<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR925782.6	2000	AAGCTTTGGTTTGACATGGTTACTCTACAAACAAAATTATATAGTGATGT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1	AAGCTTTGGTTTGACATGGTTACTCTACAAACAAAATTATATAGTGATGT	50

C  CR925782.6	1950	AAGAAGAACATTTAGGTTTTCGTTTGATTTATCTCTGTTTTGAAACTAAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	51	AAGAAGAACATTTAGGTTTTCGTTTGATTTATCTCTGTTTTGAAACTAAA	100

C  CR925782.6	1900	ATTACGCTTGGTGTTTTAATGTAACATTGCATATCTGTGGTCAAATCTCG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	101	ATTACGCTTGGTGTTTTAATGTAACATTGCATATCTGTGGTCAAATCTCG	150

C  CR925782.6	1850	AGTTTGACTTTGTTTTGTTCCTCATGATTCTTTTCTCTTTGTATTCCCAT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	151	AGTTTGACTTTGTTTTGTTCCTCATGATTCTTTTCTCTTTGTATTCCCAT	200

C  CR925782.6	1800	TCTGCATTATGTAATATCGCAATGAAAAGACACGTTTTGGGGATATTCAT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	201	TCTGCATTATGTAATATCGCAATGAAAAGACACGTTTTGGGGATATTCAT	250

C  CR925782.6	1750	AGTCTGTTCAAGGTCATTTTGTTAATTCTATGTTTCCTTTTAAAAGGTGC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	251	AGTCTGTTCAAGGTCATTTTGTTAATTCTATGTTTCCTTTTAAAAGGTGC	300

C  CR925782.6	1700	AGTATGTAGGATTGACATCAACTGGTCGAACTAATTATTGTAGAATGAAT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	301	AGTATGTAGGATTGACATCAACTGGTCGAACTAATTATTGTAGAATGAAT	350

C  CR925782.6	1650	TTAAAATGTTGGATAGGAATTTTTCACCCTCGTGCCTCCTCTGTCACACA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	351	TTAAAATGTTGGATAGGAATTTTTCACCCTCGTGCCTCCTCTGTCACACA	400

C  CR925782.6	1600	AACGTCGATATCATCAGGAAGGAGTTTGTAAGCCTGAAGCAAAGGCTATA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	401	AACGTCGATATCATCAGGAAGGAGTTTGTAAGCCTGAAGCAAAGGCTATA	450

C  CR925782.6	1550	GATATAAAAAGATGGTTCATTGGCATTACTATGAATGGGATAAAGTGCAA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	451	GATATAAAAAGATGGTTCATTGGCATTACTATGAATGGGATAAAGTGCAA	500

C  CR925782.6	1500	CACTCAGTATGGCCTCCACAGCGAAGAAAGTCCTGCCTTCCAGTCGAAAT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	501	CACTCAGTATGGCCTCCACAGCGAAGAAAGTCCTGCCTTCCAGTCGAAAT	550

C  CR925782.6	1450	AGCCAACTGTCAGTCTTTATATCTACATGCTTTGTGGCGAAAGGGTCTGT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	551	AGCCAACTGTCAGTCTTTATATCTACATGCTTTGTGGCGAAAGGGTCTGT	600

C  CR925782.6	1400	AAAGATTTGCTTGTCTGTGTTTTCGAGTCTTTGCTCAGGTTTTGTCTCCA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	601	AAAGATTTGCTTGTCTGTGTTTTCGAGTCTTTGCTCAGGTTTTGTCTCCA	650

C  CR925782.6	1350	TCCTTAAAGTGTTTCTAACAGTGTCCTCTGATTACTAGTGAAAATCCATA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	651	TCCTTAAAGTGTTTCTAACAGTGTCCTCTGATTACTAGTGAAAATCCATA	700

