<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX640466.9	2000	GACTAAAGTTTATATAATATGATGATTACTAAACATGGCTTTAAAGCAGA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1	GACTAAAGTTTATATAATATGATGATTACTAAACATGGCTTTAAAGCAGA	50

C  BX640466.9	1950	AAGGATGGATAATGAGTCAGGGAGGTAAGACTTCATAACATGATTTCTCA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	51	AAGGATGGATAATGAGTCAGGGAGGTAAGACTTCATAACATGATTTCTCA	100

C  BX640466.9	1900	GCCATGATCTGGTCTAAGACCACAGATAATTCTTTAGAATTGTTATAATT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	101	GCCATGATCTGGTCTAAGACCACAGATAATTCTTTAGAATTGTTATAATT	150

C  BX640466.9	1850	AATTTTCATGCAAAAGGTTTCTTAAGTGGTCTTGGCATATCACTCCAGTT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	151	AATTTTCATGCAAAAGGTTTCTTAAGTGGTCTTGGCATATCACTCCAGTT	200

C  BX640466.9	1800	GTTGTTTTATTATGTTGTTTGTTATGTTTATTAAATAACAAATCTAACAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	201	GTTGTTTTATTATGTTGTTTGTTATGTTTATTAAATAACAAATCTAACAA	250

C  BX640466.9	1750	TTCAAGGGAGGTGGGGTGTATGGGGTGGTTTGCCAGGGTGTCATTTAAAC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	251	TTCAAGGGAGGTGGGGTGTATGGGGTGGTTTGCCAGGGTGTCATTTAAAC	300

C  BX640466.9	1700	TAGAACCGCCACTACCCTCCCCGATCGTCGTTGACAGCACGCACACACCT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	301	TAGAACCGCCACTACCCTCCCCGATCGTCGTTGACAGCACGCACACACCT	350

C  BX640466.9	1650	TCAATAGACAACAATGGCAATTTAATATTTACCTTAAGGTACAGTATATC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	351	TCAATAGACAACAATGGCAATTTAATATTTACCTTAAGGTACAGTATATC	400

C  BX640466.9	1600	AATAGAAGAAGCTGCATTAATAAAATGGCTCAAAAACTAATATGGATAAA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	401	AATAGAAGAAGCTGCATTAATAAAATGGCTCAAAAACTAATATGGATAAA	450

C  BX640466.9	1550	TGATATTATTAGGTAGGCTATAGTGAGTGTGTATATAGAAATGCCTTTTG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	451	TGATATTATTAGGTAGGCTATAGTGAGTGTGTATATAGAAATGCCTTTTG	500

C  BX640466.9	1500	TTCAGTTTGTTCATTTGTTTGGGTTATTATTTACTCATTATTCTTTCTTT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	501	TTCAGTTTGTTCATTTGTTTGGGTTATTATTTACTCATTATTCTTTCTTT	550

C  BX640466.9	1450	TTTTTCGGCTTAGAACCGCCAACCTATCTAGCACATTTTTACACAGCGGA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	551	TTTTTCGGCTTAGAACCGCCAACCTATCTAGCACATTTTTACACAGCGGA	600

C  BX640466.9	1400	TGCCCTTCCAGCTGCAACCCATCACTGGGAATAATAAACTCATTAATCTT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	601	TGCCCTTCCAGCTGCAACCCATCACTGGGAATAATAAACTCATTAATCTT	650

C  BX640466.9	1350	CATTAATTTTAGACTTGTCATATAACGTATGATGTACAATAAAAGCATGT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	651	CATTAATTTTAGACTTGTCATATAACGTATGATGTACAATAAAAGCATGT	700

C  BX640466.9	1300	AAAAAAAGAGTATATATATATATATATATAATATATATATAAAGTGTTTT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	701	AAAAAAAGAGTATATATATATATATATATAATATATATATAAAGTGTTTT	750

C  BX640466.9	1250	TAAACTAAACATAGATTTTTATTTGGTTTGACCATGTACTTCCTGAATTA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	751	TAAACTAAACATAGATTTTTATTTGGTTTGACCATGTACTTCCTGAATTA	800

C  BX640466.9	1200	TTTCAAGGAATAAATTGCAAAATTTAAAGAATAATTAATTAAATGAATAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	801	TTTCAAGGAATAAATTGCAAAATTTAAAGAATAATTAATTAAATGAATAA	850

C  BX640466.9	1150	AAACTACATTATTTCATTTACCAGAAACAAAAATATAACATTACACTGAA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	851	AAACTACATTATTTCATTTACCAGAAACAAAAATATAACATTACACTGAA	900

C  BX640466.9	1100	TTCATTATTTTTTTAGTGTGCCACCCCAAGATTTGGTGCGGTCTCTTCTG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	901	TTCATTATTTTTTTAGTGTGCCACCCCAAGATTTGGTGCGGTCTCTTCTG	950

C  BX640466.9	1050	GCCACCCCTAAGAAAATTTTCTGGGGGCGCCACTGGTTGAGTAAATCTTA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	951	GCCACCCCTAAGAAAATTTTCTGGGGGCGCCACTGGTTGAGTAAATCTTA	1000

C  BX640466.9	1000	ATCTTTTAAAATGCCTTCACGTTAAAACAAGTGACCTAGTGTTACTTTAA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1001	ATCTTTTAAAATGCCTTCACGTTAAAACAAGTGACCTAGTGTTACTTTAA	1050

