<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

BX957233.8	1	CAAAATATCAATCCAAGAAGCATTTACTGTAAACAAAGAGAGCACAAGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	205500	CAAAATATCAATCCAAGAAGCATTTACTGTAAACAAAGAGAGCACAAGCA	205549

BX957233.8	51	CTGTTTGTAAGCCAAACACAGACACATAATTTGTACACTGTTCAGAATGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	205550	CTGTTTGTAAGCCAAACACAGACACATAATTTGTACACTGTTCAGAATGT	205599

BX957233.8	101	TATTGTTTATAGTTTAATAATGAGTATTTTTAGATTTAGAGTCCTCATTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	205600	TATTGTTTATAGTTTAATAATGAGTATTTTTAGATTTAGAGTCCTCATTT	205649

BX957233.8	151	ATGTCATAAATTTGATCTAAACTTGCATTCATCCTTTTTGAAGAGTTCAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	205650	ATGTCATAAATTTGATCTAAACTTGCATTCATCCTTTTTGAAGAGTTCAG	205699

BX957233.8	201	ATGAAGCGCTAGCTCCTTTCTGTGCAGTAGTAATGAATGGGGATTGAAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	205700	ATGAAGCGCTAGCTCCTTTCTGTGCAGTAGTAATGAATGGGGATTGAAGC	205749

BX957233.8	251	TCGTGAGCTTGAAAAGGAGACCAAAATATTGTAAAAGGGTTTCATATACT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	205750	TCGTGAGCTTGAAAAGGAGACCAAAATATTGTAAAAGGGTTTCATATACT	205799

BX957233.8	301	GTACGACACATGGATGATATTCTAAAGCTCTTAATAAAGGGATAGTTCAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	205800	GTACGACACATGGATGATATTCTAAAGCTCTTAATAAAGGGATAGTTCAC	205849

BX957233.8	351	CCAAATCTGCAAATTCTGTCATCGTTTACTCACCAAACTTGTGTGACTCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	205850	CCAAATCTGCAAATTCTGTCATCGTTTACTCACCAAACTTGTGTGACTCT	205899

BX957233.8	401	CTTTATTCTGTTAAAAACAAAAGGAGTATTAAGAAGAAAACCGGAAACCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	205900	CTTTATTCTGTTAAAAACAAAAGGAGTATTAAGAAGAAAACCGGAAACCC	205949

BX957233.8	451	GCTGACTTTCATGATGTTTGTTTATAAATCGATCATTACAGGTCTTAAGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	205950	GCTGACTTTCATGATGTTTGTTTATAAATCGATCATTACAGGTCTTAAGC	205999

BX957233.8	501	ATTCTTCAAAATATCTACTTTTGTGTTCAACAGAAAGTTATAAAGGTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206000	ATTCTTCAAAATATCTACTTTTGTGTTCAACAGAAAGTTATAAAGGTTTT	206049

BX957233.8	551	GGACCACTTGAGGGTGATTAAACAGTGAGCAAATGTTTATTTTTGGATGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206050	GGACCACTTGAGGGTGATTAAACAGTGAGCAAATGTTTATTTTTGGATGA	206099

BX957233.8	601	ACTATCTCTTTATACAGATTTGTGTGAGGAAATGTATCAAATTTACCACC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206100	ACTATCTCTTTATACAGATTTGTGTGAGGAAATGTATCAAATTTACCACC	206149

BX957233.8	651	AGTGATGCTTTGCGTATGCGAGTTCAAATCAAGTCTTAATTTTGAACGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206150	AGTGATGCTTTGCGTATGCGAGTTCAAATCAAGTCTTAATTTTGAACGAA	206199

BX957233.8	701	TCATTCAAACTAGTTTTGTGAGCTCGATCAGCAGATTCATTCACTCAGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206200	TCATTCAAACTAGTTTTGTGAGCTCGATCAGCAGATTCATTCACTCAGGA	206249

BX957233.8	751	ATAATTCATTCATGAAGTTTTGTGAATGTGCCAAGGAGAACTAGGGCAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206250	ATAATTCATTCATGAAGTTTTGTGAATGTGCCAAGGAGAACTAGGGCAGA	206299

BX957233.8	801	TGTGGAGATAATCAATAAGCGGTGGCTTTAATTGTATTCTTTTTGTCACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206300	TGTGGAGATAATCAATAAGCGGTGGCTTTAATTGTATTCTTTTTGTCACA	206349

BX957233.8	851	CAAATCTGTTGTATAGTTTCAGAAGACTATGGTGGAAGTAGTATAGACCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206350	CAAATCTGTTGTATAGTTTCAGAAGACTATGGTGGAAGTAGTATAGACCA	206399

BX957233.8	901	CTTTTATGGTACTTTTACCCAGATTTGTTTGCAATCTTGCTGCTTGGCAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206400	CTTTTATGGTACTTTTACCCAGATTTGTTTGCAATCTTGCTGCTTGGCAT	206449

BX957233.8	951	ACTTAGTTGTTCATAAAGTGATCAGCACATACTGCATTGAAGAAAGAAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206450	ACTTAGTTGTTCATAAAGTGATCAGCACATACTGCATTGAAGAAAGAAAG	206499

