<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR352261.8	2000	GAATTCTGCAGAGACAAGCACACAGTTATTATTCAGCATAACACGCGCTC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1	GAATTCTGCAGAGACAAGCACACAGTTATTATTCAGCATAACACGCGCTC	50

C  CR352261.8	1950	GCACATGAAAAATAAATGACTTTTCACACACTCACAGCAATAACGGCTTG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	51	GCACATGAAAAATAAATGACTTTTCACACACTCACAGCAATAACGGCTTG	100

C  CR352261.8	1900	TATTAGTGGTGTTTTGCTGTCTTCAGCCACGTTGACCCAGTTGACATCAG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	101	TATTAGTGGTGTTTTGCTGTCTTCAGCCACGTTGACCCAGTTGACATCAG	150

C  CR352261.8	1850	CGCCGTGCGCCAGAGCATCTGCCATCAGAGGGAAATGCTGCATGGAGGCC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	151	CGCCGTGCGCCAGAGCATCTGCCATCAGAGGGAAATGCTGCATGGAGGCC	200

C  CR352261.8	1800	GATCGATAGAGCAGAGCCCCGGGATGAAGACCGCTCAGATCCTCTTCTTC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	201	GATCGATAGAGCAGAGCCCCGGGATGAAGACCGCTCAGATCCTCTTCTTC	250

C  CR352261.8	1750	ATTATTGTCTGTACAAAGACAAAAAGAGAGAGAGAGAGGATGGGTTTGTG	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	251	ATTATTGTCTGTACAAAGACAAAAAGAGAGAGAGAGAGGATGGGTTTGTG	300

C  CR352261.8	1700	TGGTCAAGTGGAAGTATGAACATCACATCTGTGAGTGTGTGTTTGTGTTT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	301	TGGTCAAGTGGAAGTATGAACATCACATCTGTGAGTGTGTGTTTGTGTTT	350

C  CR352261.8	1650	GTTTGTAACCTTTATGAGAGCCAGAATTGTTCTTCATTATGTCACTTGGA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	351	GTTTGTAACCTTTATGAGAGCCAGAATTGTTCTTCATTATGTCACTTGGA	400

C  CR352261.8	1600	GTCAGGCCTGGAGGGAAAACATCAAACAACAAACAGTCACTGATTAGATC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	401	GTCAGGCCTGGAGGGAAAACATCAAACAACAAACAGTCACTGATTAGATC	450

C  CR352261.8	1550	AGCAGTCACTGGAACCGACACTCATTTTCATTCTTTCAGTTTACCAGTGT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	451	AGCAGTCACTGGAACCGACACTCATTTTCATTCTTTCAGTTTACCAGTGT	500

C  CR352261.8	1500	CTTCATGCGTGGGTCAAGGTTAGTACAGTTTTCAACTGTTTTAGTTACTG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	501	CTTCATGCGTGGGTCAAGGTTAGTACAGTTTTCAACTGTTTTAGTTACTG	550

C  CR352261.8	1450	TTGAAATTTTGTAAATTACATTACTCGTTAATGTTTGGAAACATGATGTC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	551	TTGAAATTTTGTAAATTACATTACTCGTTAATGTTTGGAAACATGATGTC	600

C  CR352261.8	1400	TTTTTTATTCATTTATTCATTTTCCTTTGGCTTAATTTCTTATTTTTCAG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	601	TTTTTTATTCATTTATTCATTTTCCTTTGGCTTAATTTCTTATTTTTCAG	650

C  CR352261.8	1350	GGAATACCACAGCAGAATGAATCGCCAACTTATCCAGCATTTGTTTTACA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	651	GGAATACCACAGCAGAATGAATCGCCAACTTATCCAGCATTTGTTTTACA	700

C  CR352261.8	1300	CAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCAGTACACTCATCCACACACACAA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	701	CAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCAGTACACTCATCCACACACACAA	750

C  CR352261.8	1250	CAGACAATTTAGTTTATTCAATTCACCCATGGAGGACACCCACGTGAACA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	751	CAGACAATTTAGTTTATTCAATTCACCCATGGAGGACACCCACGTGAACA	800

C  CR352261.8	1200	CAGGGAGAACATGCAAACTCCACAAGGAAACTGGCCCAGTTTAGACTTGA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	801	CAGGGAGAACATGCAAACTCCACAAGGAAACTGGCCCAGTTTAGACTTGA	850

C  CR352261.8	1150	ACCTGCGACCTTCTTGCTGTGAGGTGACAGTGCTAACCACTGTGCCACCT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	851	ACCTGCGACCTTCTTGCTGTGAGGTGACAGTGCTAACCACTGTGCCACCT	900

C  CR352261.8	1100	ACTTCTTAAAAATTAAAAATAAATTCTTCTTAAAAATTTAAAAATAAATA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	901	ACTTCTTAAAAATTAAAAATAAATTCTTCTTAAAAATTTAAAAATAAATA	950

C  CR352261.8	1050	TTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	951	TTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1000

C  CR352261.8	1000	ATATATATAATATGTATTTTTCCCTCAATTTCTGTCTAACAGAGAGAAGA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1001	ATATATATAATATGTATTTTTCCCTCAATTTCTGTCTAACAGAGAGAAGA	1050

