<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

BX119319.7	1	ACATATGGCACCAATTTATCTAATGTATGGTTAAATTATGCTTAGTCCAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165184	ACATATGGCACCAATTTATCTAATGTATGGTTAAATTATGCTTAGTCCAA	165233

BX119319.7	51	GAAGAATCTGTGTAAAATGTTACCATTATTGCCACATAATGAGTATGTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165234	GAAGAATCTGTGTAAAATGTTACCATTATTGCCACATAATGAGTATGTGT	165283

BX119319.7	101	ATATGTTGCCACTGAAAATGAAAAAGCGGAAATGATTATGACACCATGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165284	ATATGTTGCCACTGAAAATGAAAAAGCGGAAATGATTATGACACCATGGT	165333

BX119319.7	151	ACCGTTTGTATGACACCCACCACAAATAGCATCACAGATTTAGCTTGCAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165334	ACCGTTTGTATGACACCCACCACAAATAGCATCACAGATTTAGCTTGCAC	165383

BX119319.7	201	TGTATCACAATGAGTGATCTATGATACTTTAGTACAAAAGAACCTGAAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165384	TGTATCACAATGAGTGATCTATGATACTTTAGTACAAAAGAACCTGAAGG	165433

BX119319.7	251	ATTTTCAGGACGTTTATTTTCTTTAGAGTTTAAAAAAATGTGTTGACTCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165434	ATTTTCAGGACGTTTATTTTCTTTAGAGTTTAAAAAAATGTGTTGACTCA	165483

BX119319.7	301	TTATCTTGTTTGCTAGCTTCTAGTAATTTCATGGGGCCTTTGTTGTTGTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165484	TTATCTTGTTTGCTAGCTTCTAGTAATTTCATGGGGCCTTTGTTGTTGTT	165533

BX119319.7	351	GTCGTGGATGCGTCTTTACCATTGTCATCATTGCTAAAGCTCAATGCCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165534	GTCGTGGATGCGTCTTTACCATTGTCATCATTGCTAAAGCTCAATGCCAC	165583

BX119319.7	401	AGCCAAGATTATGCCAAGAAGCACTGCAGCTGCAACTGCTGCTATAACCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165584	AGCCAAGATTATGCCAAGAAGCACTGCAGCTGCAACTGCTGCTATAACCA	165633

BX119319.7	451	CTTTATACTTGATATTTTCCCAGCGCTTCTTCTGTTTCACCTTTGTGGCG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165634	CTTTATACTTGATATTTTCCCAGCGCTTCTTCTGTTTCACCTTTGTGGCG	165683

BX119319.7	501	GTCTTTGAGAATGCTTTGCCCTGAAAAGTAATAACAAAACAAAGTTGTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165684	GTCTTTGAGAATGCTTTGCCCTGAAAAGTAATAACAAAACAAAGTTGTTT	165733

BX119319.7	551	TTTTTTATTTTACATTTTATATTTAACAAGATAAAACTGTCCCCAACATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165734	TTTTTTATTTTACATTTTATATTTAACAAGATAAAACTGTCCCCAACATT	165783

BX119319.7	601	TTTTTTTAAATAAACAAATCACCATTGAGTCTTCTCATCAAGCAAATAAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165784	TTTTTTTAAATAAACAAATCACCATTGAGTCTTCTCATCAAGCAAATAAG	165833

BX119319.7	651	AGAAAAGCCATGCGAGGCTTTGAAATGGACTTGATACTCATTTTGTTTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165834	AGAAAAGCCATGCGAGGCTTTGAAATGGACTTGATACTCATTTTGTTTTC	165883

BX119319.7	701	CTAAATGTGATTATAGTCTTTGTTTGGAGTAGTCATTGACACCAACCACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165884	CTAAATGTGATTATAGTCTTTGTTTGGAGTAGTCATTGACACCAACCACA	165933

BX119319.7	751	CAGTGGGAATCATAAATCAAACTGTGCTCATATATTTGGCCAAAGGAGAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165934	CAGTGGGAATCATAAATCAAACTGTGCTCATATATTTGGCCAAAGGAGAG	165983

BX119319.7	801	CTGGTTGTGACTTGGCCTGGCTTCTCCTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	165984	CTGGTTGTGACTTGGCCTGGCTTCTCCTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	166033

BX119319.7	851	TGCTATTGTCATTTTTATCTTTGGCTTTCTCATTCATTAAACGCAAGAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166034	TGCTATTGTCATTTTTATCTTTGGCTTTCTCATTCATTAAACGCAAGAAT	166083

BX119319.7	901	ACAAGACAAATAGTATTTACTATTATTACTTATTTAACTGCACTGACACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166084	ACAAGACAAATAGTATTTACTATTATTACTTATTTAACTGCACTGACACT	166133

BX119319.7	951	GTTGGCTAATTCAATTCGGTTCAAGTTTATTTGTTCAGTGTTTTCCCAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166134	GTTGGCTAATTCAATTCGGTTCAAGTTTATTTGTTCAGTGTTTTCCCAAT	166183

BX119319.7	1001	AATTACTGTCCAAAATTAGAATCAAAACAAGAAAAAAAAAAAACCTTAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166184	AATTACTGTCCAAAATTAGAATCAAAACAAGAAAAAAAAAAAACCTTAAG	166233

