<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX004829.12	1	AAGCTTTAATTAATCTAGCTCCTGTTTATCTAACCAACATTCTGTCTCAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	38452	AAGCTTTAATTAATCTAGCTCCTGTTTATCTAACCAACATTCTGTCTCAC	38501

BX004829.12	51	TATAACCCAACCCGCTCTTTAAAATCTCAAAACTCAGGGCTTCTGGAAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	38502	TATAACCCAACCCGCTCTTTAAAATCTCAAAACTCAGGGCTTCTGGAAGT	38551

BX004829.12	101	ACCTAGAATAGAAAAGTCTACTAAAGGAGGGTCAAGCTATCACATTTATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	38552	ACCTAGAATAGAAAAGTCTACTAAAGGAGGGTCAAGCTATCACATTTATG	38601

BX004829.12	151	GCTCCTAAACTCTGGAATAGCCTTCCTGATGATGTCCGAGGCTCAGACAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	38602	GCTCCTAAACTCTGGAATAGCCTTCCTGATGATGTCCGAGGCTCAGACAC	38651

BX004829.12	201	ACTTTCTCAGTTCAAAACTGCATAAAGCATATGCACAAATGCATCACATA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	38652	ACTTTCTCAGTTCAAAACTGCATAAAGCATATGCACAAATGCATCACATA	38701

BX004829.12	251	ACAGTATGAAGCATGAGTGTGCTTCAAGCAGGTAAGTAGGCTTGACAACC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	38702	ACAGTATGAAGCATGAGTGTGCTTCAAGCAGGTAAGTAGGCTTGACAACC	38751

BX004829.12	301	ACTTGTAGGACACACTCCTCCTTATCTATTTTATTCTCTATTTCCACCTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	38752	ACTTGTAGGACACACTCCTCCTTATCTATTTTATTCTCTATTTCCACCTG	38801

BX004829.12	351	GAGATACTCATTCAGAGGCCCCTAGAGATTATGCAGCGCCATTGATGCCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	38802	GAGATACTCATTCAGAGGCCCCTAGAGATTATGCAGCGCCATTGATGCCA	38851

BX004829.12	401	TCCAAGACCTGTGAAGAAATTATGCCAAGGTATCTATAATCCTGGACCAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	38852	TCCAAGACCTGTGAAGAAATTATGCCAAGGTATCTATAATCCTGGACCAG	38901

BX004829.12	451	GCCGTATCCTGAGCTGATGCTGTTGCAGTCATGGAGGAGCAGAGAGCAGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	38902	GCCGTATCCTGAGCTGATGCTGTTGCAGTCATGGAGGAGCAGAGAGCAGG	38951

BX004829.12	501	TGACTGATTCCTGAAAGATCACAGTGAGAGGCGAGTCTTTGCATTGATCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	38952	TGACTGATTCCTGAAAGATCACAGTGAGAGGCGAGTCTTTGCATTGATCA	39001

BX004829.12	551	CATAGGCCAGCCTGATCAGCCCCCGGTGACCTACTTACACCTGCAGTTCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39002	CATAGGCCAGCCTGATCAGCCCCCGGTGACCTACTTACACCTGCAGTTCT	39051

BX004829.12	601	CCACGATGGACGTCCAGCGTTCTTCAGCCTCCGGTGCCTAGACTGCAGCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39052	CCACGATGGACGTCCAGCGTTCTTCAGCCTCCGGTGCCTAGACTGCAGCT	39101

BX004829.12	651	CTGCACAAGAAGTTTGTCCAGAGGAGAAATGGTCCTGCCTAACTCAGCCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39102	CTGCACAAGAAGTTTGTCCAGAGGAGAAATGGTCCTGCCTAACTCAGCCT	39151

BX004829.12	701	GGTTTCCCTCAAGGTTTTTTACTTCATTTTCATCAATTGGTGAGGTTTGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39152	GGTTTCCCTCAAGGTTTTTTACTTCATTTTCATCAATTGGTGAGGTTTGT	39201

BX004829.12	751	TCTTCACCACTGTCGCCGCTTGGTTTGGGACTTGTGGAGCTATGCATTGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39202	TCTTCACCACTGTCGCCGCTTGGTTTGGGACTTGTGGAGCTATGCATTGA	39251

BX004829.12	801	TGGATTTGCTCTTTAGTGTTTGGACTTTCAGCAATGAAATTTAAACCACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39252	TGGATTTGCTCTTTAGTGTTTGGACTTTCAGCAATGAAATTTAAACCACA	39301

BX004829.12	851	CTGAACTAAACTAAACTGAACTTCAACTCTGAAAACTGGACTGACCTAAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39302	CTGAACTAAACTAAACTGAACTTCAACTCTGAAAACTGGACTGACCTAAC	39351

BX004829.12	901	TAGTACTCTGAGCACAAACAGTTCCTTTGTATAATTAGCACTTCCTATGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39352	TAGTACTCTGAGCACAAACAGTTCCTTTGTATAATTAGCACTTCCTATGT	39401

BX004829.12	951	ATACGGCCTCTTCTTGTTGAATTGCTGAATGGCTCCTCAATTGTAAGTCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39402	ATACGGCCTCTTCTTGTTGAATTGCTGAATGGCTCCTCAATTGTAAGTCA	39451

