<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX571971.4	1	AAGCTTGTAAAATTTGTGTAATTATTTATATAATAAGTTAACTAATACAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	114954	AAGCTTGTAAAATTTGTGTAATTATTTATATAATAAGTTAACTAATACAA	115003

BX571971.4	51	AGCATTGATTGTAAAACTTCGATAACTTACTAAGTTATTAATAACATTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115004	AGCATTGATTGTAAAACTTCGATAACTTACTAAGTTATTAATAACATTGT	115053

BX571971.4	101	GAGAATGATAAGAATTTCATGTGCTGTAGTCAGCTGTACTGTTAGAAAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115054	GAGAATGATAAGAATTTCATGTGCTGTAGTCAGCTGTACTGTTAGAAAAT	115103

BX571971.4	151	GATTATTGGTTATATTGAATGTAAAGTTTCACATTTATGCATGTATTCAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115104	GATTATTGGTTATATTGAATGTAAAGTTTCACATTTATGCATGTATTCAG	115153

BX571971.4	201	TAAATCCCAATTATACCACAATCAGCCACAACGTTTTATGTAGTCTAAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115154	TAAATCCCAATTATACCACAATCAGCCACAACGTTTTATGTAGTCTAAAG	115203

BX571971.4	251	GTTCAAAAAAACTGCTGGATTTAAAAACATATAAGGACTATAATAATTGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115204	GTTCAAAAAAACTGCTGGATTTAAAAACATATAAGGACTATAATAATTGT	115253

BX571971.4	301	CAAATCCATCATACATGCAACTCACACATTTATAACCTTATTATAGATAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115254	CAAATCCATCATACATGCAACTCACACATTTATAACCTTATTATAGATAC	115303

BX571971.4	351	GTGACAATTCAGCTTCAACCACTCTGTTATATGCAAGTAAGGTTTGCTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115304	GTGACAATTCAGCTTCAACCACTCTGTTATATGCAAGTAAGGTTTGCTGT	115353

BX571971.4	401	TGATTTTTTCAGGTAGATGTTGTTCAGCATTTCCTTTTTGATTGACCTGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115354	TGATTTTTTCAGGTAGATGTTGTTCAGCATTTCCTTTTTGATTGACCTGA	115403

BX571971.4	451	ATTCTGGCATCTGGTTAAGAGAGTGGTTTGACGTTGAGACGTCTGCTGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115404	ATTCTGGCATCTGGTTAAGAGAGTGGTTTGACGTTGAGACGTCTGCTGTG	115453

BX571971.4	501	GCACCTTGCACTAGGATCCTGAACAAACAATATGATCTTTTTTAAAGGGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115454	GCACCTTGCACTAGGATCCTGAACAAACAATATGATCTTTTTTAAAGGGC	115503

BX571971.4	551	CATGAAACCCCCCACTTTTGGTTCAAGTCTACCTCAGAATTTTTTCAAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115504	CATGAAACCCCCCACTTTTGGTTCAAGTCTACCTCAGAATTTTTTCAAAA	115553

BX571971.4	601	AATGCATCATAATGGGCGCGGAGCTTTTTAAGCAGAGGCAGGAGTGGGCG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115554	AATGCATCATAATGGGCGCGGAGCTTTTTAAGCAGAGGCAGGAGTGGGCG	115603

BX571971.4	651	TGGCCAGCAGAGCTGGGGAGAAGGAGGGGAGCAAACAACTGTTATCAGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115604	TGGCCAGCAGAGCTGGGGAGAAGGAGGGGAGCAAACAACTGTTATCAGTT	115653

BX571971.4	701	AGCTCACAAAATAAGACACAAACCATAAGGAGACGCATGATTTTATAGAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115654	AGCTCACAAAATAAGACACAAACCATAAGGAGACGCATGATTTTATAGAT	115703

BX571971.4	751	TACAAAGTTAAAATGCAAAGAAATAAATAGTAATTTAATGCCCTGCTACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115704	TACAAAGTTAAAATGCAAAGAAATAAATAGTAATTTAATGCCCTGCTACA	115753

BX571971.4	801	TTTGTTATTCGTAATTTCATACACATAACCACAATTTATATCATTATAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115754	TTTGTTATTCGTAATTTCATACACATAACCACAATTTATATCATTATAAA	115803

BX571971.4	851	GATAATGGTGTTCATATAAACACTATAAATGAGGACTTCTCCCTCAATCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115804	GATAATGGTGTTCATATAAACACTATAAATGAGGACTTCTCCCTCAATCC	115853

BX571971.4	901	CCGGGTCTGAATGCAGACTCTGGAGGATTTAAGCGAACGCAGCAGCACGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115854	CCGGGTCTGAATGCAGACTCTGGAGGATTTAAGCGAACGCAGCAGCACGG	115903

BX571971.4	951	CGATGTGTCTAAATGTGAACAAACTCCACTGATAAAAGACAGAGTTCACC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115904	CGATGTGTCTAAATGTGAACAAACTCCACTGATAAAAGACAGAGTTCACC	115953

BX571971.4	1001	ATTCTCCACCATACTCATACTGCTCTTCCAACAAAAATGCTTGCTGCACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	115954	ATTCTCCACCATACTCATACTGCTCTTCCAACAAAAATGCTTGCTGCACA	116003

BX571971.4	1051	CTAACAGCTTTGCTGTATCGGCCCTGACAGGATAGTGGGAGAAAACATGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116004	CTAACAGCTTTGCTGTATCGGCCCTGACAGGATAGTGGGAGAAAACATGC	116053

