<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL773591.7	116405	CGGTGGCATATGGAGGCTCCCAGGCTAGAAATGGAATTGGAGCTACAGCT	116454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1	CGGTGGCATATGGAGGCTCCCAGGCTAGAAATGGAATTGGAGCTACAGCT	50

AL773591.7	116455	GCTGGCCTACACCACAGCCACAGCAACGCAGGATCCAGCCGTGTCTGCAA	116504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	51	GCTGGCCTACACCACAGCCACAGCAACGCAGGATCCAGCCGTGTCTGCAA	100

AL773591.7	116505	CCTACACCACAGCTCACAGCAACGCCGGATCCTTAACCCACTGATCTGAG	116554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	101	CCTACACCACAGCTCACAGCAACGCCGGATCCTTAACCCACTGATCTGAG	150

AL773591.7	116555	GCCAGGGATCGAATCTAATCAGGTTTGTTAACCACTGAGCCACGAAGGGA	116604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	151	GCCAGGGATCGAATCTAATCAGGTTTGTTAACCACTGAGCCACGAAGGGA	200

AL773591.7	116605	ACTCCCGGGAGGGGATTTTTGATTCTAAGGATACTTGTTTTTATCCCAGC	116654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	201	ACTCCCGGGAGGGGATTTTTGATTCTAAGGATACTTGTTTTTATCCCAGC	250

AL773591.7	116655	AGGTGTCTGTAGGTGATTCTGGTCATTGCAGGACCATCTGGGACTTGGCT	116704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	251	AGGTGTCTGTAGGTGATTCTGGTCATTGCAGGACCATCTGGGACTTGGCT	300

AL773591.7	116705	TCCCCCTGCCTAATCTCATTTTCCCAACTCTCCCCAAAGCCATGTCCGGG	116754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	301	TCCCCCTGCCTAATCTCATTTTCCCAACTCTCCCCAAAGCCATGTCCGGG	350

AL773591.7	116755	TCCTCCCTCATTAACTTTACCCCAGCCACTGACCCCAGTGATCTCTGGAA	116804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	351	TCCTCCCTCATTAACTTTACCCCAGCCACTGACCCCAGTGATCTCTGGAA	400

AL773591.7	116805	AGATGGGCAACTGCAGTCACACCCTGAAGAGCTGGAGCCCACCCTGGATG	116854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	401	AGATGGGCAACTGCAGTCACACCCTGAAGAGCTGGAGCCCACCCTGGATG	450

AL773591.7	116855	GGGCTGCAGCCCGGGCTTTCTATGAAGCTTTGATTGGGGACGAGGACAGC	116904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	451	GGGCTGCAGCCCGGGCTTTCTATGAAGCTTTGATTGGGGACGAGGACAGC	500

AL773591.7	116905	ACCCCTGAGCCCCAGAGATCTCAGCCTGAGCCTGCTAGAAAGAGGAAGAA	116954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	501	ACCCCTGAGCCCCAGAGATCTCAGCCTGAGCCTGCTAGAAAGAGGAAGAA	550

AL773591.7	116955	AAGACGAACGATGAGGGAGACTACAGCAGGAGCATCAGGAGAAGATGGAC	117004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	551	AAGACGAACGATGAGGGAGACTACAGCAGGAGCATCAGGAGAAGATGGAC	600

AL773591.7	117005	AAAGGAGATCCCTTGAGGCAGAGGACAAGATGACCCAGCAGATACTGAGG	117054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	601	AAAGGAGATCCCTTGAGGCAGAGGACAAGATGACCCAGCAGATACTGAGG	650

AL773591.7	117055	GCAGCCCAGGAGGGGGACCTGGCAAAACTGAAAAAGCTGTTGGATCCCCA	117104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	651	GCAGCCCAGGAGGGGGACCTGGCAAAACTGAAAAAGCTGTTGGATCCCCA	700

AL773591.7	117105	TGAGGCAGGGGGAGCTGGAGGGAATATCAACGCTCGAGATGCTTTCTGGT	117154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	701	TGAGGCAGGGGGAGCTGGAGGGAATATCAACGCTCGAGATGCTTTCTGGT	750