C  CR925782.6	1300	AATGAGTTTGGTGTTGAGGCAACTTTGCACAGTAGGAACAAACAGAAAAT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	701	AATGAGTTTGGTGTTGAGGCAACTTTGCACAGTAGGAACAAACAGAAAAT	750

C  CR925782.6	1250	TTTTGTCAATGTAAAATGTAACCGTAATTAGGGCTTAGACAACAACAATA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	751	TTTTGTCAATGTAAAATGTAACCGTAATTAGGGCTTAGACAACAACAATA	800

C  CR925782.6	1200	ATGGGCCAGGTCAGTTTTTAAAAAAGGTAATTTAATTGAGAGTTTAGTGA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	801	ATGGGCCAGGTCAGTTTTTAAAAAAGGTAATTTAATTGAGAGTTTAGTGA	850

C  CR925782.6	1150	GCAGTTTTTGAGATTTCAGAATTCCCCCATTCATTTAGACAGGACTTTGG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	851	GCAGTTTTTGAGATTTCAGAATTCCCCCATTCATTTAGACAGGACTTTGG	900

C  CR925782.6	1100	TCTTGGGCATTGTAAAAATGGCAGACAAGTGAACAGACTTTCATTGAAGG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	901	TCTTGGGCATTGTAAAAATGGCAGACAAGTGAACAGACTTTCATTGAAGG	950

C  CR925782.6	1050	AACTTTGACTGTAAGCTGCTCAGCTAACTTTTACATTTGTAATACATGTA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	951	AACTTTGACTGTAAGCTGCTCAGCTAACTTTTACATTTGTAATACATGTA	1000

C  CR925782.6	1000	TAGTTTTGTAAATAAAAAAACACCTCATGAATCTGTGTCTCATTTTAGAG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1001	TAGTTTTGTAAATAAAAAAACACCTCATGAATCTGTGTCTCATTTTAGAG	1050

C  CR925782.6	950	GCTGCTGGAGGTCACTTTTTCGGCCAAAGGCACATATATTGAAAAAGTCC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1051	GCTGCTGGAGGTCACTTTTTCGGCCAAAGGCACATATATTGAAAAAGTCC	1100

C  CR925782.6	900	TTAAAACTAAAATAAAATACAGTGTCTTAAAAGAAAGCAACCTGAGGTGC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1101	TTAAAACTAAAATAAAATACAGTGTCTTAAAAGAAAGCAACCTGAGGTGC	1150

C  CR925782.6	850	CAAAACATAACTGCGTAAAATGGCAGTGGGTGGATTTTCAGACCAAAACA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1151	CAAAACATAACTGCGTAAAATGGCAGTGGGTGGATTTTCAGACCAAAACA	1200

C  CR925782.6	800	AAGACTAATAACAGACTTAGCACTGTTTTTCATGTTTGGTAAAAAACTGC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1201	AAGACTAATAACAGACTTAGCACTGTTTTTCATGTTTGGTAAAAAACTGC	1250

C  CR925782.6	750	AAATATTTTATAGGATTATTATGCTTTAGAAGAGTCCAAAACTTACATAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1251	AAATATTTTATAGGATTATTATGCTTTAGAAGAGTCCAAAACTTACATAA	1300

C  CR925782.6	700	ACCATAAACTCAATAGATGGATAAATTGTGATGAGAACAAAACCACCTCA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1301	ACCATAAACTCAATAGATGGATAAATTGTGATGAGAACAAAACCACCTCA	1350

C  CR925782.6	650	CTATATCTAGTTTTTTTTAAATTAAGTTATACATTTAAAAGCCAAGCCTT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1351	CTATATCTAGTTTTTTTTAAATTAAGTTATACATTTAAAAGCCAAGCCTT	1400

C  CR925782.6	600	AGGACATTTCCTAACAAACAAGTCTTACTGTGCATTTAACTCACCATTTT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1401	AGGACATTTCCTAACAAACAAGTCTTACTGTGCATTTAACTCACCATTTT	1450

