<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL844514.12	228327	AAGCTTTTGAAGAAGTAATAGTTTGGTAATGATGTTTTTCAAAGGATTTT	228278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	92967	AAGCTTTTGAAGAAGTAATAGTTTGGTAATGATGTTTTTCAAAGGATTTT	93016

C  AL844514.12	228277	AGGGTTTTAATGTCAAAAGTAAGTGTTTTTGTGCTGCACTGTTTGAAACA	228228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93017	AGGGTTTTAATGTCAAAAGTAAGTGTTTTTGTGCTGCACTGTTTGAAACA	93066

C  AL844514.12	228227	AATTCGGCTTACTGGAGTCCAGTTGGTTTGTGAGCTGTTTGAAGACTGAA	228178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93067	AATTCGGCTTACTGGAGTCCAGTTGGTTTGTGAGCTGTTTGAAGACTGAA	93116

C  AL844514.12	228177	ATGCCGTTCATTTCTCAATGACTTCCATGTTCTTAATTAATCTGCAACAC	228128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93117	ATGCCGTTCATTTCTCAATGACTTCCATGTTCTTAATTAATCTGCAACAC	93166

C  AL844514.12	228127	ACTTAAGTTGTGCCTGCACAAAGTCCATTTCCTCTTTCTAGACTAAATCT	228078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93167	ACTTAAGTTGTGCCTGCACAAAGTCCATTTCCTCTTTCTAGACTAAATCT	93216

C  AL844514.12	228077	GCTTATGTCTGTGCCTGTTATTAAAATGTTTACAAATGCAAACAAATTCC	228028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93217	GCTTATGTCTGTGCCTGTTATTAAAATGTTTACAAATGCAAACAAATTCC	93266

C  AL844514.12	228027	TGAGCTCTGATTGTGTTAGGACTGCTTGACAACTGTTTTAAATTTTCCCT	227978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93267	TGAGCTCTGATTGTGTTAGGACTGCTTGACAACTGTTTTAAATTTTCCCT	93316

C  AL844514.12	227977	TAGAAACAAAGGAGACCCTCTTAGCAGAGGATGACTGTGTAATTGGCTCA	227928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93317	TAGAAACAAAGGAGACCCTCTTAGCAGAGGATGACTGTGTAATTGGCTCA	93366

C  AL844514.12	227927	GAGATCTACCTGGATGTCAGTTACCTACACTATTTGTACGATGCTCGAAA	227878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93367	GAGATCTACCTGGATGTCAGTTACCTACACTATTTGTACGATGCTCGAAA	93416

C  AL844514.12	227877	CAGCATTAGTCACTGTATGCGAGCATGCAGTGTGTGGTCTGCCCCTTACA	227828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93417	CAGCATTAGTCACTGTATGCGAGCATGCAGTGTGTGGTCTGCCCCTTACA	93466

C  AL844514.12	227827	ATGGTGAGAACCCTCCTCCAGAGGAATACCAGCGCAGCACATTGGAGGAA	227778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93467	ATGGTGAGAACCCTCCTCCAGAGGAATACCAGCGCAGCACATTGGAGGAA	93516

C  AL844514.12	227777	GCAAATAGAACTAGGTCATCAGTTGCCACCAGGAAAAAAACTAATTCAGT	227728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93517	GCAAATAGAACTAGGTCATCAGTTGCCACCAGGAAAAAAACTAATTCAGT	93566

C  AL844514.12	227727	GCATAACTCTGGTCCACCCCTCAAAGACCTCTCTGCTACTCCTGGATTGC	227678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93567	GCATAACTCTGGTCCACCCCTCAAAGACCTCTCTGCTACTCCTGGATTGC	93616

C  AL844514.12	227677	TGGATCTGGAGTGGGATGATAGTTATGATGCTTGTCCTGCACAAGTGCAT	227628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93617	TGGATCTGGAGTGGGATGATAGTTATGATGCTTGTCCTGCACAAGTGCAT	93666

