<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX511156.5	158656	TGAAAATGCATGTTTGGTTTGATTAAAGTTTGATGCAATTGCAATGTTAT	158607
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166360	TGAAAATGCATGTTTGGTTTGATTAAAGTTTGATGCAATTGCAATGTTAT	166409

C  BX511156.5	158606	TGTGGTTCATTTGAATAAGCATAAACACTGCCATTTAAACTTTGGTGCAC	158557
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166410	TGTGGTTCATTTGAATAAGCATAAACACTGCCATTTAAACTTTGGTGCAC	166459

C  BX511156.5	158556	ACCAACATCCAGACTGAGACCACTGCTAAAGTGCAACTTGATTTTACAAA	158507
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166460	ACCAACATCCAGACTGAGACCACTGCTAAAGTGCAACTTGATTTTACAAA	166509

C  BX511156.5	158506	CAACCTCTGGTATGGCTAGACTAAAATATGAACTCAACATGAACTAAAGA	158457
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166510	CAACCTCTGGTATGGCTAGACTAAAATATGAACTCAACATGAACTAAAGA	166559

C  BX511156.5	158456	CATTTAAATCAAGATGCAGCCATAAACACGTTGTGTGGCATCAGAAATGC	158407
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166560	CATTTAAATCAAGATGCAGCCATAAACACGTTGTGTGGCATCAGAAATGC	166609

C  BX511156.5	158406	AGAAAAGGAATTTGTGGTTCTAACTTATCTAAACATTTTTAAAATATCCA	158357
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166610	AGAAAAGGAATTTGTGGTTCTAACTTATCTAAACATTTTTAAAATATCCA	166659

C  BX511156.5	158356	TGAGTTCTTATCTGATAAAACAGCATCACATGCACCAACAACTAGCACTT	158307
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166660	TGAGTTCTTATCTGATAAAACAGCATCACATGCACCAACAACTAGCACTT	166709

C  BX511156.5	158306	TTAGTTTTAAGCTGTAGACGTGTCTTAAAAGTCAATCAGTCTGTAGTGTG	158257
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166710	TTAGTTTTAAGCTGTAGACGTGTCTTAAAAGTCAATCAGTCTGTAGTGTG	166759

C  BX511156.5	158256	GACACCAAGCGGACAATGTAATACATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGC	158207
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166760	GACACCAAGCGGACAATGTAATACATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGC	166809

C  BX511156.5	158206	CCCCCTTTGAATTTATTTAGATTTTTTTTTCAAAATTTCCCAAATGATGT	158157
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166810	CCCCCTTTGAATTTATTTAGATTTTTTTTTCAAAATTTCCCAAATGATGT	166859

C  BX511156.5	158156	TTAACAGAGAAAGGAAATTTTCACTGTATGTCTGTTAATATTTTTTTCTT	158107
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166860	TTAACAGAGAAAGGAAATTTTCACTGTATGTCTGTTAATATTTTTTTCTT	166909

C  BX511156.5	158106	CTGGATAAAGTCTTATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTAA	158057
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166910	CTGGATAAAGTCTTATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTAA	166959

C  BX511156.5	158056	ACATTTTTGAACACCCTTTTAAAGTCTAAATAAAAGTATATATATACTTT	158007
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	166960	ACATTTTTGAACACCCTTTTAAAGTCTAAATAAAAGTATATATATACTTT	167009

C  BX511156.5	158006	ATATATAAATATACCATTTTTATTCAATAACTTGCCTAATTACCCAAACC	157957
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167010	ATATATAAATATACCATTTTTATTCAATAACTTGCCTAATTACCCAAACC	167059

C  BX511156.5	157956	TGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGATAAGGCTTTAAATGTCACTTTAAG	157907
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167060	TGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGATAAGGCTTTAAATGTCACTTTAAG	167109

C  BX511156.5	157906	CTGTATAGAAGTGTCTTGAAAAAATATCTAGTAAAATATTATTTACTGTC	157857
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167110	CTGTATAGAAGTGTCTTGAAAAAATATCTAGTAAAATATTATTTACTGTC	167159

C  BX511156.5	157856	ATCATGGAAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATTGAAAC	157807
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167160	ATCATGGAAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATTGAAAC	167209

C  BX511156.5	157806	TATTATCTTTAGAAATGTGTTGAATACATCTTCTCACTGTTACACAGAAA	157757
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167210	TATTATCTTTAGAAATGTGTTGAATACATCTTCTCACTGTTACACAGAAA	167259

C  BX511156.5	157756	TTAGGGGAAAAATAAATGGGGGCTAATAATTCAGGGGGCTAATGATTCTT	157707
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167260	TTAGGGGAAAAATAAATGGGGGCTAATAATTCAGGGGGCTAATGATTCTT	167309

C  BX511156.5	157706	GAAGACTTGAACTCTCTATCTATATTTTTGCACTGTACTAAACAAACCAA	157657
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167310	GAAGACTTGAACTCTCTATCTATATTTTTGCACTGTACTAAACAAACCAA	167359

C  BX511156.5	157656	GTCTAAAAACAGCCTAAAATGCACCTTTTTGAAATATCTAAGTCCAATTT	157607
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167360	GTCTAAAAACAGCCTAAAATGCACCTTTTTGAAATATCTAAGTCCAATTT	167409

C  BX511156.5	157606	GCAAGGGTGACTTTTGAGAAATAGCCAACCCACACACTTTGCAATGCAAA	157557
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167410	GCAAGGGTGACTTTTGAGAAATAGCCAACCCACACACTTTGCAATGCAAA	167459

C  BX511156.5	157556	ACTAAAGCAATGCAAAACTAATGTGTTACCACTTTCCATAAAAGTGATGC	157507
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167460	ACTAAAGCAATGCAAAACTAATGTGTTACCACTTTCCATAAAAGTGATGC	167509

