<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR847943.15	1	TATTGATTGATTTTTCTGAAAATTTTTCTGAATATATTCTGAATATTTTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200018	TATTGATTGATTTTTCTGAAAATTTTTCTGAATATATTCTGAATATTTTC	200067

CR847943.15	51	AGTACCTTGTTGGATCAATGCTATGAAGGATTAAGGCAGTTCTGAAGGCG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200068	AGTACCTTGTTGGATCAATGCTATGAAGGATTAAGGCAGTTCTGAAGGCG	200117

CR847943.15	101	AACGACGGCCCAACCTGGTACTATTAAAGTGTACCTAATAAAGTGGCCGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200118	AACGACGGCCCAACCTGGTACTATTAAAGTGTACCTAATAAAGTGGCCGG	200167

CR847943.15	151	TATGTGTATAGTACAAGCAGAGATAAACTTTAAGGGTAAACAACTAGCAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200168	TATGTGTATAGTACAAGCAGAGATAAACTTTAAGGGTAAACAACTAGCAT	200217

CR847943.15	201	TGTTGTAATCTCACTAGGAAACACTGTTGTCAATCAAACACTGCCTGGGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200218	TGTTGTAATCTCACTAGGAAACACTGTTGTCAATCAAACACTGCCTGGGG	200267

CR847943.15	251	CAAGCATATTAATAATCCAGAGTGCAATGTAACATTCTGTGTATTGTTCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200268	CAAGCATATTAATAATCCAGAGTGCAATGTAACATTCTGTGTATTGTTCC	200317

CR847943.15	301	AACCGACCTGATTTTCACAAGAGTTTTACACTCACTGCATTTGCATGAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200318	AACCGACCTGATTTTCACAAGAGTTTTACACTCACTGCATTTGCATGAGA	200367

CR847943.15	351	ACAATGAAACGATCATGTTAGCGGTTCACAGTATGTCATTTTCATGTACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200368	ACAATGAAACGATCATGTTAGCGGTTCACAGTATGTCATTTTCATGTACT	200417

CR847943.15	401	GAACTATTATTATGACTAGGAATTTCCAGATTTTCTTTGTATACCATCTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200418	GAACTATTATTATGACTAGGAATTTCCAGATTTTCTTTGTATACCATCTT	200467

CR847943.15	451	TAATGAGTGCTACTGGGATGTGAAGAGACTTTCAATGGGGTTAACTAAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200468	TAATGAGTGCTACTGGGATGTGAAGAGACTTTCAATGGGGTTAACTAAAT	200517

CR847943.15	501	CACCTACTCTGCCTTTAATACCAATTGGAAAGAGTAATCCATCTTAACTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200518	CACCTACTCTGCCTTTAATACCAATTGGAAAGAGTAATCCATCTTAACTG	200567

CR847943.15	551	ACCACTTATGTGATAAAAACACATTTTAAACCAGGGCCAAAGTTAATATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200568	ACCACTTATGTGATAAAAACACATTTTAAACCAGGGCCAAAGTTAATATT	200617

CR847943.15	601	TTACCCTTTGTCCACCTGACACTTGTGACTTTGTTAGATAATTAATTTAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200618	TTACCCTTTGTCCACCTGACACTTGTGACTTTGTTAGATAATTAATTTAA	200667

CR847943.15	651	AAATCAGATTTGTTCATTAACAGAACAGTAACTGCATATATTATAAACTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200668	AAATCAGATTTGTTCATTAACAGAACAGTAACTGCATATATTATAAACTT	200717

CR847943.15	701	TAATAAAACACTTCCTCTTTGACTAAGACATCTGCTCAAATGTAGCAGTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200718	TAATAAAACACTTCCTCTTTGACTAAGACATCTGCTCAAATGTAGCAGTT	200767

CR847943.15	751	TTGCCCTCTTAAAGTCACTGAATCAGGTGTCTGCAGTCATTAAAGCCTGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200768	TTGCCCTCTTAAAGTCACTGAATCAGGTGTCTGCAGTCATTAAAGCCTGC	200817

CR847943.15	801	TGTATCAGTGACAATTCCATCGGATTTGTTTATGGAACAAGGCCAGAGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200818	TGTATCAGTGACAATTCCATCGGATTTGTTTATGGAACAAGGCCAGAGGG	200867

CR847943.15	851	GCTGGTAAAAATCTATGCCACATCGGAGTACTGTGTAAAATGCAGCGAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200868	GCTGGTAAAAATCTATGCCACATCGGAGTACTGTGTAAAATGCAGCGAAA	200917

CR847943.15	901	CACTTCCATTAACGCTGAGAGTTGATGTCAGGATCAGTGACCCACCCAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200918	CACTTCCATTAACGCTGAGAGTTGATGTCAGGATCAGTGACCCACCCAAG	200967

CR847943.15	951	CAGGCTCGCTTATCAAGAGGACATCGCTAATGGATCCACGCGGTAATGCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	200968	CAGGCTCGCTTATCAAGAGGACATCGCTAATGGATCCACGCGGTAATGCA	201017

CR847943.15	1001	ATAGCCCATATCCACCGGTCTCTTTACTTTGCGTTTATAACCTTAGACCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201018	ATAGCCCATATCCACCGGTCTCTTTACTTTGCGTTTATAACCTTAGACCC	201067

