<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX470143.8	1	AATTAAATTAAACATTGTGATAAAATCTGTTTTTTTAAATATAGATGAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195330	AATTAAATTAAACATTGTGATAAAATCTGTTTTTTTAAATATAGATGAAA	195379

BX470143.8	51	TTAATAATTTCACATATTAACGATTTAACTTTTATTTCTGTAAAATAATC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195380	TTAATAATTTCACATATTAACGATTTAACTTTTATTTCTGTAAAATAATC	195429

BX470143.8	101	ACAGCTGTAAAGTTTCTTTTGCTACTTACCCACATAGTTTAATATCAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195430	ACAGCTGTAAAGTTTCTTTTGCTACTTACCCACATAGTTTAATATCAAAA	195479

BX470143.8	151	GTGACTCGGAGTGATTGTTAAATACAGCTCAGGCGGTGTCGGGCCTCAGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195480	GTGACTCGGAGTGATTGTTAAATACAGCTCAGGCGGTGTCGGGCCTCAGC	195529

BX470143.8	201	TCAGGACTGTTATACTTTTCTGCACTGCTATGAGGCATTTTTATAGGCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195530	TCAGGACTGTTATACTTTTCTGCACTGCTATGAGGCATTTTTATAGGCAA	195579

BX470143.8	251	CTTACCTGTATCCATCACTGGGGAAATCCGAGTCCTATGAGGAAATAGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195580	CTTACCTGTATCCATCACTGGGGAAATCCGAGTCCTATGAGGAAATAGTA	195629

BX470143.8	301	ATAAATATTTACTTCCTTGCTTCCTCTTTCAAATGAAGCGATGTATACGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195630	ATAAATATTTACTTCCTTGCTTCCTCTTTCAAATGAAGCGATGTATACGC	195679

BX470143.8	351	AAGCGTATTATGCTCTATCTGTAAAAAAATAAAGTCCTCCAGTTTTTTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195680	AAGCGTATTATGCTCTATCTGTAAAAAAATAAAGTCCTCCAGTTTTTTTG	195729

BX470143.8	401	TATCTAACGTTAAAAGGATTTAATTTCAATTGAACACTTCGCTGTTTGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195730	TATCTAACGTTAAAAGGATTTAATTTCAATTGAACACTTCGCTGTTTGTA	195779

BX470143.8	451	TGTTTAATTGATAAGTTAGACTTGCTTTGCTCTCGTCAGCCGCTAATCCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195780	TGTTTAATTGATAAGTTAGACTTGCTTTGCTCTCGTCAGCCGCTAATCCC	195829

BX470143.8	501	CCTTTTCCTCATCTGAACTAACGTTAGCAGTAAATGATTTCATTCATTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195830	CCTTTTCCTCATCTGAACTAACGTTAGCAGTAAATGATTTCATTCATTAA	195879

BX470143.8	551	ACGCGGTACTTCATTCATTAAAACATGCTTATTCTGTCTGCTTTGACAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195880	ACGCGGTACTTCATTCATTAAAACATGCTTATTCTGTCTGCTTTGACAAG	195929

BX470143.8	601	AAAGGAAACGTTCAACTAAAGAGAAATACTGCAGGACAATTTATACATTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195930	AAAGGAAACGTTCAACTAAAGAGAAATACTGCAGGACAATTTATACATTC	195979

BX470143.8	651	GCCTCATCATCAACCAGCATCTGGCATTTTACTAAAACTAACCGGTAACA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	195980	GCCTCATCATCAACCAGCATCTGGCATTTTACTAAAACTAACCGGTAACA	196029

BX470143.8	701	AAGGTTTCATTCGCTAGCTAACGTTAATTTGAACCAACAATGAAAACAAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196030	AAGGTTTCATTCGCTAGCTAACGTTAATTTGAACCAACAATGAAAACAAC	196079

BX470143.8	751	TCTACAATCAATAAAAGACATCGCTCATCTTAGAATATTACTGAAACCAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196080	TCTACAATCAATAAAAGACATCGCTCATCTTAGAATATTACTGAAACCAT	196129

BX470143.8	801	TAATTGTGTTTACAGTTAATATACTATAGTAACACATATTTGAAATAACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196130	TAATTGTGTTTACAGTTAATATACTATAGTAACACATATTTGAAATAACT	196179

BX470143.8	851	AACATTATTAAAGGTTTATAAATGTCTTAAATAGGTTGTCCATTAATAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196180	AACATTATTAAAGGTTTATAAATGTCTTAAATAGGTTGTCCATTAATAAT	196229

BX470143.8	901	GCATTAACAAGTGAAACCTTATTCTAACATCTTTATTTAATACGCAGAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196230	GCATTAACAAGTGAAACCTTATTCTAACATCTTTATTTAATACGCAGAAG	196279

BX470143.8	951	ATTCACACAGTTGAAATAAAAAAAAATCCCCCTTTTTCTGAGCATTTTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196280	ATTCACACAGTTGAAATAAAAAAAAATCCCCCTTTTTCTGAGCATTTTGT	196329

BX470143.8	1001	GACCTTTTTGAATCCTTGGAAGAGTGAATGTGGAGATAAACTGTGGGGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196330	GACCTTTTTGAATCCTTGGAAGAGTGAATGTGGAGATAAACTGTGGGGGC	196379

BX470143.8	1051	CCCCTGGATGTTTTGGAGATGACAAATAAGCCCTCAATAACAGGACATTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196380	CCCCTGGATGTTTTGGAGATGACAAATAAGCCCTCAATAACAGGACATTC	196429

