<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX323794.17	2000	TGTAATAATTATCATCATTGTAAACATGCTTTTTTGTTTTGTTTAAAGTT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1	TGTAATAATTATCATCATTGTAAACATGCTTTTTTGTTTTGTTTAAAGTT	50

C  BX323794.17	1950	AAGTGCGATATATTCATGGTAAACATTCATATTTTATCATTATAGTAATT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	51	AAGTGCGATATATTCATGGTAAACATTCATATTTTATCATTATAGTAATT	100

C  BX323794.17	1900	TATAAAAATATTAAAATGTGCATTTATTAATATCATTTTGTGATTTTAAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	101	TATAAAAATATTAAAATGTGCATTTATTAATATCATTTTGTGATTTTAAA	150

C  BX323794.17	1850	ATGTATATCAAAAATAGAACTATATGTTGGTATATCCTAAATTTTTTATT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	151	ATGTATATCAAAAATAGAACTATATGTTGGTATATCCTAAATTTTTTATT	200

C  BX323794.17	1800	TACAATATAGCTATAAACAATTCTAATGATGATGGTAATTTGTGTTAATA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	201	TACAATATAGCTATAAACAATTCTAATGATGATGGTAATTTGTGTTAATA	250

C  BX323794.17	1750	TTATAAATTTATAGTAAGAGTTTATTCATCAAATTGTTGCGTTGTGTGTG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	251	TTATAAATTTATAGTAAGAGTTTATTCATCAAATTGTTGCGTTGTGTGTG	300

C  BX323794.17	1700	TGTGTTTAGATATAACCGTGGATGCACTTCACTAAGAGAGGAAGATTCTG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	301	TGTGTTTAGATATAACCGTGGATGCACTTCACTAAGAGAGGAAGATTCTG	350

C  BX323794.17	1650	CCTCTCTAATATCTGAAGCGCTGAGGAAAAAATTTGTCCTGAAAGACGAT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	351	CCTCTCTAATATCTGAAGCGCTGAGGAAAAAATTTGTCCTGAAAGACGAT	400

C  BX323794.17	1600	GACATCAGCATGAGGAAATAATCTAGAATCCAAACCCTCTGCAGACTCTC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	401	GACATCAGCATGAGGAAATAATCTAGAATCCAAACCCTCTGCAGACTCTC	450

C  BX323794.17	1550	CATGTAAGGCTGAACTGCATGGATATATCTCATATTCGGTTTAAAGTCGC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	451	CATGTAAGGCTGAACTGCATGGATATATCTCATATTCGGTTTAAAGTCGC	500

C  BX323794.17	1500	ATTTAGACCTACAAAACCAAGTGAATAAAGCATGGACGTGGAATTTTAAC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	501	ATTTAGACCTACAAAACCAAGTGAATAAAGCATGGACGTGGAATTTTAAC	550

C  BX323794.17	1450	TACTTTTCTGTTCTTAAGTCTTTTTTTTTTCTACTGGCTCAATAGGCCTG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	551	TACTTTTCTGTTCTTAAGTCTTTTTTTTTTCTACTGGCTCAATAGGCCTG	600

C  BX323794.17	1400	TGCCTGTGGACTGTTGCGATGGAAACCCCATAAAGCCTCTGAATAGATGG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	601	TGCCTGTGGACTGTTGCGATGGAAACCCCATAAAGCCTCTGAATAGATGG	650

C  BX323794.17	1350	AGATCTTCTGCATTCTTCAGCGCTCCCACACTGGTGGTGACATGGCTAGA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	651	AGATCTTCTGCATTCTTCAGCGCTCCCACACTGGTGGTGACATGGCTAGA	700

C  BX323794.17	1300	AGCAAAAGATGAAGCTCTTTTCAACAAACACGTGCACACACACATACACA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	701	AGCAAAAGATGAAGCTCTTTTCAACAAACACGTGCACACACACATACACA	750

