<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX469894.5	2000	GAATTCCCCAATTTTTTCACTTTGGTCATCAGACTTGGGTACGCTCTGGT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1	GAATTCCCCAATTTTTTCACTTTGGTCATCAGACTTGGGTACGCTCTGGT	50

C  BX469894.5	1950	TTCTGCCTGTCTGTCATTTCTCTAAGTGCTAACAGATCTCTTTTTTGGCT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	51	TTCTGCCTGTCTGTCATTTCTCTAAGTGCTAACAGATCTCTTTTTTGGCT	100

C  BX469894.5	1900	TTCAAAAAAGGACCAAGACAGCAATACTGATTCCAAGGACTCTGCAAGGG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	101	TTCAAAAAAGGACCAAGACAGCAATACTGATTCCAAGGACTCTGCAAGGG	150

C  BX469894.5	1850	TCCACTCTTCAATGGTTTGTACTCTGGGATTGGAAAGGGGTGTGTGGGCA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	151	TCCACTCTTCAATGGTTTGTACTCTGGGATTGGAAAGGGGTGTGTGGGCA	200

C  BX469894.5	1800	GTTGTGTGTGTGAGAGGGTTTGGACTGCTGGGAGATTTGTCTTGGATGAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	201	GTTGTGTGTGTGAGAGGGTTTGGACTGCTGGGAGATTTGTCTTGGATGAA	250

C  BX469894.5	1750	ATTTAAATTAAATGAGGCGTTTTAATGACTTTGTTAGCAAAACTCTGCAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	251	ATTTAAATTAAATGAGGCGTTTTAATGACTTTGTTAGCAAAACTCTGCAA	300

C  BX469894.5	1700	AGCCATCTGGCAAAGGGCACCGGGCCCTGGAGGCAGTACTGAGGAGGTTT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	301	AGCCATCTGGCAAAGGGCACCGGGCCCTGGAGGCAGTACTGAGGAGGTTT	350

C  BX469894.5	1650	GTCCCACTGCCTCAGTGGAGATTCAGAGAAATGTCTAGACTGACTTAGAT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	351	GTCCCACTGCCTCAGTGGAGATTCAGAGAAATGTCTAGACTGACTTAGAT	400

C  BX469894.5	1600	CGCTCTGCTTTGTTCACTAAAGAAAACTTGTAAAGTTTCACGAACTGGCT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	401	CGCTCTGCTTTGTTCACTAAAGAAAACTTGTAAAGTTTCACGAACTGGCT	450

C  BX469894.5	1550	TATGATCATACTCAATGTGGCAAATATGTAAGTTAATGCCTTGTTATCAT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	451	TATGATCATACTCAATGTGGCAAATATGTAAGTTAATGCCTTGTTATCAT	500

C  BX469894.5	1500	GCCTCGGAGCAGATTTGGGTTTCATGCTCTTGAAGATTTTTTTTTTTTTT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	501	GCCTCGGAGCAGATTTGGGTTTCATGCTCTTGAAGATTTTTTTTTTTTTT	550

C  BX469894.5	1450	TAAGGTTTATTTTCTTTGCCTTTATTGGGAAAGGACAGAATTTAGACTGG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	551	TAAGGTTTATTTTCTTTGCCTTTATTGGGAAAGGACAGAATTTAGACTGG	600

C  BX469894.5	1400	AGTGAAGTTGAAGAGTGAGAGGGGAACAGGATCGAGAAAGATCTGCTAGC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	601	AGTGAAGTTGAAGAGTGAGAGGGGAACAGGATCGAGAAAGATCTGCTAGC	650

C  BX469894.5	1350	TGGGACTTGAACTCTGGACACCTAAAGCAATATAACACTATGGGCCCTAT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	651	TGGGACTTGAACTCTGGACACCTAAAGCAATATAACACTATGGGCCCTAT	700

C  BX469894.5	1300	TATACACCCAGTGCAATAAGGCACTTGTTGCTATTTTCACACCAGCGCAA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	701	TATACACCCAGTGCAATAAGGCACTTGTTGCTATTTTCACACCAGCGCAA	750

C  BX469894.5	1250	CCCTAATTTTCATGGTTTGCACCAAGTTGTTCAAATAGCAAATTCATTTG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	751	CCCTAATTTTCATGGTTTGCACCAAGTTGTTCAAATAGCAAATTCATTTG	800

C  BX469894.5	1200	CGCCACTTTGTGGACTGATGGGTGTGTTGGTCTATAAAGGAGATGTGTTA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	801	CGCCACTTTGTGGACTGATGGGTGTGTTGGTCTATAAAGGAGATGTGTTA	850

C  BX469894.5	1150	AGGGCATCATTGTCGCATTGCTATTTTGCGTAACTGAAAAAGACCACACC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	851	AGGGCATCATTGTCGCATTGCTATTTTGCGTAACTGAAAAAGACCACACC	900

C  BX469894.5	1100	ATTGACCAACTGAAAGCTGGTCTAAAGTCCAGCACAGGGCACATTATGCG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	901	ATTGACCAACTGAAAGCTGGTCTAAAGTCCAGCACAGGGCACATTATGCG	950

C  BX469894.5	1050	CCTACATGTATACAGTCCAAGTGCTAATACATTGCTTGATACACACAGGG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	951	CCTACATGTATACAGTCCAAGTGCTAATACATTGCTTGATACACACAGGG	1000

C  BX469894.5	1000	TGTACAGCAATACACAAATATCTTAACATGTGAAAAAAATAAAGAATAAA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1001	TGTACAGCAATACACAAATATCTTAACATGTGAAAAAAATAAAGAATAAA	1050

