<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2002 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AL928834.15	187763	TGGGACCCACATTTTTACATGGTCATCAAGCTGCGACTTAATTTTTTAGG	187812
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1	TGGGACCCACATTTTTACATGGTCATCAAGCTGCGACTTAATTTTTTAGG	50

AL928834.15	187813	AACTATAATACACTTTTAGTAATGTAATGCAATGTATTTTTTATTTAATG	187862
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	51	AACTATAATACACTTTTAGTAATGTAATGCAATGTATTTTTTATTTAATG	100

AL928834.15	187863	CCATGTCAGCAACTAAGGCTATTTTCATGGCAGGAATTTTTCAACAATAA	187912
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	101	CCATGTCAGCAACTAAGGCTATTTTCATGGCAGGAATTTTTCAACAATAA	150

AL928834.15	187913	ATATACAATTTAAAAATCAACAAACAAAATAAAACAAATTAAATAAGATT	187962
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	151	ATATACAATTTAAAAATCAACAAACAAAATAAAACAAATTAAATAAGATT	200

AL928834.15	187963	TTTTGTGTTAATACATGATTAAAATTTTAAAATCTTTTCTGGTTTCACTT	188012
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	201	TTTTGTGTTAATACATGATTAAAATTTTAAAATCTTTTCTGGTTTCACTT	250

AL928834.15	188013	TGTTAAAAATGTCCTTAAACGTTCATTCATAAAAAAGTCTTGAGTTTTGC	188062
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	251	TGTTAAAAATGTCCTTAAACGTTCATTCATAAAAAAGTCTTGAGTTTTGC	300

AL928834.15	188063	AGCACAAACACTGAGTTGGGTTTTCATCTTGGAGCAAAAAACCATGTGTT	188112
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	301	AGCACAAACACTGAGTTGGGTTTTCATCTTGGAGCAAAAAACCATGTGTT	350

AL928834.15	188113	ATTCTCGTATGCCCAATCTGACGTCTGGTAAAAACTACTCGATCAAATCG	188162
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	351	ATTCTCGTATGCCCAATCTGACGTCTGGTAAAAACTACTCGATCAAATCG	400

AL928834.15	188163	ATTGTTCAAATGTCTTGAAAGTCTGTGTGAGATTTCAGGTTGGGTTGCAT	188212
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	401	ATTGTTCAAATGTCTTGAAAGTCTGTGTGAGATTTCAGGTTGGGTTGCAT	450

AL928834.15	188213	GTAGTTTATTGTTTTTTAATGCATCCCACTCCTTTTGCCACTTGTTTAAA	188262
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	451	GTAGTTTATTGTTTTTTAATGCATCCCACTCCTTTTGCCACTTGTTTAAA	500

AL928834.15	188263	ATGTAAGTGTTGATAAAAGGTTTCATCTGTGACGGAGGGATTTGGCATTT	188312
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	501	ATGTAAGTGTTGATAAAAGGTTTCATCTGTGACGGAGGGATTTGGCATTT	550

AL928834.15	188313	GTTCACTATTTGCTTCTAAGCATCTTTAGCAGCTGCATCAGCTCGCTCGT	188362
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	551	GTTCACTATTTGCTTCTAAGCATCTTTAGCAGCTGCATCAGCTCGCTCGT	600

AL928834.15	188363	TGCCTGAAAGTCCGACATGTCCTGGAACCCAGCAGAAAATGATGTGATAA	188412
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	601	TGCCTGAAAGTCCGACATGTCCTGGAACCCAGCAGAAAATGATGTGATAA	650

AL928834.15	188413	AACTGATTTTGTAGTTGGTGAACTTTAGTTCAAATATTATCATCAATCAA	188462
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	651	AACTGATTTTGTAGTTGGTGAACTTTAGTTCAAATATTATCATCAATCAA	700

AL928834.15	188463	AGGATTAATACAATTTTAGGAATTATTATTAATTTGTATTTATTTGTTAA	188512
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	701	AGGATTAATACAATTTTAGGAATTATTATTAATTTGTATTTATTTGTTAA	750

