<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX284622.3	124452	TTTTTAACACGTAAAGTTGTGGTAATTGTTTTTGTGGTACTACAAATTAC	124501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1	TTTTTAACACGTAAAGTTGTGGTAATTGTTTTTGTGGTACTACAAATTAC	50

BX284622.3	124502	CCAATACTGTATTAATTTACAGCTATAGGGTATAATACTACAACAAGACA	124551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	51	CCAATACTGTATTAATTTACAGCTATAGGGTATAATACTACAACAAGACA	100

BX284622.3	124552	CAACAGTTCAATGTAATAAACACTCAAGTATACTTCAGTATTTATTATCA	124601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	101	CAACAGTTCAATGTAATAAACACTCAAGTATACTTCAGTATTTATTATCA	150

BX284622.3	124602	GTTCACTAAAGTTAATACTACAGCATGATGCAGATGTAGTACTCATGAAC	124651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	151	GTTCACTAAAGTTAATACTACAGCATGATGCAGATGTAGTACTCATGAAC	200

BX284622.3	124652	AATATGCAAATGTTGTAATATATACAGTATACTACACTTAATTATAGTAT	124701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	201	AATATGCAAATGTTGTAATATATACAGTATACTACACTTAATTATAGTAT	250

BX284622.3	124702	GATTCAAAACACTGACTACTTATACTATAGCATACTATAGTATTTTTTCA	124751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	251	GATTCAAAACACTGACTACTTATACTATAGCATACTATAGTATTTTTTCA	300

BX284622.3	124752	TGTGGTCATGCTAAAAAAGTGTTTTGTCTGCTGGTTTGCAACATTAGTCA	124801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	301	TGTGGTCATGCTAAAAAAGTGTTTTGTCTGCTGGTTTGCAACATTAGTCA	350

BX284622.3	124802	AAATATCTTGTTGTACACCCACCGGCCACTTTATTAGGTATACCTGTCCA	124851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	351	AAATATCTTGTTGTACACCCACCGGCCACTTTATTAGGTATACCTGTCCA	400

BX284622.3	124852	ACTGCTTGTTAACGCAAATTTCTAATCAGCCAATCACATGGCAGCATTTA	124901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	401	ACTGCTTGTTAACGCAAATTTCTAATCAGCCAATCACATGGCAGCATTTA	450

BX284622.3	124902	GACATGTTTAAGACGCTCTGCTGCATTTCAAAGCAAGCATCAGAATGGGG	124951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	451	GACATGTTTAAGACGCTCTGCTGCATTTCAAAGCAAGCATCAGAATGGGG	500

BX284622.3	124952	AAGAAAGGTGATTTTATTGACTTTGAATGTGGCATGGTTGTTGGTGCCTG	125001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	501	AAGAAAGGTGATTTTATTGACTTTGAATGTGGCATGGTTGTTGGTGCCTG	550

BX284622.3	125002	ACAGGCTGGTTTGAGTATTTTAGGAACTGCTGATCTACTGAGATTTTAAT	125051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	551	ACAGGCTGGTTTGAGTATTTTAGGAACTGCTGATCTACTGAGATTTTAAT	600

BX284622.3	125052	GGCCAACCATCTCCAGGGTTTACAGAAAATGGTAAGAAAAAGAGAAAATA	125101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	601	GGCCAACCATCTCCAGGGTTTACAGAAAATGGTAAGAAAAAGAGAAAATA	650

BX284622.3	125102	TCCAGCGAGTGGCAGTTCTGTGGGCACAAATGTCTTGTTGATGCCAGAGG	125151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	651	TCCAGCGAGTGGCAGTTCTGTGGGCACAAATGTCTTGTTGATGCCAGAGG	700

BX284622.3	125152	TCAGAGGAGAATGGCCAGACTGGTTTGAGCTGATAGAAAGGCAACAGTAG	125201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	701	TCAGAGGAGAATGGCCAGACTGGTTTGAGCTGATAGAAAGGCAACAGTAG	750

