<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR932397.9	173825	CACTCCTCCTAAACGGGTCAGCATAAGAAACCTGCTTAAAATGCAACCAG	173776
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	94888	CACTCCTCCTAAACGGGTCAGCATAAGAAACCTGCTTAAAATGCAACCAG	94937

C  CR932397.9	173775	TTTAAACAGGTTTTTCTTCAAGAGGAGTGTGGTTATTAGAGCATGAATAT	173726
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	94938	TTTAAACAGGTTTTTCTTCAAGAGGAGTGTGGTTATTAGAGCATGAATAT	94987

C  CR932397.9	173725	ACAAGCACCCGACAGTCGTCCTTCACAGGTGCAGTACCCGTACACAAGAC	173676
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	94988	ACAAGCACCCGACAGTCGTCCTTCACAGGTGCAGTACCCGTACACAAGAC	95037

C  CR932397.9	173675	GACCCTACACAGCAAACATCTCAGATTCATTTTATTAATAGACGAATATC	173626
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95038	GACCCTACACAGCAAACATCTCAGATTCATTTTATTAATAGACGAATATC	95087

C  CR932397.9	173625	CCACTTGTTCATTAAAGCAATTCATTGGACTCAGGCCTGTTGAGAAGTAC	173576
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95088	CCACTTGTTCATTAAAGCAATTCATTGGACTCAGGCCTGTTGAGAAGTAC	95137

C  CR932397.9	173575	TGTTGTGAGACGGCCTTCGCTGCTAGCCAAACTAAAATAGAGACTTTAAA	173526
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95138	TGTTGTGAGACGGCCTTCGCTGCTAGCCAAACTAAAATAGAGACTTTAAA	95187

C  CR932397.9	173525	AAGAGGTGACCTGTGATATGCCTGCTGGTGAGGGACAGCCCTGCAGATCC	173476
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95188	AAGAGGTGACCTGTGATATGCCTGCTGGTGAGGGACAGCCCTGCAGATCC	95237

C  CR932397.9	173475	TTATTACTGCGATGAGGCTCCTTGTTAAGACACCTCCAGAGGCCAAGGAT	173426
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95238	TTATTACTGCGATGAGGCTCCTTGTTAAGACACCTCCAGAGGCCAAGGAT	95287

C  CR932397.9	173425	GAGGAGATGGGGGAGGCAAGTGTCCCAATTTACCCCTCAGCACTACAGGG	173376
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95288	GAGGAGATGGGGGAGGCAAGTGTCCCAATTTACCCCTCAGCACTACAGGG	95337

C  CR932397.9	173375	CGCAGACTCACTGCATTAAGGTACAGCGAAGTTTATCAGAGGAAAGACAG	173326
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95338	CGCAGACTCACTGCATTAAGGTACAGCGAAGTTTATCAGAGGAAAGACAG	95387

C  CR932397.9	173325	TGGTCCGTTACTGACCGAAAGTGACCTTGAACATCAACTCTATAGTTAGC	173276
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95388	TGGTCCGTTACTGACCGAAAGTGACCTTGAACATCAACTCTATAGTTAGC	95437

C  CR932397.9	173275	GAGCGACCTAATAATGAAGGAGACGTTGGAAAGAGCACAAAAAACAAACA	173226
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95438	GAGCGACCTAATAATGAAGGAGACGTTGGAAAGAGCACAAAAAACAAACA	95487

C  CR932397.9	173225	CATTTGGCTTAAAGATAGCAAGCTAGCCGACACAAAATACTTTCAGATTT	173176
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95488	CATTTGGCTTAAAGATAGCAAGCTAGCCGACACAAAATACTTTCAGATTT	95537

C  CR932397.9	173175	CAGTAGTTTAATGTTAGCAAAGCATAGATAGAGATCAATCTTATAAACTA	173126
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95538	CAGTAGTTTAATGTTAGCAAAGCATAGATAGAGATCAATCTTATAAACTA	95587

C  CR932397.9	173125	TTTGCATGTACAGTTGAAGTCAGAATTATCAGCCCCACATCGAATTTTTT	173076
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95588	TTTGCATGTACAGTTGAAGTCAGAATTATCAGCCCCACATCGAATTTTTT	95637

C  CR932397.9	173075	TCTTTTTTTTTAAATATTTCACAAATTATGTTTAATAGAACAAGGAAATT	173026
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95638	TCTTTTTTTTTAAATATTTCACAAATTATGTTTAATAGAACAAGGAAATT	95687

C  CR932397.9	173025	TTCACAGTATGTCTAATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATGTGT	172976
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95688	TTCACAGTATGTCTAATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATGTGT	95737

C  CR932397.9	172975	TTTATTTCGGCTAGAATATAATTTTTTATATGATTTTTTATAATATAATT	172926
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95738	TTTATTTCGGCTAGAATATAATTTTTTATATGATTTTTTATAATATAATT	95787

C  CR932397.9	172925	AATTTTTTAAACACAATTTTAAGGACAATATTATTAGCCCCTTTAAGCTA	172876
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95788	AATTTTTTAAACACAATTTTAAGGACAATATTATTAGCCCCTTTAAGCTA	95837

C  CR932397.9	172875	TTTTTTTTTTCGATAGTCTACAGAACAAACCATCATTATACAATAACTTG	172826
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95838	TTTTTTTTTTCGATAGTCTACAGAACAAACCATCATTATACAATAACTTG	95887

C  CR932397.9	172825	CCCAATTACCCTAACCTGCTTAGTTAACTTAATTAACCTAGTTAAGCCTT	172776
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95888	CCCAATTACCCTAACCTGCTTAGTTAACTTAATTAACCTAGTTAAGCCTT	95937

