<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX537152.15	243729	AAGCTTGACATCTCTACAGTAGAGTCGTGTAGTAAGATTGACAAAAAATT	243680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42348	AAGCTTGACATCTCTACAGTAGAGTCGTGTAGTAAGATTGACAAAAAATT	42397

C  BX537152.15	243679	TTGAGTTGCTATTTTTTAGATTAATAAGGCTCGGACCTATACTGTTATCC	243630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42398	TTGAGTTGCTATTTTTTAGATTAATAAGGCTCGGACCTATACTGTTATCC	42447

C  BX537152.15	243629	TGGCGTAATAATCAAGAAACTTTGCTGCCGTAGCATGGCTGCACCAGACA	243580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42448	TGGCGTAATAATCAAGAAACTTTGCTGCCGTAGCATGGCTGCACCAGACA	42497

C  BX537152.15	243579	CAATGATATTACGCAGTGCCTGAAAATTATTCTCATCTATGGAACTTGGC	243530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42498	CAATGATATTACGCAGTGCCTGAAAATTATTCTCATCTATGGAACTTGGC	42547

C  BX537152.15	243529	AACAGAGCTGTGTAATATCATTGCGCCAGCTCCAGCCATGGTACAGCAGC	243480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42548	AACAGAGCTGTGTAATATCATTGCGCCAGCTCCAGCCATGGTACAGCAGC	42597

C  BX537152.15	243479	AAAGTTCCCAGATTACTACAGAATGAGAGTATAGTTCCTAGCCAGATAGG	243430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42598	AAAGTTCCCAGATTACTACAGAATGAGAGTATAGTTCCTAGCCAGATAGG	42647

C  BX537152.15	243429	CCAAAAAAGCTAGTACTTGGAACACCATTTAACTAGAGAATAGTCATGCT	243380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42648	CCAAAAAAGCTAGTACTTGGAACACCATTTAACTAGAGAATAGTCATGCT	42697

C  BX537152.15	243379	TTAAATAGAATTATTATTCAAACTTTTTTTTTTTAAATTGAGAGAGATGC	243330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42698	TTAAATAGAATTATTATTCAAACTTTTTTTTTTTAAATTGAGAGAGATGC	42747

C  BX537152.15	243329	TAATTGTCTAATCCGATTCAAAAATATATGCTAAGTTAAAAGAGCTCCTG	243280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42748	TAATTGTCTAATCCGATTCAAAAATATATGCTAAGTTAAAAGAGCTCCTG	42797

C  BX537152.15	243279	TCGGAGATTGGCTAAATTGATTCAAAAATTGTGAAACTCATATAAACTTG	243230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42798	TCGGAGATTGGCTAAATTGATTCAAAAATTGTGAAACTCATATAAACTTG	42847

C  BX537152.15	243229	GGGACTTTAATTAAAATAAGCCTTTTCTCATAAAAAAGTGGAGTGTACTT	243180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42848	GGGACTTTAATTAAAATAAGCCTTTTCTCATAAAAAAGTGGAGTGTACTT	42897

C  BX537152.15	243179	CAAGAGTAATGTGTTCATCAGAGGTTTCTGCTGAATATCAACGTTTATCC	243130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42898	CAAGAGTAATGTGTTCATCAGAGGTTTCTGCTGAATATCAACGTTTATCC	42947

C  BX537152.15	243129	GTCTTGTACAATTGTAAAGTTTTGAAATGATAGGTACTGTAACCAATACA	243080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42948	GTCTTGTACAATTGTAAAGTTTTGAAATGATAGGTACTGTAACCAATACA	42997

C  BX537152.15	243079	TCAAAGTAAACAATTTTGTGTTTATTAGACGTAGATTTTGTTTTTAATAG	243030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	42998	TCAAAGTAAACAATTTTGTGTTTATTAGACGTAGATTTTGTTTTTAATAG	43047

C  BX537152.15	243029	ACGTTTAATAGACGTCTAAATGTAGACAGCTTGGCAAGGACTAAACTTAG	242980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43048	ACGTTTAATAGACGTCTAAATGTAGACAGCTTGGCAAGGACTAAACTTAG	43097

C  BX537152.15	242979	GCTGTTAGTGAAAATCTAATAGACATCTAAGAATAGCCCAAAACTAGAAT	242930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43098	GCTGTTAGTGAAAATCTAATAGACATCTAAGAATAGCCCAAAACTAGAAT	43147

C  BX537152.15	242929	AGTGGCCAAACAGACAGATTAGACAGACTTTATATGTGTAGTCATTCATT	242880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43148	AGTGGCCAAACAGACAGATTAGACAGACTTTATATGTGTAGTCATTCATT	43197

C  BX537152.15	242879	TCTGTTTATTTGATGACTGGTCTAGGTTTGGCCTATTCTTAGAGTCTATT	242830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43198	TCTGTTTATTTGATGACTGGTCTAGGTTTGGCCTATTCTTAGAGTCTATT	43247

C  BX537152.15	242829	AGATTCTCACTGACAGCCCAAATTTTTGCTTGTTTTAGCCAAGACGACTA	242780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43248	AGATTCTCACTGACAGCCCAAATTTTTGCTTGTTTTAGCCAAGACGACTA	43297

C  BX537152.15	242779	TGTTTAGACGTCTATTAGACATCTATTAGACATCTTTTAAAAACAAAAAA	242730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43298	TGTTTAGACGTCTATTAGACATCTATTAGACATCTTTTAAAAACAAAAAA	43347

C  BX537152.15	242729	TGCTTGCTGGGTTAAAATAATTATTTCCAATGTCAACACGCACATTTAGA	242680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43348	TGCTTGCTGGGTTAAAATAATTATTTCCAATGTCAACACGCACATTTAGA	43397

