<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX927295.6	69076	GAATTCATGTCTCTGCTCTCTTGTGACCTGAAATGCTAATCTTGATTTGA	69125
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1	GAATTCATGTCTCTGCTCTCTTGTGACCTGAAATGCTAATCTTGATTTGA	50

BX927295.6	69126	TTTGTATAAATAAATAAATAAATGAACAAATTAAATAGATCCACTAAATT	69175
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	51	TTTGTATAAATAAATAAATAAATGAACAAATTAAATAGATCCACTAAATT	100

BX927295.6	69176	GGCCAAGCTTATTGTAATCATCATTATTTGAAACAAATGAACAACTATTA	69225
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	101	GGCCAAGCTTATTGTAATCATCATTATTTGAAACAAATGAACAACTATTA	150

BX927295.6	69226	AAAAGAAAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA	69275
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	151	AAAAGAAAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA	200

BX927295.6	69276	TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA	69325
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	201	TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA	250

BX927295.6	69326	GATAGATAGATAGATAGAGGCATATTATATGTACAGCTTTCAATTACAAT	69375
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	251	GATAGATAGATAGATAGAGGCATATTATATGTACAGCTTTCAATTACAAT	300

BX927295.6	69376	GTAATTATACTGGTACAACTGATACATACTGTACAGTTACAATGTAATTA	69425
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	301	GTAATTATACTGGTACAACTGATACATACTGTACAGTTACAATGTAATTA	350

BX927295.6	69426	CATATAGTTTCAGAATTTATGAATTTTGCCATATTAAATTAAATTTTTTC	69475
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	351	CATATAGTTTCAGAATTTATGAATTTTGCCATATTAAATTAAATTTTTTC	400

BX927295.6	69476	TGTTTTTTTTCATGAAACTGCTTTTAAAAGTACAACATACATAAATGGGA	69525
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	401	TGTTTTTTTTCATGAAACTGCTTTTAAAAGTACAACATACATAAATGGGA	450

BX927295.6	69526	TTTGAATATGTTTATATTTTATGTATTTATTTTAGTATTGTTGCTCCATA	69575
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	451	TTTGAATATGTTTATATTTTATGTATTTATTTTAGTATTGTTGCTCCATA	500

BX927295.6	69576	ACACTAGAGTGAACAGTATGTGGCTATCATAATTTTATTTTATTATAAAT	69625
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	501	ACACTAGAGTGAACAGTATGTGGCTATCATAATTTTATTTTATTATAAAT	550

BX927295.6	69626	AATTATATTATGTATTATTACTATGTACATAAAAGTTAGGTCAACTTAAC	69675
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	551	AATTATATTATGTATTATTACTATGTACATAAAAGTTAGGTCAACTTAAC	600

BX927295.6	69676	AGTTCCAGGTTACGATGGTTTTATTTGTTTTTGTAAGTAAAGTTAACTTT	69725
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	601	AGTTCCAGGTTACGATGGTTTTATTTGTTTTTGTAAGTAAAGTTAACTTT	650

BX927295.6	69726	TTAAAAGTAAAATAAATAACCCTTTTGACAGTGCATGAGCGTACGTTATT	69775
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	651	TTAAAAGTAAAATAAATAACCCTTTTGACAGTGCATGAGCGTACGTTATT	700

BX927295.6	69776	AAATAAAAACATGTACAAGAAAGTAATTTTAAGAAGAGACAAGTATAAAT	69825
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	701	AAATAAAAACATGTACAAGAAAGTAATTTTAAGAAGAGACAAGTATAAAT	750

BX927295.6	69826	AATGCATTAAGATACACAGAGAGACAAACATCATTTTGGTAAAGCAAATT	69875
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	751	AATGCATTAAGATACACAGAGAGACAAACATCATTTTGGTAAAGCAAATT	800