AL928834.15	188513	CATAACCAAGTAGTGACAGATAAATCGTAAGAAATTCACCAAGACTTACA	188562
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	751	CATAACCAAGTAGTGACAGATAAATCGTAAGAAATTCACCAAGACTTACA	800

AL928834.15	188563	AATAAACTATATTTACTGCTGTCATTAACCAAAATGCATCAAATTATAGA	188612
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	801	AATAAACTATATTTACTGCTGTCATTAACCAAAATGCATCAAATTATAGA	850

AL928834.15	188613	AATATTACAAAGCAAAAACGACAAATACTGTAAACAGTGGTTAGGGTAAG	188662
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	851	AATATTACAAAGCAAAAACGACAAATACTGTAAACAGTGGTTAGGGTAAG	900

AL928834.15	188663	GAAAGGCTCAGTTAACATGAACTAAACTGAGCTGTTAATAAAACTATTTG	188712
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	901	GAAAGGCTCAGTTAACATGAACTAAACTGAGCTGTTAATAAAACTATTTG	950

AL928834.15	188713	TCTGGCTTCTACATGTCGTTTTAATTTAGGTTTCGTTACTACATATGACA	188762
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	951	TCTGGCTTCTACATGTCGTTTTAATTTAGGTTTCGTTACTACATATGACA	1000

AL928834.15	188763	CTGAGGCTTTAAGTCTTTTATGTCGTCAATATATGTAAACCCATACTTTA	188812
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1001	CTGAGGCTTTAAGTCTTTTATGTCGTCAATATATGTAAACCCATACTTTA	1050

AL928834.15	188813	CATATTCGGGGTCATACTTGCACTTAGACGTATTTGTTGCTATAATTAAA	188862
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1051	CATATTCGGGGTCATACTTGCACTTAGACGTATTTGTTGCTATAATTAAA	1100

AL928834.15	188863	TGTAATTGCACATGTCAAATGGTAGTGTTGTTGTGCACGCATTTCAAAAT	188912
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1101	TGTAATTGCACATGTCAAATGGTAGTGTTGTTGTGCACGCATTTCAAAAT	1150

AL928834.15	188913	AAGTCCGCTATCAGCAAAATAAAACTAAAATTAAACTTTAGTTGTTTTAT	188962
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1151	AAGTCCGCTATCAGCAAAATAAAACTAAAATTAAACTTTAGTTGTTTTAT	1200

AL928834.15	188963	TGATCACACACTCCACGACCCGCTGAAAATGTTCCCACGACCCGACCCAC	189012
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1201	TGATCACACACTCCACGACCCGCTGAAAATGTTCCCACGACCCGACCCAC	1250

AL928834.15	189013	CAGTTGAGAAACACTGGTCTTGAGGGATGGCTTGTAGTGTGGGTGGGTTT	189062
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1251	CAGTTGAGAAACACTGGTCTTGAGGGATGGCTTGTAGTGTGGGTGGGTTT	1300

AL928834.15	189063	ATTTTTATTTATTTGCATATGTAATGTGTGGACAAAGTATGTAAAAATGG	189112
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1301	ATTTTTATTTATTTGCATATGTAATGTGTGGACAAAGTATGTAAAAATGG	1350

AL928834.15	189113	CAAATCTTTCCAATAGATTTATTTGACCAAATAAATCGTAAAAATCCATA	189162
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1351	CAAATCTTTCCAATAGATTTATTTGACCAAATAAATCGTAAAAATCCATA	1400

AL928834.15	189163	TCAGTGCATTCTTATATAGTATCATCATTTTATTCAGCTCAGTGTTTATT	189212
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1401	TCAGTGCATTCTTATATAGTATCATCATTTTATTCAGCTCAGTGTTTATT	1450

AL928834.15	189213	TTGGCTTAATAAAATAGTATTAATAATTAAAATTTAGCAATAAAAGAGCT	189262
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1451	TTGGCTTAATAAAATAGTATTAATAATTAAAATTTAGCAATAAAAGAGCT	1500

