<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR788299.4	1	CTCAGTTTCCTTTTTATTCAATGAAGAAGATGATGCACTGACATAGTTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184259	CTCAGTTTCCTTTTTATTCAATGAAGAAGATGATGCACTGACATAGTTAT	184308

CR788299.4	51	TTACATTAGACCTCACCTATGGTATTGTTCTTTATTGGAGGGAATGCGAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184309	TTACATTAGACCTCACCTATGGTATTGTTCTTTATTGGAGGGAATGCGAC	184358

CR788299.4	101	AATAGAGCCGCCATTTTAGTACAGGGTAGAGCTTCCTTGAAATGAATGTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184359	AATAGAGCCGCCATTTTAGTACAGGGTAGAGCTTCCTTGAAATGAATGTG	184408

CR788299.4	151	GGAACAAGGTGCAATAGAGGACTGGCCATTCAGAGCCATAGATATGTAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184409	GGAACAAGGTGCAATAGAGGACTGGCCATTCAGAGCCATAGATATGTAAA	184458

CR788299.4	201	CACATATACATATATCTATGACTGCTAATATGAGCTTATGGGTGGTATAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184459	CACATATACATATATCTATGACTGCTAATATGAGCTTATGGGTGGTATAT	184508

CR788299.4	251	TTAGACTCAGCTGTGTAGCAGGTGTAATGTTCAATTCACCCTTATTTCTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184509	TTAGACTCAGCTGTGTAGCAGGTGTAATGTTCAATTCACCCTTATTTCTA	184558

CR788299.4	301	TAGCGCTTTTACATTGTAGTGTCAAAGCAGCTTCACATATAAGTACTAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184559	TAGCGCTTTTACATTGTAGTGTCAAAGCAGCTTCACATATAAGTACTAAT	184608

CR788299.4	351	GAATTGAAACTGTCAGTCCAGTTTTCAAAGTTGAAGCTCAGTTTAGTTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184609	GAATTGAAACTGTCAGTCCAGTTTTCAAAGTTGAAGCTCAGTTTAGTTCA	184658

CR788299.4	401	GTTCAGTGTGGTGTAATTTTCACTGCTGATAGTCCAAACACTGAAGAGCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184659	GTTCAGTGTGGTGTAATTTTCACTGCTGATAGTCCAAACACTGAAGAGCA	184708

CR788299.4	451	AATCCATTGATGTGCATTTCAACAAGTCCCAAATCAAGCAAGCCAGTGGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184709	AATCCATTGATGTGCATTTCAACAAGTCCCAAATCAAGCAAGCCAGTGGC	184758

CR788299.4	501	GACAGTGACAAGGAACAAACTTTACCATTTAACGAAAGTGAAGGAAAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184759	GACAGTGACAAGGAACAAACTTTACCATTTAACGAAAGTGAAGGAAAAAA	184808

CR788299.4	551	ATAACCTTGAGAGAAACCAAGCTTAATTGGGCACGACCGTTTCTCCTCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184809	ATAACCTTGAGAGAAACCAAGCTTAATTGGGCACGACCGTTTCTCCTCTG	184858

CR788299.4	601	GCCAAACTTCCTGTGCGGAGCTGCAGTCTAGGCGCCAGAGGTTATGTAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184859	GCCAAACTTCCTGTGCGGAGCTGCAGTCTAGGCGCCAGAGGTTATGTAAA	184908

CR788299.4	651	TGGGATCTAAGAAGCATCCAGTTGCTGCATCTGCTCACATACTGAGCTCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184909	TGGGATCTAAGAAGCATCCAGTTGCTGCATCTGCTCACATACTGAGCTCA	184958

CR788299.4	701	TAATGCTTTAAAGCATTTAATGCATTTATGCAAATAGTCTGTACTCATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	184959	TAATGCTTTAAAGCATTTAATGCATTTATGCAAATAGTCTGTACTCATTT	185008

CR788299.4	751	ACTCTAAATGTGTACAAGTGTCGACATTCATTTAGGCAAAAACTGCTTAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185009	ACTCTAAATGTGTACAAGTGTCGACATTCATTTAGGCAAAAACTGCTTAA	185058

CR788299.4	801	AATCCAATTCAACAGTTCTCATTGCATTTAATCCAATTTCAAACAACCTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185059	AATCCAATTCAACAGTTCTCATTGCATTTAATCCAATTTCAAACAACCTA	185108

CR788299.4	851	CAGATGTGTAGCTTTTTCTTGTCCGGACTACAAAAGTGCACCAAAATCTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185109	CAGATGTGTAGCTTTTTCTTGTCCGGACTACAAAAGTGCACCAAAATCTT	185158

CR788299.4	901	TGATTTGTGCTATCTGTCTGAACAAAGCCAATGCAGAACATCCCATAATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185159	TGATTTGTGCTATCTGTCTGAACAAAGCCAATGCAGAACATCCCATAATT	185208

CR788299.4	951	GATTCTTCTTTTTCATTGGCATGATAAACACCCACTAATCCCTTTGTTCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185209	GATTCTTCTTTTTCATTGGCATGATAAACACCCACTAATCCCTTTGTTCC	185258

CR788299.4	1001	AAATTGTTTTTTCTTTTTGTTTGTTTGTTTCCACTTTACTCTCTGCTTCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185259	AAATTGTTTTTTCTTTTTGTTTGTTTGTTTCCACTTTACTCTCTGCTTCT	185308