C  BX511156.5	157506	AATTAGTAACTTTTTCAAGCAGTAATGCAATAATTATAAAGGCAACATTC	157457
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167510	AATTAGTAACTTTTTCAAGCAGTAATGCAATAATTATAAAGGCAACATTC	167559

C  BX511156.5	157456	CCCAGCAATCCTGTATCTGCTTCATATTACTACACTGGACTTCATTTCCC	157407
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167560	CCCAGCAATCCTGTATCTGCTTCATATTACTACACTGGACTTCATTTCCC	167609

C  BX511156.5	157406	TCCTTTTTTCTTCTTTATAAATAACCTTATTACATCCAGGCCATCTGATT	157357
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167610	TCCTTTTTTCTTCTTTATAAATAACCTTATTACATCCAGGCCATCTGATT	167659

C  BX511156.5	157356	TGTTTGTTTAATCCAGTTGGTGGTGTGATCCGTATGATATCATATAGGAA	157307
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167660	TGTTTGTTTAATCCAGTTGGTGGTGTGATCCGTATGATATCATATAGGAA	167709

C  BX511156.5	157306	CAATTTGTAGACGCTAAAACAATAGTAAATTGTCAGCTTGATCTCATTAA	157257
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167710	CAATTTGTAGACGCTAAAACAATAGTAAATTGTCAGCTTGATCTCATTAA	167759

C  BX511156.5	157256	GCAGTCAGGAGACTTCAGATGTAAACACGAGGGCTCTTAAAGGCCATGTT	157207
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167760	GCAGTCAGGAGACTTCAGATGTAAACACGAGGGCTCTTAAAGGCCATGTT	167809

C  BX511156.5	157206	TACCCAGGCTCAAAGCCCCGCTGCACTCTTTTCCCATCCTGCTTTTTTTC	157157
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167810	TACCCAGGCTCAAAGCCCCGCTGCACTCTTTTCCCATCCTGCTTTTTTTC	167859

C  BX511156.5	157156	TGTTCAGGTGTTTTATGAGGCACCAAAGCAAATTTCATTATGAAGCGATA	157107
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167860	TGTTCAGGTGTTTTATGAGGCACCAAAGCAAATTTCATTATGAAGCGATA	167909

C  BX511156.5	157106	AAAGGCCTCTCACATTGTCGGCGTGATTTCTGCAAAGTAAATGGTTCACC	157057
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167910	AAAGGCCTCTCACATTGTCGGCGTGATTTCTGCAAAGTAAATGGTTCACC	167959

C  BX511156.5	157056	GACCGACAACAAACGGAAGACTTCACGCACAGCGATTAGGTATTGTGTGA	157007
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	167960	GACCGACAACAAACGGAAGACTTCACGCACAGCGATTAGGTATTGTGTGA	168009

C  BX511156.5	157006	GAGTACGAAAAGCTATTCAAAGAACGTGAGCAGCATGACTGAGTTGGAAC	156957
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	168010	GAGTACGAAAAGCTATTCAAAGAACGTGAGCAGCATGACTGAGTTGGAAC	168059

C  BX511156.5	156956	ACATGGCTTGAAACACACCGCTCAGCTCTTATTTACATATCAAGTTCAAA	156907
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	168060	ACATGGCTTGAAACACACCGCTCAGCTCTTATTTACATATCAAGTTCAAA	168109

C  BX511156.5	156906	GTTCAAGTGGAAAACTCTCGATTCCTGAATATTTTGTCTTGGGATTATTC	156857
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	168110	GTTCAAGTGGAAAACTCTCGATTCCTGAATATTTTGTCTTGGGATTATTC	168159

C  BX511156.5	156856	CACCCTCCAAAGGTATCTGCTGTTTGATATTAAACCAAGAGCATCTTGCG	156807
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	168160	CACCCTCCAAAGGTATCTGCTGTTTGATATTAAACCAAGAGCATCTTGCG	168209

C  BX511156.5	156806	CACAATTTATTTGCATTTTAAAGGAGCACTCCACATGTTCTAAAAATATT	156757
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	168210	CACAATTTATTTGCATTTTAAAGGAGCACTCCACATGTTCTAAAAATATT	168259

C  BX511156.5	156756	TAAAGCTCATTTTACAAGTGCCCTACAGTTAAACATTTGAGTTTTACCGT	156707
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	168260	TAAAGCTCATTTTACAAGTGCCCTACAGTTAAACATTTGAGTTTTACCGT	168309

C  BX511156.5	156706	TTTTTTAAATCTATTCAGACGATCTCTGAGGCTTTCAGCACTTTAAGCTT	156657
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX294123.12	168310	TTTTTTAAATCTATTCAGACGATCTCTGAGGCTTTCAGCACTTTAAGCTT	168359

Overview

Query
BX511156.5 - 158656 bps
Hit
BX294123.12 - 168359 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019242000156657158656-11663601683591
290.4510417980934811121511252891
389.4113123680929811641561158461
496.892302576394264198-145831460871
580.15962708984490113148441487021
692.68951238586885990164292644141
791.81892566394364198168798690531
884.12178357144195144551-184070844281
991.7475109157886157994185068851761
1085.721593524365244003185075854311
1190.42106167122359122525185075852411
1280.071052868984690131-190111903911
1384.4913229412215012244311031301034191
1480.859737015779415816311085321089071
1588.99103227809348116011126201128461
1696.48148227809348116011130391132651
1793.45149229809348116211136841139121
1877.761173952018620580-11478141481951
1984.8383192819101011600581602351
2089.09911702402224191-11667841669571
2190.0113221813096313118011670621672811
Short-link