<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX927065.8	2000	GAATTCCCAAGGACAACGCTGTTTTAACTTTCTGCTTCGCCTGGCTTTTT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1	GAATTCCCAAGGACAACGCTGTTTTAACTTTCTGCTTCGCCTGGCTTTTT	50

C  BX927065.8	1950	TTATGGTTTTGAATTGAAATGTGAATTTCTGACATGATTTTACACTGCTC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	51	TTATGGTTTTGAATTGAAATGTGAATTTCTGACATGATTTTACACTGCTC	100

C  BX927065.8	1900	CGAACTGTCTGCGCTTGAAGATTTTCAAAAAACGACGTGATGGGTTTTAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	101	CGAACTGTCTGCGCTTGAAGATTTTCAAAAAACGACGTGATGGGTTTTAA	150

C  BX927065.8	1850	TTGGTTAGGTATTGGATCTGGTGAATTAAGGGATAGGAGTAGTTTTCAAT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	151	TTGGTTAGGTATTGGATCTGGTGAATTAAGGGATAGGAGTAGTTTTCAAT	200

C  BX927065.8	1800	TTATTGTTGCATTAGTATTCTGTGGCTATACACTGACTCGGATCAATGCA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	201	TTATTGTTGCATTAGTATTCTGTGGCTATACACTGACTCGGATCAATGCA	250

C  BX927065.8	1750	GAAAATGAGCTGCATCCTTTTGTTTTAGTGTTCAGATCTTATTTATTTTT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	251	GAAAATGAGCTGCATCCTTTTGTTTTAGTGTTCAGATCTTATTTATTTTT	300

C  BX927065.8	1700	ATCCAGTCTGGTTAAACGCGATCGCAGGTTCGCAACAACATTAATGTATA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	301	ATCCAGTCTGGTTAAACGCGATCGCAGGTTCGCAACAACATTAATGTATA	350

C  BX927065.8	1650	GTCATGTCTGTTTCAGCCTTTGCATGATGATTTAGATGCTATTGGAGATT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	351	GTCATGTCTGTTTCAGCCTTTGCATGATGATTTAGATGCTATTGGAGATT	400

C  BX927065.8	1600	CATTTTTGAGTGATGTTTTTGTTTTACTCAAATGTAAGTTTAAACATTTC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	401	CATTTTTGAGTGATGTTTTTGTTTTACTCAAATGTAAGTTTAAACATTTC	450

C  BX927065.8	1550	ATAAATATTGCTATAATGCTATAAAAACTGGATAAAATGGCCTTGTTTTG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	451	ATAAATATTGCTATAATGCTATAAAAACTGGATAAAATGGCCTTGTTTTG	500

C  BX927065.8	1500	TTGTGACCCTCATAAGAGGCTATGCTTAGTCTTCTTTTCTTTTGTGAAGA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	501	TTGTGACCCTCATAAGAGGCTATGCTTAGTCTTCTTTTCTTTTGTGAAGA	550

C  BX927065.8	1450	TACCACGTTGTCTTATTTTTACGATTGACAAAAACAGTGATAATAAAGAA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	551	TACCACGTTGTCTTATTTTTACGATTGACAAAAACAGTGATAATAAAGAA	600

C  BX927065.8	1400	CTGAAGACTAAGTGTACATGTGTGTTTTGAATTGAGCAGAAGCGCACAGT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	601	CTGAAGACTAAGTGTACATGTGTGTTTTGAATTGAGCAGAAGCGCACAGT	650

C  BX927065.8	1350	TTGCACAGTCGAGTTGAGATCGATTGTTCATGACCCTGTGTTTGATTGTA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	651	TTGCACAGTCGAGTTGAGATCGATTGTTCATGACCCTGTGTTTGATTGTA	700