BX284622.3	125202	CTCAAATAAGCACTCGTTACAACCGAGGGTTGCAGAAGAGCCAAAGTCAA	125251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	751	CTCAAATAAGCACTCGTTACAACCGAGGGTTGCAGAAGAGCCAAAGTCAA	800

BX284622.3	125252	AAGTCAAAGTCAGCTTTATTGTCAATTCAAGCACATGTACAGGACATATA	125301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	801	AAGTCAAAGTCAGCTTTATTGTCAATTCAAGCACATGTACAGGACATATA	850

BX284622.3	125302	GAGAATCGAAATTACGTTACTCTCAGACAATAGGTGCCTAACATCTCTGA	125351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	851	GAGAATCGAAATTACGTTACTCTCAGACAATAGGTGCCTAACATCTCTGA	900

BX284622.3	125352	ATGCACAATACGTCAAACCTTGGTTTTGGTGCCTTGGAGGTGGATGAGCC	125401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	901	ATGCACAATACGTCAAACCTTGGTTTTGGTGCCTTGGAGGTGGATGAGCC	950

BX284622.3	125402	ACAGCAGCAGAAGACCACACCAAGTGCCCCTCCTCCTGTCAGCTAAGGAC	125451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	951	ACAGCAGCAGAAGACCACACCAAGTGCCCCTCCTCCTGTCAGCTAAGGAC	1000

BX284622.3	125452	AGGAACTGAGGCTACAATAATCAGAGGCTCACCACTATTGGACGATAGAT	125501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1001	AGGAACTGAGGCTACAATAATCAGAGGCTCACCACTATTGGACGATAGAT	1050

BX284622.3	125502	GATTGGAGAAACGTTGCCTGCTCTGATGAGTCTTGATTTCTGCTGCGACT	125551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1051	GATTGGAGAAACGTTGCCTGCTCTGATGAGTCTTGATTTCTGCTGCGACT	1100

BX284622.3	125552	TTCAGATGGCAGGGTCGAAATTTGGCGCCAACAACATGAAAGCATGGATC	125601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1101	TTCAGATGGCAGGGTCGAAATTTGGCGCCAACAACATGAAAGCATGGATC	1150

BX284622.3	125602	CATCTTGCCTTGTATCAATGGTTCAGGCTGCTGGTGGTGATGTAATGTTG	125651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1151	CATCTTGCCTTGTATCAATGGTTCAGGCTGCTGGTGGTGATGTAATGTTG	1200

BX284622.3	125652	TGTGTGGGGGATATTTTTTGGCACACTTTGGTCCCATTAGTACCAACTGA	125701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1201	TGTGTGGGGGATATTTTTTGGCACACTTTGGTCCCATTAGTACCAACTGA	1250

BX284622.3	125702	GCATTATGTCAACATCACCCACCTGAGTGTGGTGCTGACCATGTCCATCC	125751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1251	GCATTATGTCAACATCACCCACCTGAGTGTGGTGCTGACCATGTCCATCC	1300

BX284622.3	125752	CTTTATGATCACAGTGTACCCATCTTCTGATGGCTACTTTAGAATAATGC	125801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1301	CTTTATGATCACAGTGTACCCATCTTCTGATGGCTACTTTAGAATAATGC	1350

BX284622.3	125802	GCCATCTCATAAAGCCAGAATCATCTCAGACTGGTTTCTTGAAGATGAGA	125851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1351	GCCATCTCATAAAGCCAGAATCATCTCAGACTGGTTTCTTGAAGATGAGA	1400

BX284622.3	125852	ATGAGTTTACTGTACTCAAATGGCCTCCACAGTCACCATAACTCAATCCA	125901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1401	ATGAGTTTACTGTACTCAAATGGCCTCCACAGTCACCATAACTCAATCCA	1450

