<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 150 bps

Full alignment

BX511016.5	41338	GAATTCCAAAAACTAAAATTAACTAAATAAATCTAAATAAAACTCTGCCT	41387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1	GAATTCCAAAAACTAAAATTAACTAAATAAATCTAAATAAAACTCTGCCT	50

BX511016.5	41388	GGGAGATCTGACAGAACAAAAGTATTCTATATAATACTAAAAGATACAGC	41437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	51	GGGAGATCTGACAGAACAAAAGTATTCTATATAATACTAAAAGATACAGC	100

BX511016.5	41438	CCTGCTATTGTCATCTGCCTGCCACAAAACAGACACAAAGTTTTTTTTTT	41487
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
BX511144.13	101	CCTGCTATTGTCATCTGCCTGCCACAAAACAGACACAAAGTTTT-TTTTT	149

BX511016.5	41488	TTTTACTTTTTTATGTTTGAAACTGACTTGCTGGGGCAGAATGTGGCTGT	41537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	150	TTTTACTTTTTTATGTTTGAAACTGACTTGCTGGGGCAGAATGTGGCTGT	199

BX511016.5	41538	GTTGATGGTTTGGTGCTTGTGGAGGATTTAGCAGAACATAGCTGTGCTGA	41587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	200	GTTGATGGTTTGGTGCTTGTGGAGGATTTAGCAGAACATAGCTGTGCTGA	249

BX511016.5	41588	TTGAGGGGATTGATGCTTGTGGGGGGTTCACAGACAGTATCAGGAGAGGA	41637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	250	TTGAGGGGATTGATGCTTGTGGGGGGTTCACAGACAGTATCAGGAGAGGA	299

BX511016.5	41638	TGCTTTTAGTGCATGTGATAATACATTACATAGAAGGTTGCGCGGTGGCA	41687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	300	TGCTTTTAGTGCATGTGATAATACATTACATAGAAGGTTGCGCGGTGGCA	349

BX511016.5	41688	CAGTGAGTAGCACTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTTGCTGGTTCGAGCCT	41737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	350	CAGTGAGTAGCACTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTTGCTGGTTCGAGCCT	399

BX511016.5	41738	CGACTGGGTTCTCCCCATGTTGGCGTGGATTTCCTCCGGGTGCTCCGGTT	41787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	400	CGACTGGGTTCTCCCCATGTTGGCGTGGATTTCCTCCGGGTGCTCCGGTT	449

BX511016.5	41788	TCCCCCACAGTCCAAACACATGCAATACAGGTGAATTGGGTAAGCTAAAT	41837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	450	TCCCCCACAGTCCAAACACATGCAATACAGGTGAATTGGGTAAGCTAAAT	499

BX511016.5	41838	TTTCCCTATTGTATGTGTGTGAAAGAGAGTGTATGGATGTTTCCCAGTGC	41887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	500	TTTCCCTATTGTATGTGTGTGAAAGAGAGTGTATGGATGTTTCCCAGTGC	549

BX511016.5	41888	TGGGTAGCAGCTGGAAGGGCAGCCACTATGTAAAACATATGCTGGATAAA	41937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	550	TGGGTAGCAGCTGGAAGGGCAGCCACTATGTAAAACATATGCTGGATAAA	599

BX511016.5	41938	TTGGTGGTTCATTCCACCGTGGCAACCCCAGATTGAAAAAGGGACTAAGC	41987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	600	TTGGTGGTTCATTCCACCGTGGCAACCCCAGATTGAAAAAGGGACTAAGC	649

BX511016.5	41988	CGAAAAGAAAATGAATGATTATGGATAGAAGATGTTGACAGATGTTTAAT	42037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	650	CGAAAAGAAAATGAATGATTATGGATAGAAGATGTTGACAGATGTTTAAT	699

BX511016.5	42038	ATCTCTGCCTCTGCTGATTTCACTTTTGCACATATTATACAGTATCAGTT	42087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	700	ATCTCTGCCTCTGCTGATTTCACTTTTGCACATATTATACAGTATCAGTT	749

BX511016.5	42088	TGTTTTATCTGCAGCACCACTGACTGTAAAATGCTTCCACACAGAACCTC	42137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	750	TGTTTTATCTGCAGCACCACTGACTGTAAAATGCTTCCACACAGAACCTC	799

BX511016.5	42138	AAGTTTTATTTTTTTTTACTGGTGGAGGACCAAGAAATGGCTCAGCAGCA	42187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	800	AAGTTTTATTTTTTTTTACTGGTGGAGGACCAAGAAATGGCTCAGCAGCA	849

BX511016.5	42188	CTCTCACTCTTTTTCATGGTGCCCAAATGTATTTGAGGAGTTTCAAGTTA	42237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	850	CTCTCACTCTTTTTCATGGTGCCCAAATGTATTTGAGGAGTTTCAAGTTA	899

BX511016.5	42238	ATAAAAAGTGACGGGAAGCTATGCTAAGGTTAACTAGCCTATAGCATATA	42287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	900	ATAAAAAGTGACGGGAAGCTATGCTAAGGTTAACTAGCCTATAGCATATA	949

BX511016.5	42288	TCTTGCTGTCTGCAAAAGACAGTTATTTAGACGTACCATATAACTCCCAT	42337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	950	TCTTGCTGTCTGCAAAAGACAGTTATTTAGACGTACCATATAACTCCCAT	999

BX511016.5	42338	AAGTGCATACTATTCGACACAACTGCAAAAGCATCGTTTTAACCTTTATA	42387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1000	AAGTGCATACTATTCGACACAACTGCAAAAGCATCGTTTTAACCTTTATA	1049

