<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX601643.6	165857	AAGCTTATTTCCCTGTGGATTAATACACTACCTGACACAAATCTTGTCGC	165808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140045	AAGCTTATTTCCCTGTGGATTAATACACTACCTGACACAAATCTTGTCGC	140094

C  BX601643.6	165807	CTATCCATGTTTAAGGAACAACTGATAACAACTTGACTTCTAGTTGATAA	165758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140095	CTATCCATGTTTAAGGAACAACTGATAACAACTTGACTTCTAGTTGATAA	140144

C  BX601643.6	165757	TTTGGTATCAGAAGTGGCCTATGTGAAAGGCAAAGGCCTCTAGATTACGC	165708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140145	TTTGGTATCAGAAGTGGCCTATGTGAAAGGCAAAGGCCTCTAGATTACGC	140194

C  BX601643.6	165707	TTATTTTACCAAAATAAAATATGATCATGCCTTGATTTTAAAAATTTGAA	165658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140195	TTATTTTACCAAAATAAAATATGATCATGCCTTGATTTTAAAAATTTGAA	140244

C  BX601643.6	165657	TTAGGACAGTAAGGTCTGACTTTGCTTAGACAAAAGTCTTGAGACTTAAC	165608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140245	TTAGGACAGTAAGGTCTGACTTTGCTTAGACAAAAGTCTTGAGACTTAAC	140294

C  BX601643.6	165607	AGAAATAATGTTCAGTATAATATAAAGTCATGGTGCAGTGGGAAAATAAT	165558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140295	AGAAATAATGTTCAGTATAATATAAAGTCATGGTGCAGTGGGAAAATAAT	140344

C  BX601643.6	165557	TAATATAATATTGTATGACTCTTATGAGCTTAGATGACTGCATCCATACA	165508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140345	TAATATAATATTGTATGACTCTTATGAGCTTAGATGACTGCATCCATACA	140394

C  BX601643.6	165507	TCTCTGCAATGACTCAAATAACTTATTAATGAAATCATCTGGAATGCCAA	165458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140395	TCTCTGCAATGACTCAAATAACTTATTAATGAAATCATCTGGAATGCCAA	140444

C  BX601643.6	165457	AGAAAGCGTTCTTGCAGGACTCCCTGAGTTCATCGAAAATCTTAGGATTT	165408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140445	AGAAAGCGTTCTTGCAGGACTCCCTGAGTTCATCGAAAATCTTAGGATTT	140494

C  BX601643.6	165407	ATCATCAATGGCTCCTCCTTCTTACCCTAGACATGCTCAATAATGGTCAT	165358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140495	ATCATCAATGGCTCCTCCTTCTTACCCTAGACATGCTCAATAATGGTCAT	140544

C  BX601643.6	165357	GTATGGTGACCAGGCTGGCCAATCCTGGAGCACCTTGACCTTTTTTGCTT	165308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140545	GTATGGTGACCAGGCTGGCCAATCCTGGAGCACCTTGACCTTTTTTGCTT	140594

C  BX601643.6	165307	TTAGGAACTGCAATGTAGAGACTGAAGCATAAGAAGGAGTACTATTCTGC	165258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140595	TTAGGAACTGCAATGTAGAGACTGAAGCATAAGAAGGAGTACTATTCTGC	140644

C  BX601643.6	165257	TGAAGAATTTCCCCTCTCTTGTAGTTTGTAATGTAATAGGCAGCACAAAT	165208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140645	TGAAGAATTTCCCCTCTCTTGTAGTTTGTAATGTAATAGGCAGCACAAAT	140694

C  BX601643.6	165207	GTCTTGATACCTCAAGCTGTTGTTGTTGCTATCCCTTCTGCATATCTCTC	165158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140695	GTCTTGATACCTCAAGCTGTTGTTGTTGCTATCCCTTCTGCATATCTCTC	140744

C  BX601643.6	165157	GCATGCTCCTATGCTGAATGTAACCCTAAACCATGATTTTACCCTTCACC	165108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140745	GCATGCTCCTATGCTGAATGTAACCCTAAACCATGATTTTACCCTTCACC	140794

