<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX004818.16	1	AAGCTTTTTTATTGCCATCTTCCACGTGAGACGCGCTCGACATGTAAACT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79380	AAGCTTTTTTATTGCCATCTTCCACGTGAGACGCGCTCGACATGTAAACT	79429

BX004818.16	51	GGCAGACATGTCAGAAAAAACTGTGGATATTTGCCTCTCATACATAAGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79430	GGCAGACATGTCAGAAAAAACTGTGGATATTTGCCTCTCATACATAAGAG	79479

BX004818.16	101	ACATACATCTTATGGGATCTAAAATCACCTCAGAACCCAGAGGGTTAAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79480	ACATACATCTTATGGGATCTAAAATCACCTCAGAACCCAGAGGGTTAAAT	79529

BX004818.16	151	TGTGTATATTTGTCAACTCAAGTTTTATAAGCCATAACATAGACTTGAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79530	TGTGTATATTTGTCAACTCAAGTTTTATAAGCCATAACATAGACTTGAGT	79579

BX004818.16	201	TCATAATGTCTAATGTGATTTTTTTCTTCTTCTTCTGCAGATTAAACTGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79580	TCATAATGTCTAATGTGATTTTTTTCTTCTTCTTCTGCAGATTAAACTGC	79629

BX004818.16	251	TTATGTTCAACCATGCTTGTTTCTTTATTAGTCTAATGTGTAATTGAGGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79630	TTATGTTCAACCATGCTTGTTTCTTTATTAGTCTAATGTGTAATTGAGGG	79679

BX004818.16	301	TGCTTTCACTTTTGGTCCACGCCCGGTTTTGTTACTCTTAGCTATTGTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79680	TGCTTTCACTTTTGGTCCACGCCCGGTTTTGTTACTCTTAGCTATTGTGA	79729

BX004818.16	351	ACGCTGTCTTCTGAACTCGGGTGCGCACCCGTGAACTGTATCCAAGTCCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79730	ACGCTGTCTTCTGAACTCGGGTGCGCACCCGTGAACTGTATCCAAGTCCA	79779

BX004818.16	401	CCTGAAAGAGGGGGTCTGGGGTATGGTTTGTGCAAACTCTGCATTCACAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79780	CCTGAAAGAGGGGGTCTGGGGTATGGTTTGTGCAAACTCTGCATTCACAT	79829

BX004818.16	451	CAAACGTGAACCGTAAAAATCGTACCAAATAACGGAAGTGAACCCCCAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79830	CAAACGTGAACCGTAAAAATCGTACCAAATAACGGAAGTGAACCCCCAAC	79879

BX004818.16	501	TGTACAACAAACTTTAGTTTTTATAACGTTCATTCGTGTGTGTTTGTCTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79880	TGTACAACAAACTTTAGTTTTTATAACGTTCATTCGTGTGTGTTTGTCTC	79929

BX004818.16	551	ACATACCATAGTGACATGTGGGATTGACTCAGTGCAAACAGTGATAATGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79930	ACATACCATAGTGACATGTGGGATTGACTCAGTGCAAACAGTGATAATGT	79979

BX004818.16	601	CTGCTTGTTTCCACCAAAAACGACATCTGCAGACATCTCATTATGTTCTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	79980	CTGCTTGTTTCCACCAAAAACGACATCTGCAGACATCTCATTATGTTCTG	80029

BX004818.16	651	AACATTTTTCATCTTTTTTTGCACCAGATAGACGCAAGTGGCTCTCTGTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80030	AACATTTTTCATCTTTTTTTGCACCAGATAGACGCAAGTGGCTCTCTGTA	80079

BX004818.16	701	TTTTGGTCTTGATAACAAATCCAAAAGATTCAGTAAAAGCAGAACAACTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80080	TTTTGGTCTTGATAACAAATCCAAAAGATTCAGTAAAAGCAGAACAACTG	80129

BX004818.16	751	TGATATGCAGACGTCTCCATTTTGGCGCTTTGCTATCGTGGCTGTCATCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80130	TGATATGCAGACGTCTCCATTTTGGCGCTTTGCTATCGTGGCTGTCATCT	80179

BX004818.16	801	GGCAACAGCTGTACACAAAACAACAGCTTGATAATGCAAGGAACCCGGGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80180	GGCAACAGCTGTACACAAAACAACAGCTTGATAATGCAAGGAACCCGGGA	80229

BX004818.16	851	TTCAGAAAGAAAAAAGGTGGTGTAAACACAAACCAGCTGGGGGGGGTGGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80230	TTCAGAAAGAAAAAAGGTGGTGTAAACACAAACCAGCTGGGGGGGGTGGG	80279

BX004818.16	901	GGGGGACTATCAAACTTGGGTTCGGACCAGGCATTCAGACCAAGTGTGAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80280	GGGGGACTATCAAACTTGGGTTCGGACCAGGCATTCAGACCAAGTGTGAA	80329

BX004818.16	951	AGCACCCTGATTTAAAGCAGCTATGCCACCCAATATACATGATCTATATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80330	AGCACCCTGATTTAAAGCAGCTATGCCACCCAATATACATGATCTATATG	80379

BX004818.16	1001	ATTATCAGCCTTAGGCTGTCAGACGATTTTGTAATTGACATGAGGTCACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80380	ATTATCAGCCTTAGGCTGTCAGACGATTTTGTAATTGACATGAGGTCACA	80429

BX004818.16	1051	AACATTGCTTATTGGCCATTTACATCAATCTGAAAACGGCCCCATATTAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80430	AACATTGCTTATTGGCCATTTACATCAATCTGAAAACGGCCCCATATTAT	80479