C  BX640466.9	950	AAAGTAACTTATCCAACAATGTCAATGAAGCACACCATATCCATTTGTGT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1051	AAAGTAACTTATCCAACAATGTCAATGAAGCACACCATATCCATTTGTGT	1100

C  BX640466.9	900	TTCTGTATGTATTAATAGTATTGTGCTTATTTTATTCCAGATTAAAATAA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1101	TTCTGTATGTATTAATAGTATTGTGCTTATTTTATTCCAGATTAAAATAA	1150

C  BX640466.9	850	AATACAACAGACAGACTAAAATGCTCAGCTTCACACAATCGATTTGTGTT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1151	AATACAACAGACAGACTAAAATGCTCAGCTTCACACAATCGATTTGTGTT	1200

C  BX640466.9	800	GGAACAACATGAAAGAATTAAATTTACTTTTTAATTTTTACTATTTTATT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1201	GGAACAACATGAAAGAATTAAATTTACTTTTTAATTTTTACTATTTTATT	1250

C  BX640466.9	750	TGGATTAAACATAAACAATTGTCCCAAAAACTCAAGAATTGTGTTGTTTT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1251	TGGATTAAACATAAACAATTGTCCCAAAAACTCAAGAATTGTGTTGTTTT	1300

C  BX640466.9	700	AGCTCATTTTAAATAGGTAGTTTGAACAAACACCAAACATGTAGAACGAC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1301	AGCTCATTTTAAATAGGTAGTTTGAACAAACACCAAACATGTAGAACGAC	1350

C  BX640466.9	650	AGACAGACAGAAGGACGGAGGGATGGACGGACAGAGTCCAAAAGAGATCA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1351	AGACAGACAGAAGGACGGAGGGATGGACGGACAGAGTCCAAAAGAGATCA	1400

C  BX640466.9	600	TTGTAGATAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATATATATATATATATA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1401	TTGTAGATAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATATATATATATATATA	1450

C  BX640466.9	550	TATATATATATATATATATATATATATGTGCAATTCACTTAATTTGAGAA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1451	TATATATATATATATATATATATATATGTGCAATTCACTTAATTTGAGAA	1500

C  BX640466.9	500	TCACATAACTTGATAATAATATCAATTAATTTTATATAATAATTCTGTCC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1501	TCACATAACTTGATAATAATATCAATTAATTTTATATAATAATTCTGTCC	1550

C  BX640466.9	450	AGAACAAAAGATGTGTGAGAAGGCACACTGAAATTAATTTTAATAGAGCT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1551	AGAACAAAAGATGTGTGAGAAGGCACACTGAAATTAATTTTAATAGAGCT	1600

C  BX640466.9	400	ACATTGACAGAACTGGATGAGCTGACATCTATGTATGCACCAAAAATAAA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1601	ACATTGACAGAACTGGATGAGCTGACATCTATGTATGCACCAAAAATAAA	1650

C  BX640466.9	350	AGTTGACCTAATCCATCTTATTATCACACAGTCCAGCTAGCAGCCTCACT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1651	AGTTGACCTAATCCATCTTATTATCACACAGTCCAGCTAGCAGCCTCACT	1700

C  BX640466.9	300	ATAAATATATAGTCTTCATCTGGAGCAATTGAGAACATTAGAGCAAACCC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1701	ATAAATATATAGTCTTCATCTGGAGCAATTGAGAACATTAGAGCAAACCC	1750

C  BX640466.9	250	ACTGACTCACCTTTAGGGAAAAGTGATGCATCACATGACCATACATGGCT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1751	ACTGACTCACCTTTAGGGAAAAGTGATGCATCACATGACCATACATGGCT	1800

C  BX640466.9	200	CTACCAAACACACACATTCCTTCACACACACTCATAAAGAAAGGCCACAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1801	CTACCAAACACACACATTCCTTCACACACACTCATAAAGAAAGGCCACAT	1850

C  BX640466.9	150	TCCCTGAGCATAAGGAATAGTTTGGCGTATGGGGACAAAAGGACTGGAGA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1851	TCCCTGAGCATAAGGAATAGTTTGGCGTATGGGGACAAAAGGACTGGAGA	1900

C  BX640466.9	100	CATGGAAAAACTGATGATGAAATAACTTCTAAAACTTTCAAGTCATGTCC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1901	CATGGAAAAACTGATGATGAAATAACTTCTAAAACTTTCAAGTCATGTCC	1950

C  BX640466.9	50	TATGAGCCCAATGAGCTTCATCATCAAGACCAAACATGCTCAGGGAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649275.5	1951	TATGAGCCCAATGAGCTTCATCATCAAGACCAAACATGCTCAGGGAATTC	2000

Overview

Query
BX640466.9 - 182577 bps
Hit
BX649275.5 - 118765 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001901200012000-1120001
279.7318154536167367111340139131
387.6113724584640848841340836411
488.341142193345533673-110979112011
584.6174436181539181974111000114341
691.37951395899559133-111140112781
786.851462889010190388121139214271
886.15185407181577181983-121168215641
987.51783595887259230121197215641
1091.6781108179023179130-134587346941
1188.4375120153104153223-140176402961
1284.67711361088311018143889440251
1387.8784140140415140554-143889440281
1489.46231359139283139641-154147544971
1587.36199361108488108848154150544971
1676.3879333137936138268-174873751981
1781.5279184109750109933-175010751931
1894.85113137108720108856175679758141
1991.6798132153104153235-175679758101
2091.61106149108708108856190383905371
2182.62952333748437716-192591928261
2277.0681326170985171310-11165561168691
2384.510520010972410992311173991175981
Short-link