42820	AGGTAGTGCTGTCACCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGGTGTTCTCCCTGC	42869

BX294666.6	801	GTTCGCGTGGGTTTCCTCTGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42870	GTTCGCGTGGGTTTCCTCTGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGA	42919

BX294666.6	851	CATGTTGCAGGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42920	CATGTTGCAGGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGT	42969

BX294666.6	901	ATGAGGGGGACAGGGCCCAGACGACAGACCGGCTGGAATGTGTAAAAAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	42970	ATGAGGGGGACAGGGCCCAGACGACAGACCGGCTGGAATGTGTAAAAAAG	43019

BX294666.6	951	TCGTTATCATATGGACAAGTCTAAATGGAGGACTTGTTCCAAATAGCCGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43020	TCGTTATCATATGGACAAGTCTAAATGGAGGACTTGTTCCAAATAGCCGA	43069

BX294666.6	1001	CCCCGGAACCATACGGGACTAAAGCCAAAGAATAATAATAATAAGAAGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43070	CCCCGGAACCATACGGGACTAAAGCCAAAGAATAATAATAATAAGAAGAA	43119

BX294666.6	1051	GAGACTTCATAAAAACTGTCAGCAGAAACACGTTGATTGACATTCTCCCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43120	GAGACTTCATAAAAACTGTCAGCAGAAACACGTTGATTGACATTCTCCCT	43169

BX294666.6	1101	TTGTATGACATCATAGGGGGAAGGTCCCATCCATTTGAGACAATCTCTCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43170	TTGTATGACATCATAGGGGGAAGGTCCCATCCATTTGAGACAATCTCTCC	43219

BX294666.6	1151	TTGTCATTGTTGTAGGTGTGTGCACACTTTTGTTTGTCTGTGTTGTCACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43220	TTGTCATTGTTGTAGGTGTGTGCACACTTTTGTTTGTCTGTGTTGTCACT	43269

BX294666.6	1201	TGATCATGTTTTGTTTTCCCACGTGTGTTTGTTGTTGCTAGTCAGTGTTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43270	TGATCATGTTTTGTTTTCCCACGTGTGTTTGTTGTTGCTAGTCAGTGTTG	43319

BX294666.6	1251	TTGTGGTCACCTGGGTTATTGCTTGTCGATTGGCAGTTCTAATTACTGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43320	TTGTGGTCACCTGGGTTATTGCTTGTCGATTGGCAGTTCTAATTACTGTT	43369

BX294666.6	1301	AAACTATGGCTAATTAATGCGGCTATGTCTGGGCGGTGATCCTTTGTTTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43370	AAACTATGGCTAATTAATGCGGCTATGTCTGGGCGGTGATCCTTTGTTTC	43419

BX294666.6	1351	TCTGTCAGTTCGTTTTTGTTAGGTATGTCACTCTGTGTTTTGTCAGGGTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43420	TCTGTCAGTTCGTTTTTGTTAGGTATGTCACTCTGTGTTTTGTCAGGGTT	43469

BX294666.6	1401	CATGTGGACTCTTCATTGGACTCCTGGGGCCTCATGTATGAAGACTTGCG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43470	CATGTGGACTCTTCATTGGACTCCTGGGGCCTCATGTATGAAGACTTGCG	43519

BX294666.6	1451	TTAAAATGATACTAAAACATTGCGTACGCACAAAGCTGTAAATGTGCGTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43520	TTAAAATGATACTAAAACATTGCGTACGCACAAAGCTGTAAATGTGCGTA	43569

BX294666.6	1501	CGCAATAAAAAATCCAGATGTATGAAACACTGCATACGTGGAATCCTGCG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43570	CGCAATAAAAAATCCAGATGTATGAAACACTGCATACGTGGAATCCTGCG	43619

BX294666.6	1551	TATATTCTCTGTACATCTGAATAAACGTGAAATTAAGCGCACGTGCACAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43620	TATATTCTCTGTACATCTGAATAAACGTGAAATTAAGCGCACGTGCACAA	43669

BX294666.6	1601	GCGCAAAACCCCTCACTGCCTCCTACCCCTAAATATGGTAATGACTCTAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43670	GCGCAAAACCCCTCACTGCCTCCTACCCCTAAATATGGTAATGACTCTAC	43719

BX294666.6	1651	TTTGGCAAAACCATACAAAAAAGCAATGGCAAAAGCAAGCAATAAGAGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43720	TTTGGCAAAACCATACAAAAAAGCAATGGCAAAAGCAAGCAATAAGAGAA	43769

BX294666.6	1701	ACTTCACAAAATGTGAATTGGAGGTGCTCCAGAGGTAGACCGGAAAAAAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43770	ACTTCACAAAATGTGAATTGGAGGTGCTCCAGAGGTAGACCGGAAAAAAC	43819

BX294666.6	1751	TGTGTTATTTGCAAGTTTGTCCTCCAGAGTTAATAACAAAAAAAATAAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43820	TGTGTTATTTGCAAGTTTGTCCTCCAGAGTTAATAACAAAAAAAATAAAT	43869

BX294666.6	1801	AAAAAATAGAGTGGGATAATTTAGCTGACGCGGTTAACGCAGTGGGGTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43870	AAAAAATAGAGTGGGATAATTTAGCTGACGCGGTTAACGCAGTGGGGTCT	43919

BX294666.6	1851	GAACATAGCACTGTGAGTGAATTAAAAAAGACATGGTCCGATGTAAATGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43920	GAACATAGCACTGTGAGTGAATTAAAAAAGACATGGTCCGATGTAAATGT	43969

BX294666.6	1901	GTACAATTTTGTAGAGTCTTTTTAGGCTAAGTGCAAATAGCACACCTCGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	43970	GTACAATTTTGTAGAGTCTTTTTAGGCTAAGTGCAAATAGCACACCTCGT	44019

BX294666.6	1951	TGGATAGAGCTAGTTGAGTGATTCCCACCCATCACCGTTTGATTGACAGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649362.6	44020	TGGATAGAGCTAGTTGAGTGATTCCCACCCATCACCGTTTGATTGACAGA	44069

Overview

Query
BX294666.6 - 184574 bps
Hit
BX649362.6 - 44069 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001957200012000142070440691
287.1610519774312745081168818741
378.711035960972613301324335941
484.355511564384644981324333571
581.171113137771778029110588108951
690.4354941420714300118176182691
789.855981433314430118176182731
891.1153901446714556118176182651
987.72571145502055133118176182891
1085.27541281457314700118177183051
1186.97912301446714696118596188251
1292.04601135502055132118596187081
1386.61421125502255133118706188171
1489.1341921420914300118726188171
1596.813794174147174240-131585316781
1610040838655886640131595316771
1797.1442105102346102450131595316991
181004082174147174228131595316761
1997.1746106102345102450-131598317031
2099.01501017827778377131603317031
2110052997827578373-131606317041
2298.8546878655486640-131620317061
2396.34754129812129865-142805428581
2497.834346133839133884142810428551
2592.45781096113061238-142858429631
2683.9255114133932134045142858429691
Short-link