<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT025924.9	2000	GAATTCTATTAAACACAGAGGAAGATTAGATATAAATTGGATGTCTTTGG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1	GAATTCTATTAAACACAGAGGAAGATTAGATATAAATTGGATGTCTTTGG	50

C  CT025924.9	1950	AAATATGACTTTAATTTAAAATTCAATGTAATGTTTTATTATTATTATTA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	51	AAATATGACTTTAATTTAAAATTCAATGTAATGTTTTATTATTATTATTA	100

C  CT025924.9	1900	TTATTATTATTATTATTTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	101	TTATTATTATTATTATTTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATT	150

C  CT025924.9	1850	ATTATTATTATATAAGCACACGCACATTGGTCAATTTCAAATGTGTATAT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	151	ATTATTATTATATAAGCACACGCACATTGGTCAATTTCAAATGTGTATAT	200

C  CT025924.9	1800	ATATATTTTATAATTTATTTAATTGTTGTTTCTCTTAAAGTACATTTTGA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	201	ATATATTTTATAATTTATTTAATTGTTGTTTCTCTTAAAGTACATTTTGA	250

C  CT025924.9	1750	AATATTATATTATATTTAATACTATATTTAATTAACTTAATATATACTAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	251	AATATTATATTATATTTAATACTATATTTAATTAACTTAATATATACTAA	300

C  CT025924.9	1700	AATATAAAGTTAATATTCTGTATTGTTTGCTGGGTTTTGTAATATAATTA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	301	AATATAAAGTTAATATTCTGTATTGTTTGCTGGGTTTTGTAATATAATTA	350

C  CT025924.9	1650	AAATCAATAAAAAATAAGTTGAAAAAAATTATAATGAAACAGGAAGATTT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	351	AAATCAATAAAAAATAAGTTGAAAAAAATTATAATGAAACAGGAAGATTT	400

C  CT025924.9	1600	TTTAAATAAAGCCTGAAATCTGTAACTATTGACTTCCATAGTATTTGTTT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	401	TTTAAATAAAGCCTGAAATCTGTAACTATTGACTTCCATAGTATTTGTTT	450

C  CT025924.9	1550	TTTCCTACTATAGAAGTCAGTGGTCTTCAGCATTTATCAAAATATCTATT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	451	TTTCCTACTATAGAAGTCAGTGGTCTTCAGCATTTATCAAAATATCTATT	500

C  CT025924.9	1500	TTAGTGTTTTAACAGAAGAAAGAAACTCATAAAGGTTTAAAACAATTGAG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	501	TTAGTGTTTTAACAGAAGAAAGAAACTCATAAAGGTTTAAAACAATTGAG	550

C  CT025924.9	1450	GGTCACTAAGTACATTTACAGTGCGAAAATATTCATTTTTAGGTGAACTA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	551	GGTCACTAAGTACATTTACAGTGCGAAAATATTCATTTTTAGGTGAACTA	600

C  CT025924.9	1400	TACCTTTAAGAGGAGTGTTTCATGCATGTTAGATTGAAACTTTTTTTAAA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	601	TACCTTTAAGAGGAGTGTTTCATGCATGTTAGATTGAAACTTTTTTTAAA	650

C  CT025924.9	1350	TAAAGCCCTTTTTATTTTACTTTTGATTTTAACACTTCTGTTAAACACAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	651	TAAAGCCCTTTTTATTTTACTTTTGATTTTAACACTTCTGTTAAACACAA	700

C  CT025924.9	1300	GAAAATATATTTTAAATAAAGCCTGAAATCTGTAACCATTGACTTCCATA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	701	GAAAATATATTTTAAATAAAGCCTGAAATCTGTAACCATTGACTTCCATA	750

C  CT025924.9	1250	ATATTTGTTTTTTTCCTAATATGGAAGTCAATGTTTTACAGCATTTTTAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	751	ATATTTGTTTTTTTCCTAATATGGAAGTCAATGTTTTACAGCATTTTTAA	800

C  CT025924.9	1200	AAATATCTACTTTAGTATTTAACAGATTAACTAAACTCATAAAGGTTTAT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	801	AAATATCTACTTTAGTATTTAACAGATTAACTAAACTCATAAAGGTTTAT	850

C  CT025924.9	1150	AATCAATTGAGGGTCAGTAAGTATATTTTGTGTGCGAAAATTTTTATTTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	851	AATCAATTGAGGGTCAGTAAGTATATTTTGTGTGCGAAAATTTTTATTTT	900

C  CT025924.9	1100	TAGGTGAACCATACCTTTAAGAGGAGTGTTTCACGCATGTTAGATTGAAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	901	TAGGTGAACCATACCTTTAAGAGGAGTGTTTCACGCATGTTAGATTGAAA	950

C  CT025924.9	1050	GTTTTATTTTATTTTTTTAATATAAGGGCATACTCACATAAGGTACATTT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	951	GTTTTATTTTATTTTTTTAATATAAGGGCATACTCACATAAGGTACATTT	1000

C  CT025924.9	1000	GCCTTGAACCGTGCCAAATCGTGATTGCCCCCTTTCCCCAGCGGCCTGCA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1001	GCCTTGAACCGTGCCAAATCGTGATTGCCCCCTTTCCCCAGCGGCCTGCA	1050

C  CT025924.9	950	CTCACTTTGCATTTTTACCTATCGGGCCTGAGCACGCTTACATCATTGAT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1051	CTCACTTTGCATTTTTACCTATCGGGCCTGAGCACGCTTACATCATTGAT	1100