BX957233.8	1001	AAAGAAAGTCATATAGATTTGTATATAATGTCAAAATGTATGTCTTGGCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206500	AAAGAAAGTCATATAGATTTGTATATAATGTCAAAATGTATGTCTTGGCT	206549

BX957233.8	1051	GAATTATACTAACTACACCTTTGTGAATGTGAGGGAAACTCAATTAAGAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206550	GAATTATACTAACTACACCTTTGTGAATGTGAGGGAAACTCAATTAAGAT	206599

BX957233.8	1101	GACTTTTAATTGGTGGTTGACCAGGGAAATAACTACAAAACGATTTAGGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206600	GACTTTTAATTGGTGGTTGACCAGGGAAATAACTACAAAACGATTTAGGA	206649

BX957233.8	1151	AAGTGCATTTCTTGTTTGCGAATGACCTTTACGTTGATGTTTTTATTTTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206650	AAGTGCATTTCTTGTTTGCGAATGACCTTTACGTTGATGTTTTTATTTTC	206699

BX957233.8	1201	TAATAGACTTAAATTAAAGTACAAGTGTTTAAATGATTTTCTGGATCACT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206700	TAATAGACTTAAATTAAAGTACAAGTGTTTAAATGATTTTCTGGATCACT	206749

BX957233.8	1251	TTAGATGTGTTTACCTCATTATATTATCTGATGTTCCTATGGAAAAGCAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206750	TTAGATGTGTTTACCTCATTATATTATCTGATGTTCCTATGGAAAAGCAC	206799

BX957233.8	1301	ATGGTTGATTGATTAATTGATGAAGATGCTAGCCTGATAGACTTTTATGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206800	ATGGTTGATTGATTAATTGATGAAGATGCTAGCCTGATAGACTTTTATGA	206849

BX957233.8	1351	GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTCAACCT	1400
			               |||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206850	---------------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTCAACCT	206884

BX957233.8	1401	TATATATTTACATGTGACCATAGTATCATTATACAGTGGCTTGTTTGTTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206885	TATATATTTACATGTGACCATAGTATCATTATACAGTGGCTTGTTTGTTG	206934

BX957233.8	1451	TTATGATGACCCAAAAACAGTTACATTTGTATGTTGCTCTGCCTTAGCTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206935	TTATGATGACCCAAAAACAGTTACATTTGTATGTTGCTCTGCCTTAGCTG	206984

BX957233.8	1501	TCTAAAAACTGATTAAGGGATTGAAATGATTGAGATGACCTATCAAATCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206985	TCTAAAAACTGATTAAGGGATTGAAATGATTGAGATGACCTATCAAATCA	207034

BX957233.8	1551	AAGTGGACAGGTTTACTGTTTACAGTAGCAGAGCACAAATTCCAGCTCAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	207035	AAGTGGACAGGTTTACTGTTTACAGTAGCAGAGCACAAATTCCAGCTCAA	207084

BX957233.8	1601	AGGATCAGTTTTAGTGTTGAAAGAGAGCAAAGATTAAAGTACAAAACTAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	207085	AGGATCAGTTTTAGTGTTGAAAGAGAGCAAAGATTAAAGTACAAAACTAC	207134

BX957233.8	1651	AAGAATGACTGAAATATATCTAAACCCCCCCCCAAAAAAAACAATAGTAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	207135	AAGAATGACTGAAATATATCTAAACCCCCCCCCAAAAAAAACAATAGTAA	207184

BX957233.8	1701	TGCAAACTCATTATCAAAAATAAAGTAGCATTTAAATTAATCATGTCATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	207185	TGCAAACTCATTATCAAAAATAAAGTAGCATTTAAATTAATCATGTCATA	207234

BX957233.8	1751	ACTGTATTTAATGAGACAAGCTGTGCTTTGCATGTTAAACATGTCAAATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	207235	ACTGTATTTAATGAGACAAGCTGTGCTTTGCATGTTAAACATGTCAAATA	207284

BX957233.8	1801	AAAGTCCTTGCATGCAAATAACACTTGCTATAAATATTAGTTAGGGCTGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	207285	AAAGTCCTTGCATGCAAATAACACTTGCTATAAATATTAGTTAGGGCTGG	207334

BX957233.8	1851	GTGATATGGCCAAAATGCAATCTCGATAAATATTTTCCATATTGAACAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	207335	GTGATATGGCCAAAATGCAATCTCGATAAATATTTTCCATATTGAACAAT	207384

BX957233.8	1901	AGTAATATATATATTTGATAGAAGTTGTTAGGGCTGTGCATTTTGGGAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	207385	AGTAATATATATATTTGATAGAAGTTGTTAGGGCTGTGCATTTTGGGAAA	207434

BX957233.8	1951	AACATCTAATTGCGTTTTTTTTTGACAGATATTGGATTTAATTTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	207435	AACATCTAATTGCGTTTTTTTTTGACAGATATTGGATTTAATTTAAGCTT	207484

Compact alignment

skip 1350 bps 100% identity alignment

BX957233.8	1351	GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTCAACCT	1400
			               |||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005312.20	206850	---------------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTCAACCT	206884

skip 600 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX957233.8 - 68884 bps
Hit
BX005312.20 - 207484 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link