C  CR932397.9	172775	TAAATGTCACTAAAACTTTATATAAGTGTCTTGAAAAATATCAGGTAAAT	172726
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95938	TAAATGTCACTAAAACTTTATATAAGTGTCTTGAAAAATATCAGGTAAAT	95987

C  CR932397.9	172725	TATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAA	172676
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	95988	TATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAA	96037

C  CR932397.9	172675	TTAGTTATTAAAATTATTATGTTTATAAATGTGTTGAAAAAATTTCTTCA	172626
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96038	TTAGTTATTAAAATTATTATGTTTATAAATGTGTTGAAAAAATTTCTTCA	96087

C  CR932397.9	172625	ATAAACAGAAATTGAAAAAAAAAAAATAAACAAGGGGGCTTAGTGATTCA	172576
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96088	ATAAACAGAAATTGAAAAAAAAAAAATAAACAAGGGGGCTTAGTGATTCA	96137

C  CR932397.9	172575	GGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATGTAATGTATATATAGAT	172526
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96138	GGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATGTAATGTATATATAGAT	96187

C  CR932397.9	172525	AGCTATAGAAAAACACAGACTAGACATTGTTGATGACATAATTTATTTGA	172476
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96188	AGCTATAGAAAAACACAGACTAGACATTGTTGATGACATAATTTATTTGA	96237

C  CR932397.9	172475	GTTTAAACTCACGAAATGAATTAGCATTTCAACGCTTCTGGTTCCATCAC	172426
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96238	GTTTAAACTCACGAAATGAATTAGCATTTCAACGCTTCTGGTTCCATCAC	96287

C  CR932397.9	172425	ACTAAAGTGAACGAGTTTTTTTTTTATAATAGGTTTAAGTTAAAAATATT	172376
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96288	ACTAAAGTGAACGAGTTTTTTTTTTATAATAGGTTTAAGTTAAAAATATT	96337

C  CR932397.9	172375	TTCATGTTTTATTTTATGACTAAGAGCCCTGTTATGCACCTGGTGCAATA	172326
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96338	TTCATGTTTTATTTTATGACTAAGAGCCCTGTTATGCACCTGGTGCAATA	96387

C  CR932397.9	172325	AGGTGCATGATTTGTTGCTATCTTCAGATCAACGCAACCCACATTTTCCC	172276
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96388	AGGTGCATGATTTGTTGCTATCTTCAGATCAACGCAACCCACATTTTCCC	96437

C  CR932397.9	172275	ATTTTGCACCACGTTGTTTAAATAGTAAATCCATTTGCATCACTTTTATG	172226
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96438	ATTTTGCACCACGTTGTTTAAATAGTAAATCCATTTGCATCACTTTTATG	96487

C  CR932397.9	172225	GACTCATGGGTATGCCGGTCTAGAAAGGAGGTGTTTTAAGCCGCATTGTT	172176
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96488	GACTCATGGGTATGCCGGTCTAGAAAGGAGGTGTTTTAAGCCGCATTGTT	96537

C  CR932397.9	172175	GGTGCGTTGCTATTTTTAGGAACTAAAATAGACTGCGCCACTGACCAACT	172126
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96538	GGTGCGTTGCTATTTTTAGGAACTAAAATAGACTGCGCCACTGACCAACT	96587

C  CR932397.9	172125	GAAAGCTGCTCTAAAGTTCAGCACGAAGCACGTAAGTTGTGCATTTTAGG	172076
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96588	GAAAGCTGCTCTAAAGTTCAGCACGAAGCACGTAAGTTGTGCATTTTAGG	96637

C  CR932397.9	172075	TGCGTAGACATTGCTTAATACACACAGGATTTACAGCACTACACAAATAT	172026
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96638	TGCGTAGACATTGCTTAATACACACAGGATTTACAGCACTACACAAATAT	96687

C  CR932397.9	172025	CTTTACAAATGAAAAAAATTAAAGAATTTAAATATTACAAAAATTATTAT	171976
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96688	CTTTACAAATGAAAAAAATTAAAGAATTTAAATATTACAAAAATTATTAT	96737

C  CR932397.9	171975	TCCCTAAATAAATATAAAAAACACTGCCTCCATGCCTTCTCCTGTTTTTT	171926
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96738	TCCCTAAATAAATATAAAAAACACTGCCTCCATGCCTTCTCCTGTTTTTT	96787

C  CR932397.9	171925	TTTTCAATTTATTCATGACAATTTGCATTTGTATAATGTTATTATTAGTA	171876
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96788	TTTTCAATTTATTCATGACAATTTGCATTTGTATAATGTTATTATTAGTA	96837

C  CR932397.9	171875	GTATTATTTATTATATTTATATTTACATTTGTTTTAATAAAAACAAGCTT	171826
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX510330.20	96838	GTATTATTTATTATATTTATATTTACATTTGTTTTAATAAAAACAAGCTT	96887

Overview

Query
CR932397.9 - 173825 bps
Hit
BX510330.20 - 96887 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019182000171826173825-194888968871
284.81195381142766143146-119533199141
383.34198447153225153671-146213466441
490.871632416206462304-147749479891
581.8516652371937715158666591831
681.59161515103258103772158685592001
785.98234507128803129309-158702592001
884.23174437132038132474158743591861
985.32176391115392115782158760591541
1087.76468850159422160271-165781666381
1181.162477783547136248171681724391
1291.011792781773418011-171814720911
1387.51702856925569539-174716749951
1482.651984336876469196-175113755501
1589.922503742651226885-181411817771
1690.782613742110621479181412817801
1788.762063189095991276181460817791
1886.532495263547135996-188125886661
1988.52223732651226884194326946901
2084.381763712110621476-194326946901
2186.5319435012541603-194327946901
2292.861762348643486667-194329945661
2387.44225472128802129273195595960801
Short-link