<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX296554.9	124704	GAATTCCCTCCCACTCCCACCCTATTCATTCCTGCATAGAGATCATGAGT	124753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1	GAATTCCCTCCCACTCCCACCCTATTCATTCCTGCATAGAGATCATGAGT	50

BX296554.9	124754	CTTATGTTTGCCGGACACCAAATGCTAACGTGATGCAGCCACATGTGCCG	124803
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	51	CTTATGTTTGCCGGACACCAAATGCTAACGTGATGCAGCCACATGTGCCG	100

BX296554.9	124804	AATAAATGTCCACACAGTAACTCCTGCTTACAGTGCGAAGTGATTATGAA	124853
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	101	AATAAATGTCCACACAGTAACTCCTGCTTACAGTGCGAAGTGATTATGAA	150

BX296554.9	124854	TTACAAACCGCTTACTGAGATTACAAGGACAGTGTCAGCCATTTGTGACG	124903
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	151	TTACAAACCGCTTACTGAGATTACAAGGACAGTGTCAGCCATTTGTGACG	200

BX296554.9	124904	GTAAAGTGATCTTGTTGGCAGAAGAGAAAGACGATGTAGAATAATCAGCT	124953
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	201	GTAAAGTGATCTTGTTGGCAGAAGAGAAAGACGATGTAGAATAATCAGCT	250

BX296554.9	124954	CCAGTATGCTGGCACCCTCAGCTCTGTGTTATTCTAGATGCCCTCAGAGT	125003
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	251	CCAGTATGCTGGCACCCTCAGCTCTGTGTTATTCTAGATGCCCTCAGAGT	300

BX296554.9	125004	CCTGATGCCTGACAGACAAGAGGAAATGGAGGAATGAGACGGACCTTATG	125053
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	301	CCTGATGCCTGACAGACAAGAGGAAATGGAGGAATGAGACGGACCTTATG	350

BX296554.9	125054	GAAGCAGCAGAAACTCAGCAGAAAACAATGCAGAATCGCCATCACTAATC	125103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	351	GAAGCAGCAGAAACTCAGCAGAAAACAATGCAGAATCGCCATCACTAATC	400

BX296554.9	125104	AGTGTTAAAGGAATAGTCCCCCTCAAAAATGAAAACATACTCACGTGGCT	125153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	401	AGTGTTAAAGGAATAGTCCCCCTCAAAAATGAAAACATACTCACGTGGCT	450

BX296554.9	125154	CTCAAGTGGCTCTAAACATTTATGGGTTTCTTTAATCTGTTGAACCTAAA	125203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	451	CTCAAGTGGCTCTAAACATTTATGGGTTTCTTTAATCTGTTGAACCTAAA	500

BX296554.9	125204	ATAAGATATTTTGAAGAAAGCTAAAAACTTGTAACTGTTAACTTTTTTAG	125253
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	501	ATAAGATATTTTGAAGAAAGCTAAAAACTTGTAACTGTTAACTTTTTTAG	550

BX296554.9	125254	TAGGAAAAAAACAAATAGTAGGGAAGCCAATGGTTTCCAGCATTTTTAAA	125303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	551	TAGGAAAAAAACAAATAGTAGGGAAGCCAATGGTTTCCAGCATTTTTAAA	600

BX296554.9	125304	AATATCTTCTTTCGTGAACAACAGAATAAATAAATGAAATAAATAAAAGG	125353
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	601	AATATCTTCTTTCGTGAACAACAGAATAAATAAATGAAATAAATAAAAGG	650

BX296554.9	125354	TGAGTGAATAATTCTTCGGTGAACTATCCCGTTAAGTCAATGTGAATCCT	125403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	651	TGAGTGAATAATTCTTCGGTGAACTATCCCGTTAAGTCAATGTGAATCCT	700

BX296554.9	125404	ATTCACAATCTGTTTTACTTCAGAACTGGGATGTATGTGCACTTTTACAT	125453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	701	ATTCACAATCTGTTTTACTTCAGAACTGGGATGTATGTGCACTTTTACAT	750