BX119319.7	1051	GTTGGACAGAACAGATAGTTAACCTGGAGTTATACAATTTTGTTGTCATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166234	GTTGGACAGAACAGATAGTTAACCTGGAGTTATACAATTTTGTTGTCATT	166283

BX119319.7	1101	GAGTCCTTGGAACACGGAATGTTTATAAGAAAATGCCTGAGGCACAAAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166284	GAGTCCTTGGAACACGGAATGTTTATAAGAAAATGCCTGAGGCACAAAGA	166333

BX119319.7	1151	GAGCAACAAGTGTGTTTCCTGCAGGATATGAGCAACATTTTAAATTTAGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166334	GAGCAACAAGTGTGTTTCCTGCAGGATATGAGCAACATTTTAAATTTAGT	166383

BX119319.7	1201	TGGATTATGATACTAAGATTCCTTACTTGACAGATCGTGTTTAGTTGCTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166384	TGGATTATGATACTAAGATTCCTTACTTGACAGATCGTGTTTAGTTGCTA	166433

BX119319.7	1251	GGTTTGGTTCTGATGTTATTGCTTTGTTATTTTAAAAGCTGCTGTCTTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166434	GGTTTGGTTCTGATGTTATTGCTTTGTTATTTTAAAAGCTGCTGTCTTGT	166483

BX119319.7	1301	ACACCAAACAAACAGACCAAGATCACAAAAAATGAGTCCCTGTCCACTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166484	ACACCAAACAAACAGACCAAGATCACAAAAAATGAGTCCCTGTCCACTTT	166533

BX119319.7	1351	CAAACAAAATCTGGTGCAGAGTGACAGAAGACTACAATGTAGTCCAAAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166534	CAAACAAAATCTGGTGCAGAGTGACAGAAGACTACAATGTAGTCCAAAAA	166583

BX119319.7	1401	TAAAAAATGAATAAATAAATTATATACAGTATATATCATATCATTTGGGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166584	TAAAAAATGAATAAATAAATTATATACAGTATATATCATATCATTTGGGA	166633

BX119319.7	1451	AATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
BX072549.4	166634	AATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT-TTTTTTTTTT	166682

BX119319.7	1501	TTTTTTTTTTTTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGATTTATTTCAGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166683	TTTTTTTTTTTTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGATTTATTTCAGC	166732

BX119319.7	1551	TAGAATAAAAGCAGTTTCTAATTTTTTAAATACCATTTAAGGGACAAAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166733	TAGAATAAAAGCAGTTTCTAATTTTTTAAATACCATTTAAGGGACAAAAT	166782

BX119319.7	1601	TGTTAGCCCATTTAAGCTTAATTTGTTTTCGATAGCTTACAGAACAAATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166783	TGTTAGCCCATTTAAGCTTAATTTGTTTTCGATAGCTTACAGAACAAATT	166832

BX119319.7	1651	ATCATTAAGCAATAACTTGCCTGATTACCCTAACCTGCTTAGTTAACCTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166833	ATCATTAAGCAATAACTTGCCTGATTACCCTAACCTGCTTAGTTAACCTA	166882

BX119319.7	1701	ATTAACCTAGGGAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166883	ATTAACCTAGGGAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTC	166932

BX119319.7	1751	TTGAAAAATATCTGGTAAAATATTATTTACTGTCATCATGACAAAGATAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166933	TTGAAAAATATCTGGTAAAATATTATTTACTGTCATCATGACAAAGATAA	166982

BX119319.7	1801	AATAAATCAGTTATTTTTCACTTATCTGTTTATGTTTAGAAATGTATTGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	166983	AATAAATCAGTTATTTTTCACTTATCTGTTTATGTTTAGAAATGTATTGA	167032

BX119319.7	1851	AAAGATCTTCTCTTCATAGAACAGAAATTGGGGAAAACAATAAAAAGGGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	167033	AAAGATCTTCTCTTCATAGAACAGAAATTGGGGAAAACAATAAAAAGGGC	167082

BX119319.7	1901	TAATAATTCTGAGGAGCTAATTTCAACATATACATACATATATATATATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	167083	TAATAATTCTGAGGAGCTAATTTCAACATATACATACATATATATATATA	167132

BX119319.7	1951	TATATATATATATATATATATATATATAGTAGATGATCAGGTTAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX072549.4	167133	TATATATATATATATATATATATATATAGTAGATGATCAGGTTAGAATTC	167182

Compact alignment

skip 1450 bps 100% identity alignment

BX119319.7	1451	AATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
BX072549.4	166634	AATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT-TTTTTTTTTT	166682

skip 500 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX119319.7 - 184366 bps
Hit
BX072549.4 - 167182 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9188220001200011651841671821
284.241422927990380194-1764979401
393.82913677982880194-149237496071
491.282213156101661330-149238495581
580.7127347132679133025-149238495791
692.532333156101661330-170017703371
795.012633177987780193-170017703371
882.27160378176694177071186681870581
990.542173156101561329-192768930841
1092.082563417985280192-192768931081
1188.74186291799018019111217191220111
1283.21125264180111827411273571276181
1384.81174359798358019311279071282551
1488.67119201611336133311280561282581
1581.6418055212463312518411308631314231
1685.96114234164472164705-11354781357121
1782.3115337317669617706811448081451971
1892.431431854679846982-11471981473821
1980.49182527680946862011616151621521
2084.45147305176767177071-11616161619301
Short-link