C  BX601643.6	165107	AAACTTGACTGATTTCTATTAGAATCTTATCCATGTGGGTTCCAGTAGGT	165058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140795	AAACTTGACTGATTTCTATTAGAATCTTATCCATGTGGGTTCCAGTAGGT	140844

C  BX601643.6	165057	CTTCTGTAGTATTTGTGATGATTGGGATGCAGTTCAACAGATGATTCATC	165008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140845	CTTCTGTAGTATTTGTGATGATTGGGATGCAGTTCAACAGATGATTCATC	140894

C  BX601643.6	165007	AGAAAAATCTACCTTCTGCCACTTTTCCAAATGATCAACTAGAAGTCAAG	164958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140895	AGAAAAATCTACCTTCTGCCACTTTTCCAAATGATCAACTAGAAGTCAAG	140944

C  BX601643.6	164957	TTATTATTTGTTGCTATTAAAACTGGAATAGATGGCAAGACTTTTGTCAG	164908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140945	TTATTATTTGTTGCTATTAAAACTGGAATAGATGGCAAGACTTTTGTCAG	140994

C  BX601643.6	164907	GTAGTGTACAGTATAAATTGATTATTTTGTGAATCTAAAGTTGTACCCAT	164858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	140995	GTAGTGTACAGTATAAATTGATTATTTTGTGAATCTAAAGTTGTACCCAT	141044

C  BX601643.6	164857	TATTATCTTCTCTCCCTTCAGCTTGTCATCCATCATGTAAGGAGTGCACT	164808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141045	TATTATCTTCTCTCCCTTCAGCTTGTCATCCATCATGTAAGGAGTGCACT	141094

C  BX601643.6	164807	GGCACATCTCAGGCCGACTGTTCTGCCTGTCCCGCTCATGCCAGTCTTCA	164758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141095	GGCACATCTCAGGCCGACTGTTCTGCCTGTCCCGCTCATGCCAGTCTTCA	141144

C  BX601643.6	164757	TAACGGTTACTGCCGAACCAGCTGCCCCGAGGGCCAGTACCTCAATTCTG	164708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141145	TAACGGTTACTGCCGAACCAGCTGCCCCGAGGGCCAGTACCTCAATTCTG	141194

C  BX601643.6	164707	TGGGTTTCTGCGATGGTGAGTGAAAATCGGTTTTTCAGATTTTCCAGACC	164658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141195	TGGGTTTCTGCGATGGTGAGTGAAAATCGGTTTTTCAGATTTTCCAGACC	141244

C  BX601643.6	164657	CTCACCACAACATTGTTGAAAACTTCCAGATTACACCTTTGATCTCAAGT	164608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141245	CTCACCACAACATTGTTGAAAACTTCCAGATTACACCTTTGATCTCAAGT	141294

C  BX601643.6	164607	CAGTGCACCTGCTCGGGTTTAAGGGTGTCAAATGGGCACATTTTGCCTTC	164558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141295	CAGTGCACCTGCTCGGGTTTAAGGGTGTCAAATGGGCACATTTTGCCTTC	141344

C  BX601643.6	164557	AAGGGAGGATTTTGTGTTCAAAGGGCATGTCTGTATTGTTGTAAAGTCAA	164508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141345	AAGGGAGGATTTTGTGTTCAAAGGGCATGTCTGTATTGTTGTAAAGTCAA	141394

C  BX601643.6	164507	TGCCAAGAGTGTGGAATTGGGGAAGTATGCTCATTCTTTTGTCGAATGTG	164458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141395	TGCCAAGAGTGTGGAATTGGGGAAGTATGCTCATTCTTTTGTCGAATGTG	141444

C  BX601643.6	164457	CTCTGAGGCTCTTTAATTCCTGAAACTAATTACGGTACCCTGTTTTTTGG	164408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141445	CTCTGAGGCTCTTTAATTCCTGAAACTAATTACGGTACCCTGTTTTTTGG	141494