C  CR925782.6	550	TGCGTTCCTTCAATGGCAGCAGGCTCGGGACAGATTGCAGAGAGAGTTCC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1451	TGCGTTCCTTCAATGGCAGCAGGCTCGGGACAGATTGCAGAGAGAGTTCC	1500

C  CR925782.6	500	TGCATCTCACTGGTCACAGCCTCGCTCTGAGGACTGGGCACGGGGCCGCT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1501	TGCATCTCACTGGTCACAGCCTCGCTCTGAGGACTGGGCACGGGGCCGCT	1550

C  CR925782.6	450	CCCCACAGCAGACACCATGCTGCCAGGGCTGAGCTCCTCCACACGCTGAG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1551	CCCCACAGCAGACACCATGCTGCCAGGGCTGAGCTCCTCCACACGCTGAG	1600

C  CR925782.6	400	CTTCCTGCTCTGCCAGGGTGACAGGTAGGTGAAGCAGTCAGACCTGTGAC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1601	CTTCCTGCTCTGCCAGGGTGACAGGTAGGTGAAGCAGTCAGACCTGTGAC	1650

C  CR925782.6	350	AGGTTAATTACAGAGATGAGGCTGAATTAGAATCTGGAAAACACCACAGG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1651	AGGTTAATTACAGAGATGAGGCTGAATTAGAATCTGGAAAACACCACAGG	1700

C  CR925782.6	300	CAAACTTAGCATCTGATATAAAAGGGCATCAAAGGCTTTGTAGAGTGAAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1701	CAAACTTAGCATCTGATATAAAAGGGCATCAAAGGCTTTGTAGAGTGAAA	1750

C  CR925782.6	250	ATACTGTCTTTCACTGAGCCTATGCATCTGAGCAGAATTATATTTTGAAG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1751	ATACTGTCTTTCACTGAGCCTATGCATCTGAGCAGAATTATATTTTGAAG	1800

C  CR925782.6	200	GAACACAAATAAAGACAACACATTGTTCTTTATTATTCTACTAGTCATTT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1801	GAACACAAATAAAGACAACACATTGTTCTTTATTATTCTACTAGTCATTT	1850

C  CR925782.6	150	TGTTTATTTTAATTAGAGCTTTGCTTGTACAAAGAGTCAACCCTTTTGGG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1851	TGTTTATTTTAATTAGAGCTTTGCTTGTACAAAGAGTCAACCCTTTTGGG	1900

C  CR925782.6	100	AACCCTTTTTGGTGTTAAGATATTTAGGTAGATGCCTGGGATTTAATATT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1901	AACCCTTTTTGGTGTTAAGATATTTAGGTAGATGCCTGGGATTTAATATT	1950

C  CR925782.6	50	CCTCTCTCACCCAGAATGTCATTTAGGTGATAAAACTGAGGTCCCACATA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571974.6	1951	CCTCTCTCACCCAGAATGTCATTTAGGTGATAAAACTGAGGTCCCACATA	2000

Overview

Query
CR925782.6 - 107345 bps
Hit
BX571974.6 - 267018 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001953200012000-1120001
286.342294057190772311-1496553741
385.2862211647043171594-1537765371
488.941352145977059983-118354185701
589.73911456430564449-118356185011
694.121101366409264227-122599227341
795.684815668480685371149188497421
897.175155668480585370-188284888501
985.721743506409664445-11089631093191
1086.79180334929759330811090031093201
1194.14190238863618659811151931154311
1292.23251391868388722811161221165201
1393.59122156753067546111423771425321
1492.95123156808998105411428031429581
1588.97259415725847299811589261593421
1689.621502588685787114-11689971692561
1786.213607043913639839-11743311750331
1884.0335876959756743-12213102221041
1981.881544988661187108-12297342302351
2081.95862065977359978-12426402428441
Short-link