AL773591.7	117155	GGACCCCACTGATGTGTGCTGCCCGAGCAGGCCAGGGGGCAGCTGTGCGC	117204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	751	GGACCCCACTGATGTGTGCTGCCCGAGCAGGCCAGGGGGCAGCTGTGCGC	800

AL773591.7	117205	TATCTCCTGGGCCGTGGGGCGGCCTGGGTGGGGGTCTGCGAGCTGGGTGG	117254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	801	TATCTCCTGGGCCGTGGGGCGGCCTGGGTGGGGGTCTGCGAGCTGGGTGG	850

AL773591.7	117255	CAGGGATGCTGCTCAGCTGGCGGAAGAAGCAGGCTTCCCTGAAGTGGCCC	117304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	851	CAGGGATGCTGCTCAGCTGGCGGAAGAAGCAGGCTTCCCTGAAGTGGCCC	900

AL773591.7	117305	GCATGGTCAGAGAGAGCCCCGGAGAGACAAGGAGTCCAGAGAACCGGTAA	117354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	901	GCATGGTCAGAGAGAGCCCCGGAGAGACAAGGAGTCCAGAGAACCGGTAA	950

AL773591.7	117355	GGGGAAGCCTTATCTTTCATTGTGTTCTGCCCTTCCTCACACTTCACACA	117404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	951	GGGGAAGCCTTATCTTTCATTGTGTTCTGCCCTTCCTCACACTTCACACA	1000

AL773591.7	117405	GGAGGCCACAGAATAGAGCCAAAGGGTTTACTTTCCTGTTCCCTAATGTA	117454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1001	GGAGGCCACAGAATAGAGCCAAAGGGTTTACTTTCCTGTTCCCTAATGTA	1050

AL773591.7	117455	GGCTGATCGGGCAGTGTGATTATGAACAGGATACTCCCTTGGATTATTTT	117504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1051	GGCTGATCGGGCAGTGTGATTATGAACAGGATACTCCCTTGGATTATTTT	1100

AL773591.7	117505	TTATATAAAACATTTTTTTCATTAAAAAAAAAATTGGGGTAGTTCCCATT	117554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1101	TTATATAAAACATTTTTTTCATTAAAAAAAAAATTGGGGTAGTTCCCATT	1150

AL773591.7	117555	GCGGCTCAGTGGTAACAAACCCAACTAGTATCCATGAGGACGAGGGTTCA	117604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1151	GCGGCTCAGTGGTAACAAACCCAACTAGTATCCATGAGGACGAGGGTTCA	1200

AL773591.7	117605	GTCCCTGACCTCAGTGGGTTAAAGATCTTGGCATTGTCGTGTGGTGTAGA	117654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1201	GTCCCTGACCTCAGTGGGTTAAAGATCTTGGCATTGTCGTGTGGTGTAGA	1250

AL773591.7	117655	TCTCACATGAGGCTCGGATCTCACATGGCTGTGGTTGTAGCATAGGCCAG	117704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1251	TCTCACATGAGGCTCGGATCTCACATGGCTGTGGTTGTAGCATAGGCCAG	1300

AL773591.7	117705	CAGCTACAGCTCTGATTTGGCCCCTAGTCTGGGGACTTCCACATGCCGCA	117754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1301	CAGCTACAGCTCTGATTTGGCCCCTAGTCTGGGGACTTCCACATGCCGCA	1350

AL773591.7	117755	GGTGTGGCCCTAAAAAAGACAAAAAAAATTTTAAGTTTTTTAATTGAAGT	117804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1351	GGTGTGGCCCTAAAAAAGACAAAAAAAATTTTAAGTTTTTTAATTGAAGT	1400

AL773591.7	117805	ATAGTTCACGTATATTTGCTATATTCCCACATTGCATGGGCTCCTTGGGT	117854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1401	ATAGTTCACGTATATTTGCTATATTCCCACATTGCATGGGCTCCTTGGGT	1450