C  BX469894.5	950	ATGTTTCAAAAATTATTATTTTCAACATAAATATAAAACCACTGCATATA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1051	ATGTTTCAAAAATTATTATTTTCAACATAAATATAAAACCACTGCATATA	1100

C  BX469894.5	900	TGCCTTCATGTTGAAGGTTTTTTTTAGTTTATGACAAATTGCATTTGTAT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1101	TGCCTTCATGTTGAAGGTTTTTTTTAGTTTATGACAAATTGCATTTGTAT	1150

C  BX469894.5	850	AATGTTGTTATTAGTAGTAGTGGTGTTATTACATAAATATTTAGATTTGT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1151	AATGTTGTTATTAGTAGTAGTGGTGTTATTACATAAATATTTAGATTTGT	1200

C  BX469894.5	800	TTTATTAAAAACAAGTTTAGATTTGTCCACCTGTCAGGTTTTAAAGATGT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1201	TTTATTAAAAACAAGTTTAGATTTGTCCACCTGTCAGGTTTTAAAGATGT	1250

C  BX469894.5	750	TTCCATCCCCATATAGGGCGTAAGATAAGGACTTGCGTTTGGATACAACT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1251	TTCCATCCCCATATAGGGCGTAAGATAAGGACTTGCGTTTGGATACAACT	1300

C  BX469894.5	700	GACCACTCTTCGTTATTATTGTTCATTTATTCGTTTGCTGGAAAGTAGAA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1301	GACCACTCTTCGTTATTATTGTTCATTTATTCGTTTGCTGGAAAGTAGAA	1350

C  BX469894.5	650	CTGAATATAGAAATAGTTTTAAAACAAATCTGCGCTTAACAAAGAAAATT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1351	CTGAATATAGAAATAGTTTTAAAACAAATCTGCGCTTAACAAAGAAAATT	1400

C  BX469894.5	600	AAATATGTAGGCTAATGGATGTCTTCAGTGCGTACACCACCGTTTCCATA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1401	AAATATGTAGGCTAATGGATGTCTTCAGTGCGTACACCACCGTTTCCATA	1450

C  BX469894.5	550	TCCAAAAAAAGTAAAGGAGTAAAGTAAAGAACAAAAGTAAAATAAAGAGA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1451	TCCAAAAAAAGTAAAGGAGTAAAGTAAAGAACAAAAGTAAAATAAAGAGA	1500

C  BX469894.5	500	AATTAAAGTGGCCGAATGGAGGAGGCTCCTTCTTTATCCTTGTGCTGCAG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1501	AATTAAAGTGGCCGAATGGAGGAGGCTCCTTCTTTATCCTTGTGCTGCAG	1550

C  BX469894.5	450	ATGATTTGTTTAACTGTTTTCTTGCTAGTGAAGCATTCAGTTTTGCCACT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1551	ATGATTTGTTTAACTGTTTTCTTGCTAGTGAAGCATTCAGTTTTGCCACT	1600

C  BX469894.5	400	TACAAAGTCCACCATGTAAATAGCAAATGTGCCATGGCGTGACACAACTG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1601	TACAAAGTCCACCATGTAAATAGCAAATGTGCCATGGCGTGACACAACTG	1650

C  BX469894.5	350	ACTCTTAAAGAGAATGGGAGATGAGACTCTGATTGGTTTAATGCCTGTTA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1651	ACTCTTAAAGAGAATGGGAGATGAGACTCTGATTGGTTTAATGCCTGTTA	1700

C  BX469894.5	300	TGCTCAAAACACACCCAGAACTCATTAAGAGAATAAGCTAAACAATCCTT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1701	TGCTCAAAACACACCCAGAACTCATTAAGAGAATAAGCTAAACAATCCTT	1750

C  BX469894.5	250	AAAATAGCAAAAATGAAGTCAGACACCCCCTGATGCTTTTGCGACATTCC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1751	AAAATAGCAAAAATGAAGTCAGACACCCCCTGATGCTTTTGCGACATTCC	1800

C  BX469894.5	200	CTTTAGACTTTGCACCTAGATTGTTATAAAAGAGCCCTATGTGTCAGCAC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1801	CTTTAGACTTTGCACCTAGATTGTTATAAAAGAGCCCTATGTGTCAGCAC	1850

C  BX469894.5	150	ACTGCACACAAATGAGGCTGTTAGTGCCAACAGCTTTTGTTTTGTTTCTT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1851	ACTGCACACAAATGAGGCTGTTAGTGCCAACAGCTTTTGTTTTGTTTCTT	1900

C  BX469894.5	100	TTATTTTTTTTTATTAGTAGTAGAGTAGAGCTGCACAATATTGAAAAAAT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1901	TTATTTTTTTTTATTAGTAGTAGAGTAGAGCTGCACAATATTGAAAAAAT	1950

C  BX469894.5	50	CTGACATTGCGTAGTTTAGTTTTTCTGCAGTATTTATTGTGATACAGTAT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX469888.5	1951	CTGACATTGCGTAGTTTAGTTTTTCTGCAGTATTTATTGTGATACAGTAT	2000

Overview

Query
BX469894.5 - 44347 bps
Hit
BX469888.5 - 188432 bps
Total alignments
11
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001953200012000-1120001
293.2810613433730338631202121541
387.34477836723749-1217322511
488.06821333373233864121648217811
589.6636871387113957136383364691
675.3575510767127611316181321201
791.04951343373033863-11551901553231
810043891385713945-11813881814761
91004287138571394311813911814771
1095.5134904067840767-11814051814931
111003878406934077011814081814851
Short-link