<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX470078.6	1	AAGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATATAATAAATAATACTGCTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11289	AAGCTTGTTTTTAATAAAACAAATATAAATATAATAAATAATACTGCTAA	11338

BX470078.6	51	TAATGATAACATTATACAAAAGCAAATTGTTATGAATGAACTGAAAAAGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11339	TAATGATAACATTATACAAAAGCAAATTGTTATGAATGAACTGAAAAAGC	11388

BX470078.6	101	CTCCCGAGATGAAGAAGACATAAAAGCAGTGGTTTTTCATATTTATGTAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11389	CTCCCGAGATGAAGAAGACATAAAAGCAGTGGTTTTTCATATTTATGTAG	11438

BX470078.6	151	GCTAGAAAATAATATGTTTTGTAATATTTTAATCCTTTACATTTATATTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11439	GCTAGAAAATAATATGTTTTGTAATATTTTAATCCTTTACATTTATATTC	11488

BX470078.6	201	TATATCTAGTCTTATTATATACTATATATATATCCTTAATATTTAATTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11489	TATATCTAGTCTTATTATATACTATATATATATCCTTAATATTTAATTTT	11538

BX470078.6	251	TTTCATACGTAAAGATATTTGCCTATTGCTCTCTTGTGCGTATTAAGCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11539	TTTCATACGTAAAGATATTTGCCTATTGCTCTCTTGTGCGTATTAAGCAG	11588

BX470078.6	301	TGTAAGCGAGGAGCAACTCTGCGCCGGAGTTTAGACCGGGTTAGTTTTGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11589	TGTAAGCGAGGAGCAACTCTGCGCCGGAGTTTAGACCGGGTTAGTTTTGG	11638

BX470078.6	351	TCTAATGAAAAATCTATTATAGATTTTCAAAATAGCAACGGTCCACCTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11639	TCTAATGAAAAATCTATTATAGATTTTCAAAATAGCAACGGTCCACCTCA	11688

BX470078.6	401	GAACGCCTTCCTTTTTGGACCAGAACGCCTATGGGCGCAAAAATTAGAGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11689	GAACGCCTTCCTTTTTGGACCAGAACGCCTATGGGCGCAAAAATTAGAGC	11738

BX470078.6	451	TAATGCATTTGCTATTTGAACAGTGTAGCGCAACACCTCAAAACGACTCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11739	TAATGCATTTGCTATTTGAACAGTGTAGCGCAACACCTCAAAACGACTCT	11788

BX470078.6	501	TGCGCCAAGCTGAAACTACCAAAAGACTTCTGCGCCAGGCCTTGCGCCAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11789	TGCGCCAAGCTGAAACTACCAAAAGACTTCTGCGCCAGGCCTTGCGCCAC	11838

BX470078.6	551	ACTGCAGTGGGTGTATGATAGGGCCCAAAATATTATCTTGACACCCAGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11839	ACTGCAGTGGGTGTATGATAGGGCCCAAAATATTATCTTGACACCCAGGA	11888

BX470078.6	601	AAAATTTTTTTTGGATGACAATCTTTTTTTAGCATTCTTAAAATATCTTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11889	AAAATTTTTTTTGGATGACAATCTTTTTTTAGCATTCTTAAAATATCTTA	11938

BX470078.6	651	TTTACGTTGCCATTTCAATACAATTGGCTAGCTAAAGCGATCACGCCTGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11939	TTTACGTTGCCATTTCAATACAATTGGCTAGCTAAAGCGATCACGCCTGG	11988

BX470078.6	701	AAGGGGAAATCAGGGGCCATGCGGTTTACTTCCAGAAGGAAGTTGAAATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	11989	AAGGGGAAATCAGGGGCCATGCGGTTTACTTCCAGAAGGAAGTTGAAATT	12038

BX470078.6	751	GGGGGCACGTAATTAGAGCTATAAACTTTTCAACTTTAGATAAAAAATCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12039	GGGGGCACGTAATTAGAGCTATAAACTTTTCAACTTTAGATAAAAAATCA	12088

BX470078.6	801	AATCTGTTAGGGCCTACTCACACTATGCCATCCCTACCGTGCCCAGACCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12089	AATCTGTTAGGGCCTACTCACACTATGCCATCCCTACCGTGCCCAGACCC	12138

BX470078.6	851	GTTTCCCGGATCGTTTGAGAAGTGTGTTTGTGCTGAATCGGGCTCAAGCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12139	GTTTCCCGGATCGTTTGAGAAGTGTGTTTGTGCTGAATCGGGCTCAAGCA	12188

BX470078.6	901	CGGTTCACTTGGCCGGCCCTGGCCCGGTTGGAAGAGGTGGGCCTGAGCGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12189	CGGTTCACTTGGCCGGCCCTGGCCCGGTTGGAAGAGGTGGGCCTGAGCGC	12238

BX470078.6	951	GGTTCACTTGGGCTTGTTAAAGCCCGAAACTGAAAGCGAGACGTGACTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12239	GGTTCACTTGGGCTTGTTAAAGCCCGAAACTGAAAGCGAGACGTGACTTT	12288

BX470078.6	1001	TAAGGGACTGTTTCATATGGATTTATTAATCATTCTTACTGTTCAGTGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12289	TAAGGGACTGTTTCATATGGATTTATTAATCATTCTTACTGTTCAGTGAA	12338

