<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX901975.18	2000	GAATTCCTCCTCCAGAAATGCATAATACTTTCCCAAACCACTAAATATTG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	2	GAATTCCTCCTCCAGAAATGCATAATACTTTCCCAAACCACTAAATATTG	51

C  BX901975.18	1950	TAAAATATACTGCCAGCAGCTAAACTGCCCCATCTTGTAATACTATAGTA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	52	TAAAATATACTGCCAGCAGCTAAACTGCCCCATCTTGTAATACTATAGTA	101

C  BX901975.18	1900	TAGTCAGATAACAAAATTGAGTATTAATCAGTAATACCAGGCAATCATGA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	102	TAGTCAGATAACAAAATTGAGTATTAATCAGTAATACCAGGCAATCATGA	151

C  BX901975.18	1850	AACTACAGAAAGCTTGTTTTCTCATGCCTTAAAGGATTTTCAAACTTGTT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	152	AACTACAGAAAGCTTGTTTTCTCATGCCTTAAAGGATTTTCAAACTTGTT	201

C  BX901975.18	1800	TATCATTTGTGTTGTTCCAAAAAGGACCTAAACTGCAACAATATTGAGTT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	202	TATCATTTGTGTTGTTCCAAAAAGGACCTAAACTGCAACAATATTGAGTT	251

C  BX901975.18	1750	TAAAAGATCTCAGGCCCATTATTCCTTCTTTAATCCTAGCATTATTCATT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	252	TAAAAGATCTCAGGCCCATTATTCCTTCTTTAATCCTAGCATTATTCATT	301

C  BX901975.18	1700	TATGCCCACAGCAATAGGAAAATGTGAAGAAACCAGACCAGGAACACAAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	302	TATGCCCACAGCAATAGGAAAATGTGAAGAAACCAGACCAGGAACACAAA	351

C  BX901975.18	1650	CACACCAAGTTACAGAATTATGATTTAGTGAATTATGACACATTAAGGTA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	352	CACACCAAGTTACAGAATTATGATTTAGTGAATTATGACACATTAAGGTA	401

C  BX901975.18	1600	AACTGTGATGACTGAGAGAGCTCAAACAGGCAAGTAAAAAAAAACAATAG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	402	AACTGTGATGACTGAGAGAGCTCAAACAGGCAAGTAAAAAAAAACAATAG	451

C  BX901975.18	1550	AAAAAGCATCAGTTTGAAAACACACATGCATGCAAATTCATAAACATACT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	452	AAAAAGCATCAGTTTGAAAACACACATGCATGCAAATTCATAAACATACT	501

C  BX901975.18	1500	GCAAGTGAACAAAACATATGCATATACATTTTTTTAATCAAATTAAAAAC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	502	GCAAGTGAACAAAACATATGCATATACATTTTTTTAATCAAATTAAAAAC	551

C  BX901975.18	1450	ATCAGCTAAGTGCGTGCGTATCTCACACTTCACAGTACTGTATTTATTTA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	552	ATCAGCTAAGTGCGTGCGTATCTCACACTTCACAGTACTGTATTTATTTA	601

C  BX901975.18	1400	CATTTCCACCAGTCATCGCAAAGCTCCTTTTGGTAAACCATTACTCATAA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	602	CATTTCCACCAGTCATCGCAAAGCTCCTTTTGGTAAACCATTACTCATAA	651

C  BX901975.18	1350	ATGCATAATTTTGTTCTGTCTATTGATTATACAAATCATGTAGCATCAAC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	652	ATGCATAATTTTGTTCTGTCTATTGATTATACAAATCATGTAGCATCAAC	701

C  BX901975.18	1300	CTCTTTATAAACATAATCCATCCTTTATTCTCTTAGGCTTTTACTGACAC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	702	CTCTTTATAAACATAATCCATCCTTTATTCTCTTAGGCTTTTACTGACAC	751

C  BX901975.18	1250	TATACAAGTTAGGGTGAAGTAGAGGTTTTATGTTGCATTTCTGTGTTTGG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	752	TATACAAGTTAGGGTGAAGTAGAGGTTTTATGTTGCATTTCTGTGTTTGG	801

C  BX901975.18	1200	GTTTGTGTATGTGACCCTGCTTGTGGCCTTTCAGACTTAAATGTGTTTTT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	802	GTTTGTGTATGTGACCCTGCTTGTGGCCTTTCAGACTTAAATGTGTTTTT	851

C  BX901975.18	1150	GAAACAAAAGATGAAGCATAAGTCATAGTTTGCATATTCCCTTTTTAATG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	852	GAAACAAAAGATGAAGCATAAGTCATAGTTTGCATATTCCCTTTTTAATG	901

C  BX901975.18	1100	CAACTTGGTGACATGTGGCTTACGCACCAGCTGTTTAATGAAACTAAAAG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	902	CAACTTGGTGACATGTGGCTTACGCACCAGCTGTTTAATGAAACTAAAAG	951

C  BX901975.18	1050	AACCAATGAAAGACAAGAGAAACTAAAGCTGGACCTCTTGGAATAACTCA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	952	AACCAATGAAAGACAAGAGAAACTAAAGCTGGACCTCTTGGAATAACTCA	1001

C  BX901975.18	1000	ACTCTGTTGGACTGAAGATAAATGAGGCTGTTCTTGTAAAAGAAAATGAG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1002	ACTCTGTTGGACTGAAGATAAATGAGGCTGTTCTTGTAAAAGAAAATGAG	1051

C  BX901975.18	950	TTCATGGGAATTAAAAAAGAGACCAGCTTTCATGAGATATAGTGGAATTC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1052	TTCATGGGAATTAAAAAAGAGACCAGCTTTCATGAGATATAGTGGAATTC	1101