AL773591.7	117855	TTAAATCCTGACTGTACTTACGTGGGCAAGCAACCTAACCCATGTGCCTC	117904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1451	TTAAATCCTGACTGTACTTACGTGGGCAAGCAACCTAACCCATGTGCCTC	1500

AL773591.7	117905	AGTTTCCTCATCTAAGAAATGGAGCAATAAAAGCACCTTTCTCTTAGGGT	117954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1501	AGTTTCCTCATCTAAGAAATGGAGCAATAAAAGCACCTTTCTCTTAGGGT	1550

AL773591.7	117955	TGTTAGGGTCAAATAGGTTAATATATGTAAAGTGCTAGAAAAGCACCTGT	118004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1551	TGTTAGGGTCAAATAGGTTAATATATGTAAAGTGCTAGAAAAGCACCTGT	1600

AL773591.7	118005	CCCATACTAAGCACTATACCAACACTAGCTATGGTCACTATTGTTATTTT	118054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1601	CCCATACTAAGCACTATACCAACACTAGCTATGGTCACTATTGTTATTTT	1650

AL773591.7	118055	TCATCACCCAAGAACTTTGTGAAGCCTTTTTAACATCTGTTGGCTCAACT	118104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1651	TCATCACCCAAGAACTTTGTGAAGCCTTTTTAACATCTGTTGGCTCAACT	1700

AL773591.7	118105	ATTCCCTTTTGGGTCTCTTATCATGAAGTGGGGAGGAAGGCAATTTGTTC	118154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1701	ATTCCCTTTTGGGTCTCTTATCATGAAGTGGGGAGGAAGGCAATTTGTTC	1750

AL773591.7	118155	CTCAGCAGAAATACAGGAAGGACCTAACCCTGCCACCCTCCTGAGGCCTC	118204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1751	CTCAGCAGAAATACAGGAAGGACCTAACCCTGCCACCCTCCTGAGGCCTC	1800

AL773591.7	118205	AATCCTTGTGTTGCCCTTAACCATTCTTTTTTCTTTGCAGGCCCCGATCC	118254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1801	AATCCTTGTGTTGCCCTTAACCATTCTTTTTTCTTTGCAGGCCCCGATCC	1850

AL773591.7	118255	CTCTCCCCCCAGTACTGTGAGACCTGTGATGCCCACTTCCAAGACTCTAA	118304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1851	CTCTCCCCCCAGTACTGTGAGACCTGTGATGCCCACTTCCAAGACTCTAA	1900

AL773591.7	118305	CCACCGTACATCCACCGCTCACCTGCTCTCACTGTCCCGGGATCTCCAGC	118354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1901	CCACCGTACATCCACCGCTCACCTGCTCTCACTGTCCCGGGATCTCCAGC	1950

AL773591.7	118355	CCCCCAACCTGCCCCTTGGGGTGCCTACCTCCAGCCCAGGCTTTAAGCTT	118404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548169.4	1951	CCCCCAACCTGCCCCTTGGGGTGCCTACCTCCAGCCCAGGCTTTAAGCTT	2000

Overview

Query
AL773591.7 - 118404 bps
Hit
BX548169.4 - 101248 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100200020001164051184041120001
291.011942673241932685114563148291
390.221852654422744491114565148301
489.391792644389644159-114566148291
590.771872607396474223-114567148261
6901802629540195662114570148291
788.331913002372824027-141531418301
891.791992692909129359145564458311
994.722342852372924013145565458481
1095.352372796153061808145566458451
1189.471782654389444158-145566458311
1289.41852859970299986-145566458481
1389.93188279103172103450-145566458431
1489.63184271106403106673-157875581441
1591.81802442372923972157878581211
1691.571982703072130990157879581511
17931992564422944484157879581351
18931882436153061772157879581211
1989.341842724388744158-157879581501
2090.231792567396874223-157879581341
2191.841802457398174225-160402606461
2295.682392806152961808160403606801
2395.12533102373024039160404607091
2494.631972432909329335160404606451
2590.911902652909329357-175778760411
2690.7519928599725100009175784760641
2792.181832432373023972-175799760411
2893.851962446152961772-175799760421
Short-link