<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX548058.9	2000	AAGCTTTACATGTTTATTTCAATTTTATATCCTCTACATGAATTTTGTCA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1	AAGCTTTACATGTTTATTTCAATTTTATATCCTCTACATGAATTTTGTCA	50

C  BX548058.9	1950	CTGTTTTGGTCCACTAGCTTATAGATATCCTAAAAACTAACAATACTGTT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	51	CTGTTTTGGTCCACTAGCTTATAGATATCCTAAAAACTAACAATACTGTT	100

C  BX548058.9	1900	ATTAACATCTAAAATAACTTTTTATTTTAATTTCATGGGACCTTTAATTT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	101	ATTAACATCTAAAATAACTTTTTATTTTAATTTCATGGGACCTTTAATTT	150

C  BX548058.9	1850	GAACCCAATTAATAAATGTGGCTAGTAATTTAATTTATAATTTTATTAAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	151	GAACCCAATTAATAAATGTGGCTAGTAATTTAATTTATAATTTTATTAAA	200

C  BX548058.9	1800	AATATTTTTAAAAATCCGACTACTAAATCAGAAAAAGCTGGACAAGTGAT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	201	AATATTTTTAAAAATCCGACTACTAAATCAGAAAAAGCTGGACAAGTGAT	250

C  BX548058.9	1750	TGAGAAACACCATGCTAGCACTGTTGTACTTGTTGCATGTATGTTGTGGA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	251	TGAGAAACACCATGCTAGCACTGTTGTACTTGTTGCATGTATGTTGTGGA	300

C  BX548058.9	1700	TCTTACCCAGGAACATGACTACCAGGTAGAGCTGCAGGATGTAGGAGAAG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	301	TCTTACCCAGGAACATGACTACCAGGTAGAGCTGCAGGATGTAGGAGAAG	350

C  BX548058.9	1650	CTGAGAGAGAGGCCAGTGGCTTTAGGCAGAGGAATACTGAGGAGTTTGGT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	351	CTGAGAGAGAGGCCAGTGGCTTTAGGCAGAGGAATACTGAGGAGTTTGGT	400

C  BX548058.9	1600	TTCATCAAAAATGGGGATGGACTGGATCACCGCCACAGCTGTGAACAACA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	401	TTCATCAAAAATGGGGATGGACTGGATCACCGCCACAGCTGTGAACAACA	450

C  BX548058.9	1550	CAAGTGAGCCGAATAAAAGTTAAGTATGTGCATTGTAGTATGTTACATGT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	451	CAAGTGAGCCGAATAAAAGTTAAGTATGTGCATTGTAGTATGTTACATGT	500

C  BX548058.9	1500	TACATGAATTTTCATTGACAGAAAGAAAACAAACCTTCAGCCAGCACTCC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	501	TACATGAATTTTCATTGACAGAAAGAAAACAAACCTTCAGCCAGCACTCC	550

C  BX548058.9	1450	AAGAGGGTACAGCGGCATCCATATAGTGTATCTCAACCAGGTCAGCAACT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	551	AAGAGGGTACAGCGGCATCCATATAGTGTATCTCAACCAGGTCAGCAACT	600

C  BX548058.9	1400	TCCATTCAGTGTCAATGCAGGCCAACATGTAGAAGGGATACCTGTGGTTT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	601	TCCATTCAGTGTCAATGCAGGCCAACATGTAGAAGGGATACCTGTGGTTT	650

C  BX548058.9	1350	ATTTTTTCAGAAGTCGGATTAGTATGATACACATCTTCCAACAAAGGTAC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	651	ATTTTTTCAGAAGTCGGATTAGTATGATACACATCTTCCAACAAAGGTAC	700

C  BX548058.9	1300	TGCATTTGTTTGTTTTTTTGTTTTGTTTTTTTGGTTGTTTTTTAATCAAG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	701	TGCATTTGTTTGTTTTTTTGTTTTGTTTTTTTGGTTGTTTTTTAATCAAG	750

C  BX548058.9	1250	ATAGGAAAACATTAGGTTTAGACATCTCTTATTCTGGCCAAGGCTGCATA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	751	ATAGGAAAACATTAGGTTTAGACATCTCTTATTCTGGCCAAGGCTGCATA	800

C  BX548058.9	1200	TATTTAATCAAGAATACAATTAAAACAAATATTACAACCATGGTTCCCAC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	801	TATTTAATCAAGAATACAATTAAAACAAATATTACAACCATGGTTCCCAC	850

C  BX548058.9	1150	TTTAAGCCAAATATCAAAATCTCTGACTAAAAAACCGATTTCCATGGCAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	851	TTTAAGCCAAATATCAAAATCTCTGACTAAAAAACCGATTTCCATGGCAT	900

C  BX548058.9	1100	CTAATGATTGGAAAAACAGGCTGCAGTTGTTGTATGCTTTGCATAATATT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	901	CTAATGATTGGAAAAACAGGCTGCAGTTGTTGTATGCTTTGCATAATATT	950

C  BX548058.9	1050	AAAATGGTTGTAGCTTGAATATCATATTGCAGGACTTTAATAGGCACTAT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	951	AAAATGGTTGTAGCTTGAATATCATATTGCAGGACTTTAATAGGCACTAT	1000

C  BX548058.9	1000	TAAAACAACAATGGATGATGTACCTCATCTTTTGAAATTTTGTTATATTT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1001	TAAAACAACAATGGATGATGTACCTCATCTTTTGAAATTTTGTTATATTT	1050

C  BX548058.9	950	CTTAAGACTTTAAATTGAGCTTTTTTGTCGTCTATTTTTTTAATTTCAAG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1051	CTTAAGACTTTAAATTGAGCTTTTTTGTCGTCTATTTTTTTAATTTCAAG	1100