C  CT025924.9	900	GATGCGACTGTTCAGTTTAATCTAGTTCTCTAGATTCTCTCTAGTTCTAT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1101	GATGCGACTGTTCAGTTTAATCTAGTTCTCTAGATTCTCTCTAGTTCTAT	1150

C  CT025924.9	850	CGTTTTGTATTATTTTTATTTGTATGGGATACAGTGACATGCAGTCAACA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1151	CGTTTTGTATTATTTTTATTTGTATGGGATACAGTGACATGCAGTCAACA	1200

C  CT025924.9	800	CTTTGCCGAATAGATCCACCCCTTTTGACGCTCATAAATTATCATAAATA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1201	CTTTGCCGAATAGATCCACCCCTTTTGACGCTCATAAATTATCATAAATA	1250

C  CT025924.9	750	TCCTTGTGCTGCAGGTATTAGGAGGTTTCCTGAAGGTGTAGCTGTCGTGC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1251	TCCTTGTGCTGCAGGTATTAGGAGGTTTCCTGAAGGTGTAGCTGTCGTGC	1300

C  CT025924.9	700	AGCAAGGGGTTTGCGTTTTTAATAAACTATGAGAGTTTGCATTCATTGAA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1301	AGCAAGGGGTTTGCGTTTTTAATAAACTATGAGAGTTTGCATTCATTGAA	1350

C  CT025924.9	650	AATTAAGAATGATTAAAAAATCCATATGAAACATTGTCCTAAAAGTCACA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1351	AATTAAGAATGATTAAAAAATCCATATGAAACATTGTCCTAAAAGTCACA	1400

C  CT025924.9	600	TCTCGTCTTTAGTTTCGGGCTCAGGCATGCTTTGCACTCACACCACAAGT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1401	TCTCGTCTTTAGTTTCGGGCTCAGGCATGCTTTGCACTCACACCACAAGT	1450

C  CT025924.9	550	GTACGGCGCCAAAGCCCAAGTGAACCGGCCTCTGGCATACCTCTTCCAAC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1451	GTACGGCGCCAAAGCCCAAGTGAACCGGCCTCTGGCATACCTCTTCCAAC	1500

C  CT025924.9	500	CGGACCAGGGACGGCCAACTGAACCATGCCTGAGCCCGATTCAGAACACT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1501	CGGACCAGGGACGGCCAACTGAACCATGCCTGAGCCCGATTCAGAACACT	1550

C  CT025924.9	450	CACACTTCTCAAACGAATCGGGAAACACGCCTGGGCACAGTTTGGATAGC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1551	CACACTTCTCAAACGAATCGGGAAACACGCCTGGGCACAGTTTGGATAGC	1600

C  CT025924.9	400	ATAGTGTGAGTGTGCCCTAAAGCTCTTTTTAGTGTCCTTTTGCTTGAACA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1601	ATAGTGTGAGTGTGCCCTAAAGCTCTTTTTAGTGTCCTTTTGCTTGAACA	1650

C  CT025924.9	350	CATCTGTTAAACACTAGAGAGGATATTTTTAATAAAGTCTGATCTGTAAC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1651	CATCTGTTAAACACTAGAGAGGATATTTTTAATAAAGTCTGATCTGTAAC	1700

C  CT025924.9	300	CATTGACTTCCATAGTATTGTTTTTTCCTACGATGGATGTCAGTGGTTTT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1701	CATTGACTTCCATAGTATTGTTTTTTCCTACGATGGATGTCAGTGGTTTT	1750

C  CT025924.9	250	CAGAATTCTTTAAAATATATTTTTTAGAGTTTAACAGAAGAAAGGCACAC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1751	CAGAATTCTTTAAAATATATTTTTTAGAGTTTAACAGAAGAAAGGCACAC	1800

C  CT025924.9	200	AAGGTTCATAACCAATTGAGGCTCATTAAGTACATTTACAGTGCGTAAAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1801	AAGGTTCATAACCAATTGAGGCTCATTAAGTACATTTACAGTGCGTAAAT	1850

C  CT025924.9	150	ATAATTTTTTGGGTGAACTATGCCTTTAAGAGGAGTGTTTTCTTGCATGC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1851	ATAATTTTTTGGGTGAACTATGCCTTTAAGAGGAGTGTTTTCTTGCATGC	1900

C  CT025924.9	100	TGTTAAAATATAAAGCCCTTTTTAGTGTCATTTTGCTTTTACACAAGTGT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1901	TGTTAAAATATAAAGCCCTTTTTAGTGTCATTTTGCTTTTACACAAGTGT	1950

C  CT025924.9	50	TAATGAGGTCAGAATAAGGGACAGTCATGTAGAAAATGCAGCTGAGGTAA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255955.3	1951	TAATGAGGTCAGAATAAGGGACAGTCATGTAGAAAATGCAGCTGAGGTAA	2000

Overview

Query
CT025924.9 - 89264 bps
Hit
BX255955.3 - 146105 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001890200012000-1120001
290.119917661646339-115585157561
310039734687546947137211372831
410039734687546947-137212372841
582.266721264116622139408396101
686.431303151285913173-141613419291
789.641773461285913204-141944422811
810050671316113227-142083421491
994.231101581306713224-142150423051
1090.3659837120671288145621457031
1194.61772187106771284177326775471
1288.1971626433764498-177380775471
1389.251572567107071325-181233814741
1487.21472527107471325-186016862651
1586.81562856420264486194220945221
1694.031531937113371325-194322945221
1779.89471737811178283-195637958101
1890571404681346952195860959991
1988.65511416294163081-195860960001
2092.24451166294263057195886960011
2198.5137675993960005195921959871
2298.813884629396302211344891345721
2310039806294063019-11344941345731
2410037774687646952-11344961345721
Short-link