<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT027775.5	1	AACGACTCTTCTTAGATTCTTCTTACATATTTAGAAAGTGCCTTCGAAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	121714	AACGACTCTTCTTAGATTCTTCTTACATATTTAGAAAGTGCCTTCGAAAT	121763

CT027775.5	51	CATCAATTTGCCAAACTGCAGGTGGTTATTTGAATAATATCCCTATTTAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	121764	CATCAATTTGCCAAACTGCAGGTGGTTATTTGAATAATATCCCTATTTAA	121813

CT027775.5	101	CATTCAATAATTCATGCAAAGGGTTAAAAGAACAACATTTCGTTCTGCAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	121814	CATTCAATAATTCATGCAAAGGGTTAAAAGAACAACATTTCGTTCTGCAA	121863

CT027775.5	151	CATTTGTGCTAGCCTACCACTAGTACTATTGCAACACTCAAATCAATACA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	121864	CATTTGTGCTAGCCTACCACTAGTACTATTGCAACACTCAAATCAATACA	121913

CT027775.5	201	GCAAACAATGTTCTAAAATCCAGATTTTGTTGAGCAACGACCTAAAAAAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	121914	GCAAACAATGTTCTAAAATCCAGATTTTGTTGAGCAACGACCTAAAAAAC	121963

CT027775.5	251	ATGTTTGCATCCAGTGTTGCCTGAGGCAATGTCAACAGACAGGTGTGTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	121964	ATGTTTGCATCCAGTGTTGCCTGAGGCAATGTCAACAGACAGGTGTGTGA	122013

CT027775.5	301	GTTAGTCCTGTAGGCTAACGGTAAGTGGTTGTGTGAGTGTATGTGGATAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122014	GTTAGTCCTGTAGGCTAACGGTAAGTGGTTGTGTGAGTGTATGTGGATAT	122063

CT027775.5	351	TTACTCAGAGATATGAGCTGAGAAGAGCTGGTGGAGTTCTGGCACGGCAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122064	TTACTCAGAGATATGAGCTGAGAAGAGCTGGTGGAGTTCTGGCACGGCAG	122113

CT027775.5	401	TCGGTGCAGTGTCTGCCACCAGCCGGCCGCCCCTCCTCTCGCCTGCCCTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122114	TCGGTGCAGTGTCTGCCACCAGCCGGCCGCCCCTCCTCTCGCCTGCCCTG	122163

CT027775.5	451	ATCAATGGGGACTGTTTGGATTAGCACTAAAAACTCTAACTGCAGTGATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122164	ATCAATGGGGACTGTTTGGATTAGCACTAAAAACTCTAACTGCAGTGATT	122213

CT027775.5	501	AGAAAACACATTAGTGTTGATCAATTAGGAGGCAAACGCTTCTCTTAATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122214	AGAAAACACATTAGTGTTGATCAATTAGGAGGCAAACGCTTCTCTTAATA	122263

CT027775.5	551	ATTGATGGGGTAAAGCAATTTACACACAGTCAGTTAGTGGGCTTGTCAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122264	ATTGATGGGGTAAAGCAATTTACACACAGTCAGTTAGTGGGCTTGTCAGA	122313

CT027775.5	601	GCATTCTCCGAAGGGCCCAACAAACACAGGCGCCATGAGGTATTGACGCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122314	GCATTCTCCGAAGGGCCCAACAAACACAGGCGCCATGAGGTATTGACGCT	122363

CT027775.5	651	GCCGCTTGGCCTGAATGCCTGATTAAGCTCTCCGGGGCCTTGGCAGACAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122364	GCCGCTTGGCCTGAATGCCTGATTAAGCTCTCCGGGGCCTTGGCAGACAG	122413

CT027775.5	701	GCACACACATACAGCAACGCTCACTCCATTAAGTGAGAACTAGAGGAGAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122414	GCACACACATACAGCAACGCTCACTCCATTAAGTGAGAACTAGAGGAGAC	122463

CT027775.5	751	CCTACTTAAGCTGTGCTATCCACTTACCCCAAACACCAGTTCACAACGGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122464	CCTACTTAAGCTGTGCTATCCACTTACCCCAAACACCAGTTCACAACGGC	122513

CT027775.5	801	AGAGGTCTGAAAACAGAGCCCTGGGGCACCCCGCTCACGCAGACTTGTGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122514	AGAGGTCTGAAAACAGAGCCCTGGGGCACCCCGCTCACGCAGACTTGTGG	122563

CT027775.5	851	CTGGCACAATGACATCTCTCTTTTGGTCACATTGCGCTCATTTACACAGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122564	CTGGCACAATGACATCTCTCTTTTGGTCACATTGCGCTCATTTACACAGT	122613

CT027775.5	901	CTGTGCCTTGCAAGAATTCAATTTTGCAAAAGGCGCCCTCCCCCTTCTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122614	CTGTGCCTTGCAAGAATTCAATTTTGCAAAAGGCGCCCTCCCCCTTCTTT	122663

CT027775.5	951	TGTGATTGTGTTACAGGATTGATGGGAGATGGCCCCCTGGCCCCCAGACG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122664	TGTGATTGTGTTACAGGATTGATGGGAGATGGCCCCCTGGCCCCCAGACG	122713

CT027775.5	1001	GCCGCACTCAGAGCCACTCAGCACAGGGACCGTGTGTCAGAGCGGAGGAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122714	GCCGCACTCAGAGCCACTCAGCACAGGGACCGTGTGTCAGAGCGGAGGAG	122763