BX927295.6	69876	TAAAAGGATTAATTAACCTGCAAATTATTATTTGCTCAACCTCCTTATTC	69925
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	801	TAAAAGGATTAATTAACCTGCAAATTATTATTTGCTCAACCTCCTTATTC	850

BX927295.6	69926	CCAACCTGTTTGAGTTTCTTTCTTCTCTTGAACACAAAATAGCATGAAGA	69975
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	851	CCAACCTGTTTGAGTTTCTTTCTTCTCTTGAACACAAAATAGCATGAAGA	900

BX927295.6	69976	AGAAAAAAAAGTTTAGAACTTTTTGAGTGCGAGGACATGCTCATTTTTAG	70025
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	901	AGAAAAAAAAGTTTAGAACTTTTTGAGTGCGAGGACATGCTCATTTTTAG	950

BX927295.6	70026	GTGAACTATCCCTTTAATGTGCGTTTGTACCACGACACACCTGAATTATA	70075
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	951	GTGAACTATCCCTTTAATGTGCGTTTGTACCACGACACACCTGAATTATA	1000

BX927295.6	70076	GTGAGGTCATTAATTATAGCAACCTTTTTCAGCAAGCTCACTCCTATTCA	70125
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1001	GTGAGGTCATTAATTATAGCAACCTTTTTCAGCAAGCTCACTCCTATTCA	1050

BX927295.6	70126	AATTCAATACTGGAGGGTAAATTGCATGTCGGATCTGGAACATGGAGCTG	70175
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1051	AATTCAATACTGGAGGGTAAATTGCATGTCGGATCTGGAACATGGAGCTG	1100

BX927295.6	70176	TTTAAGGGATTTTATTTATGTGTGGTTTTAAAATTAACGCATGACTTTTT	70225
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1101	TTTAAGGGATTTTATTTATGTGTGGTTTTAAAATTAACGCATGACTTTTT	1150

BX927295.6	70226	ATACCCTTCATCTTTACAGACTTCACAGCGATAATAATTTATAATCAATT	70275
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1151	ATACCCTTCATCTTTACAGACTTCACAGCGATAATAATTTATAATCAATT	1200

BX927295.6	70276	CGTCATATTTAAAATTTTACCCAGTTCCACATTTTAGAAGTGCACATATT	70325
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1201	CGTCATATTTAAAATTTTACCCAGTTCCACATTTTAGAAGTGCACATATT	1250

BX927295.6	70326	TTGCCAATGACATATAGAGTCTTGTCAGCTAAAAGAAAAACCTGATGTAG	70375
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1251	TTGCCAATGACATATAGAGTCTTGTCAGCTAAAAGAAAAACCTGATGTAG	1300

BX927295.6	70376	AATTTCATTCATAGAGACGGAGCGGCTTTACAATAACAATCCATTCATTG	70425
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1301	AATTTCATTCATAGAGACGGAGCGGCTTTACAATAACAATCCATTCATTG	1350

BX927295.6	70426	GTTCATGATGCGGTGTCATTTCTGCTTAGCATTCATTTTTCGAGATGCTT	70475
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1351	GTTCATGATGCGGTGTCATTTCTGCTTAGCATTCATTTTTCGAGATGCTT	1400

BX927295.6	70476	ACTTTTTTATCAAAATGGACTTGTGTGTCTTTTAGACATATGAAGATTAT	70525
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1401	ACTTTTTTATCAAAATGGACTTGTGTGTCTTTTAGACATATGAAGATTAT	1450

BX927295.6	70526	TAATTCATCTGCCTAAACACAGCATTTAAAGTTATAGAGTTGTTTATAAT	70575
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1451	TAATTCATCTGCCTAAACACAGCATTTAAAGTTATAGAGTTGTTTATAAT	1500

BX927295.6	70576	ATATACATCATACATTTTAACTTAGCGCTGAGCTGCCTAATATTTAAATG	70625
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1501	ATATACATCATACATTTTAACTTAGCGCTGAGCTGCCTAATATTTAAATG	1550