C  BX323794.17	1250	CCCACTCCAACATATGTGTGTGCAGGTGAATAAGGGTCCATAAAGATAGC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	751	CCCACTCCAACATATGTGTGTGCAGGTGAATAAGGGTCCATAAAGATAGC	800

C  BX323794.17	1200	CTTTACACACAGCAGATCACTCGACCTCCAATTCTGCAAAAAATCCAGCA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	801	CTTTACACACAGCAGATCACTCGACCTCCAATTCTGCAAAAAATCCAGCA	850

C  BX323794.17	1150	CTACTTCCCAAATTCTTTAATAATCCAAATTTCACGGCGTATTATTCAAG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	851	CTACTTCCCAAATTCTTTAATAATCCAAATTTCACGGCGTATTATTCAAG	900

C  BX323794.17	1100	CCACGAAACCAGAGAAGATTCCTGGGAGAGCCCGGTTTTGTAGACGTATA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	901	CCACGAAACCAGAGAAGATTCCTGGGAGAGCCCGGTTTTGTAGACGTATA	950

C  BX323794.17	1050	GTTTGAAGCTGTATCTCTTGCCTTACACGTTCCCTCATTCTCAACCCTGT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	951	GTTTGAAGCTGTATCTCTTGCCTTACACGTTCCCTCATTCTCAACCCTGT	1000

C  BX323794.17	1000	TATACTTGAAGCCGTTATGAAGAGTGATCTGATGATATGCTAACACACTG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1001	TATACTTGAAGCCGTTATGAAGAGTGATCTGATGATATGCTAACACACTG	1050

C  BX323794.17	950	ACTTTCCATTTTGTGACAAAGCAAGGCGACGTTCTTCTATTTAAAGGGTT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1051	ACTTTCCATTTTGTGACAAAGCAAGGCGACGTTCTTCTATTTAAAGGGTT	1100

C  BX323794.17	900	TTTGCGTGTGTGCATGTGCACCGAAGACTTCAAGATTACATTCACTTGTA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1101	TTTGCGTGTGTGCATGTGCACCGAAGACTTCAAGATTACATTCACTTGTA	1150

C  BX323794.17	850	ATTAGCACTCTGTGATGTTCCCTTTTTTGAAGCGTGTATATTTTGCCAGA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1151	ATTAGCACTCTGTGATGTTCCCTTTTTTGAAGCGTGTATATTTTGCCAGA	1200

C  BX323794.17	800	AGACTGATGTGGTACTGTTACATGAGTTTGAGTTTATAACGCGTGTGTGG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1201	AGACTGATGTGGTACTGTTACATGAGTTTGAGTTTATAACGCGTGTGTGG	1250

C  BX323794.17	750	TTTACTTTTAGCAAGTATATTGAGAGAGCTATTTTTGTTTTGTTTTTTAT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1251	TTTACTTTTAGCAAGTATATTGAGAGAGCTATTTTTGTTTTGTTTTTTAT	1300

C  BX323794.17	700	TGCGTGTGCAGACAGGTTGTAAGAATTTGTGTACGTCTGAATAGCATGTG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1301	TGCGTGTGCAGACAGGTTGTAAGAATTTGTGTACGTCTGAATAGCATGTG	1350

C  BX323794.17	650	TGATGTGATGCTGGATGTGAGCCAGATTTGCGGACGCCTCATGTTTTATA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1351	TGATGTGATGCTGGATGTGAGCCAGATTTGCGGACGCCTCATGTTTTATA	1400

C  BX323794.17	600	TGATGATGAAGGACGCTACATTTTTCTTGTTTTGCAGTGTGTAACAAGCA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1401	TGATGATGAAGGACGCTACATTTTTCTTGTTTTGCAGTGTGTAACAAGCA	1450

C  BX323794.17	550	GTCGTTTTAAACCATACACAGCTTTTGTGCCATGAATACTTACTTCCAAG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1451	GTCGTTTTAAACCATACACAGCTTTTGTGCCATGAATACTTACTTCCAAG	1500