C  BX548058.9	900	TCTTTGAAGCGGTCATTCTTTAAATTAGTCTTGTGCTGCATTTGACTTAA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1101	TCTTTGAAGCGGTCATTCTTTAAATTAGTCTTGTGCTGCATTTGACTTAA	1150

C  BX548058.9	850	GGGGTTGCCCTTGAAAATAAAATGGAGATGAATATAGCCTAACCATAAGA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1151	GGGGTTGCCCTTGAAAATAAAATGGAGATGAATATAGCCTAACCATAAGA	1200

C  BX548058.9	800	ATAGGCATGAAACAGTGCAATATAAAAATATGTTATAGAAAAAATGTACA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1201	ATAGGCATGAAACAGTGCAATATAAAAATATGTTATAGAAAAAATGTACA	1250

C  BX548058.9	750	GTTTGAGAAATGGAAACTATAATATAAAGAAAACAAATAATCACTGATAT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1251	GTTTGAGAAATGGAAACTATAATATAAAGAAAACAAATAATCACTGATAT	1300

C  BX548058.9	700	TTCATGACTTGGACAAAAATGAATACAAATTTCCTGATTTTTAAAGTTTG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1301	TTCATGACTTGGACAAAAATGAATACAAATTTCCTGATTTTTAAAGTTTG	1350

C  BX548058.9	650	CAACAGACCTTCTAAAATTTCATGATATTCCAGAAATTCCATGACTCATG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1351	CAACAGACCTTCTAAAATTTCATGATATTCCAGAAATTCCATGACTCATG	1400

C  BX548058.9	600	GGAACCCTAAACCAGGGCTTCTCAAACTTTTGAGCCCATGACCCCCAAAA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1401	GGAACCCTAAACCAGGGCTTCTCAAACTTTTGAGCCCATGACCCCCAAAA	1450

C  BX548058.9	550	TAACAATTTTAGTGACTCGTGACCCCTGCTATCCTTGAAGGTGGATATAC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1451	TAACAATTTTAGTGACTCGTGACCCCTGCTATCCTTGAAGGTGGATATAC	1500

C  BX548058.9	500	ACATACAACCATTGCAGACAATGGTGCACACACCAATAGGCCTATACAAG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1501	ACATACAACCATTGCAGACAATGGTGCACACACCAATAGGCCTATACAAG	1550

C  BX548058.9	450	CACAAGCTTATTAATAACACAAAAAAGTGCAACTGTAACAGTAATAATGA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1551	CACAAGCTTATTAATAACACAAAAAAGTGCAACTGTAACAGTAATAATGA	1600

C  BX548058.9	400	TTTTTTTGTCATTTATTCATTTGTTTAATGTAACATTAACCTTATTTTAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1601	TTTTTTTGTCATTTATTCATTTGTTTAATGTAACATTAACCTTATTTTAT	1650

C  BX548058.9	350	GAAACTAGTGGGCACAATGTTTACTGCACAAGACTATTCTTAGCAATTTA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1651	GAAACTAGTGGGCACAATGTTTACTGCACAAGACTATTCTTAGCAATTTA	1700

C  BX548058.9	300	AAAACATCCTATTCTCATCCTCTATCTTCAGTCGTGTAGGATTTTTTTAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1701	AAAACATCCTATTCTCATCCTCTATCTTCAGTCGTGTAGGATTTTTTTAA	1750

C  BX548058.9	250	TCTTAAAAAAAAAAAGTTTATTTTTAATGTACATGTAGTGCCGTAAAGGT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1751	TCTTAAAAAAAAAAAGTTTATTTTTAATGTACATGTAGTGCCGTAAAGGT	1800

C  BX548058.9	200	GCCAAAGTTTACCATGGTGCTGTAAAATCAATCTGCTGTAAATGATGCAA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1801	GCCAAAGTTTACCATGGTGCTGTAAAATCAATCTGCTGTAAATGATGCAA	1850

C  BX548058.9	150	TTAATTAAATAATACAATTAATATTATTAATATAAAGTAAATGCCGCAGG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1851	TTAATTAAATAATACAATTAATATTATTAATATAAAGTAAATGCCGCAGG	1900

C  BX548058.9	100	GGTCGCAATGCAAAGGGAAAAAATTTGAAAGGCTGATGGCATGCTTATGT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1901	GGTCGCAATGCAAAGGGAAAAAATTTGAAAGGCTGATGGCATGCTTATGT	1950

C  BX548058.9	50	GCATGTTGTTTTATTATGTAACTAGTAAATACTATTTTTTTATCTTCTGT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX571883.3	1951	GCATGTTGTTTTATTATGTAACTAGTAAATACTATTTTTTTATCTTCTGT	2000

Overview

Query
BX548058.9 - 95339 bps
Hit
BX571883.3 - 253172 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001910200012000-1120001
286.221232525528655537-136756370091
385.831302622165821919-143404436571
489.221763109154591854-163796641011
599.59142214681991921386-190178916411
6881863507515175500-11146121149611
784.941583162492725242-11361371364481
889.581823039154591847-11430951434011
986.48125256373243757911754611757191
1086.372064132835628768-11754611758711
1186.611833687515475521-11754641758291
1282.06117350554455579411754821758211
1399.18141014691991921387-11992672007411
1486.1122256373243757912193002195581
1586.472054132835628768-12193002197131
1686.341803687515475521-12193032196681
1781.48112350554455579412193212196601
1884.52192423752367565812354392358581
1989.5191323284822880412354402357631
2087.081522973728637582-12354642357651
Short-link