<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR954296.5	2000	AAGCTTGTTTTTCCTCTTTGCTGTCGTGGAAACTTTAGGAATTTCCTTCA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1	AAGCTTGTTTTTCCTCTTTGCTGTCGTGGAAACTTTAGGAATTTCCTTCA	50

C  CR954296.5	1950	GACTCGCTTATTTTGCATCCTTTCCGTCGTTATTAAAAACCTTCGTGTAT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	51	GACTCGCTTATTTTGCATCCTTTCCGTCGTTATTAAAAACCTTCGTGTAT	100

C  CR954296.5	1900	TTGAAGCTCCACGTCTGCACTCATTTAAAGCGCTCGGTTCCTGTCACACT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	101	TTGAAGCTCCACGTCTGCACTCATTTAAAGCGCTCGGTTCCTGTCACACT	150

C  CR954296.5	1850	GTAAACACACAGCTGTGTATTGTTTATGTGCATTATATAAGATTACATAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	151	GTAAACACACAGCTGTGTATTGTTTATGTGCATTATATAAGATTACATAA	200

C  CR954296.5	1800	GATCAGCGACGCCGGTCTGCGTAGCTCTTGTGTTATTGTCAGGTTATGTT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	201	GATCAGCGACGCCGGTCTGCGTAGCTCTTGTGTTATTGTCAGGTTATGTT	250

C  CR954296.5	1750	TTGCTGTCATTGAGTTTGACGGATTATTATTTTTGTCATCATATCTGCAT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	251	TTGCTGTCATTGAGTTTGACGGATTATTATTTTTGTCATCATATCTGCAT	300

C  CR954296.5	1700	CTCATTTGTCACCAGTTCTGGCACTGCAGGCGAGGAAGAAAAGGGCCAAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	301	CTCATTTGTCACCAGTTCTGGCACTGCAGGCGAGGAAGAAAAGGGCCAAA	350

C  CR954296.5	1650	GCCAAGAAGTCGACCAAGAAGTAAGTTTTGTTCTGTTAGTAATGTTACAC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	351	GCCAAGAAGTCGACCAAGAAGTAAGTTTTGTTCTGTTAGTAATGTTACAC	400

C  CR954296.5	1600	TAGACCTAAGAGATGGGTCTTTAATATGGAAAGTATTTTGATTATAGGAT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	401	TAGACCTAAGAGATGGGTCTTTAATATGGAAAGTATTTTGATTATAGGAT	450

C  CR954296.5	1550	GTAGTTGTACTGTTGTGCTATTAAAACAACACACCGATGTTTTTATACAT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	451	GTAGTTGTACTGTTGTGCTATTAAAACAACACACCGATGTTTTTATACAT	500

C  CR954296.5	1500	TTCCATATAGTGCTGTAGAACAGAATGAGTCATTGTAAGTTTGATCAGAT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	501	TTCCATATAGTGCTGTAGAACAGAATGAGTCATTGTAAGTTTGATCAGAT	550

C  CR954296.5	1450	TAATCAGTTTTTGTTGTTGAATCGTGTTCATCTGATAATATTGGTGAACA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	551	TAATCAGTTTTTGTTGTTGAATCGTGTTCATCTGATAATATTGGTGAACA	600

C  CR954296.5	1400	TTTTGGCAGAACGAAGTCTGCATGCATTTTTAGCATGCATGGTAGAGCTG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	601	TTTTGGCAGAACGAAGTCTGCATGCATTTTTAGCATGCATGGTAGAGCTG	650

C  CR954296.5	1350	AACAATATATCGTCTGAGCATCAATATCGCTGTGTGTGTATCTGCAATCG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	651	AACAATATATCGTCTGAGCATCAATATCGCTGTGTGTGTATCTGCAATCG	700

C  CR954296.5	1300	TCACATTGCAGAATTAAATTATTTATTAAAGATTAAAAGATAAAGATATT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	701	TCACATTGCAGAATTAAATTATTTATTAAAGATTAAAAGATAAAGATATT	750

C  CR954296.5	1250	AGTACATTTTAGTTCTAATTAGTCTTACAATAATGTTCATGCTGTTTTTA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	751	AGTACATTTTAGTTCTAATTAGTCTTACAATAATGTTCATGCTGTTTTTA	800

C  CR954296.5	1200	CAGGTTATTGTTCAATTTTTGAACTAAAATGCTGTTTCACTAACCAGAAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	801	CAGGTTATTGTTCAATTTTTGAACTAAAATGCTGTTTCACTAACCAGAAA	850

C  CR954296.5	1150	ACCATGAAGGACTGTTTATTTATTATTTATTTTGCTTCTTATTTATGCAA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	851	ACCATGAAGGACTGTTTATTTATTATTTATTTTGCTTCTTATTTATGCAA	900

C  CR954296.5	1100	TTAAATGATAAAATAGAGTCATTTAAGTCATCTAGTGAAATGATATTGAT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	901	TTAAATGATAAAATAGAGTCATTTAAGTCATCTAGTGAAATGATATTGAT	950

C  CR954296.5	1050	ATCGCAATATACAATGCTTAGCATAATTGCGTACACACCATTTTGAAATG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	951	ATCGCAATATACAATGCTTAGCATAATTGCGTACACACCATTTTGAAATG	1000

C  CR954296.5	1000	AATATCTGTATCCATTTCTCAGTGAATATAGGCAATGTGTTTTGGTGCAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1001	AATATCTGTATCCATTTCTCAGTGAATATAGGCAATGTGTTTTGGTGCAT	1050