C  AL844514.12	227627	ACAGAAGAAGATCAGGAGACTCGCCACATCCCGGACGAGCCCCCAGAGCA	227578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93667	ACAGAAGAAGATCAGGAGACTCGCCACATCCCGGACGAGCCCCCAGAGCA	93716

C  AL844514.12	227577	CATTCAAGAACTGAGGAGAACTGCTATTATGTTTGTGAAGGGCTCTTACA	227528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93717	CATTCAAGAACTGAGGAGAACTGCTATTATGTTTGTGAAGGGCTCTTACA	93766

C  AL844514.12	227527	TTGAAGAGTCTGAGTTTCAGAACGATGTTATGGTCTATAACCTTGTAGCT	227478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93767	TTGAAGAGTCTGAGTTTCAGAACGATGTTATGGTCTATAACCTTGTAGCT	93816

C  AL844514.12	227477	CAGAAGGACGCCAATGATTCTGGCAATAATTATCGTGATCCATCCAAACC	227428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93817	CAGAAGGACGCCAATGATTCTGGCAATAATTATCGTGATCCATCCAAACC	93866

C  AL844514.12	227427	TACTGAACCAGAAAAACAGGAGGTCTTAGATGGACGAACAACTGATCAAA	227378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93867	TACTGAACCAGAAAAACAGGAGGTCTTAGATGGACGAACAACTGATCAAA	93916

C  AL844514.12	227377	AGGCTAAAAATTCAGAATCCTCAATAAACAATGGGTTGAACTCCCCAGTT	227328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93917	AGGCTAAAAATTCAGAATCCTCAATAAACAATGGGTTGAACTCCCCAGTT	93966

C  AL844514.12	227327	AATGAAATGGACAGTAAAAAGAGGGGGTTACAATCAGACCACAAGCTACA	227278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	93967	AATGAAATGGACAGTAAAAAGAGGGGGTTACAATCAGACCACAAGCTACA	94016

C  AL844514.12	227277	AGGCCCAGAAGGGGAGGATCTTATGGCCCAGTATGAGGAACTGATTAGAA	227228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94017	AGGCCCAGAAGGGGAGGATCTTATGGCCCAGTATGAGGAACTGATTAGAA	94066

C  AL844514.12	227227	CTCTAGGTGCACAGCCTAATAGTCCAACAAAAGCGGACAGTGAGCTCAAG	227178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94067	CTCTAGGTGCACAGCCTAATAGTCCAACAAAAGCGGACAGTGAGCTCAAG	94116

C  AL844514.12	227177	AGTCGTGTTGACCTCATAGATGACGAGGAGGATGAAATGGACTTTAATTC	227128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94117	AGTCGTGTTGACCTCATAGATGACGAGGAGGATGAAATGGACTTTAATTC	94166

C  AL844514.12	227127	ATTCTCGCCAGAGACACCAGAAGCAGAAAAGTTGCCTTCTCCTTTTGGAA	227078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94167	ATTCTCGCCAGAGACACCAGAAGCAGAAAAGTTGCCTTCTCCTTTTGGAA	94216

C  AL844514.12	227077	CCAAACCTCGCAGTGGGAGCAAGGGTCATGCTGTGCCTTTTACAGGTCAG	227028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94217	CCAAACCTCGCAGTGGGAGCAAGGGTCATGCTGTGCCTTTTACAGGTCAG	94266

C  AL844514.12	227027	AAAACATGTTTTACTTAATCCACAGAATGATTTTACCTTTTTGTTCTTTT	226978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94267	AAAACATGTTTTACTTAATCCACAGAATGATTTTACCTTTTTGTTCTTTT	94316

C  AL844514.12	226977	TCTGTCTGACATTTCTCCAGTGGACCCTTTTCACTATCGATGCACCAATA	226928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94317	TCTGTCTGACATTTCTCCAGTGGACCCTTTTCACTATCGATGCACCAATA	94366

C  AL844514.12	226927	TGGATTTTTTGGCCGATATCAATAACCGATAACACTTAGGATTTGGAGGC	226878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94367	TGGATTTTTTGGCCGATATCAATAACCGATAACACTTAGGATTTGGAGGC	94416