BX470143.8	1101	ATTAACTAAAACAAGGTTTTTATGGCAGTTCTGTCTCTCTATGGGGTTGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196430	ATTAACTAAAACAAGGTTTTTATGGCAGTTCTGTCTCTCTATGGGGTTGC	196479

BX470143.8	1151	CATCACGGGACGAGACCAAGTGAATTTCCCAGCATCATCCAGATTAGCCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196480	CATCACGGGACGAGACCAAGTGAATTTCCCAGCATCATCCAGATTAGCCA	196529

BX470143.8	1201	CATCTCCCCAGGAGTCCCCTAAACTTCATTGTCTATACGTTCTGCCGAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196530	CATCTCCCCAGGAGTCCCCTAAACTTCATTGTCTATACGTTCTGCCGAGA	196579

BX470143.8	1251	ATGTGAAACTGAAGATTTAAGCCATTAATCAATCAATCTGACATTAAACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196580	ATGTGAAACTGAAGATTTAAGCCATTAATCAATCAATCTGACATTAAACA	196629

BX470143.8	1301	TGCCAGAAACAAAAGCTTGTTTGATTTCCTTTAATTAATTAGTTAAAGGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196630	TGCCAGAAACAAAAGCTTGTTTGATTTCCTTTAATTAATTAGTTAAAGGA	196679

BX470143.8	1351	AATCAAACAAACGTAAGTCAAGTTTGAATGACAAAACTAGTTTCATCATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196680	AATCAAACAAACGTAAGTCAAGTTTGAATGACAAAACTAGTTTCATCATT	196729

BX470143.8	1401	TTGATATGCACTGATAAAAAAACAGTGACATCATGGCCTAATTATTAAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196730	TTGATATGCACTGATAAAAAAACAGTGACATCATGGCCTAATTATTAAAA	196779

BX470143.8	1451	ACAACTTAAGTAATGTGGGTGTATCATAGTGAAGCGTTTAGGATTATTGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196780	ACAACTTAAGTAATGTGGGTGTATCATAGTGAAGCGTTTAGGATTATTGT	196829

BX470143.8	1501	GACGTTGAAGTGTACAAACAAAAGGAAGATGTATTACGTTCCAACCCGGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196830	GACGTTGAAGTGTACAAACAAAAGGAAGATGTATTACGTTCCAACCCGGT	196879

BX470143.8	1551	CAATGAATGATCTCACTCAATTGCTGAAGGTGTCGATCGGAAGCTGAGAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196880	CAATGAATGATCTCACTCAATTGCTGAAGGTGTCGATCGGAAGCTGAGAC	196929

BX470143.8	1601	AGCAGAATAGTGGAACAACAAACAGGGACAATAAACGAATAAAAGCAGAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196930	AGCAGAATAGTGGAACAACAAACAGGGACAATAAACGAATAAAAGCAGAG	196979

BX470143.8	1651	GAACCCATGATGGAGGAGTGCACACACTGATAAAACACCCCACAGTTCTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	196980	GAACCCATGATGGAGGAGTGCACACACTGATAAAACACCCCACAGTTCTT	197029

BX470143.8	1701	TCCATCGGAGAGAAATAGTTCCAACAGATTATTCTCTTTATCAAAATAGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	197030	TCCATCGGAGAGAAATAGTTCCAACAGATTATTCTCTTTATCAAAATAGT	197079

BX470143.8	1751	TTATTTAGAAGCTTTTTTGTCACAAAAAGCAAGACTGAATTATTCCTCAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	197080	TTATTTAGAAGCTTTTTTGTCACAAAAAGCAAGACTGAATTATTCCTCAT	197129

BX470143.8	1801	CTCCAGGCGTCCCCATTGCAGCCTCTCACACTTTCAACTAAAAATGAGGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	197130	CTCCAGGCGTCCCCATTGCAGCCTCTCACACTTTCAACTAAAAATGAGGG	197179

BX470143.8	1851	ACAAATAAAATGCAGGTTTTCACTTGGAAAGCTAGTGGGAAGGGAAGGGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	197180	ACAAATAAAATGCAGGTTTTCACTTGGAAAGCTAGTGGGAAGGGAAGGGG	197229

BX470143.8	1901	AGGAAAAAAAACAAAGCAGAATCTTTAAAAGAAAAAAGAAGCAACATTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	197230	AGGAAAAAAAACAAAGCAGAATCTTTAAAAGAAAAAAGAAGCAACATTTC	197279

BX470143.8	1951	ACATCACTGTCATTGGTTCTCTGCAATCATAGTTTAAGCAACGGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323598.9	197280	ACATCACTGTCATTGGTTCTCTGCAATCATAGTTTAAGCAACGGGAATTC	197329

Overview

Query
BX470143.8 - 62979 bps
Hit
BX323598.9 - 197329 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193120001200011953301973291
2100306228061281221224523061
310030622806128122-1226123221
4100316328059281211266627281
510030612806228122-1266827281
610030622806128122148001480621
710030622806128122-148027480881
886.381442813591836198-150324506021
910030622806128122150676507371
1010030622806128122-150698507591
1192.411812375856358799-162732629681
1210034722804528116167151672221
1310036782803928116-167167672441
1498.4832662805728122175924759891
1597.6736432186821910177447774891
1681.561774481754017987-180150805831
1710030622806128122191208912691
1810030622806128122-191214912751
1987.24971881106111248-192033922201
2090.4861255867858802-198847989711
2183.11902331867218904-11045961048201
221003163280602812211532821533441
2393.5934782804528122-11532991533761
241003062280612812211636661637271
2510030622806128122-11636841637451
261003062280612812211744021744631
2710030622806128122-11744201744811
281003062280612812211922611923221
2910030622806128122-11922711923321
Short-link