BX296554.9	125454	TATTATTTTTTAGAACTGTTCTATTATGCCGTTCCGCTGCTGGAATCAGC	125503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	751	TATTATTTTTTAGAACTGTTCTATTATGCCGTTCCGCTGCTGGAATCAGC	800

BX296554.9	125504	TTCCAGAAATGATCAGATGTGCTCCAAAATTAAGCACAATCAAATCAAGA	125553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	801	TTCCAGAAATGATCAGATGTGCTCCAAAATTAAGCACAATCAAATCAAGA	850

BX296554.9	125554	ATTAAAACACATCTGTTTAGCCGTGACTTTACTGGATAAGCCTTGTGCTA	125603
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	851	ATTAAAACACATCTGTTTAGCCGTGACTTTACTGGATAAGCCTTGTGCTA	900

BX296554.9	125604	CAGTACGTCCCACTGATCTCACTGTATGCGTTTTCTTTCTTTTTAATTTT	125653
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	901	CAGTACGTCCCACTGATCTCACTGTATGCGTTTTCTTTCTTTTTAATTTT	950

BX296554.9	125654	TTTACACCTGTTTTAACACATTTTAATCTGTTTTTATTGTTTTTAAATTG	125703
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	951	TTTACACCTGTTTTAACACATTTTAATCTGTTTTTATTGTTTTTAAATTG	1000

BX296554.9	125704	CTTTTATTTTCTTATACTTGTCTCTTTTATTTCTGTTTATGTAAAGCACT	125753
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1001	CTTTTATTTTCTTATACTTGTCTCTTTTATTTCTGTTTATGTAAAGCACT	1050

BX296554.9	125754	TTGAATTACCATTGTATGTAAAATGTGCTATATAAATAAACTTCCTCTGC	125803
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1051	TTGAATTACCATTGTATGTAAAATGTGCTATATAAATAAACTTCCTCTGC	1100

BX296554.9	125804	CTTGCAAATTATCATTATTGGTTGGTCAAAGCTTAAAGTGTTACTTGGGA	125853
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1101	CTTGCAAATTATCATTATTGGTTGGTCAAAGCTTAAAGTGTTACTTGGGA	1150

BX296554.9	125854	TCATGTTGATCAGTGATACTATGCTTCCAACGCCAAATAGGATTTTCTTT	125903
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1151	TCATGTTGATCAGTGATACTATGCTTCCAACGCCAAATAGGATTTTCTTT	1200

BX296554.9	125904	GCAAAATCCATGTCAGGCCTAAGTTCAGTAAACATACTCCAAACCTCTTC	125953
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1201	GCAAAATCCATGTCAGGCCTAAGTTCAGTAAACATACTCCAAACCTCTTC	1250

BX296554.9	125954	AGTTTAAGGATCCACATACAACACATGAGAATTTCATAAACAGAACAGAG	126003
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1251	AGTTTAAGGATCCACATACAACACATGAGAATTTCATAAACAGAACAGAG	1300

BX296554.9	126004	CGCACAAATTCTGAACCACTCACGCTCATTTGTCCCCATTGTTCAAAAAC	126053
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1301	CGCACAAATTCTGAACCACTCACGCTCATTTGTCCCCATTGTTCAAAAAC	1350

BX296554.9	126054	ACAAACGTGTTTACATGTGTAAATGTTTTAATTACATAACATCAGTCCTT	126103
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1351	ACAAACGTGTTTACATGTGTAAATGTTTTAATTACATAACATCAGTCCTT	1400

BX296554.9	126104	TAACAATAGCTTTTTATTGACATTTAGAAAAAAAGGCAAGTTTGGAAACC	126153
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1401	TAACAATAGCTTTTTATTGACATTTAGAAAAAAAGGCAAGTTTGGAAACC	1450