BX004818.16	1101	ACATTCGTTGGTCAACTACTTTTTACTTCACCACAAGAAAAGAGTGTGTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80480	ACATTCGTTGGTCAACTACTTTTTACTTCACCACAAGAAAAGAGTGTGTG	80529

BX004818.16	1151	TTTGTGTGCTGTGAAATCTTCAGTGAAAATCCCTTTGCCACTTTTTTAGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80530	TTTGTGTGCTGTGAAATCTTCAGTGAAAATCCCTTTGCCACTTTTTTAGT	80579

BX004818.16	1201	TCAATTCAGCTGTCAAACACATTTTGCATTGAGCATTACTAATTCATTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80580	TCAATTCAGCTGTCAAACACATTTTGCATTGAGCATTACTAATTCATTTT	80629

BX004818.16	1251	TCTCTTTTAGGCCCATAAAAATGGAACGCTGGGTGACTTGTAGGCAGACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80630	TCTCTTTTAGGCCCATAAAAATGGAACGCTGGGTGACTTGTAGGCAGACT	80679

BX004818.16	1301	CTTTTTGTGCAGTGCCAGCTTTCTGTCCTTTGTTGTTTGGGTGTGAAATG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80680	CTTTTTGTGCAGTGCCAGCTTTCTGTCCTTTGTTGTTTGGGTGTGAAATG	80729

BX004818.16	1351	TGGTTTGCTATGCCCTTCAATTGTTTTCTTTTTCAATTTTTCCACAGGGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80730	TGGTTTGCTATGCCCTTCAATTGTTTTCTTTTTCAATTTTTCCACAGGGG	80779

BX004818.16	1401	AGGGATTTGCTGATTTCAAGTCTGTCAGTGCCGATGATGGCTTCACAGAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80780	AGGGATTTGCTGATTTCAAGTCTGTCAGTGCCGATGATGGCTTCACAGAC	80829

BX004818.16	1451	TTTAAAACAGCCGACACCGTCTCTCCACTAGACCCACCAGACCAGGCCAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80830	TTTAAAACAGCCGACACCGTCTCTCCACTAGACCCACCAGACCAGGCCAA	80879

BX004818.16	1501	GTTTCAGCCAACCTTTCCTCCTCCTTTTGCTTCCTCTCAGTCCCTGTCCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80880	GTTTCAGCCAACCTTTCCTCCTCCTTTTGCTTCCTCTCAGTCCCTGTCCC	80929

BX004818.16	1551	ATTCTCAGCCAGCCTCTCTGGCTCAACCTAGAAATCCTCTCAATATGGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80930	ATTCTCAGCCAGCCTCTCTGGCTCAACCTAGAAATCCTCTCAATATGGCA	80979

BX004818.16	1601	GACCTGGATCTCTTCACGACAATGGCTCCTCCCACGTCCACTGCAGACTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	80980	GACCTGGATCTCTTCACGACAATGGCTCCTCCCACGTCCACTGCAGACTC	81029

BX004818.16	1651	TAAACTCAACCTGTTCCCTTCCGCTCCTCCATCCTTGGTATTGCCCTCGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	81030	TAAACTCAACCTGTTCCCTTCCGCTCCTCCATCCTTGGTATTGCCCTCGG	81079

BX004818.16	1701	CAGTTGTGAAACCTCCCAGCATGGGGGGTGATGACTTTGGCGATTTTGCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	81080	CAGTTGTGAAACCTCCCAGCATGGGGGGTGATGACTTTGGCGATTTTGCC	81129

BX004818.16	1751	CTTTTTGGCTCCTCCTCATCCTCCGAAGTAGCTCCCACCACCTCTGCTGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	81130	CTTTTTGGCTCCTCCTCATCCTCCGAAGTAGCTCCCACCACCTCTGCTGC	81179

BX004818.16	1801	TGGTAGAGGAGCTAGCACAACGGTTCAGGATGACTTTGCTGACTTCATGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	81180	TGGTAGAGGAGCTAGCACAACGGTTCAGGATGACTTTGCTGACTTCATGG	81229

BX004818.16	1851	CATTTGGCAGCTCGAGAGATCAGAGAAGTGAGACCAGCTCAAGAGAAGGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	81230	CATTTGGCAGCTCGAGAGATCAGAGAAGTGAGACCAGCTCAAGAGAAGGC	81279

BX004818.16	1901	AATAGCGAAGGCCAGACAGAGACATCCCAACAGAGGCACCAAATCGGTAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	81280	AATAGCGAAGGCCAGACAGAGACATCCCAACAGAGGCACCAAATCGGTAC	81329

BX004818.16	1951	TGATAAATACGACGTCTTCAAACAGCTTTCTCTAGAAGGTGGATTGGCCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005390.11	81330	TGATAAATACGACGTCTTCAAACAGCTTTCTCTAGAAGGTGGATTGGCCT	81379

Overview

Query
BX004818.16 - 215899 bps
Hit
BX005390.11 - 81379 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001986200012000179380813791
283.21118276194661194936-1293432191
382.471203518992590275-131035313821
486.6189409150432150840-131728321301
584.29149396185276185671-131730321301
686.811934086634266749131734321351
785.321774118992890338131734321351
882.62118386109976110361131734321301
984.49119297124489124785131824321261
1082.68139396110081110476-133865342741
1184.32186419150311150729133865342851
1284.921854168419984614133868342851
1386.59268539185136185674-136059365951
1484.95248560150279150838-136062366061
1579.93118526109973110498136063365951
1683.861834548417584628-136156365951
1779.64294888110843111730145585464831
1886.56158320150471150790-152906532251
1988.051342488438784634-152947531971
2088.68218352169374169725-158630589911
2187.95148247113510113756158630588781
2282.233468977307373969176838777431
Short-link