<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR293516.8	1	CTAATAAACCATCTTACATTGTAATACCATGGCCATACACTTTATTGTAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	178639	CTAATAAACCATCTTACATTGTAATACCATGGCCATACACTTTATTGTAC	178688

CR293516.8	51	AAATTTGTGTCCTCACAAACCACTAAAACCAATACACACATTATCACACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	178689	AAATTTGTGTCCTCACAAACCACTAAAACCAATACACACATTATCACACA	178738

CR293516.8	101	CACAAATATGTCTCTTTTGAATGGGTTTGCATTGTTCTCAAAACAAACTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	178739	CACAAATATGTCTCTTTTGAATGGGTTTGCATTGTTCTCAAAACAAACTA	178788

CR293516.8	151	ATGTAGTTTAATGTAAGGTGTTTGCCAAGGAATCACTGTTATTATTGCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	178789	ATGTAGTTTAATGTAAGGTGTTTGCCAAGGAATCACTGTTATTATTGCTG	178838

CR293516.8	201	ATTAAATATTAAAATATATAATTTAAGGTTGTTTTATTAATATAATAAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	178839	ATTAAATATTAAAATATATAATTTAAGGTTGTTTTATTAATATAATAAAT	178888

CR293516.8	251	TAATATATGATTTAATTTGTAAATGTTTTAATGTGTATGTAAAATGTTAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	178889	TAATATATGATTTAATTTGTAAATGTTTTAATGTGTATGTAAAATGTTAC	178938

CR293516.8	301	CAGTTATATCATTTAAAAAAAAACATATGCAGGGATGTCTACAAGCCAGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	178939	CAGTTATATCATTTAAAAAAAAACATATGCAGGGATGTCTACAAGCCAGT	178988

CR293516.8	351	GAATCAGTAAAAAATGTATATTCTGTCATCATTTACCCACCCTTTACTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	178989	GAATCAGTAAAAAATGTATATTCTGTCATCATTTACCCACCCTTTACTTG	179038

CR293516.8	401	TTCCAAACCTGTTTTACTATCTTCTGTTGAACACAAAATATTTTGATAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179039	TTCCAAACCTGTTTTACTATCTTCTGTTGAACACAAAATATTTTGATAAA	179088

CR293516.8	451	AAAAAAAACTGGAATCCTGTAACTATTGACCTCCATAGAAGGAAAAATGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179089	AAAAAAAACTGGAATCCTGTAACTATTGACCTCCATAGAAGGAAAAATGA	179138

CR293516.8	501	ATACTATGGAAGTCAGGGGTTACCGGTTTCTAGCTTTCTTCAAAATATCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179139	ATACTATGGAAGTCAGGGGTTACCGGTTTCTAGCTTTCTTCAAAATATCT	179188

CR293516.8	551	TCTTTAATGTTTAACAGAAGAAAGAAACTCGTGAATGTTTGGATACACTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179189	TCTTTAATGTTTAACAGAAGAAAGAAACTCGTGAATGTTTGGATACACTT	179238

CR293516.8	601	GAGGGTGAGTACATGTTCATTTTCAGGTGAACTATCTCTGTAATAGGTAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179239	GAGGGTGAGTACATGTTCATTTTCAGGTGAACTATCTCTGTAATAGGTAT	179288

CR293516.8	651	AGACTTTGGCAAGATTATGTTATTAAACGCTAATAATAAGTGCGTGCGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179289	AGACTTTGGCAAGATTATGTTATTAAACGCTAATAATAAGTGCGTGCGAA	179338

CR293516.8	701	TGTTACACAATGTTCTTGTTCATACAACCACATCAAACCCTTTGAACATC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179339	TGTTACACAATGTTCTTGTTCATACAACCACATCAAACCCTTTGAACATC	179388

CR293516.8	751	ATAAAAGTCAGTGGAGATGATATGGTTGGTTATGTGTTTGTAGAAAACAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179389	ATAAAAGTCAGTGGAGATGATATGGTTGGTTATGTGTTTGTAGAAAACAG	179438

CR293516.8	801	GCCACTTGGAAATGCACTTTTGATACTGTCTTTAGTAGACTGCAGTTTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179439	GCCACTTGGAAATGCACTTTTGATACTGTCTTTAGTAGACTGCAGTTTAA	179488

CR293516.8	851	AGTCCCCATGAACAGGAAGCTGCGACCATTATTTTTTTTGTATTGTGATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179489	AGTCCCCATGAACAGGAAGCTGCGACCATTATTTTTTTTGTATTGTGATG	179538

CR293516.8	901	CAGTTCCTAAAGAAACGGAATATTAAATGAGTAAACAGTGGGTGTGGCTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179539	CAGTTCCTAAAGAAACGGAATATTAAATGAGTAAACAGTGGGTGTGGCTT	179588

CR293516.8	951	GTTTTTTTTGTACTGCGAGCTGAATGGATGTAGTAAAGTAGGCATTTAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179589	GTTTTTTTTGTACTGCGAGCTGAATGGATGTAGTAAAGTAGGCATTTAAT	179638

CR293516.8	1001	TCAGAAAGATCGGGGAAAGAGTTTGGGGAGAGTTATTAATTTACAACCTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179639	TCAGAAAGATCGGGGAAAGAGTTTGGGGAGAGTTATTAATTTACAACCTA	179688

CR293516.8	1051	ACAGACACCTCCTGCTAAACATTTCTGTTTGTTGTCAAAACTGACAGTTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179689	ACAGACACCTCCTGCTAAACATTTCTGTTTGTTGTCAAAACTGACAGTTG	179738