C  BX601643.6	164407	CTCCTAATAAACTTTGGTTAAATTACCAGTCTGTGTCTCATAAAGAAAGG	164358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141495	CTCCTAATAAACTTTGGTTAAATTACCAGTCTGTGTCTCATAAAGAAAGG	141544

C  BX601643.6	164357	AAATTTTGTGTAATAAACATGAGGAAACAAATCAAAAGAAGCAGTATATG	164308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141545	AAATTTTGTGTAATAAACATGAGGAAACAAATCAAAAGAAGCAGTATATG	141594

C  BX601643.6	164307	CTTCAGAATGTCTGAGATAAATGGGACTATTAGTTGAAAATAGACATGGT	164258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141595	CTTCAGAATGTCTGAGATAAATGGGACTATTAGTTGAAAATAGACATGGT	141644

C  BX601643.6	164257	TGTAAAATACAAAGAACAGACTGTGGTATAAAGTATTTACCAATAAATGC	164208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141645	TGTAAAATACAAAGAACAGACTGTGGTATAAAGTATTTACCAATAAATGC	141694

C  BX601643.6	164207	ATTTTCATTAATTACATTTTAGTTTAGAACTGAGGGCAGTTATTTCTTAC	164158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141695	ATTTTCATTAATTACATTTTAGTTTAGAACTGAGGGCAGTTATTTCTTAC	141744

C  BX601643.6	164157	ACCGAGTGCTGGATTTTGTTGCCATTTAAAAAGTGAGACTTTCAGAAAGG	164108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141745	ACCGAGTGCTGGATTTTGTTGCCATTTAAAAAGTGAGACTTTCAGAAAGG	141794

C  BX601643.6	164107	TTCAAGTAAACTTTTTCTGTTAAGACAAGTGAATCCCAAATTCCCTCAAG	164058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141795	TTCAAGTAAACTTTTTCTGTTAAGACAAGTGAATCCCAAATTCCCTCAAG	141844

C  BX601643.6	164057	CTCTAGCAAGGGCAGGAGATTAAAATAAAAACACTTAATATATTATTTAT	164008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141845	CTCTAGCAAGGGCAGGAGATTAAAATAAAAACACTTAATATATTATTTAT	141894

C  BX601643.6	164007	TCCTCATCTTTCTCAGTGACAGTTCAGAGTTCTGGGGGAAACAAGTCTCT	163958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141895	TCCTCATCTTTCTCAGTGACAGTTCAGAGTTCTGGGGGAAACAAGTCTCT	141944

C  BX601643.6	163957	TATGCTCACCAAAATTCAGTAAAACACTAATGTTATAAAATGTATAGAAT	163908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141945	TATGCTCACCAAAATTCAGTAAAACACTAATGTTATAAAATGTATAGAAT	141994

C  BX601643.6	163907	TTTCAGCTTCATCATAATCTAGTTTTCAGAGTCTTATGTTTTTTTGTTTT	163858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX629349.6	141995	TTTCAGCTTCATCATAATCTAGTTTTCAGAGTCTTATGTTTTTTTGTTTT	142044

Overview

Query
BX601643.6 - 165857 bps
Hit
BX629349.6 - 142044 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019502000163858165857-11400451420441
287.91883483199032337121248215941
387.941522605254852807-154334546151
486.611963565246052815-162176625261
582.38134344110722111065-162192625261
686.37521945123259124203164764657171
787.4528454959124204129162165759707871
887.041562722451024781180769810381
986.41162287100030100316-180782810681
1087.731382617686477124184578848381
1191.531582435901359255193808940551
1289.755438479830199147-194542953801
1387.0614124513810213834611006941009481
1487.11169292387563904711144151147011
1592.16252338524705280711144151147581
1681.6422525904123259129162-11151001210621
1783.814834211369911404011400671404181
1884.0124451715376915428511404841410021
1985.3120339111415411454411406071410011
2081.07137392831088349911406081410031
Short-link