<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 150 bps

Full alignment

C  AL590812.9	2000	AAGCTTGTCATAGCTATTATTCTAAATATGGTAATAGATGACTGTAATAA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1	AAGCTTGTCATAGCTATTATTCTAAATATGGTAATAGATGACTGTAATAA	50

C  AL590812.9	1950	TCCAAGCCAAGAATTATGACATTTTAAATCCACACACACTCTTACTCCTG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	51	TCCAAGCCAAGAATTATGACATTTTAAATCCACACACACTCTTACTCCTG	100

C  AL590812.9	1900	AAATATCCTCAAATGGACATTAACATACAAATATTTTAATTAGATTCTTT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	101	AAATATCCTCAAATGGACATTAACATACAAATATTTTAATTAGATTCTTT	150

C  AL590812.9	1850	TAAATTCTTAAGATTATGTGATATAACCCAAAAGTGGGGCTGAAATGTCA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	151	TAAATTCTTAAGATTATGTGATATAACCCAAAAGTGGGGCTGAAATGTCA	200

C  AL590812.9	1800	GGTGACAATAACACCCAAATGGAGGTTCCACTCAGCACTTCCAGGGACAC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	201	GGTGACAATAACACCCAAATGGAGGTTCCACTCAGCACTTCCAGGGACAC	250

C  AL590812.9	1750	CCCCCCCAACATATATACACTCTTTACAGAAACATATTTGGAAATGAATT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	251	CCCCCCCAACATATATACACTCTTTACAGAAACATATTTGGAAATGAATT	300

C  AL590812.9	1700	CATTATTCATAAGTAGTTGTGAATAGTTAGAAAATAGATTTTACATTTCA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	301	CATTATTCATAAGTAGTTGTGAATAGTTAGAAAATAGATTTTACATTTCA	350

C  AL590812.9	1650	CATTCAATAAAACTCCCACAGAATGTCAATTCTCATTATTCGTGGATTTT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	351	CATTCAATAAAACTCCCACAGAATGTCAATTCTCATTATTCGTGGATTTT	400

C  AL590812.9	1600	GTATTTTCAAATCCACCTTCTTGCTAAAATGTATTTGTATTTGCAAATTC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	401	GTATTTTCAAATCCACCTTCTTGCTAAAATGTATTTGTATTTGCAAATTC	450

C  AL590812.9	1550	ACCCACCTGCTAAAATTTATTACTAGCCCCAAAATTCACACTCACAGCAC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	451	ACCCACCTGCTAAAATTTATTACTAGCCCCAAAATTCACACTCACAGCAC	500

C  AL590812.9	1500	CTTTGTTGTCATACACAGACTGGCCAAAAATTTCATTCTCCCAGCTTGCA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	501	CTTTGTTGTCATACACAGACTGGCCAAAAATTTCATTCTCCCAGCTTGCA	550

C  AL590812.9	1450	CATTCCCAGCTGATGTTGAACAAAACCGTGTTCTGCCTTCTTGTTTCAAC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	551	CATTCCCAGCTGATGTTGAACAAAACCGTGTTCTGCCTTCTTGTTTCAAC	600

C  AL590812.9	1400	TCTCATACTAAAATCAAGTGTCCTTTTCACAATCTGTTTAGTGTCACGGT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	601	TCTCATACTAAAATCAAGTGTCCTTTTCACAATCTGTTTAGTGTCACGGT	650

C  AL590812.9	1350	TTTCATATTTTTATGCTTTTTTGGTGATTTTGATGTTTACAATGGCCCCC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  BX248098.7	651	TTTCATATTTTTATGCTTTTTTGGTGATTTTGATGTTTACAATGGTCCCC	700

C  AL590812.9	1300	AAACATAGTGCTAAAGTGCTCTCAAAGCACAAAAAGACCGTGATGTGCAT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	701	AAACATAGTGCTAAAGTGCTCTCAAAGCACAAAAAGACCGTGATGTGCAT	750