C  BX323794.17	500	TGGGAATCAAACCTAAAATGTGCTTTGACACTCTTGTTTGGACCTGCTTG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1501	TGGGAATCAAACCTAAAATGTGCTTTGACACTCTTGTTTGGACCTGCTTG	1550

C  BX323794.17	450	CAGCCTTTTCTTACCTGTCTGATATGATGTGTTACGCCACAGTAATCTAG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1551	CAGCCTTTTCTTACCTGTCTGATATGATGTGTTACGCCACAGTAATCTAG	1600

C  BX323794.17	400	CTTTGTTAAATTCCTTACTATTTAGTTCTCTTCATCATTTGTTTCAGAGC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1601	CTTTGTTAAATTCCTTACTATTTAGTTCTCTTCATCATTTGTTTCAGAGC	1650

C  BX323794.17	350	CACAACTACCAATAATTCATGCACTAGTTTACAGTATAACTATTTTCATA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1651	CACAACTACCAATAATTCATGCACTAGTTTACAGTATAACTATTTTCATA	1700

C  BX323794.17	300	TCAGAGTTCTATTGGTATATATGAATCTGATTAAAGTCATCATTAATGAT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1701	TCAGAGTTCTATTGGTATATATGAATCTGATTAAAGTCATCATTAATGAT	1750

C  BX323794.17	250	AATAGAGCTGTAATTGAAACTGTTGTATCATGCACTGAACATACTAGCAT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1751	AATAGAGCTGTAATTGAAACTGTTGTATCATGCACTGAACATACTAGCAT	1800

C  BX323794.17	200	ATGTTCCTGTACCCGTCAGAGTAACGGGTAAACGCGTGTGTGTGTGAGAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1801	ATGTTCCTGTACCCGTCAGAGTAACGGGTAAACGCGTGTGTGTGTGAGAT	1850

C  BX323794.17	150	TCTGAATGCTGGGTTTCATTTCTAGGCTGAACCATAGGACACACTTCAAA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1851	TCTGAATGCTGGGTTTCATTTCTAGGCTGAACCATAGGACACACTTCAAA	1900

C  BX323794.17	100	ATTGCTTTCATTTAAGGCAGCGTTGGCGGTTTCATGGTCTCTTTTAGAGG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1901	ATTGCTTTCATTTAAGGCAGCGTTGGCGGTTTCATGGTCTCTTTTAGAGG	1950

C  BX323794.17	50	ACAGAATCTTGTGTAATTGCGTGTTTGCCGTTTGTCAAATAAGGGAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX465858.8	1951	ACAGAATCTTGTGTAATTGCGTGTTTGCCGTTTGTCAAATAAGGGAATTC	2000

Overview

Query
BX323794.17 - 91210 bps
Hit
BX465858.8 - 88708 bps
Total alignments
35
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001943200012000-1120001
290.54537476655767281363837111
388.997211476729768421402141291
498.73357944194497110581106591
598.7335794381643894110581106591
698.73357944204498-110581106591
798.7335794381743895-110581106591
810039804381543894111823119021
9100398044204499-111823119021
1010039804381743896-111823119021
11100387944194497111824119021
1282.41533864454844933118435188091
1385.9387427892862118446185231
1492.68588329743056118648187291
1592.52381478303683182-120950210961
1682.08942184471044927-127061272721
1795.0847613558735647136341364011
1886.4937751145411528-156482565551
1993.9451663663436699-156498565631
2083.6315439640284423-159260596501
2186.6429331563248159664597601
2281.48802017087071070-166159663471
2380681927087971070166170663491
2486.41591041090411007-181581816831
2586.27591024938349484181582816831
2687.7660984483044927-181583816801
2798.72357844204497187006870831
2898.7235784381743894187006870831
2998.72357844204497-187006870831
3098.7235784381743894-187006870831
3198.65337444204493187187872601
3298.6533744381743890187187872601
3398.65337444204493-187187872601
3498.6533744381743890-187187872601
3595.981751997665476852-188457886551
Short-link