C  BX537152.15	242679	TAAAAACCATTAGATAAAGTGAACTACACTTTACTCCTTCAGGAATTTAA	242630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43398	TAAAAACCATTAGATAAAGTGAACTACACTTTACTCCTTCAGGAATTTAA	43447

C  BX537152.15	242629	GTGTTAGCCTTTGTTAAGTTGGGGTGCAGCAAGTAGTTAACCTGTGGTCA	242580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43448	GTGTTAGCCTTTGTTAAGTTGGGGTGCAGCAAGTAGTTAACCTGTGGTCA	43497

C  BX537152.15	242579	TTGCTCATGACCTCACTAATAGTCTTTTTTTCCACAACGGCACATCTGCT	242530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43498	TTGCTCATGACCTCACTAATAGTCTTTTTTTCCACAACGGCACATCTGCT	43547

C  BX537152.15	242529	CAGAATGATCTAATGTACTACAAGACAGACAAACCGCACTGTCAGGTTTT	242480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43548	CAGAATGATCTAATGTACTACAAGACAGACAAACCGCACTGTCAGGTTTT	43597

C  BX537152.15	242479	CTCATCACATCCTGATCTTGAATCATTCTATAATTACTCACAACTTTAAA	242430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43598	CTCATCACATCCTGATCTTGAATCATTCTATAATTACTCACAACTTTAAA	43647

C  BX537152.15	242429	CCTGGGGTCGGAAACCTTTTTGATATGAAGTGCCATTTTCTATTTATTTT	242380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43648	CCTGGGGTCGGAAACCTTTTTGATATGAAGTGCCATTTTCTATTTATTTT	43697

C  BX537152.15	242379	GGAAATGCTTGTGCCATGCTATATTAAAATAACATCTTATCTTTTATAAA	242330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43698	GGAAATGCTTGTGCCATGCTATATTAAAATAACATCTTATCTTTTATAAA	43747

C  BX537152.15	242329	GTGCTGTTTTGACAGCAAAAAGTGGGCTCAAGTGTACCGCTGTAGCCATG	242280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43748	GTGCTGTTTTGACAGCAAAAAGTGGGCTCAAGTGTACCGCTGTAGCCATG	43797

C  BX537152.15	242279	CCATGACTGTGAGATAGACTGTGCTTCCTAACTGAACCACTAAATACAAC	242230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43798	CCATGACTGTGAGATAGACTGTGCTTCCTAACTGAACCACTAAATACAAC	43847

C  BX537152.15	242229	CAAGAGGATCCATTTGATACATTATGATTTTTTCCCCTCATGTTTTTACT	242180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43848	CAAGAGGATCCATTTGATACATTATGATTTTTTCCCCTCATGTTTTTACT	43897

C  BX537152.15	242179	TCAGTAGCTTGATGTGAGGTTTATTCCACATACTGCATACATTGTGCCAT	242130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43898	TCAGTAGCTTGATGTGAGGTTTATTCCACATACTGCATACATTGTGCCAT	43947

C  BX537152.15	242129	ATAAAATTACACATAGGCTTGATACTTTTTGCAATTTATGTTTGTTATGT	242080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43948	ATAAAATTACACATAGGCTTGATACTTTTTGCAATTTATGTTTGTTATGT	43997

C  BX537152.15	242079	TTCAGAAGTGGATGAGGCAAAATGACTCGACAGCACCACCTATGCACACT	242030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	43998	TTCAGAAGTGGATGAGGCAAAATGACTCGACAGCACCACCTATGCACACT	44047

C  BX537152.15	242029	TGATGGATAGGCGCCCGAGCTACGATTCATGCACACATCCAAAAAGTGGC	241980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	44048	TGATGGATAGGCGCCCGAGCTACGATTCATGCACACATCCAAAAAGTGGC	44097

C  BX537152.15	241979	ACACACATCAAACATACCAATACCTAAAAAACAGTCTCTCAGAGTGAAAT	241930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	44098	ACACACATCAAACATACCAATACCTAAAAAACAGTCTCTCAGAGTGAAAT	44147

C  BX537152.15	241929	ATCAAACACAACAGAAAGTCAAATATTTTTAACTTCCTCTCCCGAAAAAG	241880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	44148	ATCAAACACAACAGAAAGTCAAATATTTTTAACTTCCTCTCCCGAAAAAG	44197

C  BX537152.15	241879	TGCAGTTTTTGAACTCCTATAGGGATTTTATCAGATCAACACCAAGATTG	241830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	44198	TGCAGTTTTTGAACTCCTATAGGGATTTTATCAGATCAACACCAAGATTG	44247

C  BX537152.15	241829	GGTATTGTAATCTAAAGGCCTTGGCGTTAAATTGCAAAGATCTAAATTTT	241780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	44248	GGTATTGTAATCTAAAGGCCTTGGCGTTAAATTGCAAAGATCTAAATTTT	44297

C  BX537152.15	241779	GTCGAAGGGCATGTCCGTGGCAGTCTCACAAACTTTAAAGTTTCACCACG	241730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469894.5	44298	GTCGAAGGGCATGTCCGTGGCAGTCTCACAAACTTTAAAGTTTCACCACG	44347

Overview

Query
BX537152.15 - 243729 bps
Hit
BX469894.5 - 44347 bps
Total alignments
10
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019412000241730243729-142348443471
21004286109624109709113858139431
31004286109624109709-113858139431
41004059240436240494-113900139581
585.5961111106753106863113964140741
683.01191426146654147079-114316147391
792.3969921087210963-133730338211
886.6173128186386186513133731338571
91003675109624109698140693407671
101003675109625109699-140693407671
Short-link