C  AL844514.12	226877	CGATAACCGATATACTATAGCCAGTAAATATAAGTATTTTAAAATGTTAT	226828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94417	CGATAACCGATATACTATAGCCAGTAAATATAAGTATTTTAAAATGTTAT	94466

C  AL844514.12	226827	ATTTTTATACAGTGAACAACTGATTTTATTTTAAAAACTTCATAAAAGTT	226778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94467	ATTTTTATACAGTGAACAACTGATTTTATTTTAAAAACTTCATAAAAGTT	94516

C  AL844514.12	226777	TGAACTGATCTTGTGTTCAGACAGTTCAGAGCCACCGTACAAGTGAAAAA	226728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94517	TGAACTGATCTTGTGTTCAGACAGTTCAGAGCCACCGTACAAGTGAAAAA	94566

C  AL844514.12	226727	CTAAATACACATTGTATGATTTACTTCAGAAAATGCAGCATAAATTCATC	226678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94567	CTAAATACACATTGTATGATTTACTTCAGAAAATGCAGCATAAATTCATC	94616

C  AL844514.12	226677	TTATATGGCATTTTAGATTCTTTTGAACACACAGAGGCTCTGCTTGTAAA	226628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94617	TTATATGGCATTTTAGATTCTTTTGAACACACAGAGGCTCTGCTTGTAAA	94666

C  AL844514.12	226627	TCAGACAATACTTCCAAGTGCGTTATTGCAGTCAATTGCGGGAAAAATTA	226578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94667	TCAGACAATACTTCCAAGTGCGTTATTGCAGTCAATTGCGGGAAAAATTA	94716

C  AL844514.12	226577	TCGATTCAATTTATTTATCGTTTATGATAAACCGATATGAGTCTTGCGCG	226528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94717	TCGATTCAATTTATTTATCGTTTATGATAAACCGATATGAGTCTTGCGCG	94766

C  AL844514.12	226527	TACATGAATCAAATTTGTTCCCGCAGTCACATTTTGATACAACACCTGAG	226478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94767	TACATGAATCAAATTTGTTCCCGCAGTCACATTTTGATACAACACCTGAG	94816

C  AL844514.12	226477	CATTGAGCACAGATGACTTTATGACAAACACAGTGAATAAAGACAGAACG	226428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94817	CATTGAGCACAGATGACTTTATGACAAACACAGTGAATAAAGACAGAACG	94866

C  AL844514.12	226427	TGGTGGAGGGTTGAGAACCCCTATGCTTGATTCAGTGACTGGCGCACCTT	226378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94867	TGGTGGAGGGTTGAGAACCCCTATGCTTGATTCAGTGACTGGCGCACCTT	94916

C  AL844514.12	226377	TCCCCTGCTGCTGTGAAGGCTCTGGCGGCTAACTAGTCACTATATGTGTG	226328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX005473.5	94917	TCCCCTGCTGCTGTGAAGGCTCTGGCGGCTAACTAGTCACTATATGTGTG	94966

Overview

Query
AL844514.12 - 228327 bps
Hit
BX005473.5 - 94966 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019742000226328228327-192967949661
296.253980156245156324114093141721
396.23979174664174742114093141711
495.185102196066196167114805149061
591.8273110185983186092120100202091
694.125169155750155818125952260191
794.942984114041237-129681297781
895.7440943467234765-129684297771
996.814394123803123896-129684297771
1082.68105289185775186063131889321711
1181.583208186289186496132435326341
1282.9781181108493108673-166215663961
1385.72151289134197134485166414667071
1494.9299118137343137460166578666951
1594.816477150159150235166775668511
1684.21551504725547404182317824681
1791.8592135195934196068-186842869761
1882.8355128191981192108-187010871431
1981.622406034402944631187362879541
2092.561121474919649342-190132902791
2187.971502514884349093-190293905331
2293.725266744814448817-190621912891
Short-link