C  AL590812.9	1250	TATGGAGGCACATGTGACATAAACTTTGTTCAGATATGACCTATAGTGCC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	751	TATGGAGGCACATGTGACATAAACTTTGTTCAGATATGACCTATAGTGCC	800

C  AL590812.9	1200	ATTGGCTATAATCTCAATGCTGATGAATAAATTTTATATGTTAAATAAGG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	801	ATTGGCTATAATCTCAATGCTGATGAATAAATTTTATATGTTAAATAAGG	850

C  AL590812.9	1150	TGTCTTTAAACAGAAACACATATAAAACAAGATTATGTCTTGATCATTTG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	851	TGTCTTTAAACAGAAACACATATAAAACAAGATTATGTCTTGATCATTTG	900

C  AL590812.9	1100	ATGAAAATGTTGCAGCCAGAGGCTCACAGAAACTTCCCCTTACATTTTCC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	901	ATGAAAATGTTGCAGCCAGAGGCTCACAGAAACTTCCCCTTACATTTTCC	950

C  AL590812.9	1050	CAAGAAGCAACAATTTAATACTTGCTAATGTTGGAGCTCTGAAAACCACA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	951	CAAGAAGCAACAATTTAATACTTGCTAATGTTGGAGCTCTGAAAACCACA	1000

C  AL590812.9	1000	TCCTCAAAAATGGCACTTTGACATGTTGAGTGCTTTGAATTAAATAAAAT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1001	TCCTCAAAAATGGCACTTTGACATGTTGAGTGCTTTGAATTAAATAAAAT	1050

C  AL590812.9	950	TGAAAGGCCTCAGAAATAAGCCTCAGGACCAACACTCTGTCTAACACCAT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1051	TGAAAGGCCTCAGAAATAAGCCTCAGGACCAACACTCTGTCTAACACCAT	1100

C  AL590812.9	900	CAGCCCCCCCAACCCCACCCTACTGTATTAGTCTGTTCTCATGCTGCTGA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1101	CAGCCCCCCCAACCCCACCCTACTGTATTAGTCTGTTCTCATGCTGCTGA	1150

C  AL590812.9	850	TAAAGACATACCCAAGACTGAGTAATTGATAAAGAAAAAGAGGTTTAATG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1151	TAAAGACATACCCAAGACTGAGTAATTGATAAAGAAAAAGAGGTTTAATG	1200

C  AL590812.9	800	GACTCACAGTTCCACATGGCCGGCGAGGCCTCACAATCACAGTGGAAGGC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1201	GACTCACAGTTCCACATGGCCGGCGAGGCCTCACAATCACAGTGGAAGGC	1250

C  AL590812.9	750	AAAAGGCACACCTTACATGGCAGCAAACAAGAAAGAATGAGAACCAAGTG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1251	AAAAGGCACACCTTACATGGCAGCAAACAAGAAAGAATGAGAACCAAGTG	1300

C  AL590812.9	700	AAAGAGGTTTCCCCTTATAAAAACATCAGCTCTCATGAGACTTATTCTGT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1301	AAAGAGGTTTCCCCTTATAAAAACATCAGCTCTCATGAGACTTATTCTGT	1350

C  AL590812.9	650	TCCAGGAGAACAATATGGGGATATGGGGGGAACAGCCTCCATGACTCAAT	601
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1351	TCCAGGAGAACAATATGGGGGTATGGGGGGAACAGCCTCCATGACTCAAT	1400

C  AL590812.9	600	TATTTCCTACTGGGTCCTTCCCACAACATGTGGGAATTATGGGAGCTACA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1401	TATTTCCTACTGGGTCCTTCCCACAACATGTGGGAATTATGGGAGCTACA	1450

C  AL590812.9	550	ATTCAAGATGAGATTTGTGTGGGGACGTAGCCAAACCATATCACCTACCA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1451	ATTCAAGATGAGATTTGTGTGGGGACGTAGCCAAACCATATCACCTACCA	1500