BX470078.6	1051	CGCAAACTGCCGTAGTTTATTAAAGACGCAAACCTCCCACTGCACGACAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12339	CGCAAACTGCCGTAGTTTATTAAAGACGCAAACCTCCCACTGCACGACAG	12388

BX470078.6	1101	CTGCACACCTTCAGCAGATCTCCTCATTCCTGCAGCATGAGAGCTTTATG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12389	CTGCACACCTTCAGCAGATCTCCTCATTCCTGCAGCATGAGAGCTTTATG	12438

BX470078.6	1151	ATTATGAGCGCCAAAAGTGGCGGATATGTTCGGCGAAATATCTGACTGCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12439	ATTATGAGCGCCAAAAGTGGCGGATATGTTCGGCGAAATATCTGACTGCC	12488

BX470078.6	1201	TGTCACGGCATCCCTAAGGACTGTTTGGCGAAATATTTGACTGCATGTCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12489	TGTCACGGCATCCCTAAGGACTGTTTGGCGAAATATTTGACTGCATGTCA	12538

BX470078.6	1251	CTGCATATCAAACGACTGACACGATATAACTAGAGAAATCTCCACTGTGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12539	CTGCATATCAAACGACTGACACGATATAACTAGAGAAATCTCCACTGTGC	12588

BX470078.6	1301	TGCTAAGTGAGAGCGAGTGAGAGCGCTTCTCACTGAACAGCACAGCAGCG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12589	TGCTAAGTGAGAGCGAGTGAGAGCGCTTCTCACTGAACAGCACAGCAGCG	12638

BX470078.6	1351	ATGACGTAAGCGTGCCGAGGTGTGTGAGTCCGGGCCGTCGGGGGAGACGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12639	ATGACGTAAGCGTGCCGAGGTGTGTGAGTCCGGGCCGTCGGGGGAGACGG	12688

BX470078.6	1401	GAGGGGGGACAAGCGTGCTTTGGCCCGGTTCGAGGCAACTGTACATAGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12689	GAGGGGGGACAAGCGTGCTTTGGCCCGGTTCGAGGCAACTGTACATAGTG	12738

BX470078.6	1451	TGAGTACGGCCTTACAGACGTCCAATAGATTAATAGGTACTGAAAAAGCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12739	TGAGTACGGCCTTACAGACGTCCAATAGATTAATAGGTACTGAAAAAGCC	12788

BX470078.6	1501	CAAAGAAGGGGGGTGATCAGCAGAATGGGAAAGTCCCAGAGTAAAATGAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12789	CAAAGAAGGGGGGTGATCAGCAGAATGGGAAAGTCCCAGAGTAAAATGAG	12838

BX470078.6	1551	AAAATATGATACTCCGGTGTTTTGGAAAATGCAAAAACTGTCTTTACGCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12839	AAAATATGATACTCCGGTGTTTTGGAAAATGCAAAAACTGTCTTTACGCT	12888

BX470078.6	1601	GTTTTTATATTATTTGTTTTTATATTATTTGTTTTTATTTTATTTATACT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12889	GTTTTTATATTATTTGTTTTTATATTATTTGTTTTTATTTTATTTATACT	12938

BX470078.6	1651	TGTCTCTTTTATTGCTGTTTATGTAAAGCATTTTGAATTGCCACTGTGTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12939	TGTCTCTTTTATTGCTGTTTATGTAAAGCATTTTGAATTGCCACTGTGTA	12988

BX470078.6	1701	CGAAACCAGCTAAATAAATAAACTTGCCTTATTTTGTGAAGAAACTCAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	12989	CGAAACCAGCTAAATAAATAAACTTGCCTTATTTTGTGAAGAAACTCAAA	13038

BX470078.6	1751	CAGATTTGCCACAAGTAAAGAGTGCGCAATCGATGACAGAAGGATCATTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	13039	CAGATTTGCCACAAGTAAAGAGTGCGCAATCGATGACAGAAGGATCATTT	13088

BX470078.6	1801	TTGGGTGAACTATCCCTTTAGTAAGCATTGATGGTGAGATTTGTATTTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	13089	TTGGGTGAACTATCCCTTTAGTAAGCATTGATGGTGAGATTTGTATTTTT	13138

BX470078.6	1851	ACCATAGACCCTTTCACTTCAGTATGAACAGCCACAGGTACACTGCAGCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	13139	ACCATAGACCCTTTCACTTCAGTATGAACAGCCACAGGTACACTGCAGCC	13188

BX470078.6	1901	TCCTTCCTGAAAGCAGAAAAAGGGAATGAACAGTGCTGGACTACATGTAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	13189	TCCTTCCTGAAAGCAGAAAAAGGGAATGAACAGTGCTGGACTACATGTAA	13238

BX470078.6	1951	TATGGTCAATTAAATATATGACCCACGTTTCACGTTAGTTCGGTTTGTGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX510347.9	13239	TATGGTCAATTAAATATATGACCCACGTTTCACGTTAGTTCGGTTTGTGT	13288

Overview

Query
BX470078.6 - 184333 bps
Hit
BX510347.9 - 13288 bps
Total alignments
6
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001974200012000111289132881
285551001794721795711307031691
390.6746751454114615-1314132151
488.77114178143420143597-1326634431
590.13105153757877301326634171
693.7539481580651581121781878651
Short-link