BX004829.12	1001	CTTTGGTCAATGTTGTGGGTTTTAGCAATGCAATAAAAAGGAAAAAAAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39452	CTTTGGTCAATGTTGTGGGTTTTAGCAATGCAATAAAAAGGAAAAAAAGG	39501

BX004829.12	1051	AAAATCCATTAGCAACTTATTTCAACAGAAAAGAGGATATTAATAGATAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39502	AAAATCCATTAGCAACTTATTTCAACAGAAAAGAGGATATTAATAGATAT	39551

BX004829.12	1101	TAACCTCACAATCTGAGCTGTCAGTCCCAGGTGCAAATCTAAAGTGAAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39552	TAACCTCACAATCTGAGCTGTCAGTCCCAGGTGCAAATCTAAAGTGAAAA	39601

BX004829.12	1151	CAAAGCATTATTACGCATTATAACGCCAAAGCTGTATATTTAATATTAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39602	CAAAGCATTATTACGCATTATAACGCCAAAGCTGTATATTTAATATTAAG	39651

BX004829.12	1201	GTTTGCACATACATTTTGTTGCTCTGAGGGCTGGACTTCACACTTTGCCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39652	GTTTGCACATACATTTTGTTGCTCTGAGGGCTGGACTTCACACTTTGCCT	39701

BX004829.12	1251	AGATGAAGTCCTGGCCTCCTGAGAGGATGAAAAACCACGAGCCGTTTGTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39702	AGATGAAGTCCTGGCCTCCTGAGAGGATGAAAAACCACGAGCCGTTTGTC	39751

BX004829.12	1301	TTTCTCCACCTGTATATATTTCATATATTATATATTTATATATTTATATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39752	TTTCTCCACCTGTATATATTTCATATATTATATATTTATATATTTATATA	39801

BX004829.12	1351	TTATATATTTAATTCATACAGATCAATATAATAGATCAGTCTTGCCAAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39802	TTATATATTTAATTCATACAGATCAATATAATAGATCAGTCTTGCCAAAA	39851

BX004829.12	1401	AATGTTTATAAATTGTTTACACTTTGCTATTTGCCCTACAAACATGTCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39852	AATGTTTATAAATTGTTTACACTTTGCTATTTGCCCTACAAACATGTCAA	39901

BX004829.12	1451	TGTGAAATGCTTGTCATTTTGGCAACATACGCTTGCTGTCTGGAGGAACC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39902	TGTGAAATGCTTGTCATTTTGGCAACATACGCTTGCTGTCTGGAGGAACC	39951

BX004829.12	1501	GTCTTTTTCTCTCTGCTCTTCTTGATTTTCTCTGTCTGTTTTCCATCACT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	39952	GTCTTTTTCTCTCTGCTCTTCTTGATTTTCTCTGTCTGTTTTCCATCACT	40001

BX004829.12	1551	CTCTTTATTTGTGGGGCGAGTTGAGTGTTTGCTCTTGGATCTCTGTTCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	40002	CTCTTTATTTGTGGGGCGAGTTGAGTGTTTGCTCTTGGATCTCTGTTCCT	40051

BX004829.12	1601	CCTGCCACTCTTGGGGTGACAGCATAAGCAGAAACTCTTTATAATTTTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	40052	CCTGCCACTCTTGGGGTGACAGCATAAGCAGAAACTCTTTATAATTTTTA	40101

BX004829.12	1651	TACTCCTTCAGGATGTCCTCATATTTAGAGATGTCACTTATTGAAAACAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	40102	TACTCCTTCAGGATGTCCTCATATTTAGAGATGTCACTTATTGAAAACAG	40151

BX004829.12	1701	TAAAAAAAAAAAAAAAGTAGAAAAAGTTAACTTACATCAATAAAAGTTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	40152	TAAAAAAAAAAAAAAAGTAGAAAAAGTTAACTTACATCAATAAAAGTTTA	40201

BX004829.12	1751	TATTACTTTTAAAATAGAAGTGTTACTTTGTTACCTCCTGATTGCCACCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	40202	TATTACTTTTAAAATAGAAGTGTTACTTTGTTACCTCCTGATTGCCACCA	40251

BX004829.12	1801	TTTTGGAAGTAATTTTCTTGATTTCAGCAACTTTCTCCAGCTTTACTTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	40252	TTTTGGAAGTAATTTTCTTGATTTCAGCAACTTTCTCCAGCTTTACTTTG	40301

BX004829.12	1851	GTCTCCTGTTCAGCACTAAACATGTATTTGATTATTAATGTCTAGAAATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	40302	GTCTCCTGTTCAGCACTAAACATGTATTTGATTATTAATGTCTAGAAATC	40351

BX004829.12	1901	ATTTGCTATATACAGTGTATCCAGAAAGTATTCATAGCGCTTCACTTTAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	40352	ATTTGCTATATACAGTGTATCCAGAAAGTATTCATAGCGCTTCACTTTAT	40401

BX004829.12	1951	CCACGTTTTTTGTTACAGCCTTATTCCAAAATGGATTAAATTAATTTATT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005311.8	40402	CCACGTTTTTTGTTACAGCCTTATTCCAAAATGGATTAAATTAATTTATT	40451

Overview

Query
BX004829.12 - 231581 bps
Hit
BX005311.8 - 40451 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001958200012000138452404511
283.787214811900120471251826651
386.93205367205543205909-115788161621
478.081023442113121474135626359581
580.731153171688517201135634359601
Short-link