AL928834.15	189263	CTAAAGAAGATGAGTGTCGTCACCCAATCAACCACAGCAATAGTTTTAGT	189312
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1501	CTAAAGAAGATGAGTGTCGTCACCCAATCAACCACAGCAATAGTTTTAGT	1550

AL928834.15	189313	CGTGTGACGATAATCGTTTTCAGGATATACCATGATTTGGAAAAGTCAAG	189362
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1551	CGTGTGACGATAATCGTTTTCAGGATATACCATGATTTGGAAAAGTCAAG	1600

AL928834.15	189363	GTTTTAAAACAGCCAAAATGTTCTGTTATACCATTTCTAAGGTATGTATG	189412
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1601	GTTTTAAAACAGCCAAAATGTTCTGTTATACCATTTCTAAGGTATGTATG	1650

AL928834.15	189413	TGTAAGATCTTTATATTTATATATATATATATATATATATATATATATTT	189462
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
BX640590.7	1651	TGTAAGATCTTTATATTTATATATATATATATATATATATATATAT--TT	1698

AL928834.15	189463	TTTTTAGGACAACAGTATTTCCAGCAGAAAAAATATCTAAAGACGCCGCT	189512
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1699	TTTTTAGGACAACAGTATTTCCAGCAGAAAAAATATCTAAAGACGCCGCT	1748

AL928834.15	189513	TTAAATTGTAGAGAATTGTTTTGGACACTACTGAAGACAGCAGAAGTCAT	189562
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1749	TTAAATTGTAGAGAATTGTTTTGGACACTACTGAAGACAGCAGAAGTCAT	1798

AL928834.15	189563	GGGCTGCGTCCGCAACCACCTACTACTCAGTAGGTACTGCATTTAAATGT	189612
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1799	GGGCTGCGTCCGCAACCACCTACTACTCAGTAGGTACTGCATTTAAATGT	1848

AL928834.15	189613	AAACGTACTACTCAGCCGTTAAAAAAGTCTGTTCAATACAGTATGAATGT	189662
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1849	AAACGTACTACTCAGCCGTTAAAAAAGTCTGTTCAATACAGTATGAATGT	1898

AL928834.15	189663	GAAAAGTATGAATGGAATTGGGACGTACTACATCCACCATTTTGTCATGG	189712
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1899	GAAAAGTATGAATGGAATTGGGACGTACTACATCCACCATTTTGTCATGG	1948

AL928834.15	189713	TCACGTGACGTACCTGCGTCAGTTGCGTTGCTTCATTTCCATTCATGAAT	189762
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640590.7	1949	TCACGTGACGTACCTGCGTCAGTTGCGTTGCTTCATTTCCATTCATGAAT	1998

AL928834.15	189763	TC	189764
			||
BX640590.7	1999	TC	2000

Compact alignment

skip 1650 bps 100% identity alignment

AL928834.15	189413	TGTAAGATCTTTATATTTATATATATATATATATATATATATATATATTT	189462
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
BX640590.7	1651	TGTAAGATCTTTATATTTATATATATATATATATATATATATATAT--TT	1698

skip 302 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL928834.15 - 189764 bps
Hit
BX640590.7 - 10676 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2002 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9190420021877631897641120001
284.2690229167908168136-1640266171
3100326527689277531687969431
410033671098911099571688069461
5100366727474275401688169471
610032661578641579291688169461
710036671664631665291688169471
810036671691601692261688169471
910032661799561800211688169461
1010036672747327539-1688169471
111003266109892109957-1688169461
1298.593871157859157929-1688169511
131003266166463166528-1688169461
141003266169142169207-1688169461
151003667179955180021-1688169471
1695.773271168171168241-1688369531
1710031632769127753-1688469461
1810033611681821682421688769471
19100325828062281191689069471
2098.333161128166128226-1769977581
211005273169119169191-1770477761
221003043168901168943-1772277641
23100315753429534851789879541
24100305573753738071790079541
25100305538276383301790179551
26100305541426414801790179551
2786.267114134009341491892190511
Short-link