C  BX927065.8	1300	CATGGCATCAATTTATATGAAACGGTTCAGATTTATCCCTTTGTGTCCAA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	701	CATGGCATCAATTTATATGAAACGGTTCAGATTTATCCCTTTGTGTCCAA	750

C  BX927065.8	1250	TCATTGCCGATGGGCTTACTTTTCAAGAACGATTGATGGAAACAAATGCT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	751	TCATTGCCGATGGGCTTACTTTTCAAGAACGATTGATGGAAACAAATGCT	800

C  BX927065.8	1200	TATAATGTTCAAGGTAATGTTGAAAGAGCTACTAGATGCCGTACTGTACT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	801	TATAATGTTCAAGGTAATGTTGAAAGAGCTACTAGATGCCGTACTGTACT	850

C  BX927065.8	1150	CTCGATAGCTATATTTCTCCTGTTTTAACTTATGTTTATAGACATAATGG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	851	CTCGATAGCTATATTTCTCCTGTTTTAACTTATGTTTATAGACATAATGG	900

C  BX927065.8	1100	AGGCAGAACTGCATGAACAACTAGAAATAAAATCAAGAATGATTGATGGA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	901	AGGCAGAACTGCATGAACAACTAGAAATAAAATCAAGAATGATTGATGGA	950

C  BX927065.8	1050	AGCAAATGTTTATAGTGTTCAAAGGTTAAAGAGGTAGGAGCTACTACTGT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	951	AGCAAATGTTTATAGTGTTCAAAGGTTAAAGAGGTAGGAGCTACTACTGT	1000

C  BX927065.8	1000	ATATGCTGTACTGTATTCTTGATAGCTATGCTTCTCCTGTTTTAACTGAG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1001	ATATGCTGTACTGTATTCTTGATAGCTATGCTTCTCCTGTTTTAACTGAG	1050

C  BX927065.8	950	TTTATTTATATACAGTACATATTGGAGATAGGACTACATGAACAATCTGA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1051	TTTATTTATATACAGTACATATTGGAGATAGGACTACATGAACAATCTGA	1100

C  BX927065.8	900	AAAAATCTATTTTTATACTGACTTGATGACCCTTTTGACTGAAAATTAGT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1101	AAAAATCTATTTTTATACTGACTTGATGACCCTTTTGACTGAAAATTAGT	1150

C  BX927065.8	850	TTGTTTGAACATTGGCAGATTGCATGACATACTGAACATTATGTGTTATG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1151	TTGTTTGAACATTGGCAGATTGCATGACATACTGAACATTATGTGTTATG	1200

C  BX927065.8	800	CAAAATAGAAAGAAATAATTCTTATTTATGTTACATTCTCACATAATTAG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1201	CAAAATAGAAAGAAATAATTCTTATTTATGTTACATTCTCACATAATTAG	1250

C  BX927065.8	750	ATCTACATAGTCAATGGTTTCAAGTGTATTTTATAATTAAACCATCATAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1251	ATCTACATAGTCAATGGTTTCAAGTGTATTTTATAATTAAACCATCATAA	1300

C  BX927065.8	700	CAATGTAATCTTCATGACCTCTCCTGTCAAAATGGTAAATTGCAGGCTTT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1301	CAATGTAATCTTCATGACCTCTCCTGTCAAAATGGTAAATTGCAGGCTTT	1350

C  BX927065.8	650	GCTCAATCATGACTGTGATCAGATATAATTTTTTTTGTTGTGTGGTTATT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1351	GCTCAATCATGACTGTGATCAGATATAATTTTTTTTGTTGTGTGGTTATT	1400

C  BX927065.8	600	TGTTTATTGATAAAAAAACATGCAGCACATATTTATGAGTTTTCGTTATC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1401	TGTTTATTGATAAAAAAACATGCAGCACATATTTATGAGTTTTCGTTATC	1450