CT027775.5	1051	ATGGTTATAAATCACAGCCCCGTCTGCAGACGGCCTGTCTGCGTATCAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122764	ATGGTTATAAATCACAGCCCCGTCTGCAGACGGCCTGTCTGCGTATCAAG	122813

CT027775.5	1101	GCTTTTTTAACCTTGTTTTCCTCCCTGCTAACCTTTGCTGTGCTCCTTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122814	GCTTTTTTAACCTTGTTTTCCTCCCTGCTAACCTTTGCTGTGCTCCTTTT	122863

CT027775.5	1151	GATGTATACCGCCATTAAGGCTAATGGCACTTCTCTCACGTAAGCCGTTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122864	GATGTATACCGCCATTAAGGCTAATGGCACTTCTCTCACGTAAGCCGTTA	122913

CT027775.5	1201	GCGCTCGTTAGGCGGTGATCAGCCCGGCGGCCGGGGAATACAGATGTGGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122914	GCGCTCGTTAGGCGGTGATCAGCCCGGCGGCCGGGGAATACAGATGTGGG	122963

CT027775.5	1251	CTTAATAAATCAATTAAGCAACCAGAAGAGGAGACTGGAACCATATGAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	122964	CTTAATAAATCAATTAAGCAACCAGAAGAGGAGACTGGAACCATATGAAA	123013

CT027775.5	1301	GGTTAAGCACCAAGGTTCTGGCACCACTAAATGAACTCTAGTGGGTCTCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123014	GGTTAAGCACCAAGGTTCTGGCACCACTAAATGAACTCTAGTGGGTCTCT	123063

CT027775.5	1351	GAATCACTGAGGACTACGCCGAGACCGCTCTGGGATGCTATATGGTGAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123064	GAATCACTGAGGACTACGCCGAGACCGCTCTGGGATGCTATATGGTGAAC	123113

CT027775.5	1401	AAAGTGAGTGGAACAGCACACATTATGAGCTTCATTTAGAGCACAGAAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123114	AAAGTGAGTGGAACAGCACACATTATGAGCTTCATTTAGAGCACAGAAAA	123163

CT027775.5	1451	CAGGAAGGAAAGCACAACTGAAAATACCCATAAGTGCACCATCATTGCAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123164	CAGGAAGGAAAGCACAACTGAAAATACCCATAAGTGCACCATCATTGCAA	123213

CT027775.5	1501	GAGTCAGCTAATACTTAGCATGGGGTAAAGCTGTATGGTTTGATTTCTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123214	GAGTCAGCTAATACTTAGCATGGGGTAAAGCTGTATGGTTTGATTTCTTA	123263

CT027775.5	1551	GAAAAAGACTTTTTAATGAATATGACACACATTGAGAGATTTAAAGATCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123264	GAAAAAGACTTTTTAATGAATATGACACACATTGAGAGATTTAAAGATCA	123313

CT027775.5	1601	CTGGGCCAATGATTTCGGGAAATAATTCTTGATGATTTTAAATGTTCTGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123314	CTGGGCCAATGATTTCGGGAAATAATTCTTGATGATTTTAAATGTTCTGT	123363

CT027775.5	1651	AAGCTCTAGTTTAAAAAATGCCATTCAAAGTTTGGCCAGAGTAAATGTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123364	AAGCTCTAGTTTAAAAAATGCCATTCAAAGTTTGGCCAGAGTAAATGTTA	123413

CT027775.5	1701	AAACAAATGAACCATTTCCTCAACATGTTTACAGATTTTTATACTCAGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123414	AAACAAATGAACCATTTCCTCAACATGTTTACAGATTTTTATACTCAGTG	123463

CT027775.5	1751	GGGTTCCAAAGCTCTACATGCACCAACATTTATAAATATCAAATATTACC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123464	GGGTTCCAAAGCTCTACATGCACCAACATTTATAAATATCAAATATTACC	123513

CT027775.5	1801	AAAGTATAGCTGGCTTTAATATTTATACAAAGAAAAGGAATGATGCTAAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123514	AAAGTATAGCTGGCTTTAATATTTATACAAAGAAAAGGAATGATGCTAAC	123563

CT027775.5	1851	TGGAACAAGAAGTCTCTCAGCAAGAAACAATTGGAATAAATCAAGCCGCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123564	TGGAACAAGAAGTCTCTCAGCAAGAAACAATTGGAATAAATCAAGCCGCA	123613

CT027775.5	1901	AGTGTGAATAAAACATCTGTTGGTAAATGTGTTCAAAAATGTGTCAAATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123614	AGTGTGAATAAAACATCTGTTGGTAAATGTGTTCAAAAATGTGTCAAATT	123663

CT027775.5	1951	GGCCCCAAATGTATTTAGATTCTAAAGCCACGATAAAATCGCATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX119920.7	123664	GGCCCCAAATGTATTTAGATTCTAAAGCCACGATAAAATCGCATGAATTC	123713

Overview

Query
CT027775.5 - 7656 bps
Hit
BX119920.7 - 123713 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198620001200011217141237131
297.33347571817255-110286103601
398.86408873077394-110289103761
498.86408873077394110289103761
5100367373077379-111470115421
6100367373087380111470115421
7100367573087382-122885229591
8100367573077381122885229591
998.61437273027373126935270061
10100376873247391-126939270061
1196.59408873077394-128705287921
1292.63379571817275128705287991
1396.59408873077394128705287921
1497.26357371817253-128718287901
1594.74509571817275-180964810581
1697.06336871867253180982810491
17100377673087383-180986810611
18100377673087383180986810611
19100316473087371-11060171060801
2010031647308737111060171060801
2198.5545695317538511140661141341
Short-link