CR788299.4	1051	TACCGCTGCATCGTTCATCCAGAAAAAAAAGGAGGGATGCTGTCGAGAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185309	TACCGCTGCATCGTTCATCCAGAAAAAAAAGGAGGGATGCTGTCGAGAAA	185358

CR788299.4	1101	AGGAAGTTCAGTTGCCTTTCAGAGTATTTTTTTAGGAGTGGATGAGCAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185359	AGGAAGTTCAGTTGCCTTTCAGAGTATTTTTTTAGGAGTGGATGAGCAGA	185408

CR788299.4	1151	GTGGGCGTGGCGGGATCCTCTCTGTCCACCGCCTGCCCCCTTCTGGCTGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185409	GTGGGCGTGGCGGGATCCTCTCTGTCCACCGCCTGCCCCCTTCTGGCTGA	185458

CR788299.4	1201	GGGACGTACTACAACTCGGAGAATGTTTAACCAACACTAGTGGCTTTTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185459	GGGACGTACTACAACTCGGAGAATGTTTAACCAACACTAGTGGCTTTTTC	185508

CR788299.4	1251	ATAATCAGACTCTTACTTTGGGTTTCCAAAGGAAATATGACATTAGATAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185509	ATAATCAGACTCTTACTTTGGGTTTCCAAAGGAAATATGACATTAGATAG	185558

CR788299.4	1301	AATATCTCAATGTATTTAAATAGCTTTGAAAAATGGAGAGAGACAGCAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185559	AATATCTCAATGTATTTAAATAGCTTTGAAAAATGGAGAGAGACAGCAAA	185608

CR788299.4	1351	CAGGACGGACCGTGTGAAACGCACCCGTCTCTCTCCGTAGATGATTTATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185609	CAGGACGGACCGTGTGAAACGCACCCGTCTCTCTCCGTAGATGATTTATT	185658

CR788299.4	1401	CCACCAATAATTTAATCATTTTTACCAATTATATACATATATATTTGACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185659	CCACCAATAATTTAATCATTTTTACCAATTATATACATATATATTTGACA	185708

CR788299.4	1451	GAAAAAAGTATATAGATCTATGAATATAACATTTTTGTCATAAATATAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185709	GAAAAAAGTATATAGATCTATGAATATAACATTTTTGTCATAAATATAAA	185758

CR788299.4	1501	AGTTATATATGATATTATATATATATAAAGACAAAAAACACTCTTGAAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185759	AGTTATATATGATATTATATATATATAAAGACAAAAAACACTCTTGAAGA	185808

CR788299.4	1551	TGATTTTTTGATGGTTCTCCTTTTAAGATGGACTGTAGCATGAAGCGTTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185809	TGATTTTTTGATGGTTCTCCTTTTAAGATGGACTGTAGCATGAAGCGTTA	185858

CR788299.4	1601	CATCCCCATACGGAATGATGATTGACTGGTTTGTTCGATTTGCATTGTAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185859	CATCCCCATACGGAATGATGATTGACTGGTTTGTTCGATTTGCATTGTAC	185908

CR788299.4	1651	CACCCTCTTATTTTAATTTCTTTTGGTGTATTTTCACAGAACCTGGTCTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185909	CACCCTCTTATTTTAATTTCTTTTGGTGTATTTTCACAGAACCTGGTCTT	185958

CR788299.4	1701	CCATCTTTAATTGAACATCCCACAGTGGGGTGTAACCGTGTGTTCACAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	185959	CCATCTTTAATTGAACATCCCACAGTGGGGTGTAACCGTGTGTTCACAAT	186008

CR788299.4	1751	GAGCCCTTCACACACACAAAAAAACACACTTTTGTTATTTAGTTTGTAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	186009	GAGCCCTTCACACACACAAAAAAACACACTTTTGTTATTTAGTTTGTAAT	186058

CR788299.4	1801	TTTTTTCATATAAAGCAAAAAAAAAAATACAGTTACACGCTATCATGCAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	186059	TTTTTTCATATAAAGCAAAAAAAAAAATACAGTTACACGCTATCATGCAC	186108

CR788299.4	1851	ACAACAACGCCAGTTTCTTAAGCGAATTTGACTTGATCTGAAGTCTTCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	186109	ACAACAACGCCAGTTTCTTAAGCGAATTTGACTTGATCTGAAGTCTTCTT	186158

CR788299.4	1901	AATCTGGTAATAAGAAATTGTGAATAAGAAACTCTGCAATAAGTGTGTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	186159	AATCTGGTAATAAGAAATTGTGAATAAGAAACTCTGCAATAAGTGTGTGT	186208

CR788299.4	1951	GTGTAAATGAGTGTGTGTGCATGACAGAACCACTGTGGGACGAGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640480.22	186209	GTGTAAATGAGTGTGTGTGCATGACAGAACCACTGTGGGACGAGAAGCTT	186258

Overview

Query
CR788299.4 - 20644 bps
Hit
BX640480.22 - 186258 bps
Total alignments
13
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195220001200011842591862581
286.151102041275312956-162795629891
384.6647194480268969-163001639391
485.162094001189112290-163468638581
581.4832881180211889-163873639531
698.46326563166380-190163902271
794.39461076230633611112081113141
893.88681476229637511117351118811
988.89441266228635311214621215871
1094.17521206230634911439691440881
1194.31571236227634911470801472021
1296.6681476229637511576861578321
1386.324895154271552111748631749571
Short-link