BX927295.6	70626	GTCTGAGTAAATTTTACATTTTCAAATCAGTATTAATCTATGTATTAAGG	70675
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1551	GTCTGAGTAAATTTTACATTTTCAAATCAGTATTAATCTATGTATTAAGG	1600

BX927295.6	70676	ATCTACATACACAAAAGATGAAATGTGGATGGTTTACATTTTCTTACTAA	70725
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1601	ATCTACATACACAAAAGATGAAATGTGGATGGTTTACATTTTCTTACTAA	1650

BX927295.6	70726	AAACAGTTTTCTAAATCAATTTATCGCATGTGAAAAAAAATCCTATTTAT	70775
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1651	AAACAGTTTTCTAAATCAATTTATCGCATGTGAAAAAAAATCCTATTTAT	1700

BX927295.6	70776	AGTAAATACTTTAGTGTTTACATTAGTGTACTTTAATTAATCTGTGGTGG	70825
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1701	AGTAAATACTTTAGTGTTTACATTAGTGTACTTTAATTAATCTGTGGTGG	1750

BX927295.6	70826	TAATCCTATAGTTGCCATGATGATACAACTAGTAACAACAAATTACCCAT	70875
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1751	TAATCCTATAGTTGCCATGATGATACAACTAGTAACAACAAATTACCCAT	1800

BX927295.6	70876	ACTGTATTAAAGAGGTAGTTCACCCCTAAATAATTTACTTACCCTTAAGT	70925
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1801	ACTGTATTAAAGAGGTAGTTCACCCCTAAATAATTTACTTACCCTTAAGT	1850

BX927295.6	70926	GTTTTTTTCTTTTTATGTTGAACACAAAAGAATACATTTTGAATACAGTT	70975
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1851	GTTTTTTTCTTTTTATGTTGAACACAAAAGAATACATTTTGAATACAGTT	1900

BX927295.6	70976	TAATATTATCAGGACCAGCACGGTGGCGCAGTGGGTATTACAATCGCCTC	71025
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1901	TAATATTATCAGGACCAGCACGGTGGCGCAGTGGGTATTACAATCGCCTC	1950

BX927295.6	71026	ACAGCAAAAAGGTCACTGGTATGAGCCCCGGCTGGGTCATTTCTCTGTGG	71075
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX548052.7	1951	ACAGCAAAAAGGTCACTGGTATGAGCCCCGGCTGGGTCATTTCTCTGTGG	2000

Overview

Query
BX927295.6 - 71075 bps
Hit
BX548052.7 - 146410 bps
Total alignments
39
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001871200069076710751120001
295.567111393363944611582681
381.168027588559129-1583861131
4100366728842950114356144221
510041856687366957114357144411
610042866687166956-114357144421
710040826099361074114358144391
810040836099261074-114360144421
9100326628852950-114375144401
1010040756100261076-121014210881
1110036736099361065121016210881
1298.7237796688866966121016210931
1398.738776686766943-121016210921
14100326628852950121017210821
15100326628852950-121023210881
1695391006097561074124192242911
1797.7640906099261081-124206242941
1898.841836687366955124211242931
1998.8242856687066954-124211242951
20100326628852950124217242821
21100326628852950-124227242921
2288.4811219258786069-124325245151
2310041846099161074183659837421
2410043886687166958183660837471
25100326628852950183662837271
2610042876687266958-183662837481
2710040826099361074-183667837481
28100376828832950-183684837511
29964151343303438011015301015791
3079.1331111307093081911115051116191
3185.022855994055541153-11234511240511
3297.330746689166964-11311791312521
3398.633273668686694011311801312521
3498.573170609926106111311831312521
3598.5731706101061079-11311831312521
3610040682885295211311871312541
37100326628852950-11311871312521
3875.8362304325263282911431441434451
3995.5676903061830707-11433411434301
Short-link