C  BX901975.18	900	AGACGAGCTATTATACTTTGTATATTGCACTTTGGGCTTGATGACGGTGG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1102	AGACGAGCTATTATACTTTGTATATTGCACTTTGGGCTTGATGACGGTGG	1151

C  BX901975.18	850	TGTTGATTTATCTTGGCGACTCAGATGTTTAGTTTATATTAACTAAAAGT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1152	TGTTGATTTATCTTGGCGACTCAGATGTTTAGTTTATATTAACTAAAAGT	1201

C  BX901975.18	800	CTAGTTCATAATAATCATATCCACACTAAATTAGATCTGTTTTTCCTTTT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1202	CTAGTTCATAATAATCATATCCACACTAAATTAGATCTGTTTTTCCTTTT	1251

C  BX901975.18	750	TCATCAAGTGCTCTGAAGGACATGTCAAAGAATAGAAAAAGGTATTAAAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1252	TCATCAAGTGCTCTGAAGGACATGTCAAAGAATAGAAAAAGGTATTAAAA	1301

C  BX901975.18	700	TTGAATTAAAAATAAATAAATAAATAGAGGTTAAAATAATGTCAAAATTG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1302	TTGAATTAAAAATAAATAAATAAATAGAGGTTAAAATAATGTCAAAATTG	1351

C  BX901975.18	650	CTTGCACAGAACTTTTAACATTACACAGTTTCAAAGCAGATTTGTGGAAA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1352	CTTGCACAGAACTTTTAACATTACACAGTTTCAAAGCAGATTTGTGGAAA	1401

C  BX901975.18	600	ATTAATGATTAATATTAATCACATATATAATATAGTCAATTTGAATGATA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1402	ATTAATGATTAATATTAATCACATATATAATATAGTCAATTTGAATGATA	1451

C  BX901975.18	550	ATATCTTGTAACATCTTTGTGCCTAAATTAAATCTGTGTGATAATATACT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1452	ATATCTTGTAACATCTTTGTGCCTAAATTAAATCTGTGTGATAATATACT	1501

C  BX901975.18	500	CTCACCGGCCACTTTATTAGGTACTGCTCGTTAACGCAAATTTCCAATCA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1502	CTCACCGGCCACTTTATTAGGTACTGCTCGTTAACGCAAATTTCCAATCA	1551

C  BX901975.18	450	GCCAATCACATGGGAGCAACTCAATGCATTTACGCATGTAGACATGGTCA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1552	GCCAATCACATGGGAGCAACTCAATGCATTTACGCATGTAGACATGGTCA	1601

C  BX901975.18	400	AGACGATCTGCTGCAGTTCAAACCGAGTGTCAGAATAGGAAAGAAAGGTA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1602	AGACGATCTGCTGCAGTTCAAACCGAGTGTCAGAATAGGAAAGAAAGGTA	1651

C  BX901975.18	350	TTTAAGATATTTAAGTGACTGGTCTAGGCTGGTCAGAGTATTTCAAAAAC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1652	TTTAAGATATTTAAGTGACTGGTCTAGGCTGGTCAGAGTATTTCAAAAAC	1701

C  BX901975.18	300	TGCTGATCTACTGGGATTTTCACACACAACCATCTCTAGGGTTTACAGAG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1702	TGCTGATCTACTGGGATTTTCACACACAACCATCTCTAGGGTTTACAGAG	1751

C  BX901975.18	250	AATGGTCCGAAAGAGAGAAAATATTTAAAGCGTCATTTCTGTGGGCATAA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1752	AATGGTCCGAAAGAGAGAAAATATTTAAAGCGTCATTTCTGTGGGCATAA	1801

C  BX901975.18	200	ATGCGTTGTTGATGCAGAGGTCAGAGGAGAATGGCCAGAATGGTTTTATA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1802	ATGCGTTGTTGATGCAGAGGTCAGAGGAGAATGGCCAGAATGGTTTTATA	1851

C  BX901975.18	150	AAGGCAACATTAATTTAAAAACCACTCGTTACAACTGAGGTTTGCAGAAG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1852	AAGGCAACATTAATTTAAAAACCACTCGTTACAACTGAGGTTTGCAGAAG	1901

C  BX901975.18	100	AGCATCTCTGAACGCACAAAACATCTAACCTTGAGACGGATGGGCTACAG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1902	AGCATCTCTGAACGCACAAAACATCTAACCTTGAGACGGATGGGCTACAG	1951

C  BX901975.18	50	CAGCAGAAGACGCACCGGGTGCCACTCCTGTCATCTAAGAACAGGAAACT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX255879.6	1952	CAGCAGAAGACGCACCGGGTGCCACTCCTGTCATCTAAGAACAGGAAACT	2001

Overview

Query
BX901975.18 - 105226 bps
Hit
BX255879.6 - 173755 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001928200012000-1220011
277.71204366777668211-1597664191
386.221222515464054890116744169971
487.071733147876479077120911212351
585.111723575126251618-141266416411
686.231963673699537361141268416521
794.71101326942469555141512416431
896.27118134104071104204141512416451
990.682022997877679074145079453891
1082.391543543200032353163802641531
1182.681633597587976237-163802641531
1294276346797778012211092101095591
1393.19546712803938110411100861107901
1494.78111134104071104204-11198481199811
1585.771152273699537221-11199971202281
1689.171301956464264836-11239511241441
1789.381902921720717498-11590771593681
1893.431081376942469560-11638491639851
1993.79116145104063104207-11638491639931
2083.541042414002424211650981653341
2184.931903925343753828-11689521693361
Short-link