CR293516.8	1101	AAGGGGTGTGGTTAAATATGCTAGCCATGCCTAATTCCTAAGATATACGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179739	AAGGGGTGTGGTTAAATATGCTAGCCATGCCTAATTCCTAAGATATACGT	179788

CR293516.8	1151	AATTTTGACAGTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAACAGGAAGTGCATTTTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179789	AATTTTGACAGTAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAACAGGAAGTGCATTTTC	179838

CR293516.8	1201	AGATTTCAATTAAACATCAGAAGGGCAAACTGTTTTTTGTATATAATGAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179839	AGATTTCAATTAAACATCAGAAGGGCAAACTGTTTTTTGTATATAATGAC	179888

CR293516.8	1251	ATGCAGAGATAACTTGTTCTCCACAAAAACTAGTATGGTTTTTAAAAAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179889	ATGCAGAGATAACTTGTTCTCCACAAAAACTAGTATGGTTTTTAAAAAAT	179938

CR293516.8	1301	ATGGTGAGTTTTGATTTCTTTGGCACTTCAGTATAGTTTAAATGTTTTGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179939	ATGGTGAGTTTTGATTTCTTTGGCACTTCAGTATAGTTTAAATGTTTTGT	179988

CR293516.8	1351	TTTGATATAGATTTCTAGCTGCATAACAAGTTGAATGAGACATACTTCTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	179989	TTTGATATAGATTTCTAGCTGCATAACAAGTTGAATGAGACATACTTCTG	180038

CR293516.8	1401	ACAGACTATTTAGCCGGTCTTTTAATAGTTTTAGTATTAATATAAATGAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	180039	ACAGACTATTTAGCCGGTCTTTTAATAGTTTTAGTATTAATATAAATGAC	180088

CR293516.8	1451	AGATTATGTGTGAAATGAATCAGTAAGATCAAAGTTCCTTTGAGGCAAGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	180089	AGATTATGTGTGAAATGAATCAGTAAGATCAAAGTTCCTTTGAGGCAAGT	180138

CR293516.8	1501	CATTTTACTCGGCAGCAATATTTGAAATGCCTCTCGTGCAGTATGCTTGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	180139	CATTTTACTCGGCAGCAATATTTGAAATGCCTCTCGTGCAGTATGCTTGG	180188

CR293516.8	1551	GCATTCTGTCTAAATGGGGAGACATCAAATTCTCCAAAACTACTTGCCAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	180189	GCATTCTGTCTAAATGGGGAGACATCAAATTCTCCAAAACTACTTGCCAA	180238

CR293516.8	1601	GCTTACGATTACATCACACATTACGAATAACCAATATGATTAAACAACAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	180239	GCTTACGATTACATCACACATTACGAATAACCAATATGATTAAACAACAA	180288

CR293516.8	1651	CTGTCTATTTAGTTTAATTTCTAAATGTTCATATCACACAAAATCTGCAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	180289	CTGTCTATTTAGTTTAATTTCTAAATGTTCATATCACACAAAATCTGCAG	180338

CR293516.8	1701	AAACTCCTGTCTGGTCCGAGCCCCTTCCTCGAGAGTTGTCATTCTATAGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	180339	AAACTCCTGTCTGGTCCGAGCCCCTTCCTCGAGAGTTGTCATTCTATAGC	180388

CR293516.8	1751	AAACACTGATTGGCTCCTGTACTAGAAGGCGGGGCTTCAATCGACATCAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	180389	AAACACTGATTGGCTCCTGTACTAGAAGGCGGGGCTTCAATCGACATCAT	180438

CR293516.8	1801	GACAGTAATACTTTTCCCCATTCAAAAGTATACGAGTGACATGTCTTGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	180439	GACAGTAATACTTTTCCCCATTCAAAAGTATACGAGTGACATGTCTTGTG	180488

CR293516.8	1851	TATTCTATAGCAAAGAGCTTGGAATGACCAAAGCTGCGTCCGAAACCACC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	180489	TATTCTATAGCAAAGAGCTTGGAATGACCAAAGCTGCGTCCGAAACCACC	180538

CR293516.8	1901	TACTTCTCAGTAGGGACTGCGTTTGAATTTAAACGTACTACTCGGCCGTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	180539	TACTTCTCAGTAGGGACTGCGTTTGAATTTAAACGTACTACTCGGCCGTT	180588

CR293516.8	1951	AGAGAAGTACTTTCTATACAGTATAAATGTGAAAAGTATGAATGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323831.7	180589	AGAGAAGTACTTTCTATACAGTATAAATGTGAAAAGTATGAATGGAATTC	180638

Overview

Query
CR293516.8 - 44219 bps
Hit
BX323831.7 - 180638 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192020001200011786391806381
285.41841861812118306127958281421
385.47541221818518306142062421781
492.4246672431424380143849439141
588.8922435268677218158022583901
684.53801704154341712158072582521
795.8338484181041857158343583901
882.766014170767216169784699281
989.058713518832017-183402835381
1095.8835974168241778185742858381
1199.09501103007230181-185753858621
1294.64401122223322344-185754858651
1398.04561023006830169191909920101
1496.8441952223522329191918920121
1596.8140944168541778-191919920121
1695.923998416814177811037991038961
1794.55351102223522344-11038521039611
1898.23551133006930181-11038611039731
1995.314764387053876811202111202741
2085.1658137415584169411202111203381
2189.834159416034166111328771329351
2282.091353526867721811689141692761
2385.9787169415444171211689731691361
2497.924148418104185711692291692761
2584.97691337086721811735031736351
Short-link