CR847943.15	1051	AGTCGATGCTATTGATTGAGGTAGATTCTACATGTTGTTTCCATTAACGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201068	AGTCGATGCTATTGATTGAGGTAGATTCTACATGTTGTTTCCATTAACGC	201117

CR847943.15	1101	ACCAGTGTGCCTGTGGAGTTTGCAGATCAACACAAGTCCATTAGCAGATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201118	ACCAGTGTGCCTGTGGAGTTTGCAGATCAACACAAGTCCATTAGCAGATC	201167

CR847943.15	1151	GCTTCCAAAAAGCTGCGGCCCAGAAATGCTGGCATCTCGGATATGAACAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201168	GCTTCCAAAAAGCTGCGGCCCAGAAATGCTGGCATCTCGGATATGAACAC	201217

CR847943.15	1201	AACTGAGATTCAGATCGTCAAAAGCATATTATCGTGGAAAGACCATCATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201218	AACTGAGATTCAGATCGTCAAAAGCATATTATCGTGGAAAGACCATCATG	201267

CR847943.15	1251	AGTGTGTGTCAATATCAAAATATCTGTAAACTTTATGACAAGGTTTAGAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201268	AGTGTGTGTCAATATCAAAATATCTGTAAACTTTATGACAAGGTTTAGAT	201317

CR847943.15	1301	TGCAAAATGCCATGTGATATCACCCCTGCCCCACATACAACCCAGTATTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201318	TGCAAAATGCCATGTGATATCACCCCTGCCCCACATACAACCCAGTATTG	201367

CR847943.15	1351	TTGCTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATAACCAGAACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201368	TTGCTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATAACCAGAACT	201417

CR847943.15	1401	AATATTTATTCGTTGCCTGAATATATTTTTATTTCACTTTCAATCATAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201418	AATATTTATTCGTTGCCTGAATATATTTTTATTTCACTTTCAATCATAGA	201467

CR847943.15	1451	ATAGTATTTATTTTTTATTATTTTGATGTACAGTTAAAACCAGACGTTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201468	ATAGTATTTATTTTTTATTATTTTGATGTACAGTTAAAACCAGACGTTTA	201517

CR847943.15	1501	CATACACTGTATAAAAGTCACATAACCATCTAAAAAAAAGTCATATGTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201518	CATACACTGTATAAAAGTCACATAACCATCTAAAAAAAAGTCATATGTTA	201567

CR847943.15	1551	ATGTGACTAAACTTTTTCTTTTTTAGGTAAGTTAGGATTATCAAATTCGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201568	ATGTGACTAAACTTTTTCTTTTTTAGGTAAGTTAGGATTATCAAATTCGT	201617

CR847943.15	1601	TTTTGTTAGCAGAATAATGAGAGAGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201618	TTTTGTTAGCAGAATAATGAGAGAGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGA	201667

CR847943.15	1651	AATTGTAATAAATTTTCTTGAAAGTCAAAGAAAAAATCCTCTAAAAATAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201668	AATTGTAATAAATTTTCTTGAAAGTCAAAGAAAAAATCCTCTAAAAATAC	201717

CR847943.15	1701	TCAGATGATGATGTCAAGGTTTTGGACGTTTCTGATTGGCTAATTGACAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201718	TCAGATGATGATGTCAAGGTTTTGGACGTTTCTGATTGGCTAATTGACAA	201767

CR847943.15	1751	CGTTTGAGTTAATTGGAGGCACAACTGTAGAATAGTTTTCAAGGAAAACC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201768	CGTTTGAGTTAATTGGAGGCACAACTGTAGAATAGTTTTCAAGGAAAACC	201817

CR847943.15	1801	TCAAGCACACTGCTTCCTTTTGTAACAACATGGGAAAATCAACAAGCCAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201818	TCAAGCACACTGCTTCCTTTTGTAACAACATGGGAAAATCAACAAGCCAG	201867

CR847943.15	1851	AATCAACATAAAAGCCAAATTACAATTTACTAAATTACACTGGGGAAAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201868	AATCAACATAAAAGCCAAATTACAATTTACTAAATTACACTGGGGAAAAT	201917

CR847943.15	1901	AATAATTTTTGGAGACATGTCCTGTGGTCTGATGGATCTAAGATTGAACT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201918	AATAATTTTTGGAGACATGTCCTGTGGTCTGATGGATCTAAGATTGAACT	201967

CR847943.15	1951	GTTTGGCCATAATGATCAGTGTTACATTTGAAGGACAAAGGGGAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX323460.10	201968	GTTTGGCCATAATGATCAGTGTTACATTTGAAGGACAAAGGGGAAAGCTT	202017

Overview

Query
CR847943.15 - 67231 bps
Hit
BX323460.10 - 202017 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193620001200012000182020171
281.2215640118573189731151119041
378.968527052505519123870241401
487.58921594049440652130667308271
598.997617905514255931-170193709831
686.531131921492215113178770789621
787.1415327052465515-11020271023061
882.83581335253538511251541252871
985.41162344363543868-11278281280601
1090.5414121453425555-11278431280641
1189.26951493894639094-11278621280101
1291.145679214332151111434261435041
1390.6911516853955562-11448031449741
1493.151121463895039095-11448321449771
1594.22933625246560711629981633591
1683.28161366435354390011629981633621
1788.6662971857318669-11700701701661
1886.081753445234557711948601952041
1986.141492702501925288-11948711951441
2090.7268965949459589-11950481951441
Short-link