C  AL590812.9	500	TCCTCTTTCTTTCCTGAAGCAAGGAAGCAAGAAAGGAGAGGCTTTTGCTG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1501	TCCTCTTTCTTTCCTGAAGCAAGGAAGCAAGAAAGGAGAGGCTTTTGCTG	1550

C  AL590812.9	450	AAGTTTCCTTATCTGATTAAGTCTGACCAAGGGAGGTTTCTCCAGAAGAA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1551	AAGTTTCCTTATCTGATTAAGTCTGACCAAGGGAGGTTTCTCCAGAAGAA	1600

C  AL590812.9	400	ATGCAGTGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAATTTAGCCCAGTCAA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1601	ATGCAGTGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAATTTAGCCCAGTCAA	1650

C  AL590812.9	350	ATTGACATATACAAATGCAGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1651	ATTGACATATACAAATGCAGGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTT	1700

C  AL590812.9	300	GAGACGGAATCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1701	GAGACGGAATCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCT	1750

C  AL590812.9	250	TGGCTCACTGCAACCTTTGCCTCCTGGATTCAAGCAATTCTCCTGCCTCA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1751	TGGCTCACTGCAACCTTTGCCTCCTGGATTCAAGCAATTCTCCTGCCTCA	1800

C  AL590812.9	200	GCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTGGCTAAG	151
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1801	GCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCAGGTGCCACCATGCCTGGCTAAG	1850

C  AL590812.9	150	TTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAAGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1851	TTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAAGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGG	1900

C  AL590812.9	100	CCTCGAACTCCTGACCTTGTGATCCACCCACCTCGACCTCCCAAAGTGCT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1901	CCTCGAACTCCTGACCTTGTGATCCACCCACCTCGACCTCCCAAAGTGCT	1950

C  AL590812.9	50	GGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCCGGCCTGTTTTTTTTGTTTTTTT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1951	GGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCCGGCCTGTTTTTTTTGTTTTTTT	2000

Compact alignment

skip 650 bps 100% identity alignment

C  AL590812.9	1350	TTTCATATTTTTATGCTTTTTTGGTGATTTTGATGTTTACAATGGCCCCC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  BX248098.7	651	TTTCATATTTTTATGCTTTTTTGGTGATTTTGATGTTTACAATGGTCCCC	700

skip 650 bps 100% identity alignment

C  AL590812.9	650	TCCAGGAGAACAATATGGGGATATGGGGGGAACAGCCTCCATGACTCAAT	601
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1351	TCCAGGAGAACAATATGGGGGTATGGGGGGAACAGCCTCCATGACTCAAT	1400

skip 400 bps 100% identity alignment

C  AL590812.9	200	GCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTGGCTAAG	151
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  BX248098.7	1801	GCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCAGGTGCCACCATGCCTGGCTAAG	1850

skip 150 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL590812.9 - 117400 bps
Hit
BX248098.7 - 119184 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.851956200012000-1120001
290.3621130890518908251198522951
393.162313042561825921119725200311
491.2211304994410247119727200331
591.22143044456444867-119727200331
698.372803049051890821-119727200331
792.982252974697547271119728200261
892.482233118660786917-119728200331
992.612183025334053641-119729200261
1092.812182893332733615-119733200241
1192.492162918694687236-119739200311
1290.91212307994510251121527218341
1391.282112961072411019121527218241
1491.392163012562125921121527218281
1590.222083069856398868121527218331
1690.072103198659986917-121527218381
1793.112343049051790820-121527218311
1891.382082893332733615-121532218211
1985.783236268661387238132246328641
2084.613026154012940743-132246328621
2191.672193019052190821132575328741
2292.262222979051890814152854531501
2391.12092929857498865-152854531451
2492.712202883332733614152863531501
2590.462123049051790820162912632151
2690.332083009052190820165826661251
2790.792113059051690820-176320766231
2881.462917556642967183-11180391187821
Short-link