C  CR954296.5	950	TAAAACAAAACGGAATATTTTAGTCACCAAACTTATTTAGAAATTGAAAG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1051	TAAAACAAAACGGAATATTTTAGTCACCAAACTTATTTAGAAATTGAAAG	1100

C  CR954296.5	900	ATAATGCAGTTAAATCCAATCAACTAAATTTTTAACTAAATTTGTATTTA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1101	ATAATGCAGTTAAATCCAATCAACTAAATTTTTAACTAAATTTGTATTTA	1150

C  CR954296.5	850	ATATTTTTCTGTAACATAAATTTGGGTGTAATAGTTTTTGGAACGATATC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1151	ATATTTTTCTGTAACATAAATTTGGGTGTAATAGTTTTTGGAACGATATC	1200

C  CR954296.5	800	ATAAGTTATTTGGTCAGATAAGCTGAAGATTTGGCTTTAGTTCTGACTAG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1201	ATAAGTTATTTGGTCAGATAAGCTGAAGATTTGGCTTTAGTTCTGACTAG	1250

C  CR954296.5	750	TCTAATGTATAGCTTACTATTAAAAATATGAATTTAAAAGATAGATTTGT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1251	TCTAATGTATAGCTTACTATTAAAAATATGAATTTAAAAGATAGATTTGT	1300

C  CR954296.5	700	GAGGGGTTTACAAATATATGCTGAGCTCTGTATATCACAGTAAAAGAATT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1301	GAGGGGTTTACAAATATATGCTGAGCTCTGTATATCACAGTAAAAGAATT	1350

C  CR954296.5	650	TTTTTTTTTCTAAATATCGTGTAGCCCTAATGCATTGTATAAAGTTGGGC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1351	TTTTTTTTTCTAAATATCGTGTAGCCCTAATGCATTGTATAAAGTTGGGC	1400

C  CR954296.5	600	TTTTTCACTTGAGTTTTAGTAATGTTGTACGACACAGGTGTATTTTTTGC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1401	TTTTTCACTTGAGTTTTAGTAATGTTGTACGACACAGGTGTATTTTTTGC	1450

C  CR954296.5	550	AATGGGTGTTTATTAACCATGCATCGATACCTTTGCAGTCAGTGAAACGC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1451	AATGGGTGTTTATTAACCATGCATCGATACCTTTGCAGTCAGTGAAACGC	1500

C  CR954296.5	500	ATCCTAACGCTGACTGTGTTTCTAAATTTGATCAACATTTTATTTCAATA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1501	ATCCTAACGCTGACTGTGTTTCTAAATTTGATCAACATTTTATTTCAATA	1550

C  CR954296.5	450	AAAGAATTGATGTTGTTGAAAAGAAAACACAAGGCTTGCATTGACATCTT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1551	AAAGAATTGATGTTGTTGAAAAGAAAACACAAGGCTTGCATTGACATCTT	1600

C  CR954296.5	400	GGCTGAGTTTGACATTTTTAAAGTATTACCATGCAAGTCAAGTTTATTTC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1601	GGCTGAGTTTGACATTTTTAAAGTATTACCATGCAAGTCAAGTTTATTTC	1650

C  CR954296.5	350	TATTTTGGATTTTACAATATAGACTGTCAAAGAATTCAGTTTGTAGTAGT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1651	TATTTTGGATTTTACAATATAGACTGTCAAAGAATTCAGTTTGTAGTAGT	1700

C  CR954296.5	300	AAACTAAAAAAGGTGTTAGCTTTGTACAAATTGTTTGATCATGATTTAAT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1701	AAACTAAAAAAGGTGTTAGCTTTGTACAAATTGTTTGATCATGATTTAAT	1750

C  CR954296.5	250	TGAACTATAATTACAAAATCTGTTTTAGTTTAAAAATGAGGTTATATAAT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1751	TGAACTATAATTACAAAATCTGTTTTAGTTTAAAAATGAGGTTATATAAT	1800

C  CR954296.5	200	TGAATTATTCAGATCACTTTGTTTCAGTGTTGTTCTTAATTCACTAAAAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1801	TGAATTATTCAGATCACTTTGTTTCAGTGTTGTTCTTAATTCACTAAAAT	1850

C  CR954296.5	150	AGTTGTTTTTCAGCCTTAGAGTCTTTATTAAACTTTCTGTAATTTAAGGC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1851	AGTTGTTTTTCAGCCTTAGAGTCTTTATTAAACTTTCTGTAATTTAAGGC	1900

C  CR954296.5	100	TTTATAATGTCAGTAGATAAGTAGAAATGAGGAGATAGACAGAAGTCTAT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1901	TTTATAATGTCAGTAGATAAGTAGAAATGAGGAGATAGACAGAAGTCTAT	1950

C  CR954296.5	50	GACCATTGCATTAAATGTTTCTTGTCATGTATAAGTTATCTTCTCTATTG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294377.10	1951	GACCATTGCATTAAATGTTTCTTGTCATGTATAAGTTATCTTCTCTATTG	2000

Overview

Query
CR954296.5 - 72443 bps
Hit
BX294377.10 - 197191 bps
Total alignments
17
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001885200012000-1120001
289.86931394503645174-110470106071
392.336504470344752-110878109291
483.951312694442044688-110931111981
581.931222994130841606118905192141
685.231432885982360110122698229951
710032654108941153-133714337781
884.321272645765957922-136589368431
988.14721205718857307136743368601
1086.13751375982859964167102672381
1188.59711133989440006180850809631
1290.54861495288453032-11129221130691
1393.59627898389915-11537081537851
1498.5934716362763697-11545701546401
1510039674108741153-11564751565411
1682.31111265576585792211667621670381
171003164410904115311766641767271
Short-link