C  BX927065.8	550	TGCATATCCCCACAAATGAAATGTCTTATTGTAGGCAAAGAACGAAAAAG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1451	TGCATATCCCCACAAATGAAATGTCTTATTGTAGGCAAAGAACGAAAAAG	1500

C  BX927065.8	500	ATCTTGAATACTTGTTCAGTCTCTTTTAAATTCCTGTACTTGTAAGCACA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1501	ATCTTGAATACTTGTTCAGTCTCTTTTAAATTCCTGTACTTGTAAGCACA	1550

C  BX927065.8	450	ATCAATAAGGCTTTCTTAATGTTTCTGAATTCTATATTGAGCTCCTTTAC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1551	ATCAATAAGGCTTTCTTAATGTTTCTGAATTCTATATTGAGCTCCTTTAC	1600

C  BX927065.8	400	GCACCTACTCTAAAGGAGCTTTCCATTTTACTCTAAATATAAGTTCACGT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1601	GCACCTACTCTAAAGGAGCTTTCCATTTTACTCTAAATATAAGTTCACGT	1650

C  BX927065.8	350	CCTATTTGTACCCTATTTGTAAAACCACAACACAAAGCAGAAAAAAGAGA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1651	CCTATTTGTACCCTATTTGTAAAACCACAACACAAAGCAGAAAAAAGAGA	1700

C  BX927065.8	300	AAGAGACATTGTAGCAGATTATGGTTTATTATTAAACAGACTGTCTTTGT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1701	AAGAGACATTGTAGCAGATTATGGTTTATTATTAAACAGACTGTCTTTGT	1750

C  BX927065.8	250	AGAACATAAAATGATGGATGAAACAGCAGCCAAGTAGACAGAGAGTGGAT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1751	AGAACATAAAATGATGGATGAAACAGCAGCCAAGTAGACAGAGAGTGGAT	1800

C  BX927065.8	200	CATTTTCTAAATTGGAATGGGCACATGAAACGATGAGCCGTTCCTCCAGT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1801	CATTTTCTAAATTGGAATGGGCACATGAAACGATGAGCCGTTCCTCCAGT	1850

C  BX927065.8	150	AGAGTTCATTATATATGTAATGTTTTTTAAACATTTGATTCAGTGAGGGA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1851	AGAGTTCATTATATATGTAATGTTTTTTAAACATTTGATTCAGTGAGGGA	1900

C  BX927065.8	100	TTCTCTTTTGTTAAAATCTGGAAAATTCCCACAAAATCTGTTGCTTTATC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1901	TTCTCTTTTGTTAAAATCTGGAAAATTCCCACAAAATCTGTTGCTTTATC	1950

C  BX927065.8	50	GGCTTTAATGTAAACAATTTGTAGGTCAGACCTTGTTGTTTTATAGACTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX088690.9	1951	GGCTTTAATGTAAACAATTTGTAGGTCAGACCTTGTTGTTTTATAGACTC	2000

Overview

Query
BX927065.8 - 58110 bps
Hit
BX088690.9 - 218713 bps
Total alignments
26
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001912200012000-1120001
285.02922022891629117-1589761031
379.51401195704057158-113448135691
483.65461002323323332113466135691
588.95521813660336783-122910230901
690.56601803660336782122947231261
789.44481803660336782-123001231801
894.63531484736947516-123033231811
994.53451454736947513123036231811
1092.5447672514825214152912529781
1198.963643822514825529166981673631
1279.781233552323323587188887892371
1381.111293421810318444188900892431
141004082473934747411248711249521
1510040824739347474-11248711249521
1690.72162239291642940211385721388081
1792.5447672514825214-11476711477371
1887.174478251419815022-11663351671371
1910048914741847508-11706711707611
201004490473924748111706721707611
2193.2747104138241392711706751707781
2297.74087367003678611706781707641
2395.712553021506515366-11707151710171
2498.382633071388114187-11714701717771
2510042794743147509-11869281870061
2681.296617497539926-12039222040921
Short-link