BX571971.4	1101	AACAAACCCCGTGGATCATGGTAACAAACACATACGACCCTTCATGAACG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116054	AACAAACCCCGTGGATCATGGTAACAAACACATACGACCCTTCATGAACG	116103

BX571971.4	1151	GCTAAATACTGTGTGTCATGGGTCCGTGAACGTGGTCTCACCCAGTGACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116104	GCTAAATACTGTGTGTCATGGGTCCGTGAACGTGGTCTCACCCAGTGACC	116153

BX571971.4	1201	AACATAGGGTCTCACAGCTTGGCACTGGCAGGTCTGTGTGTCTTGTCTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116154	AACATAGGGTCTCACAGCTTGGCACTGGCAGGTCTGTGTGTCTTGTCTTC	116203

BX571971.4	1251	TCATAGGAAACCGATGCGTCATCACTCCACTTGCAGTTTGGCATTACGTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116204	TCATAGGAAACCGATGCGTCATCACTCCACTTGCAGTTTGGCATTACGTC	116253

BX571971.4	1301	ACCGATTTTGATCCCGCCCCAAAAATCATTTTAAACCCAGAAGATGAAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116254	ACCGATTTTGATCCCGCCCCAAAAATCATTTTAAACCCAGAAGATGAAAT	116303

BX571971.4	1351	TAGCTGACAAAAGCTCAAAATTATCCAGTTTTCCCCACAATTAAAGCTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116304	TAGCTGACAAAAGCTCAAAATTATCCAGTTTTCCCCACAATTAAAGCTAA	116353

BX571971.4	1401	CAGGTGCAAAAGTTGTCTTAACTGACGTCAACACACACAATTTGTCTTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116354	CAGGTGCAAAAGTTGTCTTAACTGACGTCAACACACACAATTTGTCTTGG	116403

BX571971.4	1451	ACTCTTCCAGCAGATACTGGAGAAGAGCTGATGCTGATGAGCTCCACTCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116404	ACTCTTCCAGCAGATACTGGAGAAGAGCTGATGCTGATGAGCTCCACTCC	116453

BX571971.4	1501	AACATCTACGTCACCTGGACCCTACTCTCCTGCCAAATCTGTTCACTCGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116454	AACATCTACGTCACCTGGACCCTACTCTCCTGCCAAATCTGTTCACTCGG	116503

BX571971.4	1551	TGGGCGTACCGGCAGTAGGGTCCCCCAATTCAGCCCAGTCTCCGGAGTAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116504	TGGGCGTACCGGCAGTAGGGTCCCCCAATTCAGCCCAGTCTCCGGAGTAC	116553

BX571971.4	1601	ACCAGCATATCAGCCACAACAGGTAAATAATGTTAGAACCATGCTAAACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116554	ACCAGCATATCAGCCACAACAGGTAAATAATGTTAGAACCATGCTAAACC	116603

BX571971.4	1651	TCATATCTCACATCACAGTATTACATTCAGCTGGCACGGCCCCATTCCAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116604	TCATATCTCACATCACAGTATTACATTCAGCTGGCACGGCCCCATTCCAT	116653

BX571971.4	1701	GCATCCATTAAACCTGTATCCCACAGTAAGAGCACTCAATTAACACTCCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116654	GCATCCATTAAACCTGTATCCCACAGTAAGAGCACTCAATTAACACTCCA	116703

BX571971.4	1751	AACACGTTTTTCTGTATATGTATGTCTGTGTATGTGCCAGGAGCTGTTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116704	AACACGTTTTTCTGTATATGTATGTCTGTGTATGTGCCAGGAGCTGTTCA	116753

BX571971.4	1801	GTCATATACCTGGTCCCTTACATACACAGTGACAACTTCAGGCGGCAGCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116754	GTCATATACCTGGTCCCTTACATACACAGTGACAACTTCAGGCGGCAGCC	116803

BX571971.4	1851	CAACCGAGCCCGGATCCCAGCTGTCCTGCATGAGAGGCGGACCTGCGTTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116804	CAACCGAGCCCGGATCCCAGCTGTCCTGCATGAGAGGCGGACCTGCGTTA	116853

BX571971.4	1901	CACGGATCATCCTCCGCACACCGGATGCCAGTTTACCCACATCGGGATGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116854	CACGGATCATCCTCCGCACACCGGATGCCAGTTTACCCACATCGGGATGA	116903

BX571971.4	1951	GCACGGGTAAGCGCCAATGAATGATGAGAGATTAAATATTGTGCTGATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX572646.11	116904	GCACGGGTAAGCGCCAATGAATGATGAGAGATTAAATATTGTGCTGATTC	116953

Overview

Query
BX571971.4 - 153139 bps
Hit
BX572646.11 - 116953 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197620001200011149541169531
287.58193324380443836714707831
386.83220373116547116919-183012011
490.859871367091367951355336391
588.961943034525545557-110649109471
695.6977924513345224-110932110241
789.142193504409844447-111553119111
888.511863016482865128-145255455501
980.491164095932259730145918463221
1091.931191595117751335161072612321
1181.23972906860568894161743620191
1278.4164236117803118038-161746619721
1386.965492136898136989-161819619101
1487.8103164117118117281-180848810111
1585.941483021121511516-184912852171
1680.891012495839658644195364956091
1781.399245136709136953195364956091
1887.518132415303156261998551001741
1995.4510713114140214153211000521001831
2081.97481177204472160-11145361146571
Short-link