BX284622.3	125902	ATAGAGCACCTGTGACATGTAGTGGGACATGTAGTGGGAGATTTGCATCA	125951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1451	ATAGAGCACCTGTGACATGTAGTGGGACATGTAGTGGGAGATTTGCATCA	1500

BX284622.3	125952	TGGAAGTGCAGCCAACAAATCTGAAGCAACTGTGTGATGGTATCATGTCA	126001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1501	TGGAAGTGCAGCCAACAAATCTGAAGCAACTGTGTGATGGTATCATGTCA	1550

BX284622.3	126002	ATATGGACCAAAATCTCTCAGGAATATTTCCAGTTGTTGAATGTTTACCA	126051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1551	ATATGGACCAAAATCTCTCAGGAATATTTCCAGTTGTTGAATGTTTACCA	1600

BX284622.3	126052	CGAAGGATTATGGCAGCTCTGAAGGCAAAAGTGGGTCCAACCTGGCACTA	126101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1601	CGAAGGATTATGGCAGCTCTGAAGGCAAAAGTGGGTCCAACCTGGCACTA	1650

BX284622.3	126102	GTAAGATGTACCTAATAAAGTGGCCAGTGAGTGTAGGTTCAACAGAAAAA	126151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1651	GTAAGATGTACCTAATAAAGTGGCCAGTGAGTGTAGGTTCAACAGAAAAA	1700

BX284622.3	126152	AAACAAACTCAAAGACTTGGAACCACTTCAGAATGAATAAAGTTATTTTT	126201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1701	AAACAAACTCAAAGACTTGGAACCACTTCAGAATGAATAAAGTTATTTTT	1750

BX284622.3	126202	TTGAGGGAACTATCACTTTAAATGGTTATATTTCAGAGGACATCCATTTG	126251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1751	TTGAGGGAACTATCACTTTAAATGGTTATATTTCAGAGGACATCCATTTG	1800

BX284622.3	126252	TAATATCATGCATCATTAAATCCATAGACATAGAAAAGTGGGTTAAAACA	126301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1801	TAATATCATGCATCATTAAATCCATAGACATAGAAAAGTGGGTTAAAACA	1850

BX284622.3	126302	TCCCAGGTATGGCCACTGTCATCTTTTGGTTAATGATGCTGATGATTTCT	126351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1851	TCCCAGGTATGGCCACTGTCATCTTTTGGTTAATGATGCTGATGATTTCT	1900

BX284622.3	126352	AAATAAAACGCAGTGTTGATTCTGACTAGTCAATGTTTTTAATCAATCAT	126401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1901	AAATAAAACGCAGTGTTGATTCTGACTAGTCAATGTTTTTAATCAATCAT	1950

BX284622.3	126402	CATCGAATTTTTACCATCATCCTTGGTGTGAATGGGCCTTTAAGAAGCTT	126451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX248241.20	1951	CATCGAATTTTTACCATCATCCTTGGTGTGAATGGGCCTTTAAGAAGCTT	2000

Overview

Query
BX284622.3 - 126451 bps
Hit
BX248241.20 - 101595 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196820001244521264511120001
296.1677712314412322013704461
391.69613112344712357716617911
496.921771951045881047821747576691
585.29661351107561108901897391081
689.07731271215161216421898191081
787.14161310110765111074-1929296021
884.361182886749267779-1929696021
987.55160296121517121812-1930696021
1085.24149334110793111126-131348316791
1185.94114258121541121798-131427316821
1282.39143442101947102388-137658381001
1391.88611609088391042-140765409241
1497.04661358517985313-140769409031
1596.3641629088491045-146363465241
16100651348518085313-146390465231
1788.39601134592946041-154938550491
1887.242414164988550300-156807572211
1981.071042938391384205-175194754941
2099.16841194798048098179851799691
2192.211682275010050326180857810871
Short-link