BX296554.9	126154	AGGATTATAAACTAGAAATTGTCTATTGGTTACTAAGTATCTATCTGTTA	126203
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1451	AGGATTATAAACTAGAAATTGTCTATTGGTTACTAAGTATCTATCTGTTA	1500

BX296554.9	126204	CATTCTTAAGCCTGGTTTATACTTCTGCGTCAAGTGACCGGCGTAACCCA	126253
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1501	CATTCTTAAGCCTGGTTTATACTTCTGCGTCAAGTGACCGGCGTAACCCA	1550

BX296554.9	126254	AGGCTCATGCAACGCGCGTAGCTGTGCATTTATACTTCTGCGCACTGTCT	126303
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1551	AGGCTCATGCAACGCGCGTAGCTGTGCATTTATACTTCTGCGCACTGTCT	1600

BX296554.9	126304	CTTTTGGTCTGCATTAACACTTCTGAAACACTAGTTGGCAGTGAGGTGTT	126353
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1601	CTTTTGGTCTGCATTAACACTTCTGAAACACTAGTTGGCAGTGAGGTGTT	1650

BX296554.9	126354	AATGTTCCTCTGTGTCGAGTTTCTTCGCTGCTGTTTTGCTTTTCCTGAAC	126403
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1651	AATGTTCCTCTGTGTCGAGTTTCTTCGCTGCTGTTTTGCTTTTCCTGAAC	1700

BX296554.9	126404	AATTCCGGGATGTACAAGTGGCTCAAACTCGCTCATTTTGAGGCAGGAAC	126453
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1701	AATTCCGGGATGTACAAGTGGCTCAAACTCGCTCATTTTGAGGCAGGAAC	1750

BX296554.9	126454	CGGCGGACGTGAAACAACTTTAACTATGAGGTAAACACAAAACAAAACCT	126503
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1751	CGGCGGACGTGAAACAACTTTAACTATGAGGTAAACACAAAACAAAACCT	1800

BX296554.9	126504	TCCATCCGGAGCTCCTTTACGGGACTCCACACTAGTAAACAATCACTCCA	126553
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1801	TCCATCCGGAGCTCCTTTACGGGACTCCACACTAGTAAACAATCACTCCA	1850

BX296554.9	126554	TCTCGCACCATTCACATGGCTCTCGGTCCTGCCCACTCGTCAGCGCTACC	126603
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1851	TCTCGCACCATTCACATGGCTCTCGGTCCTGCCCACTCGTCAGCGCTACC	1900

BX296554.9	126604	AAGCTGACCAATCACAGAACTTGCTCTACGCGTCGTTGCGCAGTGTAGTT	126653
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1901	AAGCTGACCAATCACAGAACTTGCTCTACGCGTCGTTGCGCAGTGTAGTT	1950

BX296554.9	126654	ACATTTTTTGAGAGGTGCACGTCAGCGACGGCGAAGGGCTATGTGTCAGC	126703
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005478.7	1951	ACATTTTTTGAGAGGTGCACGTCAGCGACGGCGAAGGGCTATGTGTCAGC	2000

Overview

Query
BX296554.9 - 126703 bps
Hit
BX005478.7 - 152152 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196320001247041267031120001
289.62242363246528271691772821
385.9715728770643709291913794211
487.19851738792088092128424285871
590.860874851048596144731448171
683.281463165364453959169817701271
778.31993444849548838169820701511
889.78861313635436484170012701481
986.01751436306963211177014771561
1093.46831089068490791-177015771211
1192.5410313426962829-177023771561
1294.741101337278772919-177024771561
1393.160892739427482-177963780491
1492.811261677275072916194084942501
1583.64791651425714421-194086942501
1690.998011127152825-11093061094161
1778.85820926252833-11274811276971
1885.94681288113581262-11276951278221
1989.476195462724636611276951277891
2084.43581224847848599-11276971278181
2188.5207334762807661311310391313771
2289.9318131495119824-11376551379521
23100611193384333961-11501381502561
Short-link