BX511016.5	42388	AACGAACGTTAACGTTACTCTGTCAACAGTCTATTGTCTAAATTACCGCG	42437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1050	AACGAACGTTAACGTTACTCTGTCAACAGTCTATTGTCTAAATTACCGCG	1099

BX511016.5	42438	CTAACAGAGCTAACGTTGCGTAAACAGAGCACCCGATTGCAAACTTTAAA	42487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1100	CTAACAGAGCTAACGTTGCGTAAACAGAGCACCCGATTGCAAACTTTAAA	1149

BX511016.5	42488	AATGCAGCGTAATGGAAAATCCCGAACAAACTCCGCTACAAGTTTATAAA	42537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1150	AATGCAGCGTAATGGAAAATCCCGAACAAACTCCGCTACAAGTTTATAAA	1199

BX511016.5	42538	CTGCATCTGGAACCCAATTAAGGTACAAAAAAAAAAAAAGCTTGCGCCAG	42587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1200	CTGCATCTGGAACCCAATTAAGGTACAAAAAAAAAAAAAGCTTGCGCCAG	1249

BX511016.5	42588	AGACCTTTTACCTCCGCCCCGCCCTCCGACTGAGCGTCCGTCCGTCTCTC	42637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1250	AGACCTTTTACCTCCGCCCCGCCCTCCGACTGAGCGTCCGTCCGTCTCTC	1299

BX511016.5	42638	TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTC	42687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1300	TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTC	1349

BX511016.5	42688	TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCTCTCTCACTCATGCACTGTG	42737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1350	TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTCTCTCTCACTCATGCACTGTG	1399

BX511016.5	42738	GTCTCAGGAGGAAACGCTGCTTTTTGATATAGTGTTTTTCTTGCTCCCGA	42787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1400	GTCTCAGGAGGAAACGCTGCTTTTTGATATAGTGTTTTTCTTGCTCCCGA	1449

BX511016.5	42788	ATACAAATAATTTTTCAAGTATTTGTTCGAAATAAGTATTCGTAAAAACA	42837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1450	ATACAAATAATTTTTCAAGTATTTGTTCGAAATAAGTATTCGTAAAAACA	1499

BX511016.5	42838	CGCTATTCGTGCCTTTCCGAATACCGTATTCGGGTTCGGCTCCACTCTTA	42887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1500	CGCTATTCGTGCCTTTCCGAATACCGTATTCGGGTTCGGCTCCACTCTTA	1549

BX511016.5	42888	ATACATACATACATACATACATACATACATACATACATATATATATATAT	42937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
BX511144.13	1550	ATACATACATACATACATACATACATACATACATAC--------------	1585

BX511016.5	42938	ATATATATATATATATATATATATATATATATATTAGGGGTGTAACGATA	42987
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1586	ATACATATATATATATATATATATATATATATATTAGGGGTGTAACGATA	1635

BX511016.5	42988	CACTCAGCTCACGATACGATGTGTATCACGATATAACGTTCACGATTCGA	43037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1636	CACTCAGCTCACGATACGATGTGTATCACGATATAACGTTCACGATTCGA	1685

BX511016.5	43038	TATGTATCACGATATTTGGAATAATAATTGAAAATTTAACTGAAATGCAA	43087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1686	TATGTATCACGATATTTGGAATAATAATTGAAAATTTAACTGAAATGCAA	1735

BX511016.5	43088	ATTTTACCAAGTAAACTATTTCTTATGTGTTTCTTTTGTTTCAACTTGTT	43137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1736	ATTTTACCAAGTAAACTATTTCTTATGTGTTTCTTTTGTTTCAACTTGTT	1785

BX511016.5	43138	AAACTGAACCTTCTTTAATAAAATAAATTAAACAGGCCTGTCTCTGGAAA	43187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1786	AAACTGAACCTTCTTTAATAAAATAAATTAAACAGGCCTGTCTCTGGAAA	1835

BX511016.5	43188	ATAAAACAATTAAAAAACTTCTTTAAAAATATTATTGAAATGACAGAGAC	43237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1836	ATAAAACAATTAAAAAACTTCTTTAAAAATATTATTGAAATGACAGAGAC	1885

BX511016.5	43238	AAAATTAAGGAACAATTTAAGTAAAGGTGCAAAAAAAAAAGCTTTCTATT	43287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1886	AAAATTAAGGAACAATTTAAGTAAAGGTGCAAAAAAAAAAGCTTTCTATT	1935

BX511016.5	43288	CAATTGAATTTAACAGTGAGAGCTTAAGGCTTTGCTTGGTCACTTGCGTT	43337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1936	CAATTGAATTTAACAGTGAGAGCTTAAGGCTTTGCTTGGTCACTTGCGTT	1985

Compact alignment

skip 100 bps 100% identity alignment

BX511016.5	41438	CCTGCTATTGTCATCTGCCTGCCACAAAACAGACACAAAGTTTTTTTTTT	41487
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
BX511144.13	101	CCTGCTATTGTCATCTGCCTGCCACAAAACAGACACAAAGTTTT-TTTTT	149

skip 1400 bps 100% identity alignment

BX511016.5	42888	ATACATACATACATACATACATACATACATACATACATATATATATATAT	42937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
BX511144.13	1550	ATACATACATACATACATACATACATACATACATAC--------------	1585

BX511016.5	42938	ATATATATATATATATATATATATATATATATATTAGGGGTGTAACGATA	42987
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX511144.13	1586	ATACATATATATATATATATATATATATATATATTAGGGGTGTAACGATA	1635

skip 350 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX511016.5 - 43337 bps
Hit
BX511144.13 - 185993 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link