C  CR352261.8	950	TTGTTTTAAAACATTTCTAAGCATAATAGTTTTAATAACTCATTTCTAAT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1051	TTGTTTTAAAACATTTCTAAGCATAATAGTTTTAATAACTCATTTCTAAT	1100

C  CR352261.8	900	AACTGATTTATTTTATCTTTGTCATGATGACAGTAAATAATATTTGACTA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1101	AACTGATTTATTTTATCTTTGTCATGATGACAGTAAATAATATTTGACTA	1150

C  CR352261.8	850	GATGTTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1151	GATGTTTTTCAAGACACTTCTATACAGCTTAAAGTGACATTTAAAGGCTT	1200

C  CR352261.8	800	AACTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGGAAACTATTGTATAAT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1201	AACTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGGGTAATTAGGGAAACTATTGTATAAT	1250

C  CR352261.8	750	GATATAGCTTAAAGGGTCTAATAAATTTGACCTTAAAAATGTTTATTATA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1251	GATATAGCTTAAAGGGTCTAATAAATTTGACCTTAAAAATGTTTATTATA	1300

C  CR352261.8	700	AAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCTGAAATAAAATAAATAAGACTTTA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1301	AAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCTGAAATAAAATAAATAAGACTTTA	1350

C  CR352261.8	650	ACCAGAAGAAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1351	ACCAGAAGAAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATTTCCTTGCTCT	1400

C  CR352261.8	600	GTTAAACATTATCTGGGAAATATTTAAAAAATAATAATAATTCAAAGGGG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1401	GTTAAACATTATCTGGGAAATATTTAAAAAATAATAATAATTCAAAGGGG	1450

C  CR352261.8	550	GGCTATTCTTTTCTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTATTGCTTACCA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1451	GGCTATTCTTTTCTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTATTGCTTACCA	1500

C  CR352261.8	500	AGTTTATTTTACCAATGCAATATTTTAAATTGTAATAAAATTTCACAACA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1501	AGTTTATTTTACCAATGCAATATTTTAAATTGTAATAAAATTTCACAACA	1550

C  CR352261.8	450	TCAATATTACCATTAATAATAAATGAAAATGCAGCCGTTTGTGACCAAAT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1551	TCAATATTACCATTAATAATAAATGAAAATGCAGCCGTTTGTGACCAAAT	1600

C  CR352261.8	400	GAGACTTGTGTTGAGAAAGCCCATCTTTGACTGGAAGTGATCTGTATTTT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1601	GAGACTTGTGTTGAGAAAGCCCATCTTTGACTGGAAGTGATCTGTATTTT	1650

C  CR352261.8	350	TCAGTTTACAGGGTTTCTGTAGGCTTCACTAAGTGAAATTTAAGACTTTT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1651	TCAGTTTACAGGGTTTCTGTAGGCTTCACTAAGTGAAATTTAAGACTTTT	1700

C  CR352261.8	300	TAGGACATTTTTAAGACCATTATGAATTAGATTTTAGACTCATTCAGGGA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1701	TAGGACATTTTTAAGACCATTATGAATTAGATTTTAGACTCATTCAGGGA	1750

C  CR352261.8	250	TAAACGCTAAGGAGTTTTTCCAAATGGTCCAGAAGGATTTTTTGCCCTAT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1751	TAAACGCTAAGGAGTTTTTCCAAATGGTCCAGAAGGATTTTTTGCCCTAT	1800

C  CR352261.8	200	CAAAAACATATAATTTAATACATTTAATAATTCAAAGACAATTCAATAAC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1801	CAAAAACATATAATTTAATACATTTAATAATTCAAAGACAATTCAATAAC	1850

C  CR352261.8	150	AAATTAAAATATTAAAAATATTACTTAGCAAAAAAAATAAAAAATTTGTG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1851	AAATTAAAATATTAAAAATATTACTTAGCAAAAAAAATAAAAAATTTGTG	1900

C  CR352261.8	100	TCAAAACAAACCCTCACTAATTGTAGACATACACTTTTTTTCAGCAAAAA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1901	TCAAAACAAACCCTCACTAATTGTAGACATACACTTTTTTTCAGCAAAAA	1950

C  CR352261.8	50	CTTTCTCAAAAAAAAAAGCTTTAAAAGTTTGAAAAACTATAATAAACTAA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX323029.6	1951	CTTTCTCAAAAAAAAAAGCTTTAAAAGTTTGAAAAACTATAATAAACTAA	2000

Overview

Query
CR352261.8 - 135223 bps
Hit
BX323029.6 - 175261 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001903200012000-1120001
293.2146206998531000581104812531
398.851241743405434227118367185401
487.9612221439984211-133704339191
581.86141420545964-133707341361
690.96128198106056106253133718339161
789.822433709417994548140777411491
885.31128241121003121243-140777410211
989.242003123442234733-140779410941
1085.8317034439404283-147798481431
1186.882244515235352803147886483271
1284.371423503473535084147959482971
1384.471723579418594541170541708941
1484.181663483438234729-170541708941
1583.23157345134843135187170551708961
1686.0314827928433121-170558708361
1788.67125209127498127706-171947721581
1897.863053287377374100-185426857521
1984.8531962569095697191995571001701
2087.54161265108461108725-11277